genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  81  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21984605--21985124	50	10.4	50	70	1	335	32	21	20	25	1.97
21984605--21985142	100	5.4	100	87	0	693	32	21	20	25	1.97
21985136--21985527	44	8.9	44	68	10	156	32	19	20	27	1.97
21985151--21985309	49	3.5	45	81	6	160	33	15	22	28	1.94
21985271--21985508	129	1.8	129	90	1	388	30	21	20	28	1.98
21987034--21987279	128	1.9	127	85	2	332	31	22	20	25	1.98
21989065--21989095	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
21991138--21991811	336	2.0	333	97	0	1285	36	8	20	35	1.82
21996713--21996809	47	2.1	47	90	3	151	23	2	22	51	1.59
21998206--21998230	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
21999460--21999566	20	5.8	18	70	22	62	52	2	3	41	1.34
22009853--22009905	27	2.0	27	88	0	79	24	18	28	28	1.98
22010187--22010237	12	4.1	12	72	18	50	47	1	0	50	1.12
22010191--22010232	21	2.0	21	85	0	57	47	2	0	50	1.14
22010358--22010385	8	3.5	8	100	0	56	64	0	0	35	0.94
22014504--22014529	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
22020094--22020284	29	6.7	29	80	7	176	35	20	16	27	1.95
22020165--22020294	28	4.6	28	79	4	127	32	23	17	26	1.97
22024060--22024909	284	3.0	284	98	0	1655	30	16	20	32	1.95
22025360--22025385	9	2.9	9	100	0	52	23	11	30	34	1.90
22028480--22028516	19	1.9	19	94	0	65	27	10	29	32	1.90
22037662--22037714	25	2.1	25	83	13	65	24	18	16	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22046769--22046804	6	6.0	6	96	0	63	63	19	0	16	1.30
22050771--22050857	30	2.9	30	98	0	165	40	3	36	19	1.69
22055553--22055611	30	2.0	30	100	0	118	22	16	27	33	1.95
22055586--22055746	42	3.8	42	85	3	209	27	22	19	30	1.98
22055586--22055746	84	1.9	84	88	2	243	27	22	19	30	1.98
22055822--22055852	13	2.4	13	94	0	53	48	6	9	35	1.62
22059845--22059916	36	2.0	36	100	0	144	50	11	2	36	1.53
22066433--22066471	21	1.9	20	84	5	51	33	7	12	46	1.71
22066686--22066719	8	4.1	8	96	3	59	41	0	58	0	0.98
22068927--22068980	24	2.2	25	93	6	101	38	3	0	57	1.17
22068936--22068987	24	2.2	24	89	0	77	46	1	0	51	1.12
22071539--22071624	41	2.1	41	80	4	93	36	15	22	26	1.93
22080743--22080834	43	2.1	43	83	0	112	33	13	18	34	1.89
22081234--22081275	21	2.0	21	82	17	52	40	11	7	40	1.69
22081197--22081364	75	2.2	75	90	0	264	45	9	13	32	1.75
22085439--22085514	24	3.2	24	77	7	100	36	19	17	26	1.94
22087078--22087167	25	3.6	25	79	4	94	32	18	25	23	1.97
22095468--22095701	48	4.9	48	80	2	220	25	27	17	28	1.98
22096746--22096797	24	2.2	24	96	3	97	38	11	11	38	1.78
22098725--22098806	42	2.0	42	83	9	105	30	23	14	31	1.94
22129218--22129353	68	2.0	68	83	1	173	38	5	7	48	1.53
22135641--22135692	10	5.0	10	86	9	59	32	0	5	61	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22143063--22143395	113	2.9	114	90	2	553	22	20	24	32	1.98
22147038--22147068	12	2.5	13	89	10	55	38	0	0	61	0.96
22147034--22147079	9	4.6	10	82	17	51	34	0	2	63	1.07
22157212--22157362	72	2.1	72	96	0	275	35	20	9	34	1.85
22161822--22161912	45	2.0	45	95	0	164	27	15	6	50	1.68
22163700--22163745	24	1.9	24	86	0	65	28	15	26	30	1.96
22164949--22165014	25	2.6	25	81	15	82	59	3	1	36	1.22
22164988--22165032	15	2.8	17	80	12	51	55	2	4	37	1.32
22166798--22167420	44	14.2	44	74	6	478	30	24	14	29	1.95
22166836--22167420	89	6.7	89	79	8	563	31	24	15	29	1.95
22166853--22167420	177	3.2	176	78	8	597	30	25	14	29	1.95
22167597--22167847	88	2.8	88	79	4	243	22	25	25	27	2.00
22179663--22179700	13	2.8	14	80	19	53	65	7	5	21	1.38
22180127--22180196	25	2.8	25	81	12	81	58	4	1	35	1.26
22180130--22180196	26	2.6	25	81	13	82	59	2	1	35	1.22
22182279--22182598	173	1.8	173	96	0	595	38	15	14	31	1.88
22183041--22183085	19	2.3	19	96	3	81	55	0	33	11	1.35
22185727--22185753	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
22187703--22187749	24	2.0	24	100	0	94	19	25	17	38	1.92
22189432--22189463	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
22195142--22195166	10	2.5	10	100	0	50	52	32	8	8	1.60
22204030--22204104	21	3.5	20	78	12	71	58	0	2	38	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22204580--22204638	21	2.9	20	78	9	57	3	27	15	54	1.57
22207141--22207214	6	12.2	6	84	8	96	33	1	45	18	1.58
22207141--22207214	25	3.0	25	86	5	107	33	1	45	18	1.58
22207170--22207388	118	1.9	117	92	2	368	33	4	47	15	1.64
22211272--22211324	21	2.5	21	84	0	70	32	37	7	22	1.82
22211639--22211719	31	2.7	30	84	3	117	48	16	6	29	1.70
22213404--22213559	40	3.9	40	84	3	136	49	8	17	25	1.74
22213392--22213562	80	2.1	81	82	6	213	47	7	19	25	1.75
22213706--22213739	17	1.9	18	88	5	52	38	8	20	32	1.84
22215697--22215757	23	2.7	22	87	5	77	49	1	1	47	1.21
22215732--22215773	15	2.7	15	88	3	57	47	2	4	45	1.36
22215826--22215876	16	2.8	19	67	27	56	37	0	11	50	1.39
22215822--22215978	35	4.6	34	67	16	119	37	5	9	47	1.58
22215799--22215986	102	1.8	102	97	2	360	39	6	8	45	1.60
22215928--22216012	19	4.7	19	66	21	65	40	2	10	47	1.51
22215928--22216012	37	2.4	35	84	7	100	40	2	10	47	1.51
22224006--22224078	38	1.9	37	86	8	103	32	21	0	45	1.53
22224066--22224109	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
22224208--22224260	23	2.3	23	93	0	97	32	26	20	20	1.98
22235437--22235481	15	2.9	15	86	3	63	24	11	6	57	1.57
22249734--22249812	12	6.2	12	69	14	52	68	5	5	21	1.29
22249773--22249811	6	6.3	6	88	5	60	76	2	2	17	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22257323--22257481	41	3.9	41	77	5	160	20	17	26	35	1.95
22258846--22259115	28	9.6	27	80	5	218	23	22	19	33	1.97
22258830--22259115	57	5.0	57	80	7	289	23	23	19	33	1.97
22258849--22259115	114	2.3	114	82	2	322	23	23	19	34	1.97
22259576--22259617	21	2.0	21	100	0	84	38	23	4	33	1.76
22261265--22261323	24	2.5	24	85	0	73	11	42	8	37	1.72
22263254--22263287	16	2.1	16	88	0	50	67	2	0	29	1.05
22268551--22268614	21	3.2	21	61	17	55	31	10	15	42	1.82
22268555--22268619	19	3.5	19	66	17	55	29	10	15	44	1.80
22268553--22268627	38	2.0	38	100	0	150	29	10	14	45	1.79
22269594--22269734	25	5.9	23	68	17	81	14	19	22	43	1.87
22269602--22269718	25	4.8	24	72	8	87	13	17	23	45	1.84
22269580--22269693	47	2.4	47	77	0	138	14	18	23	42	1.87
22271564--22271606	21	2.0	21	86	4	59	37	11	13	37	1.82
22275840--22276012	86	2.0	86	94	0	301	37	18	14	29	1.90
22279866--22279907	20	2.1	20	100	0	84	45	26	0	28	1.54
22283462--22283597	39	3.4	39	76	9	132	37	23	19	19	1.94
22283632--22283823	41	4.7	41	88	1	280	25	22	24	27	2.00
22284232--22284276	7	6.3	7	84	5	54	31	0	28	40	1.57
22284232--22284276	22	2.1	21	91	4	72	31	0	28	40	1.57
22284334--22284514	81	2.2	81	79	6	188	27	2	27	43	1.69
22288378--22288421	22	1.9	22	86	9	61	56	4	0	38	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22288520--22288625	43	2.5	43	93	0	185	16	17	34	31	1.92
22289461--22289616	44	3.6	42	76	11	147	33	23	19	23	1.97
22289461--22289646	44	4.3	42	75	6	140	34	23	17	24	1.96
22289951--22290039	21	4.2	21	88	0	142	3	46	15	34	1.63
22295530--22295761	9	26.0	9	72	13	142	32	0	18	47	1.55
22295534--22295639	34	3.3	34	74	17	136	33	0	17	49	1.48
22295532--22295761	52	4.0	58	77	16	221	32	0	19	47	1.55
22295685--22295788	55	1.9	55	89	0	163	34	1	18	45	1.61
22296861--22296960	53	2.0	49	84	11	130	49	1	13	37	1.48
22296980--22297005	12	2.2	12	100	0	52	50	0	7	42	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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