genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  67  of  210  ( 25174 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23719005--23719240	50	4.6	50	84	6	276	25	29	20	25	1.99
23725741--23726037	50	5.8	50	77	2	227	23	27	19	28	1.99
23733703--23733739	18	2.0	19	89	5	58	5	43	0	51	1.24
23743138--23743172	9	3.9	9	84	0	52	45	0	2	51	1.16
23743141--23743177	18	2.1	17	90	5	56	48	0	2	48	1.15
23748477--23748543	19	3.2	21	77	12	75	37	16	5	40	1.73
23748503--23748553	19	2.7	19	87	0	75	37	15	7	39	1.77
23749057--23749615	44	12.6	45	70	13	241	27	22	20	30	1.98
23749095--23749701	217	2.8	217	88	2	847	27	23	19	29	1.98
23765057--23765085	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
23775543--23775595	27	2.0	27	92	0	88	16	30	28	24	1.97
23775806--23775845	20	2.0	20	90	5	62	35	2	0	62	1.09
23779322--23779409	44	2.0	42	86	4	122	36	11	2	50	1.51
23797780--23797808	13	2.2	13	100	0	58	44	6	20	27	1.77
23798131--23798184	19	2.8	18	78	10	54	40	9	9	40	1.69
23803377--23803430	21	2.6	21	77	16	60	68	0	1	29	1.00
23803377--23803429	7	7.6	7	78	6	54	67	0	1	30	1.01
23803396--23803429	14	2.4	14	100	0	68	67	0	0	32	0.91
23805036--23805078	22	2.0	22	90	0	68	25	9	27	37	1.87
23805032--23805090	22	2.7	22	79	10	66	28	10	25	35	1.89
23806133--23806266	70	2.0	66	85	5	178	30	11	13	44	1.78
23807343--23807544	72	2.8	72	86	3	264	26	17	23	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23808509--23808558	19	2.5	21	87	12	70	32	14	18	36	1.90
23817515--23817588	24	3.1	24	76	7	80	10	16	0	72	1.10
23818232--23818443	62	3.4	61	80	6	212	26	21	27	24	1.99
23824591--23824661	34	2.1	34	91	0	115	45	16	7	30	1.75
23826146--23826176	16	1.9	16	93	0	53	19	12	3	64	1.41
23828661--23828687	14	1.9	14	100	0	54	85	7	0	7	0.75
23829294--23829336	19	2.3	19	80	4	52	39	9	34	16	1.80
23835914--23835959	25	2.0	23	83	12	58	13	21	19	45	1.84
23838879--23839048	85	2.0	85	84	2	225	31	18	18	31	1.95
23839556--23839724	27	5.9	28	70	18	107	49	4	18	27	1.67
23839708--23839778	29	2.4	29	83	4	90	60	4	9	25	1.46
23839801--23839892	27	3.4	27	70	16	82	52	9	18	19	1.73
23841607--23841782	94	1.9	94	85	4	248	39	6	16	36	1.75
23841892--23841933	22	2.0	22	95	4	77	40	2	14	42	1.58
23841915--23842084	69	2.5	68	85	7	220	44	5	15	34	1.70
23843404--23843437	17	2.0	17	88	0	50	35	2	11	50	1.54
23845348--23845422	26	2.8	28	80	12	93	60	0	1	38	1.06
23845307--23845403	47	2.1	47	88	3	142	59	1	2	37	1.16
23854322--23854351	15	2.0	15	93	0	51	36	0	30	33	1.58
23854402--23854448	20	2.4	21	82	10	55	55	6	4	34	1.45
23859210--23859251	22	1.9	22	95	0	75	30	19	2	47	1.62
23859666--23859690	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23860655--23860816	40	4.1	40	100	0	324	40	14	20	24	1.90
23865479--23865513	16	2.2	16	94	0	61	48	5	25	20	1.71
23865622--23865698	38	2.0	39	97	2	147	44	2	5	48	1.39
23865640--23865700	18	3.3	18	65	17	52	50	3	4	40	1.40
23870237--23870335	43	2.3	43	84	3	137	40	16	15	28	1.88
23874219--23874261	22	2.0	22	81	9	52	20	4	4	69	1.25
23879517--23879743	118	1.9	119	82	2	287	38	16	7	38	1.76
23881123--23881147	13	1.9	13	100	0	50	44	24	0	32	1.54
23881831--23881883	17	3.1	17	75	0	61	33	35	5	24	1.79
23883392--23883788	199	2.0	199	98	0	776	36	13	17	33	1.88
23884245--23884414	41	4.2	40	73	3	133	14	22	27	35	1.93
23894734--23894848	50	2.3	50	98	1	223	20	6	11	61	1.52
23899570--23899858	43	6.8	42	83	5	339	24	21	21	32	1.97
23899570--23899858	85	3.4	85	86	3	368	24	21	21	32	1.97
23902814--23902863	25	2.0	24	85	11	66	26	8	0	66	1.19
23903401--23903440	16	2.3	17	87	12	55	67	7	0	25	1.16
23903408--23903441	16	2.1	17	94	5	61	67	5	0	26	1.13
23903985--23904022	14	2.5	16	83	12	53	44	2	2	50	1.30
23907858--23907912	26	2.2	25	80	9	58	27	9	12	50	1.70
23907934--23907982	13	3.6	13	83	8	62	32	4	14	48	1.62
23924793--23924935	42	3.3	42	67	17	112	22	20	26	30	1.99
23924749--23925031	87	3.3	87	88	1	397	25	22	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23927130--23927208	30	2.8	28	84	5	95	12	8	10	68	1.40
23927343--23927374	9	3.4	9	95	4	55	3	0	9	87	0.64
23927190--23927352	6	27.2	6	100	0	326	16	0	16	66	1.25
23935456--23935488	12	2.8	12	95	0	57	3	45	24	27	1.68
23937279--23937311	9	3.8	9	88	8	50	39	30	0	30	1.57
23947777--23947825	26	2.0	24	84	8	62	46	16	12	24	1.81
23949672--23949721	25	2.0	25	96	0	91	52	16	2	30	1.55
23949738--23949782	18	2.3	20	81	14	58	66	0	6	26	1.16
23955887--23956003	40	2.9	40	96	0	207	32	16	29	21	1.95
23955951--23956325	112	3.3	112	95	0	687	26	18	30	24	1.98
23957809--23958145	84	4.0	84	95	0	575	32	20	18	28	1.96
23981149--23981216	21	3.2	21	85	0	91	30	17	47	4	1.68
23981491--23981797	42	7.3	42	91	2	463	23	19	21	35	1.96
23981491--23981786	85	3.5	83	88	2	412	24	19	20	35	1.96
23991051--23991097	15	2.9	16	78	9	51	51	0	0	48	1.00
23992219--23992257	19	2.1	19	90	0	60	28	10	12	48	1.74
23993058--23993091	9	3.7	9	96	4	59	58	0	2	38	1.13
23993171--23993275	54	1.9	55	83	9	135	29	25	20	23	1.99
23993170--23993286	54	2.1	55	80	10	134	29	24	22	23	1.99
23995702--23996092	198	2.0	197	91	0	638	37	17	10	33	1.85
23999540--23999777	89	2.7	88	77	5	223	28	23	17	31	1.97
23999560--23999777	44	4.9	44	78	5	199	27	23	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23999742--23999977	96	2.5	96	81	3	296	26	21	17	34	1.95
24002994--24003056	32	2.0	32	93	3	110	44	15	7	31	1.76
24008676--24008834	80	2.0	80	97	0	300	46	8	15	28	1.76
24008936--24008975	21	1.9	21	94	0	71	0	7	15	77	0.98
24015217--24015270	19	2.8	20	83	5	67	44	9	18	27	1.80
24020402--24020506	48	2.1	49	96	3	194	30	30	15	23	1.95
24024607--24024643	19	1.9	19	88	0	56	59	5	2	32	1.34
24025899--24026215	157	2.0	157	100	0	634	22	32	18	26	1.97
24028487--24028738	73	3.6	70	79	7	208	60	3	7	28	1.40
24028565--24028744	73	2.5	73	84	0	236	61	2	7	28	1.35
24049551--24049621	22	3.2	22	73	15	58	52	1	5	40	1.34
24052219--24052313	49	2.0	48	87	2	136	46	8	20	25	1.78
24057693--24057722	12	2.5	12	94	0	51	80	0	20	0	0.72
24057693--24057725	15	2.1	16	88	5	50	78	0	21	0	0.75
24061432--24061507	35	2.1	36	87	2	109	27	3	15	52	1.60
24063591--24063631	21	2.0	21	90	0	64	21	19	14	43	1.87
24064597--24064623	12	2.2	12	100	0	54	29	33	22	14	1.94
24067986--24068067	38	2.1	39	86	2	112	34	9	12	43	1.75
24067978--24068122	39	3.8	38	78	10	134	33	8	11	45	1.72
24074180--24074232	23	2.2	23	86	10	70	73	0	15	11	1.09
24074199--24074233	18	1.9	18	88	11	54	74	0	17	8	1.06
24077328--24077417	38	2.3	39	84	1	119	36	10	10	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24083639--24083664	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
24083649--24083920	135	2.0	136	99	0	537	35	16	11	36	1.86
24084342--24084414	31	2.4	31	83	0	83	42	8	17	31	1.79
24085365--24085470	27	3.8	27	81	3	113	22	21	10	45	1.82
24085529--24085605	25	3.0	25	64	19	59	31	23	12	32	1.92
24088403--24088446	23	1.9	23	90	0	70	45	25	2	27	1.65
24090755--24090801	22	2.1	22	84	7	60	36	2	4	57	1.30
24090836--24091013	53	3.6	53	73	21	188	49	7	3	39	1.49
24090850--24091033	93	2.0	93	94	0	323	47	7	5	39	1.55
24092425--24092451	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210