genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  6  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1592169--1592289	23	5.3	23	68	16	81	29	6	23	39	1.80
1592905--1593154	43	5.8	43	92	0	383	19	20	33	26	1.97
1593760--1593798	19	2.1	19	100	0	78	43	10	5	41	1.61
1594592--1594632	19	2.2	19	91	4	66	68	4	4	21	1.28
1594736--1594799	28	2.4	27	84	10	78	62	0	6	31	1.20
1594767--1594817	18	2.8	17	77	16	50	62	0	5	31	1.19
1594758--1594835	37	2.2	35	80	15	88	67	0	3	28	1.07
1596870--1596903	4	8.5	4	100	0	68	47	26	0	26	1.53
1609274--1609306	17	1.9	17	93	0	57	24	3	0	72	0.98
1610077--1610217	69	2.0	69	100	0	282	41	8	11	39	1.72
1611999--1612053	20	2.7	21	77	11	60	61	0	1	36	1.06
1612103--1612180	27	2.8	27	75	11	77	25	6	3	64	1.35
1612265--1612498	92	2.5	92	73	15	237	34	10	20	34	1.87
1613364--1613518	44	3.5	44	76	11	147	40	18	18	23	1.92
1613457--1613583	43	2.9	43	82	1	128	33	21	20	24	1.97
1613733--1613813	38	2.1	38	86	0	108	39	13	11	35	1.80
1615410--1615459	14	3.5	14	80	2	55	44	4	0	52	1.20
1615410--1615464	28	1.9	29	85	3	76	40	3	1	54	1.28
1616212--1616245	14	2.4	15	90	9	54	70	0	0	29	0.87
1625381--1625487	40	2.7	40	82	5	119	33	19	28	18	1.96
1625439--1626098	113	5.8	112	95	1	1115	29	18	27	23	1.98
1626781--1626910	60	2.2	60	95	1	235	22	3	36	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1627572--1627851	84	3.3	84	96	0	506	31	20	19	28	1.97
1630027--1630140	34	3.4	34	100	0	228	35	11	11	42	1.77
1630907--1630971	31	2.1	31	91	0	103	21	26	27	24	1.99
1631013--1631068	20	2.8	21	83	5	71	42	28	17	10	1.83
1636757--1636907	78	1.9	78	91	0	248	27	22	21	27	1.99
1638937--1638969	16	2.1	16	88	11	50	42	0	3	54	1.15
1644251--1644301	19	2.6	19	87	3	66	31	0	5	62	1.19
1644244--1644293	9	5.4	9	77	13	57	32	0	4	64	1.12
1644719--1644774	27	2.1	27	93	0	94	46	0	3	50	1.19
1651340--1652028	342	2.0	343	99	0	1364	38	6	14	40	1.72
1652481--1652533	16	3.3	16	91	0	79	39	3	32	24	1.73
1652515--1652603	44	2.0	44	88	4	133	26	4	32	35	1.77
1652811--1652860	24	2.1	24	96	0	91	24	16	18	42	1.89
1655101--1655144	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
1655105--1655147	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
1660092--1660165	38	1.9	38	100	0	148	47	17	16	18	1.83
1664057--1664130	18	4.0	19	74	10	64	29	5	5	59	1.42
1664658--1664708	21	2.4	21	100	0	102	27	9	15	47	1.77
1667987--1668419	215	2.0	217	99	0	852	40	9	7	42	1.66
1670711--1670746	3	12.0	3	93	0	63	69	0	30	0	0.89
1671010--1671042	6	5.7	6	89	7	50	0	18	0	81	0.68
1691164--1691188	12	2.1	12	100	0	50	8	44	0	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1700443--1700477	15	2.2	16	90	5	54	17	8	17	57	1.64
1704558--1704593	18	1.9	19	88	5	56	41	8	0	50	1.33
1712176--1712268	48	2.0	46	85	8	125	53	19	9	17	1.70
1714294--1714334	20	2.0	20	85	0	55	46	2	21	29	1.64
1722694--1722725	16	2.0	16	93	0	55	0	34	15	50	1.45
1722737--1722761	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
1728171--1728220	3	16.7	3	95	0	82	28	0	4	68	1.08
1734405--1734439	12	3.2	11	88	11	54	80	0	20	0	0.72
1735233--1735292	31	2.0	31	87	9	88	43	5	13	38	1.66
1739947--1740003	29	1.9	29	92	3	96	52	5	3	38	1.41
1755914--1756088	87	2.0	88	98	1	343	40	17	12	29	1.86
1756086--1756135	24	2.1	24	88	0	73	48	10	4	38	1.56
1758610--1758748	46	3.0	46	97	0	260	28	27	9	35	1.88
1763204--1763715	255	2.0	255	99	0	1008	38	9	14	36	1.80
1763945--1763975	16	1.9	16	100	0	62	19	32	6	41	1.77
1780557--1780624	33	2.1	33	100	0	136	25	14	5	54	1.62
1795595--1795628	12	2.8	12	86	0	50	2	58	0	38	1.13
1795593--1795640	24	2.0	24	87	0	69	8	52	0	39	1.32
1798515--1798549	17	2.0	18	88	5	54	51	2	25	20	1.61
1807648--1807681	1	34.0	1	93	0	50	94	5	0	0	0.32
1813313--1813481	82	2.1	82	95	0	302	40	16	17	26	1.90
1816268--1816294	13	2.1	13	100	0	54	44	7	0	48	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1824114--1824166	20	2.7	19	77	8	61	52	3	3	39	1.37
1824215--1824259	20	2.4	18	77	7	54	68	6	0	24	1.13
1824164--1824516	176	2.0	177	99	0	699	52	9	3	34	1.50
1824391--1824435	20	2.4	18	77	7	54	68	6	0	24	1.13
1825798--1825822	12	2.1	12	100	0	50	32	28	0	40	1.57
1837141--1837235	27	3.5	27	94	2	156	40	9	0	50	1.35
1837295--1837346	27	1.9	27	88	0	77	34	23	28	13	1.92
1837901--1837949	18	2.6	19	80	6	64	38	14	0	46	1.44
1838545--1838632	45	2.0	45	86	4	124	40	17	18	23	1.90
1838837--1838924	40	2.2	41	83	2	106	40	21	6	30	1.79
1844897--1844991	44	2.2	44	84	3	120	35	3	6	54	1.42
1846704--1846740	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
1847950--1847974	6	4.2	6	100	0	50	32	16	32	20	1.94
1853989--1854322	97	3.4	100	73	8	271	24	14	21	39	1.90
1859927--1859963	2	18.5	2	94	0	65	54	45	0	0	1.00
1867042--1867080	21	1.9	21	84	5	53	64	2	0	33	1.08
1896927--1896954	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1913860--1913901	21	2.0	21	85	4	57	59	0	9	30	1.29
1914155--1914186	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
1914429--1914459	6	5.2	6	96	0	53	12	0	54	32	1.38
1914429--1914468	18	2.2	18	86	0	53	15	2	50	32	1.57
1921738--1921778	11	3.8	11	80	6	57	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1921738--1921796	11	5.2	13	78	19	53	66	0	0	33	0.92
1921746--1921807	29	2.1	29	82	11	74	66	0	0	33	0.92
1921764--1921798	12	2.8	12	91	4	52	68	0	0	31	0.90
1931608--1931654	21	2.2	21	82	14	53	46	29	2	21	1.63
1939112--1939137	12	2.2	12	100	0	52	26	0	0	73	0.84
1940672--1940732	28	2.2	28	94	5	108	42	3	0	54	1.17
1941172--1941209	18	2.1	18	90	0	58	39	13	0	47	1.42
1941535--1941598	28	2.4	28	94	5	114	48	0	10	40	1.38
1943911--1943935	10	2.5	10	100	0	50	80	0	0	20	0.72
1944546--1944589	22	2.0	22	82	8	54	61	0	0	38	0.96
1944737--1945524	394	2.0	394	99	0	1567	38	9	12	39	1.75
1946314--1946436	61	2.0	61	100	0	246	34	16	13	35	1.88
1963949--1964010	17	3.6	17	76	8	72	43	11	11	33	1.76
1963950--1964014	34	1.9	34	93	0	112	41	13	10	33	1.80
1969064--1969117	17	3.1	18	86	10	85	38	20	9	31	1.84
1971073--1971240	57	3.0	56	80	4	171	26	19	25	28	1.98
1998343--1998562	104	2.1	105	97	0	415	33	14	9	43	1.76
1998565--1998605	11	3.7	11	76	23	50	56	0	0	43	0.99
1998553--1998612	22	2.8	21	87	7	84	56	0	1	41	1.09
2004090--2004132	22	2.0	21	81	4	50	34	0	0	65	0.93
2003962--2004237	134	2.1	135	97	1	529	39	5	5	49	1.49
2010562--2010601	21	1.9	21	85	10	55	52	2	17	27	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2022791--2022877	43	2.0	43	95	0	156	40	8	11	40	1.71
2025125--2025157	12	2.8	12	90	0	57	84	0	15	0	0.61
2027010--2027046	12	3.1	12	88	0	56	64	18	2	13	1.39
2027248--2027404	59	2.7	58	77	4	147	21	21	17	39	1.92
2031010--2031041	17	1.9	16	93	6	55	43	18	0	37	1.51
2032245--2032290	16	2.7	18	73	10	51	4	47	23	23	1.69
2043401--2043481	37	2.1	37	81	9	90	53	6	1	39	1.34
2058471--2058517	19	2.6	18	80	6	58	4	25	4	65	1.29
2062702--2062738	4	9.2	4	100	0	74	51	24	0	24	1.49
2064817--2064855	20	2.0	20	89	0	60	53	2	15	28	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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