genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   

This is table  19  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6469522--6469547	12	2.2	12	100	0	52	30	7	15	46	1.74
6470755--6470826	21	3.4	21	64	21	51	22	22	36	19	1.95
6471688--6471747	30	1.9	31	83	12	79	41	6	10	41	1.65
6474571--6474614	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
6474713--6474788	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
6490316--6490443	30	4.5	28	65	25	72	46	6	6	40	1.54
6490284--6490453	84	2.0	85	97	1	324	43	7	7	42	1.59
6490284--6490475	84	2.3	84	92	3	280	42	6	7	42	1.60
6491813--6491838	13	2.0	13	100	0	52	23	23	7	46	1.78
6497579--6497610	16	2.0	16	100	0	64	37	25	25	12	1.91
6502485--6502527	21	2.0	21	100	0	86	23	4	41	30	1.74
6508344--6508443	54	1.9	53	85	6	141	34	8	11	47	1.68
6511914--6511949	16	2.2	16	95	0	63	27	0	33	38	1.57
6516243--6516358	33	3.5	33	82	4	162	31	7	14	45	1.73
6516416--6516502	37	2.4	37	88	3	122	34	11	14	39	1.83
6518292--6518743	247	1.8	248	93	1	791	45	19	13	22	1.84
6519989--6520023	15	2.3	15	90	0	52	31	0	0	68	0.90
6525318--6525374	18	3.4	18	67	18	59	42	5	10	42	1.62
6525317--6525384	32	2.1	32	100	0	136	42	5	11	39	1.66
6531320--6531523	68	3.0	68	100	0	408	33	10	8	47	1.69
6534025--6534402	187	2.0	187	95	1	686	25	15	14	44	1.84
6537665--6537829	82	2.0	83	98	1	323	40	4	7	47	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6543634--6543658	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
6546859--6547008	74	2.0	75	97	2	284	44	17	11	26	1.82
6556491--6556549	29	2.0	29	100	0	118	30	10	13	45	1.76
6564174--6564210	2	18.5	2	88	0	56	43	5	0	51	1.24
6564174--6564210	10	3.7	10	96	0	65	43	5	0	51	1.24
6566665--6566787	2	66.0	2	68	19	52	46	1	0	52	1.10
6566665--6566780	9	12.9	9	65	20	55	45	1	0	52	1.10
6566630--6566783	45	3.4	45	100	0	308	45	1	0	52	1.12
6570174--6570198	6	4.2	6	100	0	50	64	0	0	36	0.94
6575914--6575956	18	2.4	18	84	7	52	48	0	2	48	1.14
6576400--6576434	18	1.9	18	88	0	52	22	8	2	65	1.34
6579567--6579605	19	2.0	20	90	9	64	46	2	17	33	1.62
6582142--6582199	27	2.2	27	81	9	66	31	5	6	56	1.47
6582552--6582595	23	1.9	23	86	9	63	34	4	6	54	1.47
6583797--6583825	12	2.3	13	94	5	51	65	6	0	27	1.18
6584071--6584101	11	2.8	11	95	0	53	32	0	25	41	1.56
6584166--6584199	14	2.2	16	90	10	54	32	2	11	52	1.53
6589552--6589585	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
6590256--6590370	11	11.2	11	69	28	76	60	0	0	39	1.03
6590257--6590343	27	3.4	26	86	10	117	60	0	1	37	1.04
6590285--6590356	29	2.5	29	93	6	121	63	0	0	36	0.94
6590256--6590387	27	5.2	25	76	13	85	61	0	0	37	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6591605--6591680	40	1.9	39	89	5	118	43	13	7	35	1.73
6596096--6596160	14	4.6	14	70	12	53	23	6	4	66	1.33
6596745--6596785	17	2.4	18	80	12	50	60	4	2	31	1.30
6596716--6597023	153	2.0	154	99	0	609	43	11	7	37	1.69
6596898--6596938	17	2.4	18	80	12	50	60	4	2	31	1.30
6604630--6604684	24	2.3	24	93	0	92	60	18	10	10	1.59
6604630--6604691	24	2.6	24	89	0	79	59	16	9	14	1.60
6604779--6604812	6	5.8	6	96	3	61	17	0	0	82	0.67
6605855--6605909	24	2.3	24	93	0	92	60	18	10	10	1.59
6605855--6605916	24	2.6	24	89	0	79	59	16	9	14	1.60
6606004--6606037	6	5.8	6	96	3	61	17	0	0	82	0.67
6606099--6606123	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
6606002--6606175	86	2.0	88	97	2	334	25	10	3	60	1.45
6606032--6606214	86	2.1	85	80	7	190	30	9	7	53	1.61
6613993--6614055	32	2.0	32	81	12	76	47	11	12	28	1.76
6617706--6617735	16	1.9	15	93	6	51	66	0	0	33	0.92
6621798--6621832	18	2.1	16	89	10	52	28	0	11	60	1.32
6621991--6622052	33	1.9	32	93	3	106	37	16	9	37	1.81
6634120--6634205	45	1.9	45	100	0	172	50	0	8	41	1.32
6634360--6634418	26	2.3	26	91	5	95	27	16	18	37	1.93
6636211--6636410	103	1.9	103	86	2	285	35	14	24	26	1.94
6643355--6643409	22	2.4	24	84	9	78	40	1	1	56	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6651994--6652047	21	2.5	20	80	14	56	62	0	0	37	0.95
6653795--6653860	33	2.0	33	96	0	123	34	24	13	27	1.93
6659316--6659420	53	2.0	53	100	0	210	37	15	17	30	1.90
6665270--6665308	13	2.9	13	85	7	51	51	0	0	48	1.00
6669742--6669782	19	2.1	20	86	4	57	63	0	0	36	0.95
6669777--6670834	526	2.0	527	99	0	2109	39	10	16	34	1.82
6684449--6684488	17	2.4	17	87	8	55	45	7	15	32	1.74
6684506--6684562	16	3.6	16	90	0	87	45	3	3	47	1.37
6684536--6684597	22	2.7	23	90	5	90	48	1	1	48	1.21
6687551--6687748	33	6.0	33	98	0	378	35	24	13	27	1.92
6692638--6692662	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
6704440--6705264	33	25.0	33	99	0	1641	36	24	12	27	1.91
6712377--6713035	328	2.0	329	99	0	1302	40	12	14	32	1.84
6728155--6728216	25	2.5	25	97	0	115	29	9	19	41	1.83
6728422--6728483	32	1.9	32	96	0	115	43	12	6	37	1.69
6728600--6729177	66	8.8	66	100	0	1156	51	9	7	31	1.62
6730967--6731071	49	2.1	49	87	0	147	30	8	9	51	1.64
6732613--6732662	26	2.0	25	84	11	66	42	2	2	54	1.23
6732643--6732689	23	2.0	24	84	15	64	40	2	4	53	1.32
6732886--6732991	44	2.5	41	75	18	117	34	31	3	30	1.75
6732899--6732991	44	2.1	46	87	4	136	36	30	4	29	1.77
6732973--6733009	16	2.3	16	90	0	56	21	29	5	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6744972--6745420	4	112.2	4	100	0	898	24	0	24	50	1.50
6745605--6746003	199	2.0	198	97	0	744	38	14	11	35	1.82
6762487--6762531	19	2.4	19	80	0	54	8	2	11	77	1.07
6762767--6762998	116	2.0	117	99	0	457	35	9	1	53	1.44
6762787--6763056	116	2.3	114	83	7	278	39	7	2	50	1.45
6776332--6776362	14	2.2	14	94	0	53	64	12	3	19	1.41
6778747--6778789	21	2.0	21	81	0	50	39	6	11	41	1.68
6779044--6779086	22	2.0	22	90	9	70	69	2	0	27	1.00
6783249--6783282	17	2.0	17	94	0	59	20	11	23	44	1.84
6785303--6785346	21	2.1	21	84	16	56	56	0	0	43	0.99
6787009--6787042	15	2.3	15	90	10	52	79	2	14	2	0.97
6787432--6787475	23	1.9	24	90	9	74	54	2	20	22	1.56
6792733--6792776	23	1.9	24	90	9	74	54	2	20	22	1.56
6793024--6793070	24	2.0	23	84	12	60	51	4	14	29	1.62
6798091--6798124	15	2.3	15	90	10	52	2	14	2	79	0.97
6798056--6798112	29	2.0	29	86	10	82	0	17	10	71	1.12
6798330--6798355	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
6803830--6803889	21	2.9	21	92	0	93	13	21	25	40	1.89
6804248--6804642	209	1.9	208	85	1	547	50	15	13	20	1.78
6808586--6808717	66	2.0	66	88	1	194	22	26	17	33	1.96
6809004--6809028	9	2.8	9	100	0	50	32	24	24	20	1.98
6818739--6818764	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6824187--6824227	3	13.3	3	94	5	73	31	0	0	68	0.90
6824874--6824900	5	5.4	5	100	0	54	55	0	0	44	0.99
6825390--6825442	20	2.5	20	81	9	52	39	0	0	60	0.97
6826072--6826122	25	2.0	25	100	0	102	11	19	7	60	1.55
6827820--6827898	29	2.7	30	78	4	79	43	1	5	50	1.32
6828157--6828182	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
6845424--6845456	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
6849837--6849877	6	6.8	6	100	0	82	17	0	68	14	1.22
6851583--6851616	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
6853092--6853116	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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