genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  79  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21328674--21328990	157	2.0	157	97	0	598	44	3	5	47	1.41
21328924--21328965	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
21328933--21328974	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
21328959--21329146	61	3.1	61	69	22	187	48	6	1	42	1.39
21328922--21329219	120	2.5	121	92	3	494	50	5	2	42	1.37
21329043--21329094	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
21331587--21331699	19	5.8	19	85	4	154	39	10	15	33	1.82
21331588--21331694	40	2.7	40	91	2	164	40	11	14	33	1.82
21333007--21333203	98	2.0	98	89	2	297	28	9	23	38	1.85
21337290--21337342	7	7.9	7	81	14	58	75	0	22	1	0.90
21337285--21337346	20	3.1	20	84	9	74	77	0	20	1	0.85
21337297--21337343	6	7.3	6	81	13	58	76	0	21	2	0.89
21337285--21337343	13	4.5	13	81	12	68	77	0	20	1	0.85
21338558--21338915	44	8.2	44	70	12	186	29	20	24	25	1.99
21338600--21338948	176	2.0	175	95	0	635	30	19	24	25	1.98
21338777--21339205	132	3.3	132	94	0	734	30	19	24	25	1.98
21338547--21339181	307	2.1	307	85	5	827	30	19	24	25	1.98
21339198--21339856	44	15.2	44	70	16	281	30	19	22	27	1.98
21338777--21339265	263	1.9	263	87	3	725	31	19	23	25	1.98
21339196--21339856	217	3.0	217	91	0	1020	30	19	22	27	1.98
21340064--21340136	19	3.8	19	88	0	119	38	9	16	35	1.81
21340759--21340801	22	2.0	22	85	0	59	32	9	4	53	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21341436--21341632	98	2.0	98	93	0	340	27	9	24	37	1.87
21344752--21344814	20	3.2	20	80	8	76	60	0	0	39	0.97
21344757--21344810	11	5.4	10	75	16	58	70	0	0	29	0.88
21350094--21350252	63	2.5	62	77	4	176	25	18	27	28	1.98
21354497--21354570	6	12.8	6	84	7	100	17	17	16	48	1.81
21356026--21356203	50	3.5	50	79	5	169	25	19	29	25	1.99
21364432--21364461	13	2.3	13	94	0	51	26	10	6	56	1.57
21366157--21366211	28	2.0	28	100	0	110	41	18	21	18	1.90
21379579--21379630	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
21379454--21379751	120	2.5	120	92	3	492	42	2	5	50	1.37
21379492--21379690	66	3.2	62	68	22	166	40	3	6	49	1.44
21379708--21379749	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
21379699--21379740	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21379683--21379999	157	2.0	157	97	0	598	47	5	3	44	1.41
21379852--21379886	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21379684--21379922	75	3.1	75	64	18	191	46	3	3	46	1.35
21380034--21380138	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
21380032--21380141	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
21380120--21380189	16	4.4	16	90	0	86	34	32	0	32	1.58
21380120--21380189	32	2.2	32	86	0	95	34	32	0	32	1.58
21382559--21382683	46	2.7	46	78	0	133	28	19	19	33	1.96
21383547--21383581	17	2.0	18	94	5	63	28	5	0	65	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21385187--21385242	13	4.5	13	76	13	64	50	12	0	37	1.41
21392537--21393012	27	17.7	27	78	6	374	45	20	16	17	1.86
21393326--21393392	28	2.4	28	82	2	82	25	22	22	29	1.99
21398697--21398764	34	2.0	34	82	5	84	30	23	25	20	1.98
21399405--21399466	26	2.4	26	88	0	88	35	12	14	37	1.85
21411201--21411233	11	2.8	12	90	9	50	84	9	6	0	0.76
21414264--21414322	29	2.0	30	87	9	86	50	11	5	32	1.61
21422017--21422044	13	2.2	13	100	0	56	42	0	7	50	1.30
21426736--21426795	25	2.4	25	83	10	86	23	20	21	35	1.96
21429126--21429264	43	3.3	42	81	9	174	33	16	21	28	1.95
21436703--21436849	43	3.4	43	79	9	183	31	16	23	28	1.96
21442611--21442685	29	2.6	28	87	4	105	33	5	10	50	1.60
21442627--21442673	14	3.3	14	76	5	58	34	4	10	51	1.56
21442652--21442688	18	2.0	19	89	5	58	37	0	8	54	1.30
21455325--21455443	25	4.8	25	73	4	107	26	22	22	28	1.99
21475782--21475871	30	3.0	30	91	4	139	26	23	26	23	2.00
21476201--21476359	81	2.0	81	87	7	234	23	18	15	43	1.87
21476201--21476369	27	6.3	27	86	2	198	22	17	15	44	1.85
21482622--21482661	21	2.0	21	85	5	55	40	12	7	40	1.71
21486760--21486805	21	2.2	21	80	3	58	26	13	15	45	1.82
21495146--21495175	13	2.4	12	89	10	51	80	0	20	0	0.72
21501155--21501212	25	2.3	25	82	11	66	29	27	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21505026--21505057	11	2.8	12	86	13	50	15	9	18	56	1.66
21506456--21506510	28	2.0	28	96	0	101	47	9	25	18	1.78
21511223--21511282	25	2.4	25	77	2	68	21	23	13	41	1.88
21511242--21511289	25	1.9	25	82	0	60	20	22	16	39	1.92
21518852--21519211	179	2.0	179	100	0	720	36	10	19	33	1.86
21525544--21525675	41	3.2	41	84	2	131	32	16	30	20	1.95
21525585--21525651	21	3.2	21	71	12	66	29	13	32	23	1.93
21525605--21525671	20	3.3	20	70	4	62	34	16	31	17	1.93
21525600--21525664	21	3.1	21	71	4	69	35	16	26	21	1.95
21527636--21527708	27	2.7	26	79	8	83	30	21	16	31	1.95
21529902--21529933	6	5.2	6	96	3	55	68	0	31	0	0.90
21534285--21534320	18	1.9	19	88	5	56	36	0	5	58	1.22
21534169--21534395	98	2.3	98	84	4	287	33	3	13	49	1.58
21534566--21534604	17	2.3	17	86	8	53	30	5	10	53	1.56
21541098--21541161	9	7.1	9	92	0	110	45	14	10	29	1.78
21541098--21541161	27	2.4	27	100	0	128	45	14	10	29	1.78
21542477--21542560	20	4.3	19	69	6	60	47	11	10	29	1.74
21542477--21542560	39	2.1	40	84	2	107	47	11	10	29	1.74
21550651--21550703	20	2.7	20	80	11	63	43	20	7	28	1.79
21552744--21552797	20	2.7	20	79	0	63	44	14	5	35	1.69
21552738--21552824	40	2.2	40	83	8	106	45	16	6	31	1.73
21564453--21564505	20	2.7	20	80	11	63	43	20	7	28	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21566542--21566595	20	2.7	20	79	0	63	44	14	5	35	1.69
21566536--21566622	40	2.2	40	83	8	106	45	16	6	31	1.73
21576509--21576598	33	2.7	33	84	3	110	30	18	17	33	1.95
21586367--21586402	15	2.4	15	90	0	54	30	16	19	33	1.94
21588880--21588970	27	3.4	27	84	0	110	19	17	23	39	1.92
21588879--21589005	54	2.4	54	81	5	132	18	19	21	40	1.92
21588908--21589029	27	4.5	27	74	8	95	21	20	20	37	1.94
21604559--21604612	26	2.1	26	85	0	72	25	22	25	25	2.00
21604759--21604827	27	2.6	26	84	11	77	39	20	18	21	1.93
21604773--21604827	27	2.0	27	92	0	92	36	20	21	21	1.95
21605032--21605118	26	3.3	26	84	6	122	28	9	20	41	1.83
21611590--21611651	28	2.3	27	86	5	81	48	19	8	24	1.75
21612274--21612470	26	7.5	26	90	0	286	22	15	22	39	1.92
21618296--21618414	25	4.9	24	83	11	161	52	4	26	17	1.63
21618296--21618414	49	2.4	49	95	0	211	52	4	26	17	1.63
21620043--21620224	51	3.6	49	85	5	211	30	26	15	26	1.96
21621662--21621845	51	3.6	50	82	2	197	26	16	25	31	1.96
21628694--21628744	23	2.2	23	92	0	84	31	9	17	41	1.82
21632934--21633074	50	2.8	51	83	3	178	29	25	17	28	1.97
21632901--21633070	51	3.4	51	78	6	184	30	25	14	29	1.95
21638601--21638647	12	4.0	11	86	10	58	51	0	10	38	1.37
21639421--21639538	45	2.6	44	80	6	121	50	9	19	21	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21642099--21642137	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
21642088--21642138	12	4.2	12	78	9	50	17	21	3	56	1.57
21642430--21642534	50	2.1	50	81	0	129	20	30	22	25	1.99
21649873--21649991	62	1.9	62	84	3	159	21	30	26	21	1.98
21649898--21650014	62	1.9	62	85	0	162	19	30	28	21	1.98
21653150--21653212	19	3.2	20	75	22	62	39	3	1	55	1.25
21653462--21653502	21	2.0	21	85	9	57	43	24	0	31	1.54
21653470--21653511	21	2.0	20	86	13	59	40	26	0	33	1.56
21657217--21657442	111	2.0	112	96	1	418	37	10	9	42	1.71
21659127--21659171	23	2.0	22	83	12	56	57	26	2	13	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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