genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  79  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27627149--27627197	20	2.4	20	89	3	71	61	0	6	32	1.21
27627140--27627198	18	3.1	18	77	15	57	61	0	5	33	1.18
27627203--27627232	11	2.7	11	100	0	60	76	0	0	23	0.78
27632569--27632596	8	3.5	8	100	0	56	60	0	0	39	0.97
27634532--27634588	26	2.2	26	96	0	105	43	24	8	22	1.81
27635590--27635631	16	2.7	16	81	3	50	57	0	0	42	0.99
27642440--27642623	46	4.3	46	77	14	194	30	21	13	34	1.92
27642530--27642602	36	2.0	36	94	5	130	27	19	15	38	1.91
27648791--27648843	28	1.9	28	84	3	72	60	7	1	30	1.35
27650272--27650443	44	3.9	44	95	2	303	34	22	19	23	1.97
27650267--27650505	44	5.5	43	85	4	284	34	23	18	24	1.96
27650862--27650934	21	3.5	22	78	10	82	8	36	15	39	1.77
27650875--27650947	21	3.5	21	84	0	101	6	39	16	36	1.75
27651744--27651780	13	2.8	13	91	0	56	48	2	8	40	1.47
27655708--27655785	9	9.1	9	71	10	65	30	2	23	43	1.67
27655714--27655763	25	2.0	25	84	0	64	32	0	22	46	1.52
27655708--27655784	34	2.3	34	84	4	93	31	2	23	42	1.68
27658240--27658271	15	2.1	15	94	0	55	43	40	0	15	1.47
27658536--27658569	15	2.3	15	90	10	52	32	47	0	20	1.51
27658905--27659669	114	6.7	114	85	2	964	25	25	21	26	2.00
27659568--27659733	74	2.3	74	84	3	221	25	24	22	28	1.99
27661323--27661407	9	9.4	9	85	5	109	27	8	21	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27662703--27662733	16	1.9	16	93	0	53	32	9	9	48	1.69
27684387--27684428	19	2.2	19	86	4	57	50	2	2	45	1.27
27684458--27684491	17	2.0	17	94	0	59	55	5	11	26	1.58
27685360--27685384	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27685354--27685392	14	2.8	14	76	0	51	56	0	5	38	1.22
27693819--27693856	18	2.2	18	90	9	62	21	5	2	71	1.19
27694050--27694106	27	2.1	27	100	0	114	33	14	15	36	1.88
27698543--27698580	18	2.2	18	95	4	69	60	5	7	26	1.46
27698542--27698580	17	2.2	19	86	13	64	61	5	7	25	1.44
27700205--27700495	145	2.0	143	98	1	564	44	10	19	25	1.83
27704373--27704411	9	4.3	9	86	0	60	46	10	10	33	1.72
27706356--27706406	25	2.0	25	92	7	86	13	31	21	33	1.92
27707111--27707142	13	2.3	15	89	10	50	43	0	0	56	0.99
27721708--27721751	21	2.1	21	83	8	54	38	0	4	56	1.20
27722182--27722219	19	2.0	19	94	0	67	36	28	5	28	1.79
27724769--27725013	122	2.0	123	99	0	483	37	19	7	35	1.80
27726178--27726366	33	5.6	33	69	22	133	34	24	21	19	1.96
27726132--27726308	76	2.3	77	87	4	252	33	24	19	21	1.97
27726178--27726445	136	2.0	133	80	10	301	33	26	19	20	1.97
27729709--27729755	23	1.9	26	83	12	64	48	8	10	31	1.68
27740643--27741066	210	2.0	211	91	2	683	33	15	20	31	1.93
27744274--27744309	18	2.0	18	88	0	54	25	2	19	52	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27744303--27744631	55	5.9	54	75	11	164	28	7	14	49	1.71
27744419--27744567	61	2.6	57	82	10	160	26	8	15	49	1.73
27749878--27749925	10	4.9	10	76	2	53	66	2	6	25	1.26
27750873--27750939	25	2.6	26	76	7	73	28	20	25	25	1.99
27751091--27751141	26	2.0	26	84	7	68	39	21	21	17	1.93
27755872--27755950	24	3.3	24	76	11	74	35	5	2	56	1.35
27757979--27758020	21	2.0	21	100	0	84	33	14	9	42	1.78
27757979--27758027	21	2.6	19	87	12	66	32	12	10	44	1.75
27759017--27759071	25	2.2	24	81	12	67	29	1	9	60	1.38
27759904--27759977	36	2.1	36	100	0	148	24	13	40	21	1.89
27767322--27767364	20	2.1	21	87	8	63	55	20	4	18	1.60
27767320--27767368	19	2.3	21	73	20	57	59	18	4	18	1.53
27767401--27767439	15	2.6	16	88	8	55	61	28	0	10	1.28
27768555--27768585	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
27771144--27771210	27	2.5	27	97	0	125	31	23	32	11	1.91
27771209--27771355	19	7.4	19	69	19	95	31	0	12	55	1.42
27771279--27771355	19	3.9	19	86	6	118	31	1	12	54	1.47
27771279--27771355	40	2.0	38	89	5	118	31	1	12	54	1.47
27771655--27771718	27	2.4	27	97	0	119	12	32	25	29	1.92
27772771--27772807	19	1.9	19	94	0	65	0	43	10	45	1.39
27775624--27775658	16	2.2	16	94	0	61	22	34	5	37	1.78
27775680--27775712	16	2.1	16	100	0	66	21	36	6	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27775585--27775712	56	2.3	55	89	4	186	30	32	5	32	1.80
27776713--27776737	13	1.9	13	100	0	50	20	40	8	32	1.81
27778745--27778819	32	2.3	32	93	0	132	40	12	6	41	1.68
27780556--27780654	44	2.3	41	75	17	92	44	1	4	50	1.27
27780589--27780652	28	2.4	28	86	5	87	43	0	0	56	0.99
27780502--27780709	110	1.9	105	87	9	301	42	0	5	51	1.31
27780894--27780999	44	2.5	41	73	18	108	35	30	3	30	1.75
27780911--27781001	46	2.0	46	93	4	159	38	30	4	26	1.76
27780981--27781017	16	2.3	16	95	0	65	18	35	5	40	1.74
27781733--27781775	15	2.9	15	76	13	52	51	0	11	37	1.39
27781820--27781857	18	2.0	19	90	10	60	47	0	0	52	1.00
27781960--27782216	122	2.1	121	97	2	482	44	5	4	45	1.47
27786296--27786328	17	2.0	17	88	5	50	57	9	0	33	1.30
27789260--27789308	22	2.2	22	77	0	53	26	24	12	36	1.91
27789267--27789328	22	2.8	22	85	0	70	19	24	19	37	1.94
27790647--27790832	41	4.5	41	90	0	291	22	27	21	27	1.99
27809353--27809424	30	2.4	30	83	6	83	45	2	15	36	1.60
27822983--27823018	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
27823254--27823288	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27829573--27829678	29	3.6	29	75	5	122	21	10	15	52	1.72
27829602--27829700	31	3.3	31	74	5	121	22	13	14	50	1.76
27829570--27829703	60	2.2	60	100	0	268	23	12	14	49	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27832516--27832556	21	2.0	21	85	0	55	43	17	21	17	1.87
27832535--27832641	42	2.5	42	95	1	187	41	19	23	15	1.90
27832491--27832623	63	2.1	63	78	0	140	45	18	21	15	1.85
27844872--27844928	27	2.1	27	83	3	71	28	1	3	66	1.18
27846987--27847039	23	2.3	23	86	0	70	26	15	32	26	1.95
27854924--27854980	27	2.1	27	83	3	71	28	1	3	66	1.18
27857039--27857091	23	2.3	23	86	0	70	26	15	32	26	1.95
27871656--27872533	439	2.0	439	100	0	1756	35	19	21	24	1.96
27886293--27886509	108	2.0	109	97	0	409	38	8	16	36	1.79
27890381--27890473	44	2.1	44	83	0	114	45	12	19	22	1.84
27890494--27890677	50	3.7	50	87	0	251	28	19	32	20	1.97
27893845--27894003	39	3.9	39	79	14	135	19	18	22	39	1.92
27893845--27894049	45	5.0	39	77	15	189	20	18	20	40	1.92
27893872--27894049	45	4.1	45	84	8	242	19	17	20	41	1.90
27893863--27894049	84	2.2	84	88	1	277	19	18	21	40	1.91
27896930--27896975	23	2.0	23	100	0	92	39	17	21	21	1.93
27897789--27897813	12	2.1	12	100	0	50	76	8	8	8	1.18
27897810--27897925	57	2.0	57	82	11	139	49	6	18	26	1.70
27900998--27901022	12	2.1	12	100	0	50	8	24	36	32	1.84
27901014--27901120	40	2.6	40	83	2	133	32	23	21	22	1.98
27901166--27901468	41	7.4	41	88	3	439	21	24	26	28	1.99
27902291--27902331	14	2.8	15	88	3	57	29	0	31	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27903099--27903435	153	2.2	153	96	0	622	44	12	14	28	1.82
27905114--27905283	86	2.0	87	83	1	216	31	5	16	45	1.71
27905236--27905338	54	1.9	54	97	0	197	33	9	10	46	1.71
27905434--27905684	86	2.9	86	80	6	256	33	9	14	42	1.79
27905696--27905780	40	2.1	40	84	4	109	30	5	14	49	1.66
27905849--27905884	17	2.1	18	94	5	65	55	0	22	22	1.44
27907881--27907973	40	2.3	40	81	7	98	22	17	30	30	1.96
27907938--27908083	43	3.4	43	76	4	150	26	19	24	29	1.98
27908265--27908336	36	2.0	36	83	2	92	30	27	8	33	1.86
27919663--27919706	16	2.6	16	79	10	52	47	4	0	47	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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