genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  67  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17766109--17766137	14	2.1	14	93	6	51	75	0	24	0	0.80
17766575--17766614	7	5.7	7	93	0	62	45	12	5	37	1.64
17779745--17779798	24	2.2	24	90	0	81	22	29	31	16	1.96
17810027--17810052	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
17810880--17810940	11	5.6	11	74	21	58	59	0	3	37	1.14
17810865--17810943	31	2.5	31	88	10	115	56	0	5	37	1.21
17812043--17812104	32	2.0	32	87	9	92	41	16	12	29	1.85
17812043--17812112	32	2.2	31	85	7	88	40	15	14	30	1.87
17825595--17827678	553	3.8	553	90	2	3131	26	20	10	42	1.85
17829773--17830371	303	2.0	304	88	3	884	31	15	11	41	1.82
17830093--17832481	535	4.4	538	84	4	2960	27	19	10	42	1.84
17832260--17832698	228	1.9	230	90	3	708	31	15	12	40	1.84
17832488--17834635	537	4.0	535	85	4	2784	26	20	10	42	1.84
17849145--17849181	18	2.1	18	89	0	56	54	10	5	29	1.57
17849236--17849275	19	2.2	19	86	4	55	30	32	2	35	1.71
17849374--17849432	17	3.4	17	66	25	50	35	5	3	55	1.38
17854228--17854404	39	4.5	39	74	6	121	19	19	21	40	1.92
17870734--17870767	12	2.8	12	90	0	50	35	5	14	44	1.70
17873946--17874046	39	2.6	39	85	3	114	46	22	2	27	1.66
17874078--17874135	27	2.1	27	100	0	116	44	25	6	22	1.77
17879413--17879457	19	2.4	19	85	7	56	44	0	13	42	1.43
17879538--17879739	46	4.5	46	95	1	356	33	14	23	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17882461--17882490	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
17891757--17891789	17	1.9	18	88	11	52	48	0	9	42	1.35
17896322--17896409	26	3.4	26	88	0	122	32	13	9	44	1.75
17910231--17910382	42	3.5	43	78	11	125	25	19	26	29	1.98
17910282--17910390	42	2.6	42	84	11	127	24	20	26	28	1.99
17917568--17917723	42	3.7	41	75	17	158	24	18	26	30	1.98
17927812--17927855	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
17927902--17927988	45	1.9	45	90	0	138	37	21	14	25	1.92
17927988--17928184	51	3.9	50	79	4	225	29	27	16	25	1.97
17927997--17928181	101	1.8	101	90	3	300	30	27	16	25	1.97
17934043--17934108	32	2.1	32	100	0	132	37	15	0	46	1.46
17936407--17936596	39	4.9	39	87	2	265	32	27	18	20	1.96
17941623--17941671	25	2.0	25	84	8	64	48	0	26	24	1.51
17942177--17942249	26	2.7	27	72	12	69	32	8	20	38	1.82
17946853--17946911	29	2.1	29	93	3	102	33	18	13	33	1.90
17956292--17956427	25	5.4	25	72	10	98	20	26	17	35	1.95
17956292--17956424	50	2.7	50	82	4	144	20	27	18	34	1.95
17963391--17963457	25	2.7	25	78	0	80	20	29	22	26	1.99
17963298--17963444	75	2.0	75	83	5	190	20	28	18	32	1.96
17967835--17967891	25	2.3	25	93	0	96	45	5	12	36	1.64
17968221--17968271	22	2.3	22	86	6	68	50	15	15	17	1.78
17972755--17973363	311	2.0	312	91	2	983	32	12	21	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17982371--17982416	17	2.5	19	76	20	53	43	17	6	32	1.75
17987737--17987763	9	3.0	9	100	0	54	55	0	0	44	0.99
17987779--17987843	28	2.4	27	79	16	73	52	4	3	40	1.38
17987825--17987873	18	2.7	18	78	6	55	46	0	0	53	1.00
17989248--17989410	42	3.8	42	89	1	245	34	23	20	21	1.97
17989253--17989494	42	5.7	42	78	3	128	32	22	20	25	1.98
17989248--17989409	86	1.9	85	91	2	263	34	24	19	21	1.96
17989817--17989866	21	2.4	21	86	0	73	2	44	18	36	1.61
17995377--17995413	7	5.0	7	87	12	56	29	0	16	54	1.43
17995384--17996087	9	79.2	9	76	6	614	32	1	18	48	1.58
17996194--17996231	7	5.6	7	82	17	53	28	0	13	57	1.36
17996179--17996251	27	2.7	26	70	6	74	36	1	13	47	1.52
17996179--17996349	53	3.4	52	73	20	175	35	2	12	49	1.54
17996243--17996328	21	4.0	22	72	19	67	34	2	13	48	1.56
17996289--17996334	7	6.6	7	78	16	51	28	0	10	60	1.30
17996289--17996334	15	3.3	15	79	17	62	28	0	10	60	1.30
17996147--17996346	95	2.1	96	90	0	312	35	3	14	47	1.60
17996440--17996481	19	2.2	20	83	12	52	57	2	0	40	1.12
17996468--17996615	61	2.4	61	81	8	176	47	8	4	40	1.52
17996546--17996585	16	2.6	15	76	7	53	47	7	0	45	1.31
17996594--17996626	17	1.9	17	93	0	57	51	9	3	36	1.49
17998272--17998311	20	2.0	20	100	0	80	40	5	45	10	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17998272--17998350	20	4.0	19	72	16	63	39	5	41	13	1.67
17998294--17998371	39	2.0	39	94	0	138	35	6	39	17	1.76
18001462--18001670	115	1.8	113	81	6	260	25	22	18	33	1.96
18003051--18003080	5	6.0	5	92	0	51	0	0	16	83	0.65
18004376--18004426	27	2.0	26	88	7	77	43	7	0	49	1.32
18004765--18004826	3	20.7	3	100	0	124	0	0	32	67	0.91
18004977--18005053	36	2.2	35	81	11	95	35	0	10	54	1.35
18005782--18007120	670	2.0	670	95	0	2408	29	17	25	26	1.97
18010561--18010870	152	2.0	152	97	0	584	32	22	16	28	1.96
18011017--18011048	15	2.1	15	100	0	64	40	6	0	53	1.26
18011339--18011385	23	2.0	23	95	0	85	55	0	8	36	1.31
18012147--18012285	4	34.0	4	75	18	101	0	30	0	69	0.89
18012114--18012284	37	4.3	42	75	19	177	0	30	0	69	0.89
18012113--18012294	39	4.9	36	75	16	160	0	31	0	68	0.90
18012114--18012285	40	4.1	42	81	12	194	0	30	0	69	0.89
18012120--18012284	44	4.1	40	80	13	171	0	30	0	69	0.89
18012327--18012396	27	2.6	27	93	4	115	15	28	28	27	1.96
18012327--18012405	27	2.9	27	88	0	113	15	30	27	26	1.96
18012462--18012521	28	2.2	27	94	5	111	51	0	10	38	1.35
18012463--18012529	28	2.4	28	92	5	100	49	1	10	38	1.46
18016152--18016693	273	2.0	275	92	3	919	31	11	19	37	1.87
18019795--18019848	3	18.0	3	81	7	65	31	5	1	61	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18019804--18019856	12	4.4	12	81	9	54	32	3	5	58	1.39
18020261--18020298	16	2.2	18	90	9	62	47	0	0	52	1.00
18032364--18032389	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
18032762--18032847	44	1.9	45	83	2	111	25	27	17	29	1.97
18032971--18033383	129	3.2	129	86	2	517	24	25	20	29	1.99
18033039--18033442	130	3.1	129	86	3	528	25	25	19	29	1.99
18033376--18033859	87	5.5	87	86	3	614	23	24	23	28	2.00
18033665--18033804	44	3.2	44	67	13	135	25	25	23	25	2.00
18037692--18037720	13	2.2	13	100	0	58	58	6	6	27	1.50
18042557--18042583	13	2.1	13	100	0	54	22	22	18	37	1.95
18046585--18047291	306	2.3	302	77	11	668	39	9	13	38	1.76
18052844--18052915	26	2.9	25	82	13	94	45	12	11	30	1.77
18052844--18052919	25	3.0	25	88	7	109	44	11	11	31	1.77
18063228--18063259	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
18063418--18063588	43	4.0	43	80	13	201	31	29	17	21	1.96
18063420--18063577	84	1.9	84	85	7	223	30	29	18	21	1.97
18070589--18070620	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
18070779--18070949	43	4.0	42	76	14	163	31	28	18	22	1.97
18070781--18070938	84	1.9	84	83	7	205	30	27	19	22	1.98
18077955--18077986	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
18078145--18078315	43	4.0	43	78	13	192	32	29	16	21	1.96
18078147--18078304	84	1.9	84	84	7	214	31	29	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18097715--18098299	89	6.6	88	89	1	785	26	23	18	30	1.98
18098528--18098613	44	1.9	45	85	2	120	27	13	26	31	1.94
18100154--18100196	21	2.0	23	90	9	72	9	0	11	79	0.95
18100160--18100209	16	3.2	16	78	18	52	8	0	14	78	0.97
18100316--18100357	17	2.6	16	88	7	59	40	0	2	57	1.12
18104222--18104277	25	2.2	25	83	0	67	57	8	5	28	1.52
18104222--18104274	20	2.7	20	84	0	70	56	7	5	30	1.50
18107783--18108086	82	3.7	81	87	4	385	45	11	12	30	1.76
18108733--18108776	20	2.2	20	84	8	54	54	6	4	34	1.47
18110291--18110403	27	4.2	27	84	4	129	17	16	22	43	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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