genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  76  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20328076--20328238	28	5.6	28	68	20	84	45	1	3	49	1.30
20328280--20328313	17	2.0	17	88	11	52	44	2	0	52	1.16
20328279--20328693	120	3.5	120	95	2	730	42	2	5	49	1.37
20328398--20328432	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
20328469--20328656	61	3.1	61	69	17	192	42	1	6	48	1.39
20328521--20328572	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
20328650--20328691	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
20328641--20328682	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
20328905--20328937	16	2.1	16	94	0	57	24	36	3	36	1.71
20330076--20330116	20	2.0	20	100	0	82	26	14	19	39	1.90
20340649--20340699	21	2.4	21	86	0	75	27	7	33	31	1.85
20346344--20346405	32	2.0	31	84	9	81	38	8	11	41	1.70
20348600--20348638	21	2.0	21	85	10	55	23	23	20	33	1.97
20356331--20356369	13	3.0	13	80	0	51	33	17	7	41	1.79
20371099--20371382	50	5.7	50	85	1	338	20	29	22	27	1.99
20374310--20374450	56	2.4	58	80	10	153	23	25	21	29	1.99
20378431--20378687	67	3.8	66	85	7	297	32	15	27	24	1.95
20380634--20380690	27	2.1	27	87	6	80	33	22	26	17	1.96
20392706--20393272	70	8.1	71	77	5	377	31	23	18	26	1.97
20392755--20393269	140	3.7	139	78	2	431	31	23	18	26	1.97
20398551--20398697	79	1.9	79	91	2	242	28	10	19	41	1.84
20401999--20402045	20	2.3	22	82	14	64	48	4	2	44	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20402820--20402850	16	2.0	15	93	6	53	32	3	0	64	1.09
20407721--20407777	25	2.2	25	96	3	105	42	22	24	10	1.85
20408308--20408374	29	2.3	29	84	0	80	32	22	22	22	1.98
20427943--20427990	20	2.4	20	82	0	60	8	20	20	50	1.74
20427957--20428005	25	2.0	25	88	8	73	6	18	20	55	1.64
20451750--20451810	28	2.2	27	82	2	68	18	18	16	47	1.83
20451788--20451835	23	2.0	25	88	8	73	14	16	16	52	1.76
20456407--20456465	24	2.5	24	86	10	77	50	3	0	45	1.18
20460792--20460842	26	2.0	26	84	7	68	45	5	1	47	1.38
20468054--20468103	18	2.6	19	90	9	75	44	8	18	30	1.78
20469535--20469641	53	2.0	53	98	0	205	34	24	1	39	1.66
20477921--20478034	3	38.0	3	98	0	219	67	0	32	0	0.91
20488968--20489027	27	2.3	26	82	8	68	65	3	3	28	1.25
20506219--20506252	17	2.0	17	100	0	68	58	17	17	5	1.57
20509029--20509176	27	5.5	27	84	2	138	27	25	14	33	1.94
20510905--20510940	16	2.2	16	90	0	54	38	0	25	36	1.56
20511098--20511153	26	2.2	25	81	6	67	57	0	0	42	0.99
20511099--20511236	61	2.3	58	85	8	172	51	2	0	44	1.21
20511241--20511282	21	2.0	21	90	4	66	64	2	0	33	1.07
20514359--20514438	21	3.8	21	85	3	99	23	28	30	17	1.97
20514359--20514438	42	1.9	42	86	0	115	23	28	30	17	1.97
20514351--20514451	21	4.8	21	79	4	87	24	30	28	15	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20532278--20532330	21	2.4	22	87	6	72	47	1	18	32	1.60
20532590--20532655	26	2.5	26	83	9	89	42	12	15	30	1.83
20543505--20544495	499	2.0	489	93	2	1705	28	26	12	31	1.93
20546272--20546362	38	2.4	38	83	0	101	35	16	18	29	1.93
20558407--20558458	4	13.2	4	76	11	54	28	3	23	44	1.71
20563020--20563044	4	6.2	4	100	0	50	28	0	24	48	1.52
20565057--20565104	23	2.1	23	85	14	64	35	0	6	58	1.23
20568863--20568895	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
20571670--20571828	87	1.8	86	87	1	237	23	14	24	37	1.93
20574364--20574415	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
20576332--20576383	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
20581284--20581321	17	2.2	17	86	9	51	21	0	2	76	0.91
20587705--20587762	17	3.6	17	68	17	52	25	31	31	12	1.92
20587705--20587777	30	2.4	30	88	0	110	24	31	31	12	1.92
20590163--20590200	19	2.0	19	85	10	51	50	15	13	21	1.78
20601048--20601092	23	1.9	23	86	4	63	51	11	2	35	1.50
20609236--20609276	15	2.7	16	85	7	50	31	0	2	65	1.05
20609237--20609278	16	2.6	16	78	17	50	30	0	2	66	1.04
20609514--20609590	26	3.1	24	78	10	61	37	5	2	54	1.37
20611527--20611774	50	4.8	50	82	3	253	27	20	29	23	1.99
20611535--20611774	100	2.3	102	82	4	286	26	20	29	24	1.99
20611591--20611813	50	4.5	50	80	2	164	28	20	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20618272--20618296	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
20629512--20629605	47	2.0	47	100	0	188	34	17	19	29	1.94
20630210--20630294	23	3.7	23	80	3	73	38	25	15	20	1.91
20630230--20630303	23	3.2	24	84	7	100	39	20	14	25	1.91
20631707--20631743	17	2.2	17	95	0	65	13	43	8	35	1.74
20634876--20634944	29	2.4	29	88	9	97	30	7	11	50	1.65
20636058--20636141	38	2.2	38	85	4	107	33	19	15	32	1.93
20640547--20640643	35	2.8	35	85	0	104	25	13	17	43	1.86
20642031--20642082	16	3.5	15	79	7	61	40	13	13	32	1.83
20647425--20647457	15	2.2	15	89	10	50	27	0	3	69	1.03
20648161--20648257	35	2.8	35	73	6	90	25	16	16	41	1.89
20650164--20650292	68	1.9	68	98	0	249	27	23	17	31	1.97
20659406--20659467	26	2.4	26	76	12	67	32	0	3	64	1.09
20665987--20666058	27	2.7	27	73	0	81	26	34	30	8	1.86
20666090--20666191	3	34.3	3	94	2	179	65	0	33	0	0.99
20666378--20666609	76	2.9	77	74	12	211	33	4	12	49	1.60
20666499--20666601	40	2.6	40	82	11	122	33	3	10	52	1.54
20670307--20671215	154	5.9	153	88	5	1252	30	10	7	51	1.64
20670307--20671215	310	3.0	306	87	5	1295	30	10	7	51	1.64
20671076--20671314	131	1.8	131	84	4	329	28	11	7	52	1.66
20671459--20671513	26	2.1	27	86	3	76	56	7	3	32	1.44
20671596--20671709	20	5.5	21	74	17	96	0	30	0	68	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20671569--20671683	50	2.3	51	80	8	128	0	32	0	66	1.04
20671633--20671700	35	1.9	35	100	0	136	1	29	0	69	0.98
20672866--20672891	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
20676526--20676563	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
20678413--20678437	13	1.9	13	100	0	50	92	8	0	0	0.40
20678583--20678621	11	3.4	12	82	10	55	76	0	7	15	0.99
20679246--20679772	89	5.9	90	81	1	454	30	22	15	31	1.95
20679244--20679746	133	3.8	133	86	1	560	30	22	15	32	1.95
20679244--20679772	44	11.9	45	80	1	431	30	22	15	31	1.95
20686727--20686762	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
20687747--20688184	99	4.4	100	85	1	551	22	20	24	32	1.98
20687890--20688169	50	5.7	49	65	5	150	21	21	25	32	1.98
20687957--20688101	49	2.9	50	67	6	141	20	19	27	33	1.96
20687743--20688184	199	2.2	198	85	0	589	22	20	24	32	1.98
20699873--20700060	92	2.0	92	100	0	376	34	17	17	31	1.92
20700582--20700611	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
20708716--20708758	16	2.7	16	79	13	52	79	2	6	11	1.02
20721421--20721534	58	2.0	58	96	3	212	39	15	20	24	1.91
20731206--20731238	14	2.4	14	90	5	50	66	3	9	21	1.33
20735021--20735099	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
20734974--20735484	47	10.7	47	94	2	826	32	8	29	28	1.87
20734974--20735484	96	5.4	94	94	2	826	32	8	29	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20735603--20735681	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
20736854--20737030	96	1.9	95	89	3	275	27	22	19	29	1.98
20736854--20737351	45	10.9	45	74	8	213	28	21	17	32	1.96
20736955--20737351	44	8.8	44	75	8	201	29	20	17	32	1.96
20736854--20737044	95	2.0	96	86	3	269	27	21	19	31	1.97
20736945--20737352	89	4.5	88	74	9	295	29	20	17	33	1.95
20746668--20746867	45	4.5	46	81	3	176	35	26	13	24	1.93
20746707--20746871	90	1.8	90	88	0	249	35	24	13	25	1.93
20747205--20747274	30	2.4	29	73	7	70	35	21	5	37	1.77
20749280--20749323	23	1.9	23	81	9	54	36	9	20	34	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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