genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  181  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60161394--60161432	19	2.1	19	90	9	62	64	0	12	23	1.28
60161896--60162070	43	4.2	43	73	17	188	53	5	8	33	1.54
60161927--60162078	81	1.9	83	88	5	238	56	3	7	31	1.46
60162883--60162921	19	2.1	19	90	9	62	64	0	12	23	1.28
60163437--60163517	22	3.8	20	80	8	81	12	22	22	43	1.86
60166195--60166249	28	2.0	28	82	13	69	10	10	9	69	1.38
60176883--60176993	47	2.4	47	98	0	213	43	22	13	20	1.87
60191723--60192262	266	2.0	268	98	1	1066	45	9	11	33	1.72
60193085--60193128	11	3.9	11	87	3	61	20	29	2	47	1.62
60193081--60193131	22	2.4	22	84	12	70	19	27	1	50	1.58
60193096--60193195	51	2.0	51	92	4	166	25	25	3	47	1.66
60194424--60194846	125	3.3	125	84	7	578	30	20	17	31	1.96
60195365--60195483	27	4.1	27	70	20	73	74	5	11	7	1.20
60197351--60197425	38	2.0	38	84	5	98	33	28	20	18	1.96
60199783--60199836	20	2.7	20	72	13	56	59	1	7	31	1.36
60199971--60200009	19	2.1	19	85	0	51	74	7	2	15	1.15
60202950--60202986	19	1.9	19	94	0	65	56	2	0	40	1.13
60203027--60203091	30	2.2	30	97	0	121	58	15	3	23	1.51
60208990--60209335	168	2.1	168	100	0	692	38	19	17	24	1.93
60213710--60214047	168	2.0	168	99	0	667	27	13	19	39	1.90
60214121--60214178	24	2.4	24	94	0	98	5	18	5	70	1.25
60220885--60220919	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60221729--60221763	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
60226992--60227032	22	1.9	22	85	5	57	39	2	21	36	1.67
60227050--60227253	36	5.6	36	70	11	137	27	24	23	25	2.00
60227075--60227215	76	1.9	76	83	3	185	27	22	22	26	1.99
60229606--60229812	104	2.0	105	96	3	382	62	4	14	18	1.49
60229650--60229822	55	3.2	55	68	19	173	64	4	11	19	1.43
60230768--60230825	17	3.5	16	77	15	64	75	1	6	15	1.09
60230768--60230825	16	3.5	17	81	11	75	75	1	6	15	1.09
60230774--60230821	21	2.2	21	85	10	62	77	2	4	16	1.03
60231459--60231488	14	2.1	14	100	0	60	20	43	13	23	1.86
60231477--60231960	96	5.3	96	70	18	358	29	21	18	30	1.97
60231564--60231857	45	6.5	45	71	17	166	28	23	18	30	1.97
60231479--60231962	181	2.7	181	89	2	724	29	21	18	30	1.97
60231946--60232493	132	4.2	133	87	1	721	26	24	19	30	1.98
60231975--60232444	44	10.7	44	68	12	196	26	24	18	30	1.98
60232102--60232470	88	4.2	87	69	10	221	26	25	18	30	1.98
60236946--60236999	5	11.0	5	76	11	58	75	1	3	18	1.03
60236942--60236998	16	3.4	17	83	11	73	75	1	5	17	1.07
60237598--60237732	67	2.0	67	98	0	261	40	4	12	42	1.63
60239061--60239089	14	2.0	15	93	6	51	37	6	6	48	1.57
60241378--60241402	6	4.2	6	100	0	50	36	48	0	16	1.46
60242030--60242076	14	3.3	14	82	5	58	72	0	23	4	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60242397--60242455	20	3.0	20	80	9	75	37	8	10	44	1.69
60264630--60264715	44	2.0	44	80	0	100	31	20	22	25	1.98
60269475--60269547	38	2.0	37	91	5	121	28	12	13	45	1.80
60283981--60284012	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
60285005--60285038	17	2.0	17	88	0	50	50	0	11	38	1.39
60293307--60293523	105	2.1	101	86	5	292	29	16	26	27	1.97
60293444--60293521	33	2.4	33	78	8	95	30	16	25	26	1.97
60306478--60306535	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
60306491--60306607	19	5.8	19	86	8	126	37	16	9	36	1.81
60306514--60306607	19	4.8	19	90	5	152	36	15	10	37	1.83
60306838--60307138	132	2.3	132	88	4	439	29	23	17	28	1.97
60307306--60307809	44	11.5	44	73	10	361	29	25	16	28	1.97
60307306--60307691	132	2.9	133	89	3	557	29	26	16	28	1.96
60307343--60307813	220	2.1	220	88	1	676	29	26	15	28	1.96
60307306--60307813	132	3.8	132	87	2	477	29	25	16	28	1.97
60308127--60308219	45	2.0	46	97	2	179	30	26	15	27	1.96
60310214--60310268	27	2.0	27	89	0	83	36	16	14	32	1.89
60314732--60314832	43	2.4	43	85	6	143	22	13	32	30	1.93
60321899--60321923	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
60323132--60323179	24	2.1	22	88	7	69	62	8	2	27	1.35
60323136--60323190	25	2.3	23	84	6	65	61	9	1	27	1.36
60323135--60323190	23	2.3	24	81	12	69	60	8	1	28	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60323224--60324117	85	10.5	85	100	0	1788	46	7	9	36	1.63
60333201--60333328	64	2.0	64	98	0	247	28	14	13	43	1.82
60344549--60344609	16	3.5	17	78	17	63	34	0	1	63	1.04
60344549--60344609	17	3.6	16	80	10	68	34	0	1	63	1.04
60346638--60346730	44	2.1	44	87	0	132	44	6	23	25	1.77
60364450--60364481	9	3.6	9	95	0	55	62	0	0	37	0.95
60365340--60365404	27	2.4	27	89	0	94	30	21	35	12	1.90
60365531--60365580	14	3.6	13	84	10	55	62	0	36	2	1.07
60365543--60365586	3	15.3	3	81	9	56	63	0	34	2	1.07
60365531--60365591	20	3.6	17	72	24	56	63	0	34	1	1.04
60365545--60365590	14	3.4	13	88	8	58	65	0	32	2	1.05
60365754--60366093	22	15.0	20	72	21	123	31	0	12	55	1.43
60365778--60365834	19	2.9	19	86	2	78	33	0	14	52	1.41
60365879--60366113	27	9.5	25	77	18	244	31	0	13	54	1.45
60365869--60366113	49	5.0	49	89	2	377	31	0	13	54	1.44
60365875--60366113	97	2.4	98	97	0	444	31	0	12	54	1.44
60366042--60366099	22	2.9	19	76	14	62	34	1	12	51	1.49
60369141--60369185	22	2.1	22	87	4	65	2	31	0	66	1.04
60369143--60369194	18	3.0	17	79	20	63	1	34	0	63	1.06
60369272--60369324	27	2.0	27	100	0	106	22	41	20	15	1.89
60379757--60379793	19	1.9	19	88	0	56	29	8	29	32	1.86
60380350--60380726	188	2.0	189	99	0	747	35	15	17	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60382508--60382538	16	1.9	16	93	0	53	29	0	25	45	1.54
60383053--60383128	35	2.1	35	85	7	100	14	13	35	36	1.85
60392010--60392157	80	1.9	80	90	5	237	44	10	2	43	1.49
60392674--60392739	31	2.1	31	100	0	132	30	12	9	48	1.71
60394878--60394908	5	6.2	5	100	0	62	41	19	19	19	1.90
60395597--60395633	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
60400564--60400605	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
60402670--60402706	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
60409442--60409651	103	2.0	104	99	0	413	26	10	18	44	1.81
60413180--60413236	18	3.2	18	67	5	53	33	26	15	24	1.95
60415692--60415860	84	2.0	84	95	0	302	43	3	20	33	1.69
60416786--60416851	29	2.3	29	83	0	87	36	16	25	21	1.94
60416546--60416870	163	2.0	165	85	2	440	42	17	18	20	1.89
60424498--60424562	17	3.9	17	74	11	62	24	1	3	70	1.10
60424501--60424562	33	1.9	32	83	6	81	22	1	3	72	1.08
60427078--60427118	21	2.0	21	95	0	73	21	17	31	29	1.96
60427774--60427927	81	1.9	82	94	1	274	28	6	16	48	1.71
60432450--60432509	3	20.0	3	77	13	61	30	3	1	65	1.19
60433439--60433482	18	2.4	18	81	11	54	22	0	0	77	0.77
60434473--60434500	8	3.5	8	100	0	56	35	0	0	64	0.94
60435160--60435195	18	2.0	18	89	10	56	38	2	19	38	1.66
60435258--60435365	37	2.9	35	78	15	92	37	6	19	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60435530--60435649	51	2.3	51	85	7	179	18	20	20	40	1.92
60436924--60437755	420	2.0	417	95	1	1486	34	12	19	33	1.89
60442705--60442852	42	3.5	42	77	6	140	18	18	17	44	1.87
60444799--60444898	45	2.2	45	82	5	121	26	20	14	40	1.90
60450290--60450331	21	2.0	21	100	0	84	23	19	14	42	1.87
60451047--60451111	28	2.3	29	81	10	89	38	32	9	20	1.84
60454613--60454641	13	2.3	13	94	5	51	37	6	0	55	1.27
60457966--60458008	15	2.8	15	82	3	50	44	27	0	27	1.55
60460795--60460840	21	2.1	21	88	4	65	26	13	2	58	1.46
60460915--60460958	11	3.9	11	90	3	70	45	0	31	22	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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