genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  55  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14727437--14727527	45	2.0	44	85	2	119	35	27	5	31	1.80
14727506--14727575	16	4.4	16	94	0	95	34	34	0	31	1.58
14728210--14728239	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
14731544--14731716	45	3.8	44	72	11	118	31	18	23	27	1.97
14731802--14731893	34	2.7	34	83	3	105	40	10	10	38	1.75
14742911--14742938	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
14742893--14742939	12	3.4	14	82	14	62	27	0	4	68	1.08
14747142--14747224	43	1.9	43	82	0	103	27	21	15	34	1.94
14747208--14747364	43	3.7	43	80	6	174	28	15	22	33	1.95
14750976--14751022	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
14751633--14751853	27	8.2	27	85	0	289	41	23	18	17	1.90
14760671--14760818	42	3.5	42	79	3	136	20	37	18	22	1.94
14760853--14760985	61	2.2	61	94	0	230	24	32	19	24	1.98
14760882--14761008	61	2.1	61	87	0	182	20	32	22	24	1.98
14779310--14779335	13	2.0	13	100	0	52	46	7	23	23	1.78
14785992--14786020	5	5.8	5	100	0	58	0	37	0	62	0.96
14795684--14795827	72	2.0	72	97	0	270	40	13	22	22	1.89
14795926--14795998	31	2.4	31	86	2	94	39	13	9	36	1.78
14795995--14796034	21	1.9	21	85	10	55	32	5	7	55	1.50
14798449--14798489	20	2.0	20	100	0	82	31	24	9	34	1.88
14804999--14805080	24	3.5	23	83	5	92	21	4	23	50	1.68
14805206--14805261	26	2.2	26	83	0	67	16	21	26	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14805252--14805475	32	7.0	32	82	4	263	20	20	20	37	1.94
14805536--14805588	26	2.0	26	82	7	63	22	28	16	32	1.96
14811050--14811164	43	2.7	43	76	12	128	22	19	29	28	1.98
14814515--14814548	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
14815016--14815112	15	6.7	14	83	13	69	55	0	1	43	1.06
14815028--14815103	5	15.2	5	91	5	127	59	0	0	40	0.98
14816463--14816604	70	2.0	70	100	0	284	44	15	4	35	1.66
14830523--14830554	12	2.6	13	85	14	50	50	0	15	34	1.45
14839835--14840038	41	5.0	40	78	12	200	28	19	26	24	1.99
14839850--14840038	82	2.3	82	92	0	315	28	19	27	24	1.99
14840221--14840300	38	2.1	38	86	4	108	32	8	20	38	1.83
14841416--14841471	13	4.3	13	82	10	62	51	0	5	42	1.24
14841416--14841471	26	2.2	26	84	12	71	51	0	5	42	1.24
14844111--14844148	7	5.4	7	100	0	76	42	0	13	44	1.43
14847234--14847267	6	6.0	6	96	3	54	82	0	17	0	0.67
14861055--14861345	50	5.8	50	87	0	402	21	30	23	25	1.99
14861684--14861741	30	1.9	31	82	6	75	27	22	6	43	1.79
14868692--14868979	49	5.8	50	87	2	411	20	30	23	25	1.98
14869314--14869370	30	1.9	30	82	10	73	28	22	7	42	1.80
14877038--14877062	13	1.9	13	100	0	50	20	16	8	56	1.65
14877926--14878099	50	3.5	50	79	0	186	24	18	22	33	1.97
14877908--14878097	100	1.9	100	84	0	254	24	18	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14878018--14878184	85	2.0	85	92	0	280	23	19	25	31	1.98
14878293--14878528	44	5.4	44	71	15	134	28	24	18	29	1.98
14878978--14879226	44	5.7	44	86	1	347	22	27	20	30	1.98
14878978--14879226	88	2.8	88	91	1	383	22	27	20	30	1.98
14887208--14887249	21	2.0	22	86	13	61	14	21	47	16	1.82
14893412--14893486	27	2.8	27	73	4	71	29	22	29	18	1.98
14893999--14894078	27	3.0	27	87	7	117	37	18	20	23	1.94
14894968--14895024	17	3.1	17	70	29	53	35	19	12	33	1.89
14903319--14903360	21	2.0	20	86	4	57	26	0	2	71	0.98
14903343--14903387	23	2.0	23	86	0	63	42	0	2	55	1.12
14903355--14903408	26	2.2	23	83	9	63	46	1	0	51	1.11
14903392--14903453	20	3.3	19	80	8	65	38	3	4	53	1.39
14903390--14903443	20	2.8	20	80	8	67	44	3	3	48	1.38
14903621--14903650	9	3.3	9	90	0	51	43	20	10	26	1.83
14904751--14904923	43	4.1	42	80	5	179	29	15	23	31	1.95
14904751--14904923	85	2.0	84	85	1	229	29	15	23	31	1.95
14907887--14908082	99	2.0	98	94	0	329	58	3	9	28	1.45
14914294--14914364	28	2.5	28	84	4	81	47	29	1	21	1.59
14914528--14914561	18	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
14916951--14917081	2	65.5	2	100	0	262	50	0	49	0	1.00
14917432--14917541	41	2.7	41	89	1	175	19	20	28	31	1.97
14917883--14917978	22	4.5	22	73	12	67	26	1	27	45	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14917908--14917996	7	12.6	7	73	2	70	21	1	29	48	1.57
14917864--14917997	21	6.3	21	74	8	74	24	1	27	46	1.62
14918011--14918074	21	3.0	21	72	19	60	21	0	40	37	1.54
14918018--14918085	35	1.9	36	82	14	88	25	0	33	41	1.56
14918182--14918220	17	2.4	17	95	4	71	53	0	0	46	1.00
14919652--14919733	38	2.2	38	84	4	103	20	17	8	53	1.69
14923889--14924182	43	6.8	43	88	0	408	23	18	30	27	1.98
14928243--14928435	51	3.8	51	78	7	214	30	26	18	24	1.98
14928250--14928434	101	1.8	101	90	3	300	30	26	18	24	1.98
14934448--14934552	39	2.7	39	86	2	140	18	22	29	29	1.97
14940572--14940638	34	1.9	35	87	3	100	47	8	8	34	1.66
14949133--14949178	16	2.9	16	80	6	58	52	0	0	47	1.00
14953645--14953793	42	3.5	42	79	3	156	43	16	22	16	1.87
14953645--14953793	21	7.1	21	68	3	102	43	16	22	16	1.87
14959473--14959513	21	2.0	21	85	9	57	41	0	7	51	1.30
14959515--14959579	29	2.2	29	84	10	80	53	0	3	43	1.16
14960887--14960913	7	3.9	7	100	0	54	55	0	29	14	1.40
14966506--14966544	3	12.7	3	83	5	51	71	0	0	28	0.86
14966506--14966543	16	2.4	16	91	4	60	73	0	0	26	0.83
14967020--14967073	19	2.8	19	88	0	81	37	16	7	38	1.77
14966997--14967073	38	1.9	40	87	10	113	38	16	5	38	1.71
14967582--14967924	45	7.8	45	74	12	228	24	23	21	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14967583--14968003	84	4.8	87	70	11	267	24	23	22	30	1.99
14967719--14968003	84	3.3	84	73	14	276	27	22	20	29	1.98
14967633--14968008	173	2.2	174	84	3	472	25	22	21	30	1.99
14967768--14968048	44	6.5	44	72	12	163	27	21	20	30	1.98
14968416--14968537	44	2.8	44	80	9	151	27	26	18	28	1.98
14968537--14969114	88	6.6	88	88	0	814	21	24	26	27	1.99
14968579--14968801	44	5.1	43	66	8	153	24	25	23	26	2.00
14970439--14970471	14	2.3	15	89	5	50	27	36	12	24	1.91
14971294--14971354	26	2.3	26	83	5	70	57	4	14	22	1.57
14975452--14975586	65	2.1	65	100	0	270	61	1	10	26	1.37
14975670--14975701	10	3.4	10	87	12	50	75	0	0	25	0.81
14976181--14976234	19	2.8	19	88	0	81	37	16	7	38	1.77
14976158--14976234	38	1.9	40	87	10	113	38	16	5	38	1.71
14980638--14980667	16	1.9	15	93	6	51	60	13	3	23	1.48
14981366--14981411	23	2.0	23	100	0	92	39	13	8	39	1.75
14992147--14992215	30	2.3	30	92	0	111	34	26	0	39	1.57
14997188--14997453	125	2.2	122	84	6	340	31	15	16	36	1.90
14997510--14997643	67	2.0	69	86	4	191	44	13	1	41	1.53
14997513--14997620	33	3.2	33	85	2	153	46	13	0	39	1.44
14997665--14997735	21	3.4	21	64	0	61	46	26	0	26	1.53
14997665--14997750	42	2.0	42	91	4	138	46	27	0	25	1.53
15000454--15000490	4	9.2	4	100	0	74	24	0	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15000653--15000971	109	2.9	108	88	2	471	31	16	18	33	1.94
15004774--15004871	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
15004781--15004869	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
15007228--15007291	25	2.5	26	80	16	89	79	0	17	3	0.85
15007225--15007286	21	2.7	22	85	9	81	80	0	16	3	0.83
15007228--15007294	18	3.7	17	76	9	53	80	0	16	2	0.83
15007225--15007291	24	2.7	24	81	13	82	80	0	16	2	0.83
15008667--15008879	44	4.8	44	72	15	152	30	19	23	26	1.98
15008535--15008891	132	2.7	132	92	0	579	30	20	23	26	1.98
15008884--15009493	50	12.2	50	70	1	382	30	22	22	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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