genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  26  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9379640--9379664	9	2.8	9	100	0	50	24	36	0	40	1.55
9388643--9388689	14	3.4	14	79	2	51	55	0	10	34	1.35
9389924--9389959	18	2.0	18	89	10	56	44	0	25	30	1.54
9393687--9393782	26	3.8	26	74	12	83	37	18	23	19	1.94
9393717--9393789	26	2.9	25	84	8	85	38	17	23	20	1.93
9403363--9403481	49	2.4	49	85	0	148	28	32	15	23	1.95
9404351--9404461	13	7.6	13	67	21	60	49	5	7	37	1.53
9404369--9404442	23	3.3	23	68	24	75	47	8	5	39	1.56
9404348--9404474	45	2.8	45	100	0	254	48	6	6	38	1.54
9411512--9411655	48	3.0	48	93	0	252	23	11	22	41	1.87
9417346--9417510	55	3.0	55	91	0	267	50	16	7	24	1.72
9418361--9418436	37	2.1	37	100	0	152	53	7	7	30	1.58
9420062--9420131	17	4.0	18	72	22	60	21	21	1	55	1.51
9420064--9420133	6	12.4	5	73	20	50	22	21	1	54	1.53
9420064--9420133	11	6.2	10	74	19	50	22	21	1	54	1.53
9421420--9421475	18	2.9	18	75	17	51	58	1	0	39	1.08
9423123--9423150	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9430250--9430954	113	6.2	113	75	10	512	31	19	21	28	1.97
9430250--9430924	228	3.0	225	81	5	768	31	18	21	28	1.97
9431279--9431320	15	2.9	15	82	3	50	19	0	38	42	1.51
9434033--9434125	17	5.9	17	69	19	58	38	4	7	49	1.51
9434026--9434082	30	1.9	30	92	0	96	31	7	5	56	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9434074--9434112	16	2.5	16	83	4	53	46	0	7	46	1.31
9434044--9434181	61	2.3	61	83	7	165	39	4	7	48	1.52
9438164--9438256	21	4.3	21	78	6	87	37	19	41	1	1.59
9438217--9438270	24	2.2	24	83	0	72	42	11	40	5	1.64
9438217--9438256	12	3.3	12	96	0	71	42	15	42	0	1.46
9442658--9442699	22	1.9	22	85	0	57	26	0	7	66	1.17
9456043--9456081	6	6.7	6	91	5	53	41	0	5	53	1.23
9456043--9456077	17	2.1	17	88	0	52	42	0	5	51	1.25
9457271--9457337	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
9457638--9457677	9	4.4	9	87	0	62	45	22	7	25	1.78
9457780--9457823	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
9461505--9461621	53	2.2	54	90	3	184	40	8	9	41	1.68
9462830--9462867	16	2.3	17	86	4	51	34	2	5	57	1.35
9469285--9469339	20	2.7	21	82	5	67	23	3	7	65	1.34
9469376--9469428	20	2.6	20	80	11	63	33	1	0	64	1.05
9472652--9472701	19	2.5	20	71	12	50	38	2	0	60	1.09
9477891--9477927	18	2.1	18	90	5	58	35	24	0	40	1.55
9477956--9477989	5	7.0	5	96	3	61	41	0	0	58	0.98
9482453--9482556	41	2.5	41	82	0	118	26	23	18	31	1.97
9482755--9482798	22	2.0	23	90	4	72	34	11	31	22	1.90
9487660--9487755	49	1.9	50	85	2	131	45	9	15	29	1.77
9489994--9490018	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9505626--9505817	50	3.9	50	89	0	269	26	20	31	21	1.98
9507713--9507762	3	17.0	3	79	4	57	68	0	32	0	0.90
9519082--9519144	18	3.6	18	66	23	53	30	12	15	41	1.85
9519089--9519178	34	2.6	34	82	3	110	32	11	14	42	1.81
9519155--9519180	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
9521829--9521876	23	2.1	23	84	0	60	72	6	0	20	1.05
9523234--9523291	5	10.8	5	75	14	53	36	17	3	43	1.66
9523234--9523291	22	2.6	22	83	0	80	36	17	3	43	1.66
9523234--9523312	27	3.0	27	76	10	76	32	16	5	45	1.69
9524582--9524620	5	7.8	5	100	0	78	82	0	0	17	0.68
9525998--9526214	111	2.0	111	93	0	371	29	10	26	33	1.89
9527879--9528138	101	2.6	101	85	1	344	30	15	26	27	1.96
9528016--9528093	33	2.4	32	80	6	84	34	15	23	26	1.94
9529295--9529336	18	2.3	18	84	8	50	35	14	14	35	1.86
9529319--9529384	22	3.0	22	88	2	87	37	9	16	36	1.81
9535207--9535446	50	4.8	49	77	5	185	31	20	20	27	1.97
9535212--9535446	100	2.3	100	88	1	328	31	20	20	27	1.97
9535401--9535785	168	2.3	168	89	1	594	29	17	24	28	1.98
9535743--9535880	50	2.7	51	78	3	154	29	19	24	26	1.98
9542012--9542048	18	1.9	19	89	10	58	75	2	2	18	1.04
9549716--9549776	19	3.3	18	78	19	56	62	8	0	29	1.24
9549747--9549793	19	2.5	19	82	6	60	57	8	0	34	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9551636--9551688	10	5.4	10	78	13	56	28	1	7	62	1.33
9551642--9551695	10	5.8	9	79	12	56	25	1	7	64	1.30
9551615--9551757	19	7.4	19	70	18	82	32	2	5	60	1.32
9552384--9552431	17	2.7	17	78	15	53	72	0	2	25	0.95
9552830--9552870	22	1.9	20	85	14	55	51	0	2	46	1.14
9554343--9554392	12	4.0	13	79	7	59	70	0	2	28	0.99
9554532--9554569	3	13.0	3	94	5	69	65	0	0	34	0.93
9555602--9555635	18	1.9	18	88	5	52	14	0	20	64	1.28
9555903--9556324	44	9.8	44	73	11	306	26	22	22	29	1.99
9555907--9556326	85	4.9	84	72	12	282	26	22	22	28	1.99
9555912--9556326	129	3.2	129	94	0	733	26	22	22	28	1.99
9556330--9556923	44	13.4	44	76	5	554	32	23	12	31	1.92
9556404--9556956	89	6.2	89	82	3	614	33	23	13	30	1.92
9556330--9556923	133	4.5	133	86	4	761	32	23	12	31	1.92
9557861--9557911	6	7.9	7	93	6	74	15	7	0	76	1.00
9557860--9557911	13	4.1	13	87	7	72	15	7	0	76	0.99
9562752--9562801	12	4.0	13	79	7	59	70	0	2	28	0.99
9562942--9562985	3	15.0	3	81	13	56	63	0	2	34	1.07
9562934--9562985	13	4.0	13	77	22	56	61	0	3	34	1.14
9567532--9567593	23	2.7	23	80	7	63	41	0	1	56	1.09
9568839--9568873	17	2.1	17	100	0	70	20	5	34	40	1.76
9569487--9569511	12	2.1	12	100	0	50	48	0	44	8	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9573254--9573279	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
9573471--9573554	33	2.8	29	77	13	96	25	15	9	50	1.74
9573476--9573542	33	2.0	33	91	0	107	25	11	10	52	1.70
9575494--9575557	28	2.3	27	77	17	76	34	23	20	21	1.97
9575788--9575933	64	2.3	64	85	2	186	35	23	21	19	1.96
9575788--9575967	96	1.9	96	85	6	249	36	22	21	20	1.95
9575788--9575988	32	6.3	33	73	11	150	35	21	21	20	1.96
9575788--9575988	96	2.1	96	82	7	248	35	21	21	20	1.96
9575794--9575976	64	2.9	64	79	6	183	37	22	20	19	1.95
9576176--9576228	24	2.2	23	77	9	61	47	20	5	26	1.72
9576295--9576432	27	5.1	27	84	1	161	16	18	21	43	1.88
9579150--9579239	37	2.4	38	85	7	114	32	23	3	41	1.71
9579941--9579971	12	2.6	12	94	0	53	0	25	3	70	1.02
9586439--9586490	21	2.5	21	87	0	68	34	19	5	40	1.75
9588762--9588800	12	3.2	12	79	13	53	33	0	0	66	0.92
9590341--9590384	21	2.3	18	84	11	52	36	4	2	56	1.32
9600077--9600121	5	9.0	5	95	0	72	35	20	4	40	1.72
9612412--9612857	218	2.0	219	91	3	720	35	15	18	30	1.92
9625788--9625827	3	13.3	3	94	0	71	0	35	0	65	0.93
9629386--9629572	91	2.0	92	98	1	367	45	9	10	34	1.71
9629637--9629736	31	3.1	32	70	16	80	45	1	9	45	1.42
9629659--9629751	36	2.5	37	84	5	125	45	1	6	47	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9629733--9629801	33	2.2	33	84	10	90	39	5	2	52	1.41
9631219--9631287	30	2.3	29	76	11	68	53	1	7	37	1.38
9631616--9631664	23	2.2	22	81	3	53	57	14	2	26	1.48
9632313--9632559	127	1.9	127	95	0	449	32	17	22	27	1.96
9632603--9632645	14	3.2	14	87	6	54	41	0	0	58	0.98
9632612--9632645	7	4.9	7	85	0	50	35	0	0	64	0.94
9633113--9633155	18	2.4	18	92	0	68	44	6	27	20	1.77
9633803--9633828	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
9634941--9634971	16	2.0	15	93	6	53	45	0	0	54	0.99
9647346--9647592	50	4.8	50	80	6	230	27	20	27	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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