genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  71  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25109584--25109633	23	2.2	23	88	0	73	38	14	8	40	1.75
25109862--25110048	41	4.5	42	87	3	263	28	21	20	29	1.98
25109862--25110048	83	2.3	83	88	4	279	28	21	20	29	1.98
25110842--25110895	4	13.5	4	100	0	108	50	25	0	24	1.50
25111967--25111996	4	7.5	4	92	0	51	46	23	3	26	1.68
25113124--25113192	32	2.2	32	83	0	84	11	24	10	53	1.68
25118292--25118359	30	2.3	29	80	7	73	44	14	10	30	1.79
25119421--25119450	15	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
25120631--25120663	12	2.5	13	90	9	50	0	51	6	42	1.26
25122848--25122896	9	5.4	9	85	9	73	28	8	20	42	1.80
25124763--25124843	39	2.1	39	97	0	153	18	12	19	49	1.79
25125781--25125840	32	1.9	32	89	3	95	38	11	11	38	1.78
25127539--25127606	29	2.4	27	79	18	75	60	5	8	25	1.49
25129590--25129626	17	2.1	18	90	5	58	43	5	5	45	1.49
25133798--25133859	31	2.0	31	84	9	81	24	14	6	54	1.63
25134166--25134472	108	2.9	109	90	3	480	29	14	19	35	1.92
25137509--25137568	26	2.3	26	82	0	84	20	21	20	38	1.94
25137658--25137711	24	2.2	24	100	0	108	18	29	25	25	1.98
25137658--25137720	24	2.6	24	92	0	90	20	26	23	28	1.99
25139717--25139882	83	2.0	83	92	0	278	37	15	20	25	1.92
25141116--25141156	18	2.3	18	100	0	82	26	0	17	56	1.41
25141116--25141162	18	2.6	18	93	0	67	25	2	14	57	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25141339--25141396	30	1.9	31	89	3	91	48	1	3	46	1.29
25141536--25141575	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
25141521--25141586	34	1.9	34	84	6	89	31	10	10	46	1.72
25141566--25141652	33	2.7	32	77	7	95	27	9	17	45	1.78
25141674--25141717	18	2.4	18	88	7	63	40	0	0	59	0.98
25141664--25141803	42	3.3	42	66	13	124	35	3	3	57	1.34
25141888--25141950	34	1.9	32	93	6	108	41	4	9	44	1.58
25143511--25143536	12	2.2	12	100	0	52	53	7	38	0	1.30
25144974--25145002	7	4.1	7	100	0	58	58	13	13	13	1.63
25149474--25149507	16	2.0	18	88	11	54	38	5	0	55	1.24
25154190--25154236	20	2.5	19	80	12	53	40	4	4	51	1.41
25157020--25157083	31	2.1	31	82	2	76	37	7	12	42	1.72
25165818--25165861	20	2.2	20	84	4	63	65	2	18	13	1.36
25165834--25165865	14	2.3	14	100	0	64	71	0	12	15	1.14
25170607--25170774	83	2.0	84	98	1	329	51	3	9	35	1.52
25175615--25175670	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
25175646--25175685	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
25175758--25175785	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
25175674--25176175	68	7.4	68	99	0	981	39	4	8	47	1.55
25175826--25175853	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
25175894--25175921	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
25175962--25175989	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25176030--25176057	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
25176098--25176125	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
25178426--25178506	35	2.3	34	83	8	101	49	2	9	38	1.49
25180949--25180992	24	1.9	23	90	9	72	36	0	0	63	0.95
25181180--25181221	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
25181195--25181256	22	2.8	22	85	0	79	46	1	1	50	1.20
25186794--25186832	14	2.7	14	80	4	51	61	0	0	38	0.96
25186878--25186925	18	2.7	19	75	12	57	47	4	6	41	1.48
25187610--25187762	76	2.0	77	98	1	299	43	14	15	26	1.85
25196804--25196860	5	11.2	5	83	16	73	40	0	0	59	0.97
25196870--25196949	40	2.0	41	95	2	144	62	10	27	0	1.27
25200498--25200601	29	3.5	29	67	14	86	38	19	11	30	1.87
25200487--25200619	60	2.2	57	81	13	169	31	17	10	40	1.83
25205061--25205095	18	1.9	18	88	0	52	51	11	0	37	1.38
25206840--25207090	25	10.2	25	71	10	122	19	27	20	32	1.97
25206840--25207090	50	5.1	50	73	12	153	19	27	20	32	1.97
25206996--25207112	50	2.3	50	84	5	139	20	26	23	29	1.99
25206996--25207102	25	4.3	25	79	10	112	19	28	24	28	1.99
25206996--25207116	25	4.9	25	78	10	106	19	27	23	28	1.99
25208434--25208631	105	1.9	101	85	6	272	27	23	16	33	1.95
25221886--25221941	21	2.7	21	83	5	69	33	35	5	25	1.79
25224545--25224597	13	4.1	13	80	0	70	35	28	5	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25225620--25225649	12	2.5	12	94	0	51	33	6	16	43	1.74
25233700--25233741	20	2.0	21	86	4	59	54	7	4	33	1.49
25241119--25241147	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
25241311--25241335	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
25242422--25242450	9	3.3	9	90	9	51	10	0	0	89	0.48
25242422--25242451	8	3.6	8	95	4	51	13	0	0	86	0.57
25242620--25242648	11	2.5	12	88	11	51	55	0	0	44	0.99
25245675--25245702	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25246366--25246509	25	5.8	25	72	12	109	36	20	24	18	1.95
25248011--25248116	51	2.1	51	100	0	212	43	18	3	33	1.68
25250075--25250125	26	2.0	26	88	0	75	41	21	19	17	1.91
25257631--25257663	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
25260215--25260256	18	2.3	19	80	12	52	23	23	2	50	1.61
25261311--25261431	23	5.3	23	78	8	124	31	25	19	23	1.98
25261320--25261431	46	2.4	46	93	0	188	30	25	20	23	1.98
25261649--25261687	18	2.2	17	86	13	53	46	20	2	30	1.64
25262813--25262837	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
25263648--25263758	41	2.7	41	91	0	186	26	19	27	27	1.99
25263648--25263797	41	3.6	41	86	0	183	26	20	26	27	1.99
25267736--25267777	12	3.5	12	84	12	59	35	9	0	54	1.33
25268070--25268104	18	2.1	17	89	10	54	42	11	2	42	1.55
25271177--25271310	58	2.3	58	92	2	216	24	23	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25271805--25271928	45	2.8	45	82	2	151	25	25	20	27	1.99
25271900--25272013	44	2.7	41	74	6	104	28	24	21	25	1.99
25272018--25272225	82	2.5	84	84	5	276	27	25	19	27	1.98
25272000--25272225	44	5.3	44	82	6	284	28	23	20	27	1.99
25272192--25272477	88	3.3	88	86	4	364	20	24	26	29	1.99
25272286--25272428	43	3.3	43	67	7	126	16	25	30	28	1.96
25272302--25272445	44	3.3	44	65	7	112	19	22	31	25	1.98
25272236--25272480	88	2.8	88	91	0	391	20	24	26	29	1.99
25280318--25280378	29	2.1	29	100	0	122	24	13	13	49	1.77
25280787--25280822	17	2.1	17	89	0	54	16	16	22	44	1.86
25283553--25283594	7	6.0	7	81	18	52	69	0	16	14	1.20
25283553--25283594	21	2.0	21	86	9	59	69	0	16	14	1.20
25284871--25285505	44	14.4	44	80	7	529	31	14	22	31	1.94
25284875--25285483	88	6.9	88	81	7	599	31	14	23	31	1.94
25285342--25285554	88	2.4	89	90	1	304	29	17	23	29	1.97
25287031--25287092	31	2.0	31	81	6	72	33	8	1	56	1.38
25287095--25287136	12	3.5	12	84	12	59	35	9	0	54	1.33
25291575--25291626	26	2.0	26	100	0	104	19	26	15	38	1.91
25295773--25295876	48	2.2	47	86	6	138	48	7	10	33	1.66
25307733--25307794	21	3.0	21	68	0	52	41	19	20	17	1.90
25307675--25307804	42	3.1	41	78	4	125	44	18	20	16	1.87
25309221--25309260	11	3.6	11	96	0	71	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25309290--25309328	17	2.2	18	86	4	53	61	15	0	23	1.33
25309277--25309325	19	2.5	20	78	18	59	63	18	0	18	1.32
25309219--25309422	113	1.8	113	89	2	320	59	11	1	26	1.41
25311385--25311417	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
25312376--25312405	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
25315511--25315590	34	2.3	34	80	6	90	28	21	23	26	1.99
25316132--25316381	134	1.9	134	84	1	340	22	18	18	41	1.91
25316040--25316381	107	3.2	105	82	4	409	22	17	19	40	1.91
25316040--25316381	27	12.7	27	78	7	320	22	17	19	40	1.91
25317382--25317456	33	2.3	33	83	0	96	42	13	25	18	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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