genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6705245--6705301	16	3.4	16	83	13	71	45	19	1	33	1.61
6707280--6707346	21	3.2	21	84	0	89	28	17	49	4	1.66
6707647--6707977	42	7.9	42	85	2	369	32	20	20	25	1.98
6708376--6708408	17	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
6711613--6711870	88	3.0	87	83	2	277	31	28	25	13	1.94
6715078--6715147	37	1.9	36	82	8	88	32	10	1	55	1.42
6715121--6715158	19	2.0	19	85	10	51	34	5	0	60	1.19
6716288--6716392	56	1.9	55	84	2	138	28	8	15	47	1.74
6733629--6733731	51	2.0	51	100	0	206	29	17	15	37	1.91
6742765--6742813	26	2.0	24	88	8	71	28	2	4	65	1.22
6748011--6748050	14	2.9	14	88	0	62	40	17	10	32	1.83
6754329--6754381	17	3.1	17	78	8	63	58	0	7	33	1.26
6754486--6754524	19	2.0	19	90	5	60	58	0	2	38	1.12
6755511--6755566	28	2.0	28	82	3	67	39	5	8	46	1.58
6769603--6769654	28	1.9	26	84	7	68	69	5	5	19	1.30
6770230--6770264	17	2.1	17	88	0	52	54	0	8	37	1.31
6770730--6770772	23	1.9	22	90	4	68	41	11	4	41	1.62
6770730--6770780	23	2.4	22	84	12	63	41	11	5	41	1.66
6770730--6770787	19	2.8	21	82	10	66	39	12	6	41	1.69
6772157--6772206	17	2.9	17	75	16	50	34	4	6	56	1.43
6777866--6777950	26	3.3	26	77	0	89	23	38	17	20	1.93
6778897--6778935	19	2.1	19	85	0	51	38	2	17	41	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6785304--6785383	41	2.0	40	85	2	106	30	25	20	25	1.99
6785529--6785659	31	4.3	31	77	8	142	41	16	11	29	1.84
6785530--6785663	61	2.2	62	85	4	173	42	16	11	29	1.84
6785506--6785724	92	2.4	92	77	6	212	42	15	9	31	1.79
6785774--6785802	14	2.1	14	100	0	58	37	34	13	13	1.85
6790925--6790958	13	2.4	15	80	19	54	35	35	0	29	1.58
6790931--6790959	13	2.2	13	100	0	58	34	31	0	34	1.58
6790956--6791026	34	2.1	34	100	0	142	49	18	2	29	1.62
6793669--6793830	50	3.2	50	74	8	175	24	18	22	34	1.96
6793694--6793834	51	2.8	50	74	8	151	22	21	24	31	1.98
6796685--6796768	35	2.4	35	88	7	134	39	5	15	39	1.72
6812132--6812180	24	2.0	24	81	14	57	34	2	0	63	1.06
6820666--6820696	15	2.1	15	93	0	53	22	16	19	41	1.89
6822562--6822600	16	2.4	16	91	0	60	35	12	2	48	1.55
6822560--6822637	34	2.3	35	77	4	88	37	12	3	46	1.61
6825636--6825685	5	10.0	5	79	16	59	40	0	0	60	0.97
6825633--6825685	15	3.7	15	83	16	76	39	0	0	60	0.97
6825697--6825789	40	2.3	41	90	3	143	63	8	27	0	1.23
6827156--6827267	37	2.9	39	74	8	120	22	19	27	30	1.98
6827142--6827251	41	2.8	40	75	6	109	22	20	27	30	1.98
6827142--6827258	37	3.0	38	75	6	119	23	20	26	29	1.99
6828243--6828391	47	3.2	46	75	20	141	18	26	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6828244--6828336	25	3.8	24	84	11	127	20	24	19	35	1.96
6828318--6828356	19	2.1	19	85	9	53	23	30	17	28	1.97
6829610--6829658	24	2.0	24	96	0	89	14	12	18	55	1.69
6831309--6831395	5	17.0	5	86	13	124	41	0	0	58	0.98
6831302--6831381	7	10.4	7	78	21	65	41	0	0	58	0.98
6831309--6831393	32	2.7	32	98	1	163	41	0	0	58	0.98
6831404--6831499	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
6832350--6832461	37	2.9	39	73	8	111	22	20	27	29	1.98
6837426--6837486	25	2.4	25	83	8	79	31	3	16	49	1.62
6837422--6837645	9	25.7	9	70	11	144	31	4	19	45	1.68
6837790--6838191	53	7.6	52	71	13	232	45	4	10	39	1.60
6837892--6837943	13	4.0	13	87	9	70	44	1	9	44	1.48
6837893--6837951	13	4.5	13	87	10	66	47	1	11	38	1.50
6838056--6838210	13	11.8	13	69	13	75	44	5	10	40	1.61
6837756--6838306	267	2.1	266	98	0	1057	45	4	9	39	1.59
6838748--6838789	19	2.2	19	87	8	59	76	7	9	7	1.17
6838743--6838827	7	12.3	7	77	12	68	75	9	9	5	1.19
6838781--6838843	7	8.6	7	79	8	54	77	9	6	6	1.11
6838746--6838796	26	2.0	26	88	7	77	76	7	9	5	1.15
6838743--6838827	29	3.1	28	81	8	86	75	9	9	5	1.19
6838765--6838842	22	3.6	21	81	5	84	76	7	7	7	1.15
6838831--6838874	18	2.4	19	84	3	54	56	13	15	13	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6839534--6839589	27	2.1	27	100	0	112	25	10	25	39	1.87
6840136--6840561	198	2.2	198	89	1	649	35	20	15	28	1.93
6840928--6841019	47	2.0	47	84	0	121	46	3	7	42	1.48
6841008--6841059	20	2.6	19	80	14	52	11	3	1	82	0.88
6841022--6841058	13	2.8	14	84	8	51	10	5	0	83	0.79
6841008--6841050	7	6.3	7	83	5	52	11	2	2	83	0.83
6841014--6841059	14	3.5	13	77	16	51	10	4	0	84	0.75
6841062--6841095	9	3.7	9	88	7	50	32	8	2	55	1.45
6841347--6841414	7	9.9	7	79	9	68	30	48	0	20	1.50
6841192--6841369	96	1.9	96	81	2	223	41	28	1	28	1.66
6841338--6841410	20	3.7	20	77	10	69	31	47	0	20	1.50
6841488--6841553	14	4.6	14	75	5	51	39	39	0	21	1.53
6841516--6841563	22	2.2	22	84	0	60	41	39	0	18	1.51
6841933--6842191	114	2.3	113	79	10	262	28	23	15	32	1.95
6842106--6842243	74	1.9	75	87	3	208	29	23	17	29	1.97
6841976--6842317	187	1.8	187	93	0	594	30	22	15	31	1.95
6841954--6842924	396	2.4	397	89	4	1457	28	20	16	33	1.95
6842416--6842757	188	1.8	189	90	1	562	27	20	17	33	1.95
6842560--6842908	113	3.1	112	75	10	348	27	20	17	34	1.95
6846030--6846091	6	10.7	6	80	11	51	70	9	4	14	1.29
6846061--6846100	13	2.9	14	81	7	55	80	10	0	10	0.92
6846036--6846100	27	2.4	27	85	10	80	73	9	4	12	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6846063--6846100	20	1.9	20	88	0	58	78	10	0	10	0.95
6846062--6846100	7	5.7	7	84	6	53	79	10	0	10	0.94
6846134--6846171	19	2.1	18	90	5	58	68	0	21	10	1.19
6847075--6847116	7	6.3	7	83	10	61	71	0	16	11	1.14
6847076--6847116	13	3.2	13	89	0	64	70	0	17	12	1.16
6847075--6847116	20	2.1	20	86	8	59	71	0	16	11	1.14
6848393--6848674	87	3.3	85	75	11	320	30	19	22	28	1.98
6848431--6848725	87	3.4	86	75	10	312	29	18	22	28	1.98
6848327--6849332	174	5.8	175	76	9	720	30	17	22	28	1.97
6848343--6849251	44	20.9	44	68	11	345	30	18	22	28	1.97
6848476--6848902	218	1.9	218	85	4	592	29	19	22	28	1.98
6848346--6849150	129	6.2	129	76	8	641	29	18	22	29	1.97
6849336--6849567	40	5.7	40	78	9	270	31	21	21	25	1.98
6849333--6849967	83	7.4	83	78	8	474	30	20	23	25	1.98
6849333--6850008	44	15.7	44	76	6	490	31	20	23	25	1.98
6849457--6850008	219	2.5	219	84	4	717	31	19	23	25	1.98
6849379--6850051	131	5.2	131	81	3	542	31	20	23	24	1.98
6852052--6852090	16	2.4	16	91	0	60	35	12	2	48	1.55
6852050--6852114	34	1.9	34	83	0	85	33	15	4	46	1.66
6852992--6853017	13	2.0	13	100	0	52	46	0	30	23	1.53
6855290--6855329	20	2.0	20	95	0	71	45	12	10	32	1.75
6855816--6855901	43	2.0	43	84	8	113	25	6	53	13	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6862098--6862124	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
6864072--6864104	4	8.2	4	93	0	57	27	0	24	48	1.51
6869555--6869580	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
6886617--6886644	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
6886824--6886877	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
6886824--6886900	38	1.9	40	87	10	113	37	7	15	38	1.77
6887363--6887397	17	2.1	17	88	0	52	37	8	0	54	1.31
6888978--6889003	7	3.7	7	100	0	52	46	38	0	15	1.46
6909327--6909373	23	2.1	23	84	11	62	25	12	0	61	1.31
6914581--6914621	22	1.9	21	85	5	55	60	12	7	19	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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