genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  200  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58929844--58929898	12	4.6	12	76	13	51	65	0	21	12	1.26
58941144--58941178	18	1.9	18	94	0	61	25	5	28	40	1.78
58942750--58942779	15	2.0	15	93	0	51	43	0	23	33	1.54
58944590--58944766	64	2.8	64	87	10	249	31	8	17	42	1.79
58944885--58945125	41	5.9	41	90	2	342	19	19	29	32	1.96
58945792--58945826	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
58951503--58951704	65	3.2	65	85	8	231	32	7	16	43	1.77
58951523--58951700	64	2.8	64	86	11	242	32	8	16	42	1.78
58951819--58952059	41	5.9	41	90	2	342	19	19	29	32	1.96
58952727--58952761	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
58955665--58955839	51	3.5	49	78	5	188	24	16	27	32	1.96
58955662--58955844	101	1.8	102	87	3	280	24	15	27	32	1.96
58968743--58968773	15	2.1	15	93	0	53	54	6	0	38	1.26
58971963--58972022	29	2.0	30	87	3	86	56	13	8	21	1.63
58973126--58973168	18	2.2	20	88	8	63	0	25	6	67	1.15
58975524--58975620	39	2.5	40	84	1	115	43	21	18	16	1.88
58975664--58975973	41	7.6	41	85	4	410	20	23	27	29	1.98
58975677--58975973	123	2.4	123	90	1	452	20	23	27	28	1.99
58977172--58977328	7	21.9	7	67	10	57	22	0	35	42	1.58
58977657--58977698	22	2.0	22	85	4	59	30	42	0	26	1.55
58981502--58981533	16	2.0	16	93	0	55	46	0	6	46	1.27
58981651--58981881	86	2.7	84	78	2	246	27	16	29	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58981679--58981886	43	4.9	43	83	2	240	25	15	31	27	1.96
58981682--58981905	85	2.6	86	80	2	254	24	16	29	29	1.96
58982009--58982051	19	2.3	19	100	0	86	32	13	6	46	1.71
58983509--58983577	32	2.2	31	80	10	77	42	11	11	34	1.78
58990328--58990370	18	2.4	18	84	7	52	55	0	2	41	1.12
58990464--58990530	34	1.9	34	85	8	91	46	13	8	31	1.74
58992977--58993484	256	2.0	255	90	0	800	37	14	19	27	1.91
58996631--58996681	24	2.1	24	88	0	75	15	33	19	31	1.93
59000624--59000693	19	3.6	19	79	11	72	57	5	0	37	1.23
59001999--59002111	59	1.9	59	94	0	199	50	3	2	43	1.33
59002759--59002805	23	2.0	23	88	8	69	40	6	17	36	1.75
59008528--59008556	2	14.5	2	100	0	58	0	0	51	48	1.00
59013287--59013326	20	2.0	20	95	0	71	57	0	5	37	1.21
59016264--59016299	15	2.4	15	95	0	63	72	0	0	27	0.85
59018180--59018269	39	2.3	39	88	3	126	36	4	6	52	1.48
59022306--59022496	76	2.5	76	90	1	285	27	17	20	34	1.95
59023376--59023709	160	2.1	160	91	0	542	24	24	24	26	2.00
59023414--59023773	160	2.3	159	81	5	379	24	25	24	25	2.00
59041687--59041943	99	2.5	100	87	5	376	36	15	18	29	1.92
59042058--59042320	105	2.6	100	86	7	372	25	17	15	41	1.89
59042313--59042346	17	2.0	17	94	0	59	0	14	2	82	0.79
59049723--59049776	20	2.7	19	79	20	65	48	0	1	50	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59060245--59060300	12	4.7	12	84	0	67	23	19	41	16	1.90
59060245--59060300	6	9.3	6	88	0	58	23	19	41	16	1.90
59061202--59061226	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
59064543--59064602	6	10.2	6	87	1	59	23	20	41	15	1.89
59064543--59064598	12	4.7	12	86	0	67	23	21	39	16	1.92
59066044--59066089	22	2.1	22	83	0	56	50	0	0	50	1.00
59071234--59071366	41	3.2	41	93	0	212	29	24	21	24	1.99
59074278--59074321	6	7.3	6	86	0	61	27	22	34	15	1.95
59074278--59074332	18	3.1	18	83	0	65	25	21	38	14	1.92
59084294--59084336	5	8.6	5	89	0	68	76	2	18	2	1.00
59084298--59084335	20	1.9	20	100	0	76	73	2	21	2	1.07
59086878--59087056	60	3.1	60	63	25	139	41	2	14	41	1.60
59086853--59087098	114	2.1	115	91	5	410	40	3	14	41	1.62
59087564--59087706	41	3.5	41	91	1	225	27	19	29	23	1.98
59089937--59090080	73	2.0	73	90	2	227	35	15	18	29	1.93
59095787--59095844	30	1.9	31	85	3	82	27	17	15	39	1.90
59104753--59104802	15	3.5	13	78	19	55	68	2	2	28	1.12
59106470--59106529	30	2.0	30	100	0	120	56	13	13	16	1.67
59108056--59108102	23	2.0	23	88	8	69	42	0	2	55	1.12
59114732--59114762	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
59118635--59118675	17	2.6	15	82	14	55	68	0	0	31	0.90
59119628--59119663	4	9.0	4	93	0	63	75	0	22	2	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59126555--59126770	108	2.0	108	97	0	405	36	20	15	27	1.93
59132983--59133021	10	3.8	10	82	3	51	56	0	2	41	1.13
59133031--59133055	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
59133420--59133454	17	2.1	17	88	0	52	68	14	14	2	1.32
59135790--59135835	22	2.1	22	84	8	58	32	6	4	56	1.45
59139743--59139828	14	5.7	14	73	15	73	26	9	10	53	1.65
59139740--59139835	31	3.1	31	100	0	192	26	9	9	55	1.62
59139751--59139834	17	5.3	17	72	16	90	25	9	9	55	1.61
59159034--59159200	44	3.7	46	75	15	161	44	2	2	50	1.30
59159022--59159244	47	4.9	44	72	16	150	45	3	3	47	1.35
59159020--59159234	91	2.4	91	88	0	331	46	3	3	46	1.36
59159241--59159650	120	3.4	120	96	2	745	44	2	4	48	1.38
59159315--59159619	57	5.1	59	65	23	197	43	2	6	47	1.42
59159602--59159641	19	2.2	19	90	4	64	45	0	0	55	0.99
59159783--59159887	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
59159781--59159890	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
59159869--59159922	16	3.4	16	86	0	81	27	33	1	37	1.68
59163079--59163125	6	7.8	6	83	9	51	21	2	0	76	0.89
59174105--59174129	11	2.3	11	100	0	50	40	16	0	44	1.47
59177850--59177912	31	2.0	31	93	0	108	33	14	11	41	1.81
59183537--59183581	15	3.0	15	83	0	54	55	0	2	42	1.12
59183956--59183993	5	7.6	5	93	0	67	60	2	0	36	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59190360--59190393	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
59193520--59193558	19	2.1	19	100	0	78	15	10	25	48	1.76
59194339--59194435	41	2.4	40	72	6	97	27	2	7	62	1.32
59197404--59197442	14	2.8	14	88	0	60	46	0	5	48	1.24
59210953--59210994	15	2.8	16	85	10	61	61	0	2	35	1.09
59211309--59211343	17	2.1	17	94	0	61	48	14	22	14	1.79
59220411--59220457	25	2.0	24	84	12	62	12	14	14	57	1.66
59226711--59226795	42	2.0	42	100	0	170	32	17	23	25	1.97
59227530--59227570	20	2.0	20	85	4	55	65	4	0	29	1.13
59227555--59227579	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
59227544--59227622	40	1.9	42	87	5	117	69	0	1	29	0.96
59234509--59234539	15	2.0	16	93	6	55	19	19	25	35	1.95
59241152--59241196	3	15.0	3	100	0	90	33	0	33	33	1.58
59242879--59242933	13	4.2	13	76	4	65	49	9	0	41	1.34
59249808--59249987	77	2.4	79	89	8	252	42	8	3	45	1.52
59250307--59250455	77	1.9	77	100	0	298	42	8	4	44	1.54
59249518--59250858	473	2.8	473	99	0	2630	35	19	11	33	1.88
59253538--59253674	41	3.4	40	87	8	172	36	2	0	61	1.08
59253590--59253691	11	9.9	11	80	16	103	41	0	0	57	1.05
59253538--59253690	10	15.2	10	72	15	111	37	1	0	60	1.08
59253612--59253690	9	8.1	9	80	15	70	41	1	0	56	1.07
59256058--59256168	61	1.9	57	82	12	136	36	9	6	48	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59257520--59257549	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
59258341--59258490	77	2.0	76	89	4	230	34	6	14	44	1.72
59259261--59259332	20	3.7	19	78	14	67	56	6	0	36	1.26
59259294--59259366	18	4.2	18	72	18	57	57	6	1	34	1.34
59261866--59261919	19	2.9	19	89	8	76	53	9	0	37	1.33
59266282--59266345	30	2.1	31	82	8	78	23	6	17	53	1.66
59279744--59279804	30	2.0	31	87	3	88	34	0	45	19	1.51
59294918--59294949	17	1.9	16	93	6	55	50	0	0	50	1.00
59295098--59295132	17	2.1	17	94	0	61	77	5	14	2	1.07
59295139--59295196	28	2.0	30	83	12	77	60	6	32	0	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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