genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  80  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21665341--21665373	17	1.9	17	93	0	57	60	12	3	24	1.46
21665583--21665628	23	2.0	23	83	8	58	63	6	4	26	1.38
21667124--21667247	44	2.8	44	88	0	167	26	21	23	28	1.99
21667473--21667819	44	7.4	44	65	15	142	28	21	20	29	1.98
21667709--21668394	44	14.6	45	65	16	212	27	22	19	30	1.98
21667168--21668490	143	9.3	143	89	0	1905	27	21	19	30	1.98
21670354--21670394	22	1.9	22	85	5	57	2	21	0	75	0.92
21670354--21670394	11	3.8	11	84	12	50	2	21	0	75	0.92
21675422--21675455	16	2.1	17	88	5	52	52	0	2	44	1.16
21675593--21675638	23	2.0	23	83	8	58	63	6	4	26	1.38
21675617--21675655	18	2.1	18	85	4	51	64	5	5	25	1.35
21679968--21679995	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
21682841--21682901	2	30.5	2	100	0	122	49	0	50	0	1.00
21699737--21699803	30	2.2	30	100	0	134	34	11	14	38	1.84
21705145--21705187	18	2.4	18	88	0	59	79	2	2	16	0.95
21713688--21713712	13	1.9	13	100	0	50	24	24	16	36	1.94
21715658--21716141	27	17.9	27	81	5	469	22	17	17	41	1.90
21723394--21723655	27	9.8	27	76	6	194	22	16	20	40	1.91
21723423--21723541	55	2.2	54	89	3	177	22	15	19	42	1.89
21731871--21731897	6	4.5	6	100	0	54	18	0	0	81	0.69
21734185--21734231	23	2.0	23	95	0	85	44	14	19	21	1.86
21739649--21739696	21	2.2	23	88	7	73	31	6	10	52	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21739659--21739702	21	2.1	21	87	8	63	31	6	9	52	1.59
21742952--21743138	29	6.3	30	77	10	179	37	12	27	21	1.90
21742942--21743116	59	2.9	57	78	14	185	35	13	29	22	1.92
21742984--21743155	91	1.9	88	83	3	218	37	13	26	22	1.92
21742985--21743191	91	2.3	88	79	6	202	37	14	25	22	1.92
21754016--21754074	23	2.6	23	97	0	109	28	15	22	33	1.94
21759531--21759641	27	4.1	27	90	0	186	34	24	19	21	1.97
21759824--21759881	26	2.2	26	84	6	82	22	18	24	34	1.96
21759886--21760062	32	5.5	32	74	6	153	17	20	24	36	1.94
21759886--21760062	64	2.8	63	78	5	185	17	20	24	36	1.94
21762251--21762292	22	1.9	23	85	9	61	71	2	9	16	1.23
21763026--21763166	20	7.1	20	67	7	81	12	30	19	37	1.88
21763026--21763165	40	3.5	40	85	4	169	12	30	19	37	1.88
21765093--21765134	18	2.2	20	87	8	61	30	11	9	47	1.72
21766094--21766272	91	2.0	91	100	0	358	37	26	3	31	1.75
21767219--21767388	90	1.9	88	85	2	232	33	24	14	27	1.94
21767222--21767397	45	3.9	45	84	0	210	32	25	14	27	1.95
21774583--21774636	20	2.7	21	85	5	67	50	3	22	24	1.65
21784273--21784324	24	2.2	24	82	6	61	50	1	40	7	1.42
21789473--21789538	33	2.0	33	91	5	107	34	24	4	36	1.76
21795720--21795757	18	2.1	18	90	0	58	15	47	15	21	1.82
21805821--21805852	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21806080--21806267	51	3.7	50	76	5	200	31	27	15	25	1.96
21806074--21806297	101	2.2	102	79	6	249	30	27	15	26	1.96
21806271--21806322	26	2.0	26	96	0	95	28	30	9	30	1.89
21814614--21814646	14	2.3	15	89	5	50	36	6	15	42	1.71
21815881--21815912	16	2.0	16	100	0	64	56	6	0	37	1.25
21816382--21816643	115	2.3	116	84	3	341	33	8	10	46	1.69
21816966--21817028	24	2.6	25	85	5	76	39	4	6	49	1.49
21834278--21834364	25	3.5	24	79	6	75	27	22	19	29	1.98
21836418--21836519	49	2.2	47	84	7	136	31	15	7	45	1.75
21846643--21846826	27	6.8	27	82	6	203	41	20	15	22	1.90
21846641--21846826	81	2.3	82	84	5	236	40	20	16	22	1.91
21848577--21848601	13	1.9	13	100	0	50	20	40	8	32	1.81
21850591--21850672	32	2.6	32	96	0	146	41	13	6	39	1.69
21850779--21851056	64	4.4	64	94	0	447	50	8	10	30	1.66
21850792--21850894	32	3.2	32	64	24	81	52	8	9	29	1.64
21850795--21851056	126	2.1	125	92	2	436	50	8	10	31	1.66
21852754--21852862	44	2.6	42	76	15	109	44	0	3	51	1.25
21852700--21852850	25	5.6	28	66	22	92	44	0	2	52	1.20
21852700--21852959	117	2.3	106	86	10	303	43	1	3	51	1.28
21852700--21852903	109	1.9	106	87	11	292	43	0	3	51	1.26
21852906--21852939	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
21852906--21852953	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21853077--21853185	44	2.6	39	80	16	128	36	30	3	29	1.75
21853097--21853187	46	2.0	46	93	4	159	38	30	4	26	1.76
21853167--21853203	16	2.3	16	100	0	74	21	35	5	37	1.77
21855048--21855222	32	5.5	32	73	11	119	37	21	19	21	1.94
21855050--21855222	64	2.7	64	79	12	178	38	21	19	21	1.94
21855227--21855306	26	3.1	26	79	0	88	37	21	20	21	1.94
21855433--21855479	24	1.9	25	86	4	69	48	25	10	14	1.76
21855544--21855767	27	8.4	27	85	2	281	23	18	21	36	1.95
21859967--21860013	10	4.6	10	85	12	60	61	2	0	36	1.08
21859976--21860008	12	2.9	12	91	8	52	60	0	0	39	0.97
21862595--21862626	15	2.1	16	94	5	57	62	0	0	37	0.95
21869556--21869605	25	2.0	25	84	0	64	56	0	34	10	1.33
21879897--21879949	24	2.2	24	93	0	88	50	3	1	43	1.30
21881238--21881285	17	2.7	17	83	6	60	72	0	16	10	1.10
21881524--21881560	6	6.2	6	100	0	74	83	0	0	16	0.64
21882723--21882763	17	2.5	17	88	4	57	51	12	9	26	1.70
21885969--21886271	134	2.2	134	83	4	376	44	21	16	17	1.87
21885962--21886289	27	12.2	27	83	1	372	43	21	17	18	1.88
21886452--21886524	26	2.8	26	91	0	119	23	21	19	35	1.96
21886639--21886863	28	8.1	28	90	0	326	22	23	23	31	1.99
21889234--21889267	14	2.4	14	90	9	52	67	0	0	32	0.91
21906343--21906680	168	2.0	168	100	0	676	48	15	14	21	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21913928--21914012	26	3.2	26	83	3	107	22	17	20	40	1.92
21920401--21920601	27	7.4	27	82	0	204	44	20	14	20	1.86
21920401--21920601	81	2.5	81	85	0	249	44	20	14	20	1.86
21920457--21920629	81	2.1	80	82	4	213	42	19	15	21	1.88
21923180--21923329	40	3.7	39	76	8	140	38	23	20	18	1.94
21923559--21923651	41	2.3	42	80	10	104	21	23	25	29	1.99
21923575--21923661	41	2.1	41	82	0	102	26	19	24	29	1.98
21926090--21926120	16	1.9	16	93	0	53	35	25	6	32	1.82
21929809--21929848	21	1.9	21	84	0	53	37	15	42	5	1.68
21929732--21929929	87	2.3	87	84	3	247	38	17	31	12	1.87
21929885--21929954	21	3.3	21	83	0	86	34	14	42	8	1.76
21930259--21930552	43	6.8	43	85	5	373	24	21	28	25	1.99
21940215--21940252	19	2.0	19	90	10	60	44	0	10	44	1.38
21948601--21948770	43	4.0	42	80	3	160	25	25	15	32	1.96
21948586--21948771	86	2.2	87	83	2	232	26	25	16	31	1.96
21948738--21948867	43	3.1	42	82	3	163	36	27	6	29	1.83
21949114--21949204	43	2.1	43	83	2	112	43	10	12	32	1.77
21953308--21953346	7	5.6	7	84	0	51	30	43	0	25	1.55
21953316--21953346	14	2.2	14	100	0	62	32	45	0	22	1.53
21955132--21955372	41	5.9	41	82	5	204	34	26	17	21	1.96
21955131--21955340	82	2.6	81	84	7	264	34	25	17	22	1.96
21955132--21955363	123	1.9	123	83	5	299	34	26	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21955132--21955397	123	2.2	123	80	4	286	34	27	16	20	1.94
21958675--21958897	45	5.0	45	81	3	236	34	21	15	27	1.94
21967222--21967322	33	3.1	33	94	0	175	29	15	15	38	1.89
21970377--21970424	23	2.0	23	88	4	69	39	0	0	60	0.97
21970388--21970417	13	2.4	13	94	5	53	33	0	0	66	0.92
21971512--21971577	29	2.2	29	78	7	71	56	4	7	31	1.48
21972798--21972847	10	4.8	11	80	16	54	66	8	2	24	1.29
21978844--21978877	3	11.3	3	93	0	59	32	2	0	64	1.08
21983640--21983705	27	2.4	27	100	0	132	21	19	6	53	1.67
21984265--21984322	24	2.4	24	91	0	89	31	8	27	32	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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