genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  78  of  210  ( 25174 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27182518--27182622	54	1.9	54	81	7	124	25	26	31	16	1.96
27210297--27210408	54	2.1	54	86	0	152	13	31	25	29	1.94
27210588--27210628	21	2.0	21	85	4	57	46	21	4	26	1.72
27213687--27213738	24	2.2	24	89	0	77	55	5	1	36	1.35
27215004--27215045	21	2.0	20	86	4	57	69	4	0	26	1.08
27217275--27217300	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27232130--27232265	31	4.6	29	76	12	123	32	23	2	41	1.69
27232151--27232274	31	4.1	31	88	4	182	33	21	2	41	1.66
27232808--27232869	11	5.5	11	73	16	56	67	0	32	0	0.91
27232800--27232869	24	3.0	24	81	8	83	67	0	32	0	0.91
27232800--27232866	9	8.0	9	72	12	54	67	0	32	0	0.91
27232954--27232989	16	2.2	16	90	5	54	75	0	25	0	0.81
27236788--27236841	24	2.3	23	84	9	65	72	5	7	14	1.26
27236966--27237114	3	49.0	3	69	7	68	60	3	8	27	1.42
27237435--27237476	21	2.0	21	100	0	84	28	33	9	28	1.88
27238751--27238798	20	2.5	20	86	3	71	56	2	12	29	1.48
27239759--27239805	17	2.5	20	87	12	66	38	4	4	53	1.40
27239759--27239807	20	2.6	18	84	12	62	36	4	4	55	1.38
27246610--27246658	26	1.9	25	83	4	62	44	2	6	46	1.39
27250672--27250697	11	2.4	11	100	0	52	46	7	7	38	1.61
27250670--27250698	11	2.5	12	88	11	51	48	6	6	37	1.57
27250809--27250853	19	2.3	20	81	11	58	62	4	0	33	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27250959--27251000	19	2.2	20	91	4	68	69	0	7	23	1.13
27254917--27255127	111	1.9	111	85	8	299	36	4	9	49	1.54
27256899--27256948	13	3.8	13	76	7	57	38	22	6	34	1.78
27261370--27261445	19	3.9	19	72	5	71	42	22	7	27	1.81
27262091--27262191	10	10.4	10	69	10	57	56	0	5	36	1.30
27262610--27262674	30	2.2	30	83	10	80	36	3	1	58	1.23
27268585--27268627	14	2.9	15	86	6	52	60	4	0	34	1.17
27268866--27268938	20	3.5	20	71	15	60	32	0	2	64	1.08
27268911--27268961	13	4.1	13	77	10	52	29	1	7	60	1.36
27268911--27268959	24	2.0	24	84	0	62	28	2	6	63	1.30
27279375--27279416	3	14.3	3	90	5	50	69	7	0	23	1.13
27286921--27286963	10	4.4	9	85	11	50	72	2	6	18	1.19
27286935--27286972	20	2.0	20	89	5	60	71	0	7	21	1.11
27288872--27289110	119	2.0	119	98	0	460	43	17	12	26	1.85
27303762--27303807	24	1.9	24	95	0	83	13	45	4	36	1.63
27312577--27312799	111	2.0	111	91	3	360	43	10	12	34	1.77
27313018--27313045	11	2.5	11	100	0	56	46	10	0	42	1.38
27314160--27314192	17	2.0	17	94	5	59	51	0	6	42	1.26
27316241--27316777	87	6.2	87	100	0	1074	49	3	1	45	1.25
27316760--27316849	34	2.5	37	80	8	105	50	1	5	43	1.33
27319026--27319060	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
27322149--27322194	16	2.9	16	78	18	51	69	2	2	26	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27324583--27324633	22	2.3	23	77	19	63	49	0	0	50	1.00
27345346--27345408	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
27346956--27346998	18	2.7	15	80	16	50	51	0	0	48	1.00
27346957--27346991	18	2.0	17	94	5	61	54	0	0	45	0.99
27350411--27350445	18	1.9	18	88	0	52	8	8	45	37	1.65
27356488--27356518	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
27356571--27356624	25	2.2	24	83	9	65	35	5	3	55	1.41
27357247--27357463	107	2.0	108	95	0	391	29	18	18	32	1.95
27357713--27357931	109	2.0	110	98	0	422	31	24	15	28	1.96
27364125--27364172	22	2.2	22	100	0	96	14	8	8	68	1.37
27369719--27369746	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
27374842--27374869	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
27384166--27384203	17	2.2	17	90	0	58	31	7	10	50	1.66
27384368--27384501	57	2.3	58	80	2	162	33	17	10	38	1.84
27385560--27385605	19	2.4	19	85	3	56	58	2	2	36	1.22
27396629--27396733	53	2.0	53	94	0	183	28	8	31	31	1.87
27406540--27406589	20	2.4	21	80	6	57	56	2	4	38	1.30
27406693--27406796	52	2.0	52	98	0	199	56	1	8	32	1.41
27406863--27407078	64	3.4	64	98	0	416	41	6	2	50	1.41
27434446--27434494	25	2.0	25	83	0	62	22	10	2	65	1.34
27442338--27442446	51	2.1	51	91	0	173	27	12	14	44	1.82
27444724--27444843	60	2.0	60	91	3	197	54	11	0	34	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27444940--27444995	13	4.2	13	76	15	60	1	28	0	69	0.98
27444945--27444996	27	1.9	27	85	14	72	1	32	0	65	1.04
27445979--27446003	13	1.9	13	100	0	50	40	0	20	40	1.52
27452374--27452409	8	4.6	8	89	6	56	86	0	0	13	0.58
27452374--27452420	12	4.1	11	79	17	51	85	2	0	12	0.70
27452374--27452420	19	2.5	19	86	13	62	85	2	0	12	0.70
27453320--27453365	16	3.0	16	76	17	53	52	0	15	32	1.43
27457155--27457188	16	2.0	18	88	11	54	32	5	2	58	1.37
27471256--27471302	14	3.5	13	77	16	51	42	0	0	57	0.98
27478250--27478698	238	1.9	238	88	1	686	30	18	21	28	1.97
27479349--27479378	13	2.2	14	94	5	53	43	0	6	50	1.28
27488268--27488426	26	6.4	26	72	13	120	18	19	21	40	1.92
27493896--27493970	26	3.0	26	75	7	68	49	32	1	17	1.55
27494167--27494352	14	13.7	14	70	13	77	49	30	1	18	1.57
27494175--27494258	33	2.5	33	83	9	100	47	32	3	16	1.64
27494263--27494360	7	14.1	7	75	10	85	53	26	1	19	1.52
27494257--27494327	27	2.6	27	82	10	90	54	26	0	18	1.43
27494240--27494362	21	6.4	19	73	20	78	50	30	0	18	1.53
27494813--27494855	19	2.2	20	88	12	72	39	46	0	13	1.44
27494888--27494920	15	2.3	15	89	5	50	48	27	0	24	1.51
27500726--27500771	3	15.3	3	86	8	67	30	2	0	67	1.03
27505683--27505722	6	6.7	6	100	0	80	70	15	0	15	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27507930--27508432	100	5.0	100	91	0	700	34	23	18	22	1.96
27507975--27508432	50	9.2	50	76	2	400	34	23	18	23	1.96
27520926--27521023	50	2.0	50	85	0	133	36	11	8	43	1.70
27521179--27521219	20	2.0	20	85	4	55	41	4	12	41	1.64
27539544--27539610	21	3.2	21	91	0	107	20	26	13	38	1.90
27539799--27539847	21	2.4	20	80	10	55	42	8	24	24	1.81
27540177--27540246	4	17.5	4	100	0	140	25	0	24	50	1.50
27544708--27544748	10	4.2	10	78	15	50	41	0	0	58	0.98
27544711--27544827	18	6.0	18	67	20	65	37	3	0	58	1.15
27544710--27544836	11	12.5	11	67	22	57	36	3	0	59	1.16
27544721--27544839	40	2.9	40	89	2	184	36	4	0	59	1.17
27544740--27544803	30	2.1	30	85	5	85	34	4	0	60	1.17
27544701--27544845	41	3.5	40	85	4	191	36	3	0	60	1.14
27544819--27544858	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
27544818--27544876	22	2.8	21	80	14	59	40	1	3	54	1.27
27550054--27550091	18	2.1	19	85	14	53	0	39	2	57	1.12
27552794--27552836	22	2.0	22	90	0	68	48	9	4	37	1.56
27553534--27553563	12	2.5	12	88	0	51	0	10	0	90	0.47
27559053--27559129	39	1.9	39	87	10	111	27	11	2	58	1.46
27568342--27568372	15	2.1	14	94	5	53	48	6	0	45	1.28
27581045--27581713	334	2.0	335	99	0	1331	40	8	13	36	1.76
27585943--27586000	22	2.7	22	81	7	66	53	1	0	44	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27588654--27588693	19	2.1	19	100	0	80	35	27	10	27	1.89
27592820--27592847	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
27593459--27593522	30	2.1	31	88	2	94	28	25	6	40	1.79
27598074--27598162	25	3.1	30	82	15	125	25	25	6	41	1.80
27598084--27598130	15	3.1	15	70	11	51	27	23	8	40	1.83
27600651--27600677	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
27610082--27610111	14	2.1	15	93	6	53	76	0	0	23	0.78
27616881--27616917	18	2.1	18	90	10	58	62	0	5	32	1.18
27618304--27618365	31	2.0	31	96	0	115	33	9	14	41	1.79
27621169--27621209	17	2.4	17	88	8	57	0	17	2	80	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210