genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  99  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27443509--27443542	15	2.3	15	89	0	50	20	0	5	73	1.04
27444968--27444992	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
27459156--27459265	40	2.8	39	83	4	141	39	21	20	19	1.93
27459334--27459524	41	4.7	41	86	1	258	23	20	23	32	1.98
27459360--27459519	81	2.0	82	96	1	295	24	18	23	33	1.97
27459848--27459884	14	2.6	14	95	0	65	21	0	29	48	1.50
27459984--27460253	146	1.8	147	85	3	384	29	1	28	41	1.63
27460936--27460999	7	9.0	7	78	14	60	4	43	0	51	1.22
27463249--27463478	43	5.3	43	86	2	275	30	30	16	21	1.95
27465340--27465376	19	1.9	19	89	10	58	40	32	10	16	1.83
27473695--27473730	19	1.9	19	88	5	56	41	33	8	16	1.78
27490348--27490388	20	2.0	20	100	0	82	34	26	19	19	1.96
27502587--27502614	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
27519945--27520038	25	3.8	25	83	13	122	21	23	27	27	1.99
27527391--27527459	25	2.7	26	77	4	79	21	21	21	34	1.97
27529093--27529776	47	14.5	47	94	1	1125	29	29	8	32	1.87
27529093--27529776	143	4.8	141	95	0	1179	29	29	8	32	1.87
27541506--27541560	28	2.0	27	82	6	67	43	1	1	52	1.22
27542374--27542398	12	2.1	12	100	0	50	56	0	16	28	1.41
27554739--27554866	20	6.3	20	73	8	98	13	27	17	41	1.87
27554739--27554847	40	2.7	40	84	0	146	12	28	18	40	1.87
27556091--27556120	11	2.7	11	89	0	51	10	6	26	56	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27564415--27564512	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
27564443--27564526	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
27574064--27574159	27	3.4	27	73	24	83	66	1	19	12	1.30
27574077--27574165	18	4.7	18	70	21	58	66	1	19	13	1.31
27574064--27574158	13	7.8	12	70	26	67	66	1	20	12	1.30
27574027--27574167	45	3.3	45	81	12	140	68	1	19	11	1.28
27578095--27578125	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
27594419--27594453	18	1.9	18	100	0	70	40	8	28	22	1.84
27595029--27595101	36	2.0	36	100	0	146	43	5	30	20	1.74
27607412--27607460	20	2.5	20	83	3	64	59	6	22	12	1.55
27611157--27611306	72	2.1	72	94	0	273	44	10	5	40	1.62
27618704--27619033	166	2.0	167	95	0	590	30	20	17	32	1.95
27621355--27621400	23	2.0	24	86	4	67	17	17	0	65	1.28
27621776--27621803	14	2.0	14	100	0	56	35	21	14	28	1.92
27626652--27626763	53	2.1	53	93	0	197	24	11	17	46	1.81
27628461--27628500	19	2.2	18	90	4	62	42	15	5	37	1.68
27640122--27640161	13	2.9	14	81	7	55	55	0	42	2	1.13
27640931--27640981	24	2.1	24	82	7	59	66	1	1	29	1.13
27642111--27642143	14	2.3	15	89	5	50	60	6	0	33	1.21
27643264--27643344	28	2.9	27	80	5	90	56	6	16	20	1.61
27644609--27644947	51	6.7	51	77	10	322	28	15	26	30	1.96
27644609--27644950	102	3.4	101	81	8	394	28	15	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27647269--27647345	32	2.4	32	79	10	86	35	5	5	54	1.45
27647374--27647426	11	5.2	11	78	13	51	69	0	3	26	1.05
27648687--27648711	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
27648984--27649029	24	1.9	24	81	0	56	28	8	2	60	1.38
27650673--27650724	11	4.6	11	92	2	86	55	0	3	40	1.18
27651660--27652288	164	3.8	163	74	16	584	45	8	13	32	1.73
27654030--27654528	35	14.1	35	76	5	385	32	3	30	34	1.73
27655691--27655788	48	2.0	48	100	0	196	37	16	21	24	1.93
27668885--27668941	21	2.8	20	81	7	69	14	15	31	38	1.87
27668881--27668949	21	3.3	22	74	10	63	11	15	33	39	1.84
27671614--27671656	22	2.0	22	85	0	59	20	20	18	39	1.93
27671940--27672256	158	2.0	158	98	0	616	33	10	15	40	1.81
27675855--27675884	12	2.5	12	100	0	60	66	0	6	26	1.16
27675848--27675881	11	3.0	11	87	8	50	61	0	8	29	1.26
27676276--27676315	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
27676261--27676327	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
27676255--27676331	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
27677932--27679036	228	4.9	228	82	3	1080	31	22	23	23	1.98
27677931--27679070	455	2.5	454	81	2	1264	30	22	23	23	1.99
27680240--27680264	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
27691633--27691737	40	2.7	40	86	4	124	34	20	27	17	1.95
27695767--27695960	62	3.1	59	76	18	185	50	4	4	40	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27697999--27698023	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
27705381--27705442	26	2.4	26	94	0	106	38	14	12	33	1.84
27711960--27713813	466	4.0	464	88	3	2756	20	33	6	38	1.79
27714199--27714277	20	4.0	20	75	9	72	46	17	6	29	1.73
27714193--27714275	39	2.1	40	82	6	98	45	15	7	31	1.73
27722576--27722660	20	4.2	20	72	10	66	49	15	7	28	1.70
27722571--27722661	40	2.3	40	83	7	114	48	14	7	29	1.71
27723064--27723110	23	2.0	23	91	0	76	29	12	12	44	1.80
27735552--27735583	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
27735682--27735813	50	2.6	50	84	1	174	26	23	29	20	1.99
27748249--27748289	21	2.0	21	95	0	73	29	7	19	43	1.78
27751527--27751690	27	6.1	27	85	1	186	28	21	13	37	1.91
27752029--27752072	22	2.0	22	82	8	54	34	34	2	29	1.70
27756457--27756498	17	2.4	18	80	11	52	54	35	0	9	1.33
27761935--27761963	9	3.3	9	90	9	51	79	10	0	10	0.94
27761967--27762025	6	10.0	6	81	9	50	76	0	16	6	1.00
27761975--27762027	17	3.1	17	80	2	61	75	0	18	5	0.99
27763296--27763378	44	1.9	43	87	2	121	28	14	28	27	1.95
27764510--27765969	150	9.9	149	79	6	1302	32	20	19	26	1.97
27764609--27765675	50	21.3	50	81	4	1159	33	20	18	27	1.96
27765651--27765719	34	2.0	34	91	0	111	36	18	24	20	1.95
27765693--27765950	95	2.6	97	83	5	290	32	20	21	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27765687--27765970	50	5.8	50	75	7	206	31	20	21	26	1.98
27765778--27765993	100	2.2	100	85	1	281	33	18	20	26	1.96
27766044--27766078	18	1.9	18	94	0	61	25	37	11	25	1.90
27766066--27766277	44	4.8	44	67	11	146	31	16	25	27	1.96
27766062--27766693	132	4.8	132	93	0	1021	30	17	23	27	1.97
27766333--27766538	44	4.7	44	66	13	118	32	17	23	25	1.97
27766875--27766916	17	2.4	18	80	11	52	54	35	0	9	1.33
27770435--27770471	10	3.5	10	89	10	56	5	18	0	75	0.99
27773361--27773404	6	7.3	6	100	0	88	15	52	0	31	1.44
27776530--27776829	50	5.9	50	84	5	375	24	22	32	21	1.98
27776532--27776830	106	2.9	99	84	8	359	24	22	31	21	1.98
27785506--27785531	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
27799394--27799447	26	2.0	27	85	3	74	16	5	7	70	1.30
27809175--27809219	19	2.3	20	88	11	67	64	4	0	31	1.13
27811480--27811527	23	2.2	21	85	10	62	68	4	2	25	1.18
27812234--27812261	9	3.1	9	100	0	56	32	0	21	46	1.52
27813717--27813764	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
27813854--27813916	17	3.5	16	79	16	54	47	0	25	26	1.52
27814534--27814591	30	2.0	29	83	9	75	39	0	0	60	0.97
27818220--27818306	43	2.0	43	95	0	156	41	6	6	44	1.58
27819140--27819376	44	5.4	44	80	3	237	16	19	17	47	1.83
27820516--27820540	11	2.3	11	100	0	50	32	0	24	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27824290--27824330	19	2.2	18	86	4	55	31	21	7	39	1.81
27824439--27824605	79	2.1	79	95	0	298	33	5	14	46	1.68
27826217--27826276	26	2.3	27	94	2	104	43	3	0	53	1.17
27826571--27826605	18	1.9	18	88	0	52	42	5	0	51	1.25
27826596--27826625	15	2.0	15	100	0	60	46	13	0	40	1.43
27826631--27826719	45	2.0	45	97	0	169	44	0	14	40	1.45
27827375--27827435	27	2.3	27	91	0	95	52	0	4	42	1.23
27827769--27827815	20	2.3	20	75	13	51	14	8	2	74	1.15
27827748--27827861	19	5.9	19	71	15	56	18	5	1	74	1.09
27827801--27827848	24	2.0	25	87	4	71	16	4	0	79	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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