genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  36  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9740964--9741015	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
9746510--9746601	36	2.5	37	79	13	109	45	1	22	30	1.60
9746551--9746606	18	3.2	18	74	16	55	42	0	25	32	1.55
9747922--9747984	13	4.8	13	82	7	74	33	7	19	39	1.80
9748571--9748614	22	2.0	21	91	4	70	40	4	13	40	1.65
9750173--9750208	12	3.0	12	100	0	72	66	16	8	8	1.42
9751907--9751968	25	2.4	27	89	5	92	41	0	0	58	0.98
9751909--9751955	22	2.3	19	85	10	58	42	0	0	57	0.98
9766164--9766203	16	2.5	17	84	12	57	15	2	10	72	1.21
9779238--9779264	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
9781968--9782103	23	5.8	23	72	16	109	22	25	21	31	1.98
9781968--9782103	72	1.9	71	93	1	236	22	25	21	31	1.98
9789578--9789623	21	2.1	22	88	8	67	52	0	8	39	1.33
9789614--9789657	14	3.1	15	84	9	58	68	0	0	31	0.90
9790678--9790707	5	6.0	5	92	0	51	20	3	0	76	0.92
9791265--9791503	3	78.0	3	66	20	88	33	3	4	58	1.35
9791600--9791630	4	7.8	4	100	0	62	48	25	0	25	1.52
9793196--9793408	27	8.1	27	77	10	201	49	7	5	38	1.54
9793210--9793409	40	5.1	40	80	5	223	50	7	5	37	1.51
9793196--9793385	67	2.8	66	80	3	236	49	7	5	37	1.53
9793194--9793409	13	16.7	13	76	8	190	49	6	6	37	1.54
9794392--9794431	18	2.2	18	100	0	80	57	5	15	22	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9797462--9797528	9	7.4	9	89	0	98	46	22	7	23	1.77
9797631--9797674	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
9803671--9803701	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
9813102--9813177	14	5.0	15	73	17	59	42	14	9	34	1.78
9813118--9813156	19	2.0	20	90	5	62	48	12	10	28	1.74
9813253--9813286	9	3.9	9	88	3	52	52	2	0	44	1.16
9817052--9817116	22	3.0	22	90	0	103	30	52	6	10	1.61
9817311--9817348	19	2.1	19	85	5	51	68	7	18	5	1.34
9818073--9818143	3	23.3	3	71	8	54	30	2	5	60	1.34
9818086--9818146	23	2.8	22	85	5	70	32	3	8	55	1.45
9818109--9818154	23	2.0	23	83	8	58	30	2	10	56	1.46
9823934--9824111	73	2.5	71	80	5	209	26	16	24	32	1.96
9824115--9824948	73	11.5	70	85	7	892	29	17	19	32	1.95
9824115--9824916	219	3.7	217	87	5	1140	29	17	20	32	1.95
9824930--9825322	217	1.8	216	87	1	590	28	16	20	34	1.94
9825973--9826037	22	3.0	22	95	0	112	30	53	6	9	1.57
9826231--9826268	19	2.1	19	85	5	51	68	7	18	5	1.34
9826504--9826531	11	2.5	11	100	0	56	0	71	0	28	0.86
9827014--9827084	3	23.3	3	71	8	54	30	2	5	60	1.34
9827027--9827087	23	2.8	22	85	5	70	32	3	8	55	1.45
9827050--9827095	23	2.0	23	83	8	58	30	2	10	56	1.46
9828523--9828556	14	2.3	15	95	5	61	61	32	0	5	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9829715--9829748	3	11.0	3	87	6	50	35	2	0	61	1.11
9829958--9830027	30	2.3	29	79	13	79	37	11	4	47	1.59
9830392--9830643	108	2.3	109	86	3	330	29	13	19	36	1.91
9831096--9831129	17	2.0	17	100	0	68	47	17	11	23	1.81
9834361--9834411	26	2.0	26	96	0	93	39	21	19	19	1.93
9834362--9834422	26	2.3	26	86	5	88	40	19	19	19	1.91
9834502--9834548	25	1.9	24	83	12	60	51	21	17	10	1.75
9834878--9834916	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
9835756--9835798	19	2.3	19	83	0	50	11	23	34	30	1.90
9835959--9835992	17	2.0	17	100	0	68	29	11	11	47	1.76
9837876--9838082	64	3.2	64	88	2	256	26	27	20	25	1.99
9841356--9841430	32	2.5	29	78	8	87	77	2	18	1	0.96
9841359--9841429	28	2.6	29	82	8	94	77	2	18	1	0.97
9841351--9841431	19	4.0	20	73	7	65	76	2	19	1	0.97
9841379--9841431	23	2.2	24	86	3	72	79	1	18	0	0.83
9842686--9842737	24	2.2	24	92	0	86	36	1	9	51	1.46
9843023--9843107	20	4.3	19	75	20	68	54	2	21	22	1.56
9843023--9843107	40	2.1	39	82	8	100	54	2	21	22	1.56
9843064--9843106	19	2.3	19	84	8	52	53	4	18	23	1.63
9846180--9846238	29	2.0	29	100	0	118	30	13	10	45	1.76
9847754--9847870	41	2.9	41	88	0	171	21	21	23	33	1.97
9847754--9847888	41	3.3	41	83	2	110	20	19	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9847754--9847906	82	1.9	82	80	2	182	21	18	25	33	1.96
9848505--9848533	14	2.0	15	93	6	51	27	6	31	34	1.83
9848480--9848560	43	1.9	41	82	5	99	20	4	38	35	1.75
9848805--9848901	7	13.9	7	74	0	50	9	1	43	46	1.42
9848796--9848881	21	4.1	21	70	5	66	10	0	38	51	1.37
9852439--9853029	57	10.3	57	74	12	215	48	9	5	37	1.58
9852509--9852854	37	9.2	37	79	7	308	48	8	5	36	1.59
9852509--9853092	74	7.7	74	70	14	382	47	9	5	37	1.59
9852591--9853030	57	7.9	57	75	12	441	47	9	5	37	1.60
9852458--9852799	94	3.6	94	76	8	363	48	9	4	37	1.57
9852439--9852836	188	2.1	187	90	0	625	48	8	5	37	1.57
9852509--9852968	217	2.1	218	94	3	796	47	9	5	37	1.58
9852972--9853092	37	3.3	37	91	0	188	47	11	5	34	1.64
9853081--9853289	9	23.9	9	76	7	189	45	21	1	31	1.62
9853100--9853287	104	1.8	104	89	2	297	44	21	2	31	1.64
9853245--9853293	25	2.0	25	91	0	80	46	26	0	26	1.53
9853100--9853325	104	2.2	104	84	4	287	46	20	1	31	1.61
9858401--9858467	21	3.2	21	83	8	91	31	19	44	4	1.70
9858776--9858893	42	2.8	42	88	3	175	36	20	21	22	1.95
9858867--9858986	43	2.8	43	91	1	179	24	22	20	33	1.97
9860897--9860965	20	3.4	19	79	15	68	53	2	20	23	1.59
9860917--9860983	21	3.2	21	78	16	61	53	5	19	20	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9864656--9864702	18	2.7	17	83	6	58	65	2	8	23	1.31
9870596--9870629	18	1.9	17	88	5	50	50	11	11	26	1.73
9873382--9873576	98	2.0	98	96	0	363	36	24	10	28	1.88
9874999--9875130	19	6.8	19	89	3	210	37	15	10	37	1.82
9874992--9875129	59	2.4	59	90	4	212	37	14	10	37	1.80
9875306--9875601	44	6.8	42	74	14	210	27	22	21	28	1.99
9875296--9875731	217	2.0	217	88	2	644	27	23	21	27	1.99
9875348--9875815	217	2.2	215	80	6	482	27	23	21	27	1.99
9875672--9876060	132	2.9	132	94	0	670	24	25	20	29	1.99
9877304--9877367	18	3.5	18	77	8	58	1	9	6	82	0.89
9877332--9877369	20	1.9	19	94	5	67	0	0	13	86	0.56
9877327--9877368	13	3.2	13	86	6	57	0	2	9	88	0.61
9881862--9882056	98	2.0	98	95	0	354	36	24	10	28	1.89
9883522--9883653	19	6.8	19	87	3	201	36	16	10	36	1.84
9883515--9883652	59	2.4	59	89	4	203	36	15	10	36	1.82
9884652--9884704	20	2.7	20	72	21	56	50	9	20	18	1.74
9886969--9887006	21	1.9	20	89	10	60	71	2	7	18	1.23
9891375--9892368	218	4.6	218	90	2	1487	28	22	20	29	1.98
9891638--9893231	85	18.4	87	69	11	485	28	21	19	30	1.97
9892218--9893142	129	7.2	129	93	1	1507	29	21	17	31	1.96
9894451--9894497	7	7.0	7	85	9	71	12	17	0	70	1.17
9894451--9894497	13	3.5	14	85	8	71	12	17	0	70	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9894451--9894497	20	2.3	20	92	0	76	12	17	0	70	1.17
9901697--9902622	218	4.2	218	92	0	1507	28	22	20	29	1.98
9901879--9902622	44	17.1	44	68	13	197	28	22	20	28	1.99
9901879--9902559	87	7.8	87	70	13	305	28	22	20	28	1.99
9902609--9902672	31	2.1	31	100	0	128	18	21	15	43	1.87
9904932--9906778	911	2.0	915	86	6	2570	35	11	14	38	1.83
9906820--9906853	18	1.9	17	88	5	50	50	11	11	26	1.73
9910912--9910964	20	2.7	20	72	21	56	50	9	20	18	1.74
9913227--9913264	21	1.9	20	89	10	60	71	2	7	18	1.23
9917394--9917427	18	1.9	17	88	5	50	50	11	11	26	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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