genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  101  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28011456--28011496	18	2.2	19	86	4	57	39	12	9	39	1.76
28023311--28024005	156	4.4	156	86	5	906	27	16	20	35	1.94
28023312--28024027	79	9.2	77	84	8	860	28	16	19	35	1.94
28024521--28024573	18	2.9	18	81	13	56	58	0	39	1	1.09
28024855--28024897	8	5.2	8	80	2	50	32	44	20	2	1.65
28024857--28024908	24	2.1	25	89	3	79	30	40	23	5	1.78
28031281--28031325	13	3.6	12	79	8	54	60	2	0	37	1.09
28031878--28031917	20	2.0	21	90	5	64	47	0	0	52	1.00
28032854--28032927	28	2.6	28	89	2	103	29	16	10	43	1.82
28034722--28034792	33	2.2	33	85	7	92	25	0	14	60	1.34
28034988--28035069	30	2.8	29	76	12	87	63	2	0	34	1.08
28034985--28035056	10	7.5	10	74	10	53	62	2	0	34	1.10
28035026--28035063	20	2.0	20	89	5	60	65	2	0	31	1.06
28037156--28037239	19	4.4	18	79	8	71	36	8	19	35	1.82
28037158--28037232	19	3.8	19	87	6	114	36	9	17	37	1.82
28037159--28037221	21	3.1	21	93	4	103	36	9	15	38	1.81
28037171--28037255	21	4.0	22	76	14	72	36	7	17	38	1.77
28037221--28037265	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
28037666--28037720	15	3.7	15	79	16	62	32	0	1	65	1.03
28037682--28037718	12	2.7	14	88	12	51	35	0	0	64	0.94
28037667--28037714	24	2.0	24	84	8	62	33	0	2	64	1.05
28041767--28041806	16	2.6	16	92	7	66	82	0	17	0	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28043063--28043479	132	3.2	132	92	0	690	30	20	23	25	1.98
28043510--28044771	44	29.2	43	68	14	385	29	19	22	27	1.98
28043475--28044016	217	2.5	215	86	5	784	29	19	23	27	1.98
28043590--28044619	390	2.6	390	93	0	1763	29	19	23	27	1.98
28043476--28044328	217	3.9	212	80	9	701	29	19	23	27	1.98
28043767--28044189	173	2.4	174	84	7	538	29	20	23	27	1.99
28043944--28044231	84	3.4	82	71	15	219	29	21	23	26	1.99
28043767--28044269	173	2.9	172	82	7	468	30	19	23	27	1.98
28044157--28044686	173	3.0	173	84	5	511	29	19	22	28	1.98
28043944--28044391	217	2.1	213	86	3	612	29	20	22	27	1.98
28043984--28044528	217	2.5	217	82	6	563	29	19	23	28	1.98
28044552--28044834	88	3.3	87	71	12	249	31	20	20	26	1.98
28043471--28044787	390	3.4	390	86	3	1649	29	20	22	27	1.98
28044288--28044841	173	3.2	172	86	4	573	30	19	21	28	1.98
28044847--28045082	118	2.0	118	97	0	445	30	22	18	29	1.97
28045260--28045343	19	4.4	18	81	8	71	39	7	17	35	1.78
28045262--28045336	19	3.8	19	89	6	114	38	8	16	37	1.78
28045263--28045325	21	3.1	21	95	4	112	38	9	14	38	1.78
28045315--28045359	23	2.0	23	86	4	65	40	2	17	40	1.62
28045325--28045369	23	2.0	23	82	4	56	35	2	15	46	1.58
28045771--28045819	3	16.7	3	80	19	59	34	0	0	65	0.93
28045771--28045824	21	2.6	21	85	8	67	35	0	1	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28047667--28047721	28	2.0	27	92	3	92	45	0	0	54	0.99
28048219--28048280	30	2.1	30	93	0	106	25	3	12	58	1.50
28050421--28050472	21	2.6	19	77	16	52	51	9	15	23	1.72
28054076--28054127	16	3.3	15	78	8	50	71	1	5	21	1.17
28054076--28054152	32	2.3	33	82	13	86	68	2	5	23	1.22
28054110--28054147	19	2.0	20	85	15	53	71	2	5	21	1.19
28054163--28054209	9	5.2	9	75	10	51	59	0	0	40	0.97
28061404--28061445	20	2.1	20	95	0	75	23	14	28	33	1.94
28064538--28064563	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
28066660--28066699	21	2.0	19	90	9	62	52	2	25	20	1.59
28072953--28073001	26	1.9	26	83	4	64	51	14	4	30	1.61
28074074--28074103	3	9.7	3	92	7	51	66	0	0	33	0.92
28074583--28074633	19	2.7	19	90	0	84	39	17	9	33	1.83
28077449--28077500	27	1.9	27	96	0	95	30	5	9	53	1.57
28079779--28079872	31	3.0	31	93	3	161	32	8	14	43	1.76
28080418--28080476	8	6.8	8	80	19	57	71	13	13	1	1.23
28080418--28080485	10	7.4	9	75	21	70	72	13	13	1	1.20
28080422--28080485	26	2.3	26	86	7	92	70	14	14	1	1.25
28080418--28080466	19	2.6	19	90	6	73	73	12	12	2	1.18
28086006--28086099	31	3.0	31	89	3	134	35	8	12	43	1.73
28091818--28091850	17	1.9	17	93	0	57	27	24	21	27	1.99
28092858--28093052	69	2.8	69	83	3	259	35	17	23	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28095611--28095643	14	2.3	15	89	5	50	0	24	0	75	0.80
28097881--28097974	25	3.8	24	77	8	91	27	23	23	25	2.00
28103010--28103046	18	2.1	18	100	0	74	43	10	10	35	1.75
28103238--28103286	19	2.6	18	75	12	53	46	8	2	42	1.45
28108038--28109259	244	5.0	244	97	0	2302	27	16	28	27	1.97
28111426--28111549	62	2.0	61	98	1	239	29	8	6	56	1.53
28112532--28112570	20	1.9	20	89	5	60	23	20	17	38	1.93
28113443--28113485	15	2.8	15	85	3	50	25	0	0	74	0.82
28113462--28113504	7	6.0	7	94	5	77	13	0	0	86	0.58
28113446--28113500	22	2.5	22	82	8	58	20	0	0	80	0.72
28113460--28113504	15	3.1	15	96	3	83	15	0	0	84	0.62
28113462--28113503	22	1.9	22	100	0	84	11	0	0	88	0.53
28116230--28116351	63	1.9	63	93	3	210	37	9	7	45	1.64
28117127--28117176	26	1.9	26	95	0	91	30	2	0	68	1.01
28127770--28127824	23	2.4	23	73	11	58	27	20	21	30	1.98
28138612--28138641	12	2.5	12	100	0	60	6	26	40	26	1.81
28139788--28139874	25	3.5	24	76	6	84	25	21	22	29	1.99
28145292--28145337	24	1.9	24	86	0	65	50	17	8	23	1.74
28147432--28147546	49	2.3	49	83	5	135	23	23	33	20	1.97
28147468--28147561	49	1.9	49	82	4	118	24	25	31	18	1.97
28171135--28171242	53	2.0	53	92	0	180	24	27	32	15	1.95
28174777--28175021	27	9.1	26	80	2	229	22	17	19	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28174780--28175022	81	3.0	81	83	1	281	22	18	19	39	1.92
28183493--28183570	36	2.2	36	92	0	129	52	8	3	34	1.51
28190728--28190860	25	5.3	25	78	8	135	28	18	22	30	1.97
28190716--28190860	51	2.9	50	84	5	184	30	18	21	29	1.97
28214730--28214807	9	8.4	9	75	10	61	26	1	1	70	1.03
28214740--28214851	28	4.1	27	73	15	97	32	1	1	64	1.14
28214768--28214807	19	2.2	17	86	8	53	25	2	0	72	0.97
28214739--28214827	29	3.2	27	76	9	81	30	2	1	66	1.11
28214908--28215228	94	3.5	90	83	6	371	32	10	21	35	1.87
28218360--28218442	38	2.2	38	91	0	130	18	16	28	36	1.93
28237446--28237658	107	2.0	107	88	3	322	23	18	13	44	1.85
28240988--28241200	107	2.0	107	88	3	322	23	18	13	44	1.85
28241699--28241899	107	1.9	108	91	3	334	21	18	13	45	1.84
28243119--28243319	107	1.9	108	91	3	334	21	18	13	45	1.84
28243835--28244034	107	1.9	106	88	5	305	22	18	14	45	1.85
28245946--28246158	107	2.0	107	89	1	329	23	18	14	44	1.86
28246652--28246852	107	1.9	108	91	3	334	21	18	13	45	1.84
28247363--28247564	108	1.9	108	92	2	343	21	18	13	45	1.84
28248075--28248276	108	1.9	108	92	2	343	21	18	13	45	1.84
28248785--28248998	107	2.0	107	88	6	317	23	17	13	44	1.85
28249497--28249698	108	1.9	108	92	2	343	21	18	13	45	1.84
28253753--28253954	108	1.9	108	92	2	343	21	18	13	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28255885--28256085	107	1.9	108	91	3	334	22	17	13	45	1.84
28256593--28256794	108	1.9	108	92	2	343	21	18	13	45	1.84
28257305--28257517	107	2.0	107	88	3	322	23	18	13	44	1.85
28258015--28258228	107	2.0	107	89	2	331	23	18	13	43	1.86
28258724--28258938	108	2.0	107	89	5	326	23	18	13	44	1.85
28259437--28259651	108	2.0	108	90	1	342	23	19	13	44	1.86
28231211--28271118	713	56.3	712	98	1	76978	36	12	11	39	1.80
28260149--28260363	108	2.0	107	89	5	326	23	18	13	44	1.85
28260862--28261063	108	1.9	108	92	2	343	21	18	13	45	1.84
28261575--28261789	108	2.0	108	89	3	335	23	18	13	44	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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