genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   

This is table  2  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
424984--425092	50	2.2	50	77	9	123	22	33	20	24	1.97
432800--432875	36	2.1	36	97	0	143	31	23	6	38	1.81
435432--435576	53	2.7	52	85	4	200	28	28	11	31	1.91
445696--445748	21	2.5	20	81	6	61	22	32	5	39	1.78
445691--445748	18	3.1	18	80	7	53	22	29	6	41	1.80
459883--459914	14	2.3	14	94	0	55	53	15	0	31	1.43
460015--460049	17	2.1	16	89	5	52	62	5	8	22	1.45
460047--460080	12	2.8	12	90	0	50	70	8	0	20	1.13
472205--472399	50	3.9	50	74	2	178	22	28	21	27	1.99
481103--481161	26	2.3	26	90	0	91	33	16	8	40	1.79
481323--481357	6	5.8	6	96	0	52	17	31	5	45	1.71
484554--484603	25	2.0	25	100	0	100	36	16	8	40	1.77
484554--484600	15	3.5	15	70	27	50	36	12	8	42	1.74
486078--486194	50	2.3	50	85	0	153	19	29	25	24	1.98
486445--486503	30	2.0	30	86	6	84	28	25	6	38	1.81
486810--486835	12	2.2	12	100	0	52	76	7	0	15	0.99
492064--492167	33	3.2	33	84	2	138	41	31	9	17	1.82
506280--506418	35	4.0	35	89	0	206	37	33	13	15	1.87
510789--510862	26	2.8	26	75	13	71	33	20	5	40	1.75
513462--513535	26	2.8	26	75	13	71	33	20	5	40	1.75
517677--517711	6	5.8	6	100	0	70	17	31	0	51	1.45
522310--522352	21	2.0	21	95	0	77	25	4	30	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
524565--524617	23	2.2	24	96	3	99	60	0	0	39	0.97
525061--525098	15	2.5	15	83	8	51	73	5	0	21	1.02
537629--537676	21	2.3	20	78	3	60	52	22	0	25	1.48
538855--538908	26	2.3	23	81	15	65	61	5	18	14	1.52
538862--538915	26	2.1	26	92	0	90	57	9	18	14	1.64
545651--545676	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
546300--546358	21	2.8	20	82	2	73	18	20	25	35	1.95
549047--549078	14	2.3	14	100	0	64	21	28	28	21	1.99
550613--550691	35	2.3	35	84	0	104	35	18	16	29	1.93
561265--561545	50	5.7	50	75	7	268	28	26	16	28	1.97
561263--561545	100	2.8	99	81	4	315	28	26	16	28	1.97
567214--567364	54	2.8	53	76	14	141	20	25	34	19	1.96
570873--570906	3	11.3	3	93	0	59	35	29	0	35	1.58
573540--573828	86	3.4	86	78	3	305	22	16	19	41	1.90
573421--573778	43	8.4	43	68	9	151	21	17	20	39	1.92
575480--575514	18	2.1	16	89	10	52	28	0	20	51	1.47
580778--580807	16	1.9	16	93	6	53	53	16	10	20	1.71
590286--590597	40	7.7	40	81	11	364	24	20	24	29	1.99
590281--590629	82	4.3	82	92	0	583	23	21	24	30	1.99
590678--591082	50	8.1	49	70	3	200	25	21	23	29	1.99
590652--591059	100	4.1	100	83	1	487	25	20	22	31	1.98
590652--591011	199	1.8	200	86	0	533	25	20	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
590628--591059	199	2.2	199	82	2	524	25	20	22	31	1.98
591362--591419	24	2.4	24	91	0	98	32	25	8	32	1.86
591892--592073	97	1.9	93	87	6	267	47	8	15	28	1.75
592389--592449	22	2.9	19	80	20	61	0	14	3	81	0.80
592392--592450	12	5.0	12	76	17	52	0	16	3	79	0.86
592395--592450	17	3.4	16	76	16	51	0	16	3	80	0.85
592405--592449	19	2.5	18	86	13	58	0	13	2	84	0.72
595691--595737	19	2.5	20	86	6	62	42	10	21	25	1.85
600064--600097	17	2.0	17	88	11	52	64	0	14	20	1.28
603944--604102	78	2.0	78	98	0	309	42	11	10	35	1.77
603956--604081	39	3.2	39	64	16	107	42	14	9	34	1.78
610028--610076	25	2.0	25	83	0	62	30	20	14	34	1.92
610042--610090	25	2.0	25	87	0	71	32	14	14	38	1.86
613917--613955	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
614147--614202	21	2.8	19	82	10	76	37	16	8	37	1.80
614158--614201	21	2.1	21	100	0	88	38	13	9	38	1.77
617262--617316	27	2.1	25	83	6	65	58	10	10	20	1.62
621338--621438	30	3.4	29	82	4	103	42	7	27	21	1.81
628737--629149	30	13.8	30	78	6	322	38	14	23	23	1.92
628912--629136	89	2.5	89	92	0	360	40	14	24	21	1.90
628943--629108	59	2.8	59	80	7	149	42	15	23	19	1.89
634653--634686	5	6.8	5	100	0	68	20	0	0	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
638691--638789	41	2.4	41	87	0	135	31	20	25	23	1.98
640025--640552	257	2.0	259	92	1	880	31	11	21	35	1.90
646395--646619	41	5.5	41	88	2	118	33	21	22	22	1.97
646388--646619	82	2.8	82	86	1	297	33	21	23	21	1.97
646388--646619	123	1.9	122	82	2	295	33	21	23	21	1.97
646622--646805	42	4.4	42	82	4	174	22	14	26	36	1.93
648536--648584	24	2.1	23	85	7	64	20	12	22	44	1.84
650277--650404	52	2.5	52	88	3	188	28	31	13	26	1.94
652771--652993	27	8.3	27	82	5	229	41	19	21	17	1.91
654575--654764	50	3.7	50	80	9	195	27	18	27	25	1.98
655013--655051	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
656087--656160	28	2.7	28	89	2	114	22	29	22	24	1.99
665463--666008	272	2.0	272	100	0	1092	36	21	17	23	1.95
666541--666616	33	2.3	33	77	6	82	68	1	10	19	1.26
666774--666824	26	1.9	26	84	11	68	54	15	1	27	1.52
666784--666838	27	2.1	25	83	6	65	58	9	5	27	1.51
670857--671051	30	6.4	29	79	9	133	38	11	24	25	1.89
670857--671049	60	3.2	58	80	7	199	38	11	23	25	1.88
671034--671169	29	4.6	29	82	9	159	39	12	28	19	1.88
671038--671149	29	3.8	29	88	2	170	39	14	29	16	1.88
671038--671169	59	2.2	59	93	0	219	39	12	29	18	1.87
678620--678935	30	10.5	31	73	8	167	41	12	23	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
678618--678756	61	2.3	61	80	0	161	40	10	23	25	1.86
678705--678933	89	2.5	90	83	5	284	43	12	22	21	1.86
678770--678901	59	2.2	60	81	4	151	40	12	25	20	1.88
681214--681778	298	1.9	296	91	1	925	39	20	8	31	1.83
686323--686370	19	2.5	19	83	10	62	43	8	14	33	1.75
698577--698607	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
698732--698882	54	2.8	53	77	9	173	34	17	21	26	1.95
699057--699126	29	2.4	29	82	0	86	21	12	21	44	1.85
704018--704093	38	2.0	38	100	0	152	50	10	21	18	1.76
710954--711022	34	2.0	34	97	0	129	13	14	23	49	1.78
713893--714078	50	3.7	50	81	3	198	22	27	23	26	1.99
715058--715082	12	2.1	12	100	0	50	44	16	0	40	1.47
723063--723148	35	2.5	35	81	9	106	45	0	4	50	1.22
723090--723150	24	2.5	23	80	15	61	45	0	4	49	1.23
724829--724929	45	2.2	44	83	11	116	22	17	18	40	1.91
735055--735095	6	6.8	6	91	0	55	2	0	17	80	0.82
735047--735095	18	2.7	18	80	3	62	6	0	16	77	0.96
735079--735131	13	4.2	13	81	13	65	13	0	7	79	0.93
735106--735166	5	12.6	5	87	6	90	18	1	16	63	1.38
736165--736305	70	2.0	71	92	1	239	24	12	13	49	1.76
740562--740595	18	1.9	17	88	5	50	47	0	8	44	1.34
741531--741661	29	4.5	30	73	12	85	39	25	14	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742796--742821	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
744723--744767	21	2.1	21	91	0	72	22	26	22	28	1.99
751347--751456	3	36.7	3	71	13	66	56	3	8	31	1.46
754004--754048	20	2.2	20	92	0	72	17	33	13	35	1.89
757330--757372	20	2.2	20	87	8	61	16	18	4	60	1.52
758014--758101	25	3.5	25	81	6	106	29	20	23	26	1.99
758045--758108	25	2.6	25	80	9	76	35	18	23	21	1.95
758045--758120	25	3.0	24	78	14	73	38	17	22	22	1.93
758018--758114	50	1.9	50	81	4	115	34	17	23	24	1.96
759037--759068	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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