genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   

This is table  1  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
647--698	20	2.6	20	96	0	95	32	5	17	44	1.72
647--708	20	3.0	20	90	2	79	32	4	16	46	1.68
1006--1041	3	12.0	3	87	0	54	30	2	2	63	1.22
6232--6519	44	6.5	44	75	7	244	28	16	25	30	1.96
6232--6519	131	2.2	133	89	3	447	28	16	25	30	1.96
6553--6867	44	7.2	44	60	8	138	27	28	24	19	1.99
6500--6894	88	4.5	88	93	0	673	28	28	24	18	1.98
6905--7114	44	4.8	44	84	3	271	28	18	25	28	1.98
8266--8330	3	21.7	3	90	0	103	30	3	1	64	1.18
11183--11221	19	2.1	19	90	9	62	51	7	0	41	1.31
13069--13113	22	2.0	22	100	0	90	33	8	17	40	1.81
16381--16421	22	1.9	21	85	5	55	60	9	7	21	1.52
17501--17559	19	2.9	21	80	14	79	10	3	5	81	0.96
18511--18536	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
18506--18590	21	3.9	21	77	13	73	81	7	7	4	0.99
18506--18584	22	3.6	21	77	16	72	82	6	7	3	0.95
18538--18582	13	3.3	13	80	20	56	82	11	2	4	0.91
18538--18596	28	2.1	28	87	6	84	79	11	3	5	1.01
25865--25908	20	2.2	20	83	0	52	27	4	11	56	1.53
27548--27613	23	2.9	23	88	0	96	31	25	27	15	1.95
27997--28021	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
33534--33592	28	2.1	29	96	3	111	47	3	28	20	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34486--34515	15	2.0	15	100	0	60	20	6	20	53	1.67
36561--36594	17	2.0	17	100	0	68	41	0	5	52	1.25
39984--40156	45	3.9	45	81	6	174	27	16	23	31	1.96
39981--40156	90	2.0	88	84	2	226	28	16	23	31	1.96
46546--46609	26	2.5	26	77	10	69	32	14	12	40	1.83
48609--48652	23	1.9	22	82	17	54	38	0	25	36	1.56
49773--49838	33	2.0	33	91	5	107	40	9	22	27	1.84
56351--56383	11	2.8	12	90	4	50	15	9	0	75	1.03
64075--64103	10	2.7	11	94	5	51	17	0	0	82	0.66
76976--77173	50	3.8	50	80	7	202	22	28	20	28	1.99
76976--77161	100	1.8	104	82	9	247	23	28	20	27	1.99
88150--88329	88	2.0	88	93	0	306	41	11	9	37	1.74
88785--88957	45	3.9	45	77	11	167	36	25	13	24	1.92
88785--88956	90	1.9	89	81	8	206	37	25	13	23	1.92
95906--96100	50	3.9	50	78	3	171	23	28	20	27	1.99
105925--106028	50	2.1	50	83	0	127	25	22	31	20	1.98
106319--106357	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
106887--106923	19	2.1	19	85	10	51	35	0	13	51	1.41
113521--113651	50	2.6	50	82	2	147	25	21	29	22	1.99
117196--117268	36	2.0	36	100	0	146	30	19	23	27	1.98
140279--140304	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
143070--143209	42	3.3	43	82	6	115	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143002--143296	44	6.8	42	76	8	207	24	21	28	26	1.99
143070--143296	87	2.6	85	78	6	226	22	21	29	26	1.99
143748--143941	87	2.2	87	83	3	230	12	30	18	39	1.87
156065--156102	15	2.5	15	86	0	58	36	42	0	21	1.53
156503--156805	41	7.4	40	80	1	165	35	24	24	15	1.94
156526--156805	82	3.4	80	80	6	262	34	24	24	16	1.95
174662--174774	29	3.9	29	87	6	167	37	21	15	26	1.92
174656--174770	58	2.0	58	91	3	187	38	21	13	26	1.91
184602--184640	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
185420--185446	12	2.2	12	100	0	54	55	11	11	22	1.66
192518--192676	43	3.7	42	81	2	156	32	27	17	23	1.97
193765--193791	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
196837--197969	566	2.0	567	99	0	2259	33	21	16	28	1.95
198963--199021	30	2.0	30	86	3	84	45	10	8	35	1.68
215790--215814	12	2.1	12	100	0	50	48	12	24	16	1.79
238106--238351	50	4.8	51	79	6	187	27	20	28	23	1.99
241582--241620	20	2.0	20	89	0	60	43	12	15	28	1.83
243855--243904	20	2.5	21	90	6	77	30	12	16	42	1.84
245230--245493	137	1.9	137	89	0	411	36	8	20	33	1.84
249525--249666	50	2.8	50	88	0	212	32	25	17	24	1.97
252433--252470	14	2.7	14	95	0	67	36	2	0	60	1.11
252433--252473	17	2.4	16	84	11	55	36	2	0	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252422--252470	14	3.6	13	89	8	55	36	6	0	57	1.24
253082--253116	18	2.0	17	88	5	52	17	5	17	60	1.55
254281--254318	20	1.9	20	94	0	67	7	21	44	26	1.79
270501--270538	19	2.1	19	85	5	51	57	18	2	21	1.52
270750--270783	17	2.0	17	88	0	50	41	14	14	29	1.86
274770--274826	24	2.3	24	80	11	62	45	7	8	38	1.62
275116--275149	17	2.1	17	88	5	52	47	2	20	29	1.65
292671--292718	22	2.1	23	88	3	71	18	20	12	47	1.81
297478--297545	30	2.2	31	82	7	77	29	1	2	66	1.15
297492--297534	14	2.8	15	82	10	52	27	2	2	67	1.15
298335--298377	18	2.3	19	80	15	54	44	0	13	41	1.44
302166--302194	14	2.1	14	100	0	58	48	6	0	44	1.29
307727--307770	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
308683--308741	30	2.0	30	83	6	75	28	15	25	30	1.96
312057--312095	15	2.6	16	84	12	55	7	15	2	74	1.15
312062--312115	19	2.7	20	85	8	74	7	12	1	77	1.05
314493--314545	21	2.4	23	84	6	74	15	7	0	77	0.98
314846--314908	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
315666--315724	30	2.0	30	83	6	75	28	15	25	30	1.96
316840--316880	19	2.0	20	86	9	57	46	14	14	24	1.82
331397--331520	50	2.5	50	83	7	155	22	25	21	29	1.99
331384--331520	49	2.8	49	82	6	161	23	25	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
337187--337320	50	2.7	50	77	5	119	20	29	22	27	1.99
344929--345036	51	2.1	51	85	0	144	16	35	10	37	1.83
363398--363485	41	2.1	42	89	4	135	38	19	22	19	1.93
368595--368667	22	3.3	22	90	0	101	32	17	15	34	1.91
368819--368854	18	2.0	18	88	0	54	44	19	0	36	1.51
373377--373431	22	2.4	21	80	14	56	30	1	18	49	1.58
374750--374780	15	2.1	15	93	0	53	25	6	32	35	1.82
377830--377855	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
378723--378753	15	2.1	15	93	0	53	77	6	3	12	1.08
385006--385191	49	3.8	49	83	4	214	31	21	22	24	1.98
396501--396859	180	2.0	181	99	0	711	37	17	12	32	1.88
397359--397401	18	2.4	18	84	7	52	60	4	2	32	1.30
398728--398839	44	2.5	44	79	1	125	25	25	21	26	1.99
398808--399133	88	3.7	87	73	6	289	22	26	23	26	2.00
398765--399132	175	2.1	175	85	3	499	23	26	22	27	1.99
399131--399364	78	2.9	78	79	12	240	21	21	28	28	1.99
399208--399463	88	2.9	88	80	2	307	22	23	25	28	1.99
401650--401716	26	2.6	27	81	11	77	56	5	14	22	1.60
407047--407079	3	11.0	3	87	12	50	63	0	0	36	0.95
407051--407098	18	2.7	18	87	6	62	58	2	6	33	1.35
407044--407093	21	2.4	21	78	18	59	60	4	2	34	1.27
413778--414012	27	8.7	27	83	5	253	22	16	18	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
415646--415695	25	2.0	25	92	0	82	18	46	14	22	1.84
418499--418683	27	6.9	27	74	10	155	23	12	18	44	1.84
418523--418690	54	3.1	54	82	3	230	24	11	17	45	1.82
418522--418683	81	2.0	81	81	4	193	23	12	18	45	1.83
418919--419118	27	7.4	27	73	8	165	23	13	17	45	1.84
418921--419099	54	3.3	54	85	0	268	22	13	18	45	1.84
418919--419097	81	2.2	81	80	7	211	23	13	17	45	1.84
418294--419087	397	2.0	397	100	0	1588	27	19	17	35	1.94
418919--419118	81	2.5	80	78	9	208	23	13	17	45	1.84
420238--420288	25	2.2	23	86	10	68	15	45	15	23	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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