genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  84  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22770923--22770949	12	2.2	12	100	0	54	77	0	0	22	0.76
22770928--22770969	19	2.2	20	86	4	59	66	4	0	28	1.12
22771631--22771687	29	1.9	30	86	10	82	31	7	1	59	1.34
22771784--22771841	18	3.2	18	78	4	62	25	1	5	67	1.21
22771707--22771834	27	4.6	27	71	15	84	28	3	4	63	1.30
22771754--22771841	9	9.6	9	72	13	54	25	3	4	67	1.26
22772388--22772511	9	12.7	10	68	17	57	56	0	6	36	1.31
22772341--22772441	19	5.4	18	70	16	64	62	3	3	29	1.31
22772326--22772514	20	9.8	19	67	16	70	57	2	5	34	1.37
22772326--22772454	65	1.9	66	83	7	163	60	3	3	31	1.33
22773243--22773291	20	2.5	20	86	6	64	44	18	12	24	1.84
22778448--22778514	33	2.1	32	94	2	116	20	23	14	40	1.90
22778299--22778633	174	1.9	174	87	2	494	21	24	11	41	1.87
22784870--22784949	10	7.8	10	76	6	63	60	0	5	35	1.19
22787291--22787372	29	2.8	29	81	7	76	59	1	1	37	1.13
22787291--22787372	30	2.7	30	74	12	62	59	1	1	37	1.13
22789434--22789537	26	4.0	26	82	0	109	22	14	33	29	1.93
22795716--22795747	11	2.8	11	95	4	55	56	6	0	37	1.25
22805884--22805942	25	2.4	25	82	0	73	62	15	11	10	1.54
22805906--22805954	20	2.5	20	82	0	62	61	16	14	8	1.56
22805899--22806213	5	63.0	5	70	5	55	58	14	17	10	1.63
22805886--22805984	30	3.3	30	78	0	90	58	14	16	11	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22806011--22806142	55	2.4	56	83	2	151	59	12	18	8	1.58
22806106--22806198	15	6.2	15	73	0	69	60	13	18	7	1.57
22806190--22806216	5	5.4	5	100	0	54	40	18	22	18	1.91
22808920--22808960	21	2.0	21	85	9	57	73	2	4	19	1.13
22825381--22825481	27	3.7	27	81	6	107	27	13	25	32	1.94
22840202--22840248	13	3.5	13	80	13	51	19	14	14	51	1.77
22847890--22847931	17	2.5	17	80	7	50	33	4	0	61	1.17
22853615--22853739	61	2.0	62	85	1	171	46	16	3	34	1.63
22860252--22860295	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
22860730--22860822	46	2.0	46	93	0	159	20	18	17	44	1.87
22867440--22867525	33	2.6	32	87	5	127	58	0	2	39	1.11
22870595--22870655	29	2.1	29	90	6	97	22	31	11	34	1.90
22875234--22875270	17	2.1	17	90	5	56	54	5	24	16	1.63
22876355--22876410	20	2.8	20	80	0	58	53	0	28	17	1.44
22892594--22892653	28	2.1	29	84	3	77	60	8	3	28	1.42
22892544--22892763	10	23.3	10	66	19	66	60	4	2	32	1.29
22892715--22892777	28	2.3	28	83	8	76	63	0	4	31	1.15
22896412--22896455	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
22896599--22896785	51	3.7	50	78	12	229	31	26	16	26	1.97
22896597--22896781	101	1.8	101	95	3	336	31	25	16	25	1.97
22899124--22899402	144	1.9	144	91	0	459	36	17	4	42	1.69
22901258--22901551	10	30.1	10	64	14	64	31	3	6	58	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22901306--22901332	13	2.1	13	100	0	54	29	0	7	62	1.22
22901376--22901416	19	2.2	19	86	0	55	31	2	2	63	1.20
22901387--22901553	9	17.7	9	69	16	90	31	2	5	59	1.36
22902638--22902680	20	2.2	20	91	8	70	2	25	0	72	0.97
22902618--22902682	26	2.4	27	75	14	64	6	24	0	69	1.11
22903682--22903719	2	19.0	2	100	0	76	0	0	50	50	1.00
22905790--22905823	13	2.4	14	85	14	52	64	5	2	26	1.30
22905794--22905823	13	2.2	14	94	5	53	63	6	3	26	1.35
22912660--22912917	139	1.9	139	89	3	403	48	13	22	15	1.80
22914116--22914171	28	2.0	29	86	10	80	58	3	14	23	1.51
22918400--22918439	21	2.0	21	85	5	55	15	20	2	62	1.43
22918483--22918517	17	1.9	19	88	11	56	54	0	11	34	1.37
22918483--22918518	18	1.9	19	88	5	56	55	0	11	33	1.35
22918596--22918633	20	1.9	20	89	10	60	23	2	0	73	0.95
22921143--22921210	29	2.3	29	87	0	91	36	13	26	23	1.92
22921199--22921358	30	5.4	29	78	9	162	40	13	27	18	1.89
22921141--22921448	30	10.4	30	72	9	127	38	14	24	21	1.91
22921317--22921449	60	2.2	59	78	4	140	39	14	24	21	1.90
22921172--22921388	90	2.5	87	86	2	274	40	14	24	21	1.90
22928866--22929222	30	12.0	30	73	9	189	37	13	26	23	1.91
22928923--22929143	60	3.7	58	79	7	214	39	13	26	20	1.90
22928921--22929143	90	2.5	89	91	2	342	39	13	26	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22928888--22929143	90	2.9	90	84	6	335	39	13	25	21	1.90
22929042--22929222	60	3.0	60	88	1	247	36	13	25	24	1.92
22928921--22929203	90	3.2	90	85	3	322	37	13	26	22	1.91
22931279--22931345	29	2.3	29	89	0	98	37	11	26	23	1.90
22931334--22931495	30	5.5	29	70	9	103	40	12	26	20	1.88
22931308--22931590	91	3.2	89	83	5	356	38	13	25	22	1.91
22938858--22938968	40	2.8	40	86	2	134	45	23	10	20	1.83
22940579--22940643	32	2.0	32	85	5	87	44	12	3	40	1.57
22941344--22941420	39	2.0	39	89	0	118	28	18	11	41	1.85
22942909--22942986	23	3.4	23	92	0	129	10	2	39	47	1.51
22944835--22944873	20	2.0	20	85	10	53	38	0	38	23	1.55
22955480--22955532	18	3.0	18	71	13	56	41	13	15	30	1.85
22955480--22955553	36	2.1	35	84	2	94	45	13	13	27	1.81
22956000--22956032	17	1.9	17	100	0	66	18	42	18	21	1.89
22956002--22956041	17	2.4	17	91	0	62	20	47	17	15	1.83
22958822--22959329	253	2.0	254	96	0	946	40	11	14	33	1.81
22960101--22960137	5	7.4	5	93	0	65	18	2	0	78	0.87
22973714--22973750	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
22975626--22975809	43	4.3	43	83	2	201	35	30	14	19	1.92
22975732--22975822	42	2.2	42	82	4	103	34	31	12	21	1.90
22977813--22977837	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
22981607--22981682	7	10.7	7	76	8	55	44	38	0	17	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22981790--22981831	16	2.5	17	92	7	68	45	0	0	54	0.99
22982018--22982111	7	13.4	7	78	4	73	45	32	0	21	1.52
22982018--22982146	14	9.2	14	73	3	89	44	32	0	21	1.58
22981938--22982132	21	9.3	21	68	12	73	40	35	0	23	1.59
22982018--22982146	35	3.7	35	78	2	107	44	32	0	21	1.58
22982030--22982112	42	2.0	42	85	4	114	44	32	0	22	1.53
22982030--22982133	42	2.5	42	81	7	113	42	33	0	23	1.61
22982453--22982570	42	2.9	41	87	2	173	28	33	17	20	1.96
22986122--22986182	3	19.3	3	74	15	52	59	3	1	36	1.24
22986139--22986168	16	1.9	15	93	6	51	63	3	0	33	1.11
22987998--22988297	88	3.4	87	85	2	404	24	26	21	27	1.99
22988071--22988293	44	5.1	44	61	12	107	25	25	21	27	1.99
22989420--22989479	21	2.7	23	73	17	65	23	30	10	36	1.87
22989562--22989605	15	3.0	15	81	15	56	13	15	0	70	1.17
22989582--22989616	6	5.7	6	89	3	52	14	11	0	74	1.08
22989582--22989617	12	2.8	13	95	4	65	13	11	0	75	1.06
22989564--22989617	7	8.0	7	77	22	62	14	12	0	72	1.13
22990121--22990193	10	7.4	10	71	22	57	1	8	8	82	0.91
22990120--22990212	37	2.5	36	81	13	107	1	9	6	82	0.88
22990120--22990213	16	6.2	15	74	15	86	1	9	6	82	0.87
22990143--22990211	26	2.6	27	88	6	97	1	11	4	82	0.87
22995974--22996012	21	1.9	20	84	5	51	25	12	15	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23007335--23007432	44	2.2	45	85	1	135	27	24	13	34	1.93
23007584--23007838	88	2.9	88	86	2	226	28	24	16	29	1.97
23007626--23007998	44	8.4	45	79	2	360	28	25	17	28	1.98
23007672--23007998	45	7.4	45	81	2	365	28	25	18	28	1.98
23007678--23007998	133	2.4	133	92	1	509	27	25	17	28	1.98
23016060--23016099	20	2.0	20	90	0	62	30	10	25	35	1.88
23021060--23021127	34	2.0	34	94	0	118	48	1	19	30	1.58
23026829--23026935	29	3.8	29	78	10	114	40	12	22	25	1.88
23029497--23029529	17	1.9	17	100	0	66	30	30	33	6	1.82
23029879--23029910	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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