genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  195  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57607275--57607600	46	7.6	46	80	14	383	28	21	15	34	1.94
57607410--57607564	36	4.0	36	77	15	157	28	20	14	36	1.92
57607364--57607600	82	2.9	82	94	0	402	29	21	13	35	1.92
57607275--57607600	128	2.5	133	80	14	389	28	21	15	34	1.94
57613437--57613481	21	2.1	21	100	0	90	26	22	13	37	1.91
57629186--57629225	22	1.9	22	90	10	66	50	10	5	35	1.58
57629357--57629496	19	7.3	19	67	16	58	60	2	5	31	1.35
57629357--57629449	28	3.2	28	73	14	84	58	2	6	33	1.36
57629357--57629463	29	3.8	28	72	14	85	59	2	5	31	1.35
57629357--57629473	57	2.0	58	87	9	168	60	2	5	30	1.34
57629682--57629725	16	2.5	19	75	21	58	45	0	0	54	0.99
57629633--57629706	38	1.9	38	83	0	94	32	4	4	59	1.35
57629696--57629778	9	9.2	9	68	19	57	37	0	0	62	0.95
57629695--57629778	36	2.3	35	80	6	96	38	0	0	61	0.96
57629682--57629773	19	4.6	18	72	19	58	42	0	0	57	0.98
57629696--57629778	28	3.1	28	73	14	77	37	0	0	62	0.95
57629798--57630015	88	2.5	89	84	5	284	29	8	22	39	1.83
57635067--57635104	11	3.5	11	85	0	58	55	10	13	21	1.67
57651411--57651441	16	1.9	16	100	0	62	32	12	48	6	1.67
57651906--57652234	179	1.9	175	82	6	412	28	19	19	32	1.96
57651945--57652364	44	9.7	41	70	11	182	30	19	20	30	1.97
57652080--57652371	129	2.3	129	84	2	381	31	19	19	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57652524--57652761	89	2.7	89	85	0	314	21	21	25	31	1.98
57652781--57652967	45	4.2	45	85	0	248	29	22	16	31	1.96
57652702--57652845	76	1.9	76	85	2	200	24	20	18	36	1.95
57652723--57653186	211	2.2	211	89	0	696	28	22	17	31	1.96
57652826--57653133	166	1.9	166	88	1	465	29	23	15	31	1.95
57652992--57653263	45	6.1	45	81	5	264	26	22	20	30	1.98
57654356--57654405	6	8.2	6	77	16	50	2	18	0	80	0.82
57654352--57654416	19	3.8	17	79	16	64	1	18	0	80	0.80
57654356--57654424	33	2.2	32	82	10	79	4	15	0	79	0.88
57657095--57657146	19	2.7	20	82	5	63	48	9	17	25	1.77
57657101--57657146	9	4.8	10	77	20	53	47	8	19	23	1.77
57659557--57659590	16	2.1	16	94	0	59	55	2	11	29	1.50
57664339--57664401	22	2.9	21	79	9	63	39	25	9	25	1.86
57666068--57666130	22	2.9	21	79	9	63	39	25	9	25	1.86
57669932--57669964	4	8.2	4	100	0	66	24	0	0	75	0.80
57671818--57671890	28	2.7	27	89	8	105	45	12	0	42	1.41
57671936--57672011	27	2.8	27	82	4	82	22	26	30	21	1.99
57672093--57672123	10	3.0	10	95	4	53	67	3	29	0	1.06
57672150--57672188	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
57672258--57672298	3	13.7	3	100	0	82	0	0	31	68	0.90
57672516--57672552	12	3.1	12	92	0	56	21	0	16	62	1.33
57678224--57678248	12	2.1	12	100	0	50	8	16	8	68	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57678563--57678669	31	3.1	32	76	21	101	0	32	0	67	0.91
57678617--57678724	4	25.2	4	75	19	78	0	31	0	67	0.97
57678575--57678679	23	4.8	23	72	20	75	0	32	0	67	0.91
57678585--57678723	41	3.3	43	81	11	148	0	31	0	67	0.96
57678553--57678723	41	4.1	43	79	13	146	0	31	0	67	0.95
57678622--57678721	35	2.8	36	82	11	118	1	31	0	68	0.97
57686870--57686902	15	2.1	16	88	5	50	21	0	9	69	1.15
57687403--57687451	19	2.6	19	80	6	55	34	2	4	59	1.28
57690360--57690428	29	2.5	27	83	9	77	62	1	1	34	1.13
57690367--57690446	37	2.2	37	80	15	94	65	0	2	32	1.06
57690382--57690540	28	5.6	28	69	8	99	64	1	3	31	1.17
57690397--57690600	57	3.6	57	74	7	166	63	2	4	29	1.27
57690425--57690531	10	11.2	10	69	11	55	68	1	4	25	1.19
57690461--57690557	29	3.4	29	79	11	101	60	3	5	30	1.34
57690858--57690908	19	2.9	17	78	16	50	35	5	0	58	1.22
57690954--57691141	93	2.0	92	84	7	247	30	8	19	42	1.81
57698742--57698852	55	2.0	55	98	0	213	30	21	17	30	1.96
57700569--57700598	11	2.7	11	94	0	51	86	3	10	0	0.67
57703223--57703361	41	3.4	41	89	0	188	25	25	20	28	1.99
57708065--57708162	41	2.4	41	82	0	124	26	26	19	27	1.99
57744193--57744232	17	2.2	19	86	8	57	67	2	2	27	1.16
57747318--57747370	27	2.0	27	85	3	72	20	11	39	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57751046--57751086	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
57760444--57760540	42	2.3	42	92	1	160	48	6	2	43	1.39
57760482--57760538	30	1.9	29	89	3	87	49	5	1	43	1.35
57760420--57760619	103	1.9	103	91	2	330	50	5	1	43	1.34
57760486--57760602	61	1.9	62	84	5	157	48	6	1	42	1.39
57764080--57764265	94	2.0	94	88	2	275	39	20	12	27	1.89
57765208--57765233	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
57767680--57767715	14	2.6	14	95	0	63	44	22	11	22	1.84
57767875--57767917	19	2.4	17	77	11	50	58	0	6	34	1.25
57770215--57770239	11	2.3	11	100	0	50	8	20	16	56	1.65
57772435--57772468	15	2.3	15	89	0	50	50	29	0	20	1.49
57772433--57772483	22	2.3	22	79	0	57	49	29	0	21	1.50
57774396--57774537	74	2.0	71	83	4	176	26	23	23	26	2.00
57774461--57774665	113	1.8	113	92	1	349	26	20	21	30	1.98
57774881--57774925	21	2.1	21	87	0	63	20	0	37	42	1.52
57774985--57775031	14	3.4	14	81	0	58	23	2	27	46	1.63
57778214--57778418	52	4.1	52	71	21	177	46	14	4	34	1.66
57778348--57778384	15	2.7	14	84	15	51	56	13	0	29	1.37
57778348--57778385	7	5.6	7	82	17	53	57	13	0	28	1.36
57778348--57778427	22	3.7	21	75	15	67	48	15	1	35	1.52
57781309--57781377	21	3.3	21	91	0	111	39	20	39	1	1.61
57781583--57781621	19	2.0	20	85	5	53	38	5	2	53	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57781819--57781953	42	3.2	43	81	6	116	28	21	20	30	1.98
57781852--57782017	42	4.0	41	88	4	217	21	20	22	34	1.96
57784254--57784344	43	2.1	43	83	0	110	38	18	20	21	1.93
57784312--57784411	42	2.3	41	80	8	110	25	15	25	35	1.94
57784329--57784570	43	5.7	42	76	7	206	23	15	30	30	1.95
57784364--57784477	39	2.8	39	79	13	117	23	10	34	31	1.89
57784355--57784568	82	2.6	81	80	5	214	22	14	31	32	1.93
57784611--57784669	30	2.0	30	100	0	118	13	22	27	37	1.91
57785454--57785486	13	2.5	13	86	13	50	21	24	0	54	1.45
57789021--57789056	19	1.9	19	94	5	65	30	0	0	69	0.89
57789322--57789372	26	2.0	24	81	14	57	11	15	0	72	1.12
57796101--57796145	3	15.0	3	81	9	56	31	4	2	62	1.27
57796101--57796156	15	3.5	15	77	13	58	32	5	3	58	1.37
57798644--57798692	16	2.8	17	82	11	55	26	6	4	63	1.36
57808293--57808351	31	1.9	31	93	3	102	49	11	6	32	1.66
57812726--57812919	90	2.2	91	84	4	243	35	21	10	32	1.88
57812945--57812997	19	2.8	19	78	16	65	64	0	0	35	0.94
57812925--57813008	32	2.8	30	78	15	84	65	0	0	34	0.93
57812966--57813019	27	1.9	29	85	7	76	62	0	0	37	0.95
57813216--57813272	20	2.9	20	74	12	55	28	8	5	57	1.50
57813314--57813354	19	2.1	20	86	4	57	36	2	2	58	1.24
57813274--57813364	29	3.1	28	70	10	76	32	3	1	62	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57813342--57813384	21	2.0	21	81	0	50	18	6	2	72	1.19
57813472--57813655	91	2.0	91	82	10	225	36	8	17	36	1.81
57816346--57816398	26	2.0	26	88	0	79	67	0	0	32	0.91
57816349--57816424	37	2.1	37	87	0	107	65	0	1	32	1.01
57816406--57816440	14	2.5	14	90	0	52	80	0	0	20	0.72
57816358--57816435	36	2.1	37	80	4	86	67	0	1	30	0.98
57823528--57823840	9	34.8	9	65	20	70	63	2	3	30	1.23
57823585--57823772	16	11.4	16	69	17	64	64	2	3	30	1.21
57823552--57823607	29	1.9	29	82	7	69	60	1	1	35	1.17
57823526--57823810	72	3.9	70	72	19	215	63	2	3	30	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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