genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  10  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2975511--2975551	4	10.2	4	89	0	64	46	2	26	24	1.65
2977493--2977810	106	3.0	106	86	0	438	32	18	19	29	1.96
2977499--2977820	107	3.0	107	86	0	448	33	18	18	29	1.95
2980231--2980283	14	3.6	14	82	5	52	67	1	11	18	1.30
2981003--2981035	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2981188--2981233	24	2.0	24	87	12	69	45	0	26	28	1.54
2981371--2981438	34	2.0	34	100	0	136	23	11	26	38	1.89
2982879--2983170	18	16.2	18	72	15	194	44	11	13	30	1.79
2982884--2983134	53	4.6	53	69	15	167	45	12	13	29	1.80
2983074--2983171	17	5.6	18	82	11	114	42	10	12	34	1.76
2983150--2983187	18	2.2	18	90	4	60	36	13	2	47	1.56
2983295--2983360	20	3.3	20	77	8	71	34	9	13	42	1.76
2983298--2983340	18	2.3	19	84	11	54	32	9	13	44	1.76
2983297--2983387	40	2.3	38	83	5	110	34	8	15	41	1.78
2983339--2983376	16	2.3	17	81	4	51	34	10	18	36	1.85
2983525--2983570	21	2.2	21	88	0	65	63	0	2	34	1.07
2983529--2983569	16	2.6	16	88	3	57	58	0	2	39	1.11
2983526--2983569	5	8.6	5	82	5	52	61	0	2	36	1.09
2983716--2983754	9	4.2	9	83	6	51	0	17	0	82	0.68
2983724--2983771	19	2.4	20	86	6	62	0	20	0	79	0.74
2984030--2984075	15	3.1	14	87	9	65	0	26	0	73	0.83
2984030--2984074	8	5.9	8	82	10	58	0	26	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2984056--2984113	10	6.0	10	73	15	50	0	43	0	56	0.99
2984580--2984662	29	2.8	30	83	7	116	36	2	26	34	1.70
2984548--2984717	60	2.8	59	79	2	160	40	5	21	32	1.76
2984591--2984717	29	4.3	30	81	5	132	41	2	19	36	1.65
2984982--2985067	43	2.0	43	81	4	102	37	9	15	38	1.79
2986166--2986191	7	3.7	7	100	0	52	46	42	0	11	1.40
2991352--2991387	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2994431--2994953	126	4.2	126	94	0	913	27	22	21	28	1.99
2994505--2994944	83	5.2	84	73	9	324	28	23	20	27	1.99
2996032--2996080	14	3.6	14	79	20	59	16	10	0	73	1.09
2996032--2996080	7	7.1	7	76	19	50	16	10	0	73	1.09
2996579--2996622	13	3.4	12	82	14	52	4	4	6	84	0.88
2996579--2996633	19	2.9	18	83	8	65	3	9	5	81	0.95
2997317--2997341	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
3003411--3003802	43	9.3	43	67	17	150	28	22	21	27	1.99
3003411--3003810	126	3.2	126	92	1	660	27	22	21	28	1.99
3005016--3005064	7	7.1	7	76	19	50	14	12	0	73	1.10
3011020--3011063	22	2.0	22	86	8	63	70	9	18	2	1.24
3013508--3013634	58	2.2	59	94	4	229	41	11	17	29	1.84
3013871--3013913	21	2.0	21	95	0	77	20	25	13	39	1.90
3020402--3020443	14	3.1	14	93	3	68	28	21	11	38	1.89
3026595--3026624	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3034052--3034083	15	2.1	16	94	5	57	84	0	0	15	0.63
3038551--3038589	21	1.9	20	84	5	51	41	10	23	25	1.86
3038803--3038914	19	5.7	19	72	13	70	35	0	3	59	1.21
3038803--3038889	28	3.1	28	72	8	77	37	0	3	58	1.15
3042616--3042657	16	2.6	17	85	10	54	47	4	4	42	1.45
3045381--3045411	14	2.2	14	94	0	53	29	19	12	38	1.89
3056113--3056139	12	2.2	12	100	0	54	48	7	0	44	1.31
3059381--3059502	27	4.5	27	74	8	104	23	23	32	19	1.97
3059718--3059769	3	17.3	3	91	0	86	32	0	3	63	1.12
3060604--3060648	18	2.5	18	92	0	72	31	4	48	15	1.65
3063000--3063771	317	2.4	316	93	3	1318	30	11	9	49	1.70
3063000--3063771	158	4.9	149	71	15	587	30	11	9	49	1.70
3064126--3064226	4	25.8	4	72	22	63	0	27	0	72	0.85
3064121--3064272	10	16.2	10	68	24	91	0	29	0	69	0.93
3064099--3064228	30	4.5	28	75	16	88	0	30	0	70	0.88
3064123--3064226	23	4.6	24	73	19	89	0	27	0	72	0.85
3064093--3064273	74	2.5	71	79	9	183	0	30	0	68	0.94
3064187--3064280	47	2.0	48	87	6	138	0	35	1	63	1.01
3064187--3064283	21	4.3	22	72	16	74	0	35	1	63	1.01
3067302--3067442	40	3.5	40	75	3	95	17	24	26	31	1.97
3067925--3069503	790	2.0	785	94	2	2776	33	9	18	39	1.82
3069900--3069930	16	1.9	16	93	0	53	35	25	6	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3072072--3072109	15	2.6	15	91	4	60	10	0	36	52	1.36
3072151--3072285	34	4.0	32	75	11	101	42	2	13	42	1.56
3076456--3076511	19	2.8	19	89	5	85	41	10	12	35	1.78
3078995--3079275	140	2.0	140	100	0	562	38	11	18	31	1.86
3081274--3081422	40	3.7	40	84	5	194	26	26	22	24	2.00
3083041--3083065	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
3087937--3087971	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
3088081--3088115	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
3088279--3088371	45	2.1	45	87	2	134	32	27	5	34	1.80
3088350--3088387	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
3088368--3088408	21	2.0	21	100	0	82	41	34	0	24	1.55
3088925--3088982	31	2.0	30	90	10	93	29	13	18	37	1.90
3091206--3091257	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
3093176--3093227	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
3096623--3096719	34	2.8	33	80	7	104	42	2	14	41	1.57
3097892--3097929	16	2.4	16	90	0	58	55	10	5	28	1.56
3103190--3103223	17	2.0	17	88	0	50	44	0	14	41	1.45
3103907--3103969	24	2.7	24	71	20	62	65	0	1	33	1.03
3104824--3104882	20	3.4	16	72	19	55	45	13	11	28	1.79
3105163--3105208	16	2.8	16	80	3	56	67	0	6	26	1.15
3105350--3105387	7	5.3	7	82	17	51	0	18	0	81	0.69
3105350--3105425	13	5.6	13	68	20	57	0	23	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3105352--3105432	10	7.9	11	72	14	50	0	23	0	76	0.79
3105365--3105432	10	6.9	10	75	11	61	0	25	0	75	0.81
3105350--3105418	19	3.3	21	74	13	63	0	24	0	75	0.81
3105694--3105750	7	8.3	7	90	9	91	0	14	0	85	0.59
3105694--3105807	24	5.0	23	87	10	114	0	23	0	76	0.79
3105746--3105814	3	23.0	3	96	0	129	1	31	0	66	1.00
3106154--3106284	30	4.4	30	82	1	156	36	6	28	28	1.83
3106154--3106284	59	2.2	60	84	4	167	36	6	28	28	1.83
3106487--3106941	81	5.8	80	90	3	598	34	20	16	28	1.94
3106879--3107003	61	2.0	62	90	1	198	36	18	13	32	1.90
3106799--3107082	141	2.0	141	89	4	439	34	19	15	30	1.92
3106941--3107908	83	11.8	82	92	3	1540	34	19	16	28	1.94
3106941--3107889	335	2.9	334	94	2	1618	34	20	16	28	1.95
3108148--3108215	33	2.1	33	97	0	127	14	32	5	47	1.69
3108796--3108845	11	4.5	11	84	2	55	2	6	8	84	0.86
3108802--3108850	19	2.5	20	87	9	66	4	4	10	81	0.95
3108810--3108859	19	2.4	21	80	16	59	2	6	10	82	0.92
3108810--3108860	11	4.5	11	85	9	59	1	5	9	82	0.91
3114964--3115018	15	3.6	15	75	20	51	50	9	5	34	1.57
3115546--3115576	7	4.3	7	92	8	53	0	19	0	80	0.71
3115545--3115615	15	4.6	15	78	14	74	0	23	0	76	0.79
3115778--3115807	11	2.9	10	90	9	51	0	0	13	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3115884--3115967	6	13.3	6	88	5	69	0	22	0	77	0.77
3115886--3115961	17	4.5	17	79	11	70	0	22	0	77	0.77
3115921--3115968	3	16.0	3	95	0	87	0	31	0	68	0.90
3115883--3115968	9	9.9	9	86	8	74	0	23	0	76	0.78
3116311--3116446	30	4.6	30	81	2	150	36	5	25	31	1.80
3116334--3116446	59	1.9	58	85	5	156	38	5	23	32	1.77
3116439--3116472	16	2.1	17	88	5	52	14	0	8	76	1.01
3122581--3122618	19	2.1	19	85	5	51	23	2	5	68	1.23
3127274--3127335	23	2.5	25	79	10	65	16	1	9	72	1.18
3127279--3127347	23	3.0	23	77	12	61	14	2	7	75	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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