genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  105  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29192457--29192486	16	1.9	15	93	6	51	16	46	10	26	1.78
29196845--29196909	20	3.2	20	73	6	60	72	4	1	21	1.11
29197614--29197667	19	2.8	19	83	8	56	59	0	5	35	1.21
29197497--29197656	10	16.5	10	67	21	76	58	1	3	36	1.22
29197497--29197674	9	18.7	9	71	18	112	60	1	3	35	1.21
29197621--29197667	19	2.4	20	82	3	60	59	0	6	34	1.23
29222751--29222790	20	2.0	21	85	5	55	65	2	5	27	1.27
29222913--29222971	29	2.0	30	87	9	86	32	10	11	45	1.74
29222924--29222980	30	1.9	29	82	10	71	35	12	8	43	1.73
29232824--29232862	17	2.3	17	86	8	53	28	2	33	35	1.71
29237185--29237455	81	3.3	81	80	5	228	16	19	19	45	1.86
29239218--29239323	18	5.9	18	78	0	86	17	17	34	29	1.94
29241933--29242065	64	2.1	64	97	0	248	26	16	30	27	1.97
29242822--29242868	24	2.0	24	83	8	60	42	2	10	44	1.51
29244203--29244239	18	2.1	18	94	0	65	62	8	10	18	1.52
29244457--29244521	23	3.0	22	81	4	87	72	4	3	20	1.16
29247081--29247111	16	1.9	16	93	0	53	54	9	3	32	1.49
29247070--29247134	27	2.3	27	86	5	85	53	10	4	30	1.56
29247108--29247144	18	2.1	18	94	0	65	62	8	10	18	1.52
29252661--29252741	39	2.1	39	97	0	153	39	14	7	38	1.75
29253207--29253255	25	2.0	25	83	0	62	46	22	2	28	1.63
29254458--29254500	22	2.0	22	85	0	59	11	16	4	67	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29254549--29254596	24	2.0	24	83	4	60	43	8	2	45	1.45
29255158--29255206	20	2.5	20	86	6	64	63	6	0	30	1.19
29255932--29255962	7	4.4	7	100	0	62	38	0	0	61	0.96
29257502--29257544	13	3.5	13	75	18	56	48	13	0	37	1.43
29257502--29257553	23	2.3	23	96	0	95	50	13	0	36	1.42
29261937--29261971	17	2.1	17	88	0	52	68	2	8	20	1.29
29262794--29262836	13	3.5	13	75	18	56	48	13	0	37	1.43
29262794--29262845	23	2.3	23	96	0	95	50	13	0	36	1.42
29264248--29264344	40	2.5	39	78	11	117	40	17	18	23	1.91
29264583--29264637	25	2.2	25	78	12	60	61	7	9	21	1.50
29264848--29264894	14	3.3	15	88	8	71	25	0	34	40	1.56
29264841--29264925	21	4.0	21	76	11	66	22	0	37	40	1.54
29264910--29264961	22	2.4	21	81	9	59	21	0	44	34	1.52
29265016--29265063	25	1.9	25	95	0	87	35	0	2	62	1.07
29265237--29265286	21	2.3	23	80	16	63	28	0	36	36	1.58
29265219--29265273	14	3.9	15	81	11	62	29	1	32	36	1.68
29265254--29265325	21	3.4	21	77	5	65	29	0	36	34	1.58
29265423--29265472	25	2.0	24	81	11	57	48	8	2	42	1.44
29266232--29266279	19	2.5	19	75	0	51	29	47	2	20	1.61
29270039--29270220	43	4.3	43	82	6	226	25	20	29	24	1.99
29270039--29270197	85	1.9	86	89	4	250	27	20	29	23	1.98
29270039--29270217	85	2.1	86	86	5	247	26	20	30	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29271198--29271599	144	2.8	144	94	1	700	30	10	21	38	1.87
29273260--29273649	51	7.7	51	84	6	422	28	15	25	29	1.96
29273260--29273651	102	3.9	101	88	3	486	28	15	25	29	1.96
29273264--29273649	153	2.5	151	84	5	465	28	15	25	29	1.96
29276442--29276529	27	3.3	27	91	0	122	35	13	27	23	1.93
29276455--29276544	27	3.3	27	88	0	90	37	14	23	24	1.92
29277579--29277613	16	2.2	16	100	0	70	34	17	31	17	1.93
29280398--29280435	11	3.4	11	92	3	58	50	0	7	42	1.31
29283571--29283700	39	3.4	38	76	6	129	38	21	20	20	1.94
29283757--29283873	41	2.9	41	79	5	128	20	19	29	30	1.97
29286471--29286504	18	1.9	18	94	5	61	38	5	0	55	1.24
29287899--29288145	43	5.7	43	83	0	307	21	19	33	25	1.97
29289870--29289901	16	1.9	16	93	6	55	65	0	0	34	0.93
29292781--29292863	25	3.3	25	85	8	107	32	20	18	28	1.96
29293984--29294233	27	9.3	27	81	3	279	22	16	18	43	1.88
29300934--29301075	27	5.3	27	87	1	187	21	14	18	45	1.84
29304947--29304982	18	2.0	18	100	0	72	38	0	0	61	0.96
29306287--29306348	25	2.5	25	75	0	61	24	27	20	27	1.99
29312468--29312524	25	2.3	25	87	0	87	33	21	19	26	1.97
29316028--29316091	32	2.0	32	100	0	128	25	9	21	43	1.82
29317768--29318032	40	6.7	40	84	6	333	26	26	21	25	1.99
29317768--29318032	119	2.2	120	84	7	351	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29325783--29326044	40	6.7	40	83	8	324	25	27	22	25	2.00
29325783--29326044	77	3.3	80	86	7	349	25	27	22	25	2.00
29339288--29339425	50	2.8	49	78	11	147	22	17	26	33	1.96
29339286--29339470	101	1.8	101	85	8	259	24	16	25	32	1.96
29339283--29339468	51	3.7	49	76	7	178	24	16	26	32	1.96
29345455--29345577	49	2.5	49	81	6	142	30	21	24	22	1.99
29364551--29364728	27	6.6	27	81	3	187	27	15	27	29	1.96
29364552--29364707	82	1.9	81	85	3	215	27	16	27	28	1.97
29364548--29364728	82	2.2	81	81	2	211	27	16	27	29	1.97
29364633--29364739	27	3.9	27	81	3	81	27	15	27	29	1.96
29366725--29367192	44	10.6	44	74	3	296	29	19	24	26	1.99
29366726--29367109	89	4.3	87	78	5	335	29	19	23	27	1.98
29366725--29367142	133	3.2	131	81	4	412	29	20	22	26	1.98
29366772--29367142	131	2.8	132	81	4	383	30	20	22	26	1.98
29371454--29371509	28	2.1	26	86	6	76	26	1	5	66	1.23
29371627--29371675	20	2.5	20	76	6	55	53	2	0	44	1.12
29374341--29374397	21	2.7	21	86	0	78	49	21	8	21	1.76
29375313--29375372	21	2.9	21	80	7	70	35	1	3	60	1.23
29375390--29375429	19	2.1	19	85	0	53	35	2	5	57	1.34
29377729--29377770	20	2.2	18	91	8	66	52	0	9	38	1.34
29378308--29378361	16	3.4	15	75	10	54	7	48	16	27	1.73
29381280--29381450	29	5.7	30	77	12	147	31	15	2	50	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29381278--29381428	30	5.1	29	76	13	130	31	13	2	52	1.53
29381951--29382008	17	3.3	18	77	15	59	77	0	18	3	0.91
29381979--29382009	10	3.2	10	95	4	55	83	0	9	6	0.79
29387642--29387798	30	5.2	30	80	5	147	46	1	17	34	1.59
29387660--29387796	60	2.3	60	87	2	186	48	2	16	32	1.59
29413180--29413298	59	2.0	59	100	0	238	50	5	3	41	1.41
29413469--29413506	15	2.6	14	91	8	58	13	34	5	47	1.65
29417028--29418173	128	9.0	128	90	0	1709	26	22	19	32	1.97
29419673--29419711	7	5.7	7	90	9	55	12	15	0	71	1.14
29420631--29420702	6	11.7	6	83	5	63	8	8	13	69	1.36
29420631--29420702	12	5.8	12	82	6	72	8	8	13	69	1.36
29427327--29427352	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
29427508--29428289	114	6.9	114	89	3	1060	26	21	25	26	2.00
29427508--29428289	225	3.4	225	87	3	1034	26	21	25	26	2.00
29428561--29428592	16	2.0	16	93	0	55	21	0	43	34	1.53
29430454--29430502	22	2.2	22	82	7	55	12	4	6	77	1.09
29433707--29434126	210	2.0	210	100	0	840	30	15	17	37	1.90
29435012--29435239	43	5.3	42	85	4	276	21	14	28	35	1.93
29435012--29435293	86	3.2	86	83	7	325	21	15	28	34	1.94
29435184--29435294	54	2.1	54	92	0	186	18	16	29	35	1.93
29435387--29435428	22	1.9	22	85	0	57	50	26	14	9	1.73
29442097--29442152	18	3.1	18	89	0	76	33	7	17	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29442101--29442147	9	5.2	9	80	10	60	29	8	21	40	1.83
29443923--29443952	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
29444843--29444894	24	2.3	23	77	16	54	13	5	7	73	1.24
29445823--29445855	17	1.9	17	88	11	50	81	15	3	0	0.80
29446976--29447031	21	2.7	21	86	8	78	30	21	19	28	1.98
29447139--29447180	21	2.0	21	85	0	57	26	14	26	33	1.94
29449006--29449045	21	1.9	21	94	0	71	55	0	5	40	1.22
29461726--29461768	21	2.0	21	91	8	70	60	6	0	32	1.23
29463974--29464170	90	2.2	89	82	4	236	30	22	17	29	1.97
29465627--29465674	21	2.3	21	85	0	60	16	8	12	62	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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