genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  65  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23010253--23010305	20	2.7	19	77	11	54	22	5	1	69	1.19
23010261--23010302	19	2.2	19	83	8	50	19	7	2	71	1.20
23010863--23010917	27	2.0	27	89	0	83	18	20	10	50	1.76
23018715--23019329	306	2.0	306	98	0	1194	29	21	13	35	1.92
23019701--23019791	45	2.0	45	95	0	164	32	12	7	47	1.69
23020516--23020575	30	2.0	31	83	3	77	20	40	1	38	1.62
23044087--23044148	28	2.2	27	86	13	81	61	3	1	33	1.22
23044070--23044169	20	5.2	20	70	9	64	60	2	1	37	1.15
23046496--23046539	21	2.1	21	84	16	56	50	6	38	4	1.50
23052594--23052675	28	2.7	29	83	14	96	43	9	0	46	1.36
23054313--23054560	123	2.0	123	96	3	464	50	3	8	38	1.48
23056242--23056276	6	5.8	6	100	0	70	31	0	17	51	1.45
23056570--23056665	48	2.0	48	86	8	133	13	22	14	48	1.79
23057354--23057448	48	2.0	48	89	0	145	14	23	11	50	1.75
23056525--23058578	781	2.6	782	97	1	3836	31	18	16	33	1.93
23058135--23058229	48	2.0	47	85	6	129	13	22	13	50	1.76
23058474--23058683	105	2.0	104	97	0	393	41	14	18	25	1.88
23059145--23059179	6	5.8	6	100	0	70	31	0	17	51	1.45
23059473--23059568	48	2.0	48	91	0	156	13	21	14	50	1.78
23060207--23060276	30	2.3	30	82	0	77	42	25	21	10	1.84
23068728--23068762	18	1.9	18	88	0	52	28	11	2	57	1.48
23075793--23075821	8	3.8	8	95	4	51	0	0	10	89	0.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23078046--23078147	52	2.0	52	90	0	159	30	11	23	34	1.91
23080491--23081532	521	2.0	521	100	0	2084	27	19	19	33	1.96
23087660--23087790	41	3.2	41	88	0	190	32	29	19	18	1.95
23091158--23091211	27	2.0	27	82	13	67	27	5	3	62	1.34
23099772--23099836	20	3.0	22	82	10	73	53	0	0	46	1.00
23100441--23100492	20	2.5	21	79	14	63	40	0	5	53	1.25
23101202--23101258	27	2.1	27	90	0	87	24	26	7	42	1.80
23106063--23106110	23	2.1	23	100	0	96	35	25	20	18	1.95
23120025--23120089	27	2.4	27	86	0	94	29	23	30	16	1.96
23120200--23120259	17	3.6	18	75	18	58	70	0	30	0	0.88
23120212--23120251	14	2.9	13	85	10	53	65	0	35	0	0.93
23120405--23120468	19	3.2	19	83	12	83	31	1	10	56	1.43
23120407--23120473	22	3.2	22	85	10	95	28	1	10	59	1.39
23124176--23124237	27	2.3	27	82	0	88	27	37	20	14	1.92
23125901--23125946	17	2.8	17	75	18	53	47	0	0	52	1.00
23128559--23128607	21	2.3	21	85	0	62	57	4	2	36	1.30
23131299--23131393	39	2.4	39	96	0	172	4	20	38	36	1.72
23131353--23131444	24	3.7	24	78	8	94	6	18	42	32	1.76
23139549--23139737	39	4.8	38	70	15	118	33	4	12	49	1.60
23142072--23142236	43	3.9	42	77	16	171	21	17	29	31	1.96
23142081--23142236	84	1.9	84	85	8	219	22	17	29	30	1.97
23144914--23145188	136	2.0	137	96	1	507	34	24	11	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23152609--23152671	10	5.8	10	74	22	56	63	0	34	1	1.04
23152612--23152697	20	4.3	20	82	8	97	66	0	32	1	1.00
23152645--23152700	24	2.4	24	82	8	62	67	0	32	0	0.91
23153018--23153885	304	2.9	301	89	4	1343	52	7	10	29	1.64
23153018--23153889	152	5.7	152	83	7	1058	52	7	10	29	1.64
23154671--23154718	8	6.1	8	75	4	53	47	22	2	27	1.62
23157496--23157699	37	5.4	37	71	17	118	50	11	3	33	1.57
23157567--23157613	23	2.0	23	84	8	60	59	14	2	23	1.46
23158283--23158336	12	4.6	12	76	4	56	70	12	5	11	1.32
23158283--23158333	24	2.2	23	92	3	84	72	11	3	11	1.25
23161388--23161421	18	1.9	17	88	5	50	14	0	2	82	0.79
23161745--23161789	22	2.0	23	91	4	74	55	0	0	44	0.99
23161785--23161828	23	1.9	23	85	0	61	77	4	6	11	1.11
23170162--23170190	14	2.0	15	93	6	51	62	0	3	34	1.12
23175930--23175972	22	2.0	22	90	0	68	4	6	18	69	1.29
23176113--23176150	11	3.5	11	85	3	51	76	0	0	23	0.79
23177345--23177438	44	2.1	44	92	0	152	30	9	19	40	1.83
23179591--23179672	43	1.9	43	87	9	123	32	29	18	19	1.95
23185482--23185536	29	2.0	27	83	13	69	25	10	5	58	1.53
23196623--23196660	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
23198173--23198210	19	2.1	17	90	9	58	28	2	0	68	1.03
23198139--23198230	30	3.0	30	80	4	105	35	2	0	61	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23198193--23198221	11	2.6	11	100	0	58	37	0	0	62	0.96
23211118--23211174	25	2.3	25	84	0	69	40	12	5	42	1.65
23211438--23211506	23	3.0	23	87	4	95	31	20	27	20	1.97
23218490--23218541	25	2.1	25	88	0	77	42	13	5	38	1.68
23218806--23218874	23	3.0	23	87	4	95	31	20	27	20	1.97
23224493--23224564	25	2.9	25	89	0	108	27	25	19	27	1.99
23232064--23232322	98	2.6	99	83	4	299	26	19	20	33	1.96
23232064--23232323	50	5.2	50	67	2	157	26	19	20	33	1.96
23232454--23233135	44	15.7	44	70	9	321	26	26	19	27	1.99
23232331--23232613	85	3.4	85	71	4	286	27	26	19	27	1.99
23232448--23233136	217	3.2	217	93	0	1137	26	26	19	27	1.99
23232595--23232922	173	1.9	173	79	8	373	26	26	20	26	1.99
23232334--23233091	44	17.7	44	70	10	214	27	26	18	27	1.99
23249553--23249595	14	3.0	15	86	10	63	32	20	20	25	1.97
23253235--23253267	12	2.9	12	91	8	52	9	21	9	60	1.54
23255780--23255824	23	2.0	23	82	8	56	48	15	0	35	1.45
23255881--23255915	17	2.1	16	89	5	52	22	20	0	57	1.41
23259313--23259343	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
23259501--23259549	23	2.1	23	84	0	62	42	34	4	18	1.69
23262586--23262611	5	5.2	5	100	0	52	19	61	19	0	1.35
23265835--23266008	89	2.0	88	95	1	312	41	10	14	33	1.80
23271102--23272581	740	2.0	740	99	0	2942	31	20	14	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23274912--23274964	19	2.9	18	78	8	63	77	3	5	13	1.09
23274912--23274970	19	3.2	19	72	13	52	77	3	5	13	1.05
23276926--23276982	27	2.2	27	87	12	84	61	5	15	17	1.52
23283982--23284025	6	7.0	6	80	10	52	75	0	0	25	0.81
23283983--23284026	20	2.3	19	88	7	70	77	0	0	22	0.77
23283995--23284028	14	2.4	14	85	0	50	79	0	0	20	0.73
23287674--23287723	24	2.1	24	88	0	73	52	10	4	34	1.54
23296723--23296761	14	3.0	13	85	10	53	61	7	0	30	1.24
23298735--23298759	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
23299439--23299506	35	2.0	35	82	8	86	23	10	14	51	1.73
23299590--23299696	50	2.1	52	86	5	148	28	12	12	47	1.76
23304409--23304446	18	2.1	18	95	0	67	23	13	13	50	1.76
23308709--23308763	6	9.0	6	93	2	92	67	14	0	18	1.24
23315622--23315649	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
23315622--23317467	952	1.9	950	99	0	3665	30	17	19	31	1.95
23317464--23317500	6	6.2	6	93	0	65	29	48	21	0	1.50
23319027--23319505	172	2.8	172	88	2	683	36	9	18	35	1.83
23322011--23322173	74	2.2	73	91	3	263	51	14	7	25	1.69
23322322--23322391	33	2.1	33	86	0	95	22	14	42	20	1.88
23326563--23326603	15	2.9	14	82	10	57	73	7	0	19	1.07
23326600--23326634	15	2.2	16	95	5	63	62	8	0	28	1.24
23326609--23327124	108	4.9	102	81	9	554	55	14	0	29	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23327046--23327209	80	2.0	80	91	1	265	54	17	1	27	1.50
23326938--23327275	182	1.8	186	79	9	395	54	16	1	27	1.51
23327365--23327408	14	3.1	14	83	6	54	0	25	0	75	0.81
23327366--23327422	23	2.3	26	82	8	66	0	29	0	70	0.88
23327370--23327437	35	1.9	35	88	8	102	0	32	0	67	0.91
23328537--23328617	19	4.4	19	71	22	57	70	0	29	0	0.88
23328535--23328616	4	20.0	4	77	18	80	69	0	30	0	0.89
23328860--23328884	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22
23328779--23329050	94	2.9	94	94	2	460	26	0	17	55	1.44
23328954--23328978	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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