genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  77  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20749976--20750161	41	4.5	41	96	0	336	28	20	27	23	1.99
20753695--20753886	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
20753666--20753885	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
20760218--20760243	7	3.7	7	100	0	52	15	0	69	15	1.20
20763910--20763946	5	7.6	5	82	17	51	37	16	21	24	1.93
20769525--20769580	17	3.2	17	87	2	76	55	14	3	26	1.55
20771536--20771570	18	1.9	18	100	0	70	45	14	0	40	1.45
20774848--20774935	44	2.0	44	95	0	158	57	5	18	18	1.59
20775847--20775880	17	2.0	17	100	0	68	23	35	5	35	1.79
20787919--20788136	101	2.2	101	85	5	298	33	15	23	27	1.95
20787959--20788102	33	4.3	33	69	8	103	34	17	20	27	1.95
20793532--20793698	30	5.5	30	75	4	147	25	26	10	36	1.89
20793529--20793755	91	2.5	91	88	0	319	25	26	10	37	1.89
20793683--20793755	30	2.4	31	86	2	94	26	23	8	42	1.82
20799996--20800047	22	2.5	19	76	14	50	28	1	15	53	1.52
20803265--20803297	16	2.1	16	100	0	66	30	18	6	45	1.73
20806784--20806822	15	2.6	15	91	0	60	35	2	5	56	1.35
20806800--20806840	12	3.7	11	81	18	50	31	0	4	63	1.15
20808477--20808512	17	2.2	16	90	5	54	63	0	0	36	0.94
20810607--20810644	19	2.1	18	85	14	51	2	5	23	68	1.23
20810895--20810950	24	2.4	22	82	8	58	39	5	10	44	1.62
20810895--20810950	23	2.3	25	79	14	64	39	5	10	44	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20811095--20811158	29	2.2	30	80	8	69	42	18	6	32	1.76
20816035--20816331	50	5.8	50	78	5	249	28	20	26	24	1.99
20822430--20822613	50	3.7	50	78	5	178	29	21	26	22	1.99
20827389--20827432	21	2.2	20	84	12	54	45	4	13	36	1.64
20830853--20830934	3	27.3	3	92	0	137	69	0	30	0	0.89
20831889--20832084	43	4.6	42	85	5	225	31	28	16	23	1.97
20836628--20836658	16	1.9	16	100	0	62	61	25	12	0	1.32
20837960--20838027	14	4.9	14	77	13	59	32	45	1	20	1.60
20837981--20838036	21	2.7	21	82	0	67	33	48	0	17	1.48
20837981--20838027	7	6.7	7	85	0	67	34	51	0	14	1.43
20838690--20838790	42	2.4	42	91	1	159	28	29	21	19	1.98
20838766--20838816	26	2.0	26	96	0	93	31	27	19	21	1.97
20838724--20838858	67	2.0	68	91	1	218	31	29	20	19	1.97
20838792--20838871	41	2.0	41	92	0	133	30	32	20	17	1.95
20846677--20846728	17	3.1	17	82	0	68	36	5	21	36	1.77
20855842--20855885	9	5.1	9	78	10	56	52	4	0	43	1.22
20855903--20855938	18	1.9	18	88	5	54	44	0	0	55	0.99
20860605--20860661	22	2.6	22	86	2	80	14	29	26	29	1.95
20862379--20862429	14	3.6	14	71	10	50	47	0	5	47	1.26
20872234--20872269	17	2.1	17	100	0	72	27	13	5	52	1.63
20872827--20872912	33	2.6	32	77	12	93	26	9	17	46	1.78
20872940--20872982	18	2.4	18	80	7	52	34	2	2	60	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20875468--20875492	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
20878165--20878216	27	2.0	28	85	11	74	57	3	0	38	1.17
20878576--20878600	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
20879603--20879655	26	2.0	28	88	7	83	50	0	1	47	1.12
20892829--20892895	27	2.5	26	95	2	89	32	26	11	28	1.92
20892829--20892923	28	3.4	28	89	2	129	32	27	12	27	1.93
20900676--20900707	9	3.6	9	91	0	55	12	18	0	68	1.20
20904982--20905024	18	2.4	18	96	0	77	27	11	30	30	1.92
20905631--20906282	31	21.3	30	67	15	246	42	19	7	29	1.80
20905588--20906289	183	3.8	183	93	0	1154	42	19	8	29	1.80
20909254--20909315	26	2.4	26	86	0	88	40	8	9	41	1.67
20913669--20913858	41	4.6	41	82	1	229	20	17	27	34	1.95
20920517--20920571	27	2.0	28	86	10	78	67	1	1	29	1.11
20920520--20920564	18	2.5	17	82	7	54	68	2	0	28	1.01
20920517--20920572	28	2.0	28	83	13	71	67	1	1	28	1.10
20920540--20920621	30	2.8	30	76	10	80	64	2	6	26	1.29
20920600--20920653	20	2.6	22	77	14	69	68	1	1	27	1.10
20920512--20920622	10	11.3	10	67	16	54	63	1	4	29	1.24
20920540--20920657	50	2.3	49	73	13	116	63	2	5	28	1.29
20920849--20920947	29	3.4	29	79	10	89	33	1	2	63	1.12
20921308--20921332	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
20926647--20926749	43	2.4	42	86	3	152	28	7	16	47	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20942396--20942426	16	1.9	16	100	0	62	22	12	0	64	1.27
20947040--20947112	16	4.4	16	77	11	58	63	1	5	30	1.26
20947030--20947082	8	6.6	8	76	6	54	69	0	1	28	0.99
20948585--20948629	14	3.2	14	93	0	72	44	33	0	22	1.53
20948585--20948634	7	7.1	7	95	0	64	40	36	0	24	1.55
20948659--20948704	22	2.1	21	88	4	65	50	36	0	13	1.41
20949098--20949137	18	2.2	18	91	8	64	22	2	0	75	0.93
20950606--20950700	33	2.9	32	68	9	77	58	3	1	36	1.21
20950685--20950806	59	2.1	58	88	7	178	46	1	0	50	1.16
20952502--20952545	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
20952759--20952815	21	2.7	21	94	0	96	47	12	10	29	1.74
20952759--20952834	21	3.7	21	89	5	93	44	15	9	30	1.78
20953749--20953850	52	2.0	52	86	7	145	16	33	21	28	1.95
20954143--20954221	23	3.3	23	91	3	113	44	25	6	24	1.77
20974694--20974759	33	2.0	33	94	5	116	39	3	24	33	1.71
20974844--20974887	22	1.9	24	86	9	65	45	2	11	40	1.53
20975574--20975648	38	2.0	38	81	0	87	36	4	26	33	1.75
20977441--20977505	20	3.1	21	88	4	87	69	0	1	29	0.98
20979897--20979992	45	2.0	45	82	7	111	59	3	36	1	1.20
20979999--20980028	12	2.4	13	88	11	53	56	0	43	0	0.99
20980657--20980700	15	2.9	17	71	28	53	36	9	0	54	1.32
20984262--20984447	40	4.7	40	87	5	225	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20991107--20991308	39	5.1	39	84	7	212	26	26	20	25	1.99
20993095--20993338	49	5.0	48	88	2	296	46	11	9	32	1.73
20993095--20993338	96	2.5	96	84	5	305	46	11	9	32	1.73
20997220--20997624	114	3.6	114	78	4	442	30	19	23	27	1.98
20997415--20997817	188	2.1	188	93	0	671	32	17	22	27	1.97
20997597--20997947	113	3.1	112	78	8	406	30	19	23	27	1.98
20997969--20998018	17	3.0	17	94	2	84	34	0	16	50	1.45
20998058--20998134	7	11.0	7	73	5	57	18	1	35	45	1.58
21000059--21000098	11	3.7	11	90	3	64	35	10	27	27	1.89
21001440--21001738	17	16.6	17	70	24	161	43	11	1	42	1.51
21001457--21001620	40	3.7	40	73	24	157	43	10	1	43	1.50
21001431--21001580	57	2.6	57	95	2	266	44	11	1	42	1.48
21001460--21001771	97	3.2	97	93	4	518	42	10	2	44	1.52
21001557--21001681	57	2.1	60	92	5	211	44	12	1	42	1.51
21001452--21001754	101	3.0	100	93	5	533	42	10	1	44	1.50
21001606--21001721	44	2.7	43	90	5	184	43	11	1	43	1.50
21001650--21001771	57	2.1	57	92	0	199	41	10	2	45	1.52
21001743--21001813	13	5.5	13	86	0	106	39	7	2	50	1.44
21001743--21001814	26	2.8	26	100	0	144	40	6	2	50	1.44
21001956--21002075	38	3.2	38	68	15	124	55	1	7	35	1.38
21001959--21002107	73	2.0	73	100	0	298	51	1	6	40	1.37
21002148--21002374	19	12.5	19	68	23	100	46	19	0	32	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21002163--21002284	18	6.4	18	67	25	74	44	18	1	35	1.60
21002144--21002549	26	16.1	26	87	7	579	46	20	0	32	1.56
21002321--21002451	19	7.5	19	62	26	65	48	20	0	30	1.55
21002268--21002549	77	3.7	76	95	1	492	47	20	0	31	1.54
21002541--21002594	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
21002515--21002580	18	3.6	18	84	10	89	46	18	0	34	1.49
21002430--21002594	18	9.5	18	66	30	69	45	20	0	33	1.52
21008043--21008113	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
21008438--21008810	42	8.9	41	86	3	381	27	20	20	30	1.98
21008423--21008810	84	4.6	83	83	2	436	27	20	20	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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