genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19851068--19851213	80	1.8	77	91	5	238	69	0	30	0	0.88
19852246--19852804	160	3.5	159	73	14	554	49	7	13	29	1.69
19852052--19852840	320	2.5	320	94	0	1346	49	7	12	30	1.69
19858099--19858127	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
19858364--19858447	27	3.1	27	84	0	114	15	27	29	27	1.96
19858500--19858567	27	2.7	24	88	11	100	47	0	10	42	1.37
19859062--19859108	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
19859304--19859337	15	2.3	15	90	5	52	0	29	0	70	0.87
19859763--19859812	20	2.5	20	87	3	66	26	6	4	64	1.35
19860279--19860332	18	3.1	18	82	15	60	14	1	35	48	1.55
19867757--19867801	20	2.2	20	84	11	56	15	13	8	62	1.54
19867819--19867890	20	3.6	19	80	9	72	16	23	11	48	1.78
19867814--19867914	40	2.5	40	80	6	105	16	21	9	51	1.74
19867847--19867913	20	3.2	21	85	4	82	16	17	7	58	1.61
19867847--19867914	21	3.3	20	81	6	82	16	17	8	57	1.64
19868381--19868429	23	2.1	23	85	7	64	16	12	4	67	1.37
19868343--19868624	20	14.1	20	67	18	83	19	15	6	58	1.58
19868423--19868526	40	2.7	38	82	10	106	19	14	7	58	1.60
19868521--19868552	11	2.9	11	90	0	55	18	3	0	78	0.89
19868574--19868631	20	3.0	20	89	2	82	20	20	10	48	1.79
19868798--19868839	18	2.4	18	80	15	52	66	0	0	33	0.92
19868934--19868977	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19869013--19869091	39	2.1	39	82	2	97	17	16	11	54	1.71
19869070--19869170	20	5.1	20	77	4	89	26	18	5	48	1.71
19869074--19869182	20	5.4	20	75	9	71	22	17	8	51	1.72
19869070--19869170	39	2.5	39	79	6	114	26	18	5	48	1.71
19869191--19869250	32	1.9	32	90	6	97	18	16	6	58	1.59
19869236--19869298	20	3.2	20	78	14	58	25	19	6	49	1.71
19869241--19869296	20	2.8	20	79	15	62	26	19	7	46	1.76
19869532--19869585	20	2.8	18	78	15	63	24	7	11	57	1.58
19870236--19870306	37	1.9	37	94	0	124	16	21	21	40	1.91
19876683--19876840	67	2.3	67	83	1	208	29	24	13	32	1.93
19877047--19877220	73	2.4	73	81	1	188	31	22	18	27	1.97
19882500--19882607	41	2.7	41	84	5	134	27	16	20	35	1.94
19896927--19896972	18	2.5	20	76	20	55	36	4	0	58	1.18
19900032--19900523	247	2.0	247	94	0	858	43	12	23	19	1.85
19909314--19909417	44	2.4	44	83	3	129	25	20	25	28	1.99
19914607--19914849	96	2.5	96	92	0	396	35	32	18	12	1.89
19914770--19914927	78	2.0	78	93	0	271	34	32	20	12	1.90
19914971--19915017	24	2.0	24	100	0	94	21	59	4	14	1.52
19914970--19915041	24	3.0	24	85	0	72	25	55	2	16	1.55
19915037--19915080	21	2.1	21	82	0	52	15	52	9	22	1.71
19917371--19917411	20	2.0	21	86	13	59	63	0	9	26	1.25
19918230--19918275	24	2.0	23	83	8	58	60	4	13	21	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19918575--19918615	21	1.9	22	90	5	66	4	14	39	41	1.67
19919016--19919556	45	11.8	45	73	12	291	29	20	18	32	1.96
19919056--19919415	137	2.6	137	80	3	411	28	20	18	33	1.96
19919446--19919556	44	2.5	45	79	5	120	31	19	19	28	1.97
19918942--19919600	320	2.1	317	83	4	826	28	19	18	33	1.96
19919682--19919756	36	2.1	36	82	0	87	32	22	18	26	1.97
19919772--19919952	44	4.1	45	73	2	161	27	22	18	32	1.97
19921183--19921241	21	2.8	21	78	17	59	5	20	0	74	1.00
19921180--19921222	11	3.9	11	78	9	52	0	20	0	79	0.74
19921235--19921276	21	2.0	21	86	4	59	23	0	9	66	1.21
19921228--19921267	19	2.1	19	85	0	53	25	2	7	65	1.32
19926652--19926692	20	2.0	21	86	13	59	63	0	9	26	1.25
19926701--19926748	7	6.6	7	88	4	51	77	4	0	18	0.93
19926701--19926752	22	2.4	22	80	6	61	76	3	0	19	0.93
19926769--19926837	13	5.2	13	72	18	54	65	1	7	26	1.27
19929803--19929905	54	1.9	54	82	4	127	14	27	30	28	1.95
19939128--19939153	13	2.0	13	100	0	52	84	0	15	0	0.62
19939634--19939715	43	1.9	43	89	0	128	32	20	14	31	1.93
19941605--19941631	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
19944401--19944447	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
19947780--19947955	86	2.0	86	98	0	343	53	9	12	24	1.68
19948016--19948082	31	2.2	31	83	0	80	50	11	7	29	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19950518--19950550	17	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
19950769--19950811	15	2.9	15	85	0	50	46	2	11	39	1.53
19950767--19950795	5	5.8	5	100	0	58	41	0	17	41	1.49
19963725--19963753	12	2.5	12	94	5	51	24	10	0	65	1.23
19964988--19965029	11	3.7	11	87	6	57	28	0	2	69	1.01
19970490--19970603	58	2.0	58	85	0	156	45	14	13	27	1.81
19971160--19971204	25	1.9	24	86	13	67	37	26	13	22	1.91
19975298--19975336	20	2.0	20	85	10	53	17	7	2	71	1.21
19985251--19985323	35	2.1	35	100	0	146	27	13	19	39	1.89
19991827--19991877	18	2.9	18	72	13	52	64	1	0	33	1.05
19991906--19991954	17	2.8	18	90	9	75	38	0	2	59	1.09
19992082--19992125	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
19994009--19994050	20	2.1	20	86	8	59	80	0	16	2	0.81
19994420--19994513	23	4.1	23	87	0	116	22	25	4	47	1.69
19998417--19998489	36	2.0	36	100	0	146	38	17	13	30	1.89
19998957--19999050	23	4.1	23	83	5	127	22	24	4	48	1.68
20000404--20000450	10	4.6	10	79	12	51	25	0	2	72	0.96
20009955--20010008	26	2.1	25	83	13	65	33	5	0	61	1.19
20024964--20024995	9	3.8	9	88	12	50	46	9	0	43	1.35
20025144--20025234	44	2.1	44	89	0	137	29	12	10	47	1.75
20027090--20027180	44	2.1	44	93	0	155	27	10	14	47	1.77
20030224--20030523	78	3.9	79	82	5	317	29	13	13	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20033346--20033555	98	2.1	98	93	0	357	20	32	26	20	1.97
20034567--20034678	39	2.9	39	90	0	161	36	28	16	18	1.92
20034648--20034707	29	2.1	29	87	0	84	35	28	16	20	1.94
20034609--20034746	68	2.0	68	88	2	206	34	28	18	18	1.94
20038715--20038932	113	1.9	113	85	1	303	28	24	18	27	1.98
20041403--20041447	18	2.4	20	78	17	60	37	4	6	51	1.49
20041857--20041918	27	2.3	27	94	0	106	19	32	32	16	1.94
20041975--20042100	3	45.3	3	66	19	60	69	0	30	0	0.89
20041973--20042098	10	12.3	10	72	25	79	69	0	30	0	0.89
20041974--20042097	24	5.3	23	70	21	89	69	0	30	0	0.89
20041978--20042057	14	5.5	14	81	12	99	71	0	28	0	0.87
20041976--20042093	44	2.6	45	90	5	186	68	0	31	0	0.90
20041974--20042100	58	2.1	58	81	11	150	69	0	30	0	0.89
20042512--20043466	287	3.3	286	94	1	1632	50	5	12	30	1.64
20047940--20047975	18	2.0	18	100	0	72	16	50	5	27	1.68
20048632--20048753	63	2.0	62	89	0	181	47	11	4	36	1.59
20048917--20048953	10	3.6	10	88	3	56	0	29	0	70	0.88
20054306--20054355	9	5.4	9	86	9	57	76	0	24	0	0.80
20054313--20054353	3	13.7	3	89	0	64	73	0	26	0	0.84
20055726--20056199	44	10.8	44	67	9	198	29	19	25	25	1.99
20055704--20056297	131	4.5	131	89	1	863	29	19	24	25	1.99
20056248--20056418	86	2.0	87	94	3	301	28	18	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20058265--20058356	3	31.0	3	72	10	64	33	1	5	59	1.27
20058329--20058397	25	2.9	23	79	10	75	34	5	2	56	1.38
20062964--20063003	17	2.4	16	92	8	71	15	10	0	75	1.05
20065869--20065901	17	1.9	17	100	0	66	24	24	27	24	2.00
20065889--20066028	29	4.8	29	78	3	131	20	22	23	33	1.97
20073676--20073719	16	2.6	17	85	7	54	68	4	0	27	1.09
20077003--20077092	45	2.0	45	93	0	153	28	17	32	21	1.96
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20085039--20085072	12	2.8	12	90	0	50	61	8	0	29	1.26

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