genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  60  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21018118--21018173	28	1.9	30	85	7	80	26	16	3	53	1.59
21018885--21018965	42	1.9	42	94	0	144	35	3	1	59	1.23
21018917--21018986	30	2.4	30	95	2	124	40	1	0	58	1.07
21018894--21018986	11	8.9	11	66	23	58	39	3	1	55	1.23
21018929--21018993	30	2.2	30	94	0	112	40	1	0	58	1.07
21022322--21022449	60	2.1	60	91	0	202	36	19	9	34	1.84
21022323--21022418	29	3.2	29	64	11	77	40	19	9	30	1.83
21024681--21024714	18	2.0	17	88	11	52	35	0	0	64	0.94
21028027--21028108	31	2.7	31	77	5	78	47	14	7	30	1.71
21028999--21029506	150	3.4	149	90	3	729	17	12	18	50	1.77
21028999--21029754	150	4.9	149	85	6	720	17	13	17	51	1.76
21029088--21029907	150	5.3	156	80	10	649	17	14	15	52	1.75
21029658--21029975	153	2.1	149	81	6	370	18	17	12	50	1.77
21029698--21030011	153	2.1	152	80	7	352	18	17	11	53	1.73
21037875--21038386	80	6.4	80	78	8	443	22	13	20	43	1.86
21037926--21038400	159	3.0	159	80	7	514	23	13	19	43	1.87
21042371--21042753	191	2.0	191	96	1	714	33	13	18	34	1.90
21042954--21043154	99	2.0	101	92	1	334	21	13	20	44	1.85
21043150--21043338	95	2.0	95	98	0	369	19	24	22	33	1.97
21048921--21048979	23	2.5	23	76	10	57	64	10	13	11	1.50
21053980--21054224	122	2.0	123	99	0	483	34	9	8	47	1.66
21063967--21064004	19	2.0	20	94	5	69	36	7	18	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21064601--21064667	31	2.2	31	86	0	89	41	10	16	31	1.82
21064608--21064669	31	2.0	31	90	0	97	40	8	16	35	1.78
21070077--21070389	155	2.0	156	99	0	619	30	12	10	46	1.76
21071216--21071246	15	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
21071219--21071272	20	2.7	19	75	8	63	33	1	1	62	1.16
21079972--21080025	28	2.0	25	82	10	63	22	9	11	57	1.61
21080315--21080354	20	2.0	20	95	0	71	55	7	15	22	1.65
21081159--21081289	49	2.5	51	86	7	176	64	9	9	17	1.48
21081215--21081289	23	3.1	23	67	10	69	68	8	6	17	1.37
21081785--21081810	5	5.2	5	100	0	52	0	42	57	0	0.98
21081941--21081977	18	2.0	19	89	5	58	40	5	0	54	1.24
21081941--21082000	21	3.2	19	76	17	54	43	3	0	53	1.17
21083523--21083573	24	2.1	24	96	0	93	33	13	21	31	1.92
21095117--21095150	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
21098009--21098071	20	2.9	22	71	20	69	44	4	3	47	1.40
21114132--21114190	31	1.9	31	86	6	84	38	8	10	42	1.69
21118574--21118610	19	2.0	19	89	5	58	56	8	0	35	1.29
21119257--21119349	43	2.1	43	86	5	125	17	31	15	36	1.90
21122260--21122299	17	2.4	17	80	12	55	70	0	7	22	1.12
21123260--21123349	26	3.5	25	70	18	69	20	26	18	34	1.96
21123268--21123317	27	1.9	25	88	8	73	20	26	20	34	1.96
21123365--21123420	25	2.3	24	78	9	60	14	30	19	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21133305--21133348	14	3.1	14	81	18	56	45	2	4	47	1.35
21133305--21133343	13	3.0	12	88	11	51	46	2	2	48	1.29
21137735--21137800	31	2.1	31	86	5	89	33	13	15	37	1.86
21145668--21145758	45	2.0	45	91	4	148	34	5	28	31	1.80
21147216--21147306	44	2.1	44	89	4	139	37	16	17	28	1.92
21157330--21157611	139	2.0	140	98	1	548	31	9	6	52	1.60
21161806--21161858	21	2.5	21	87	0	70	32	37	7	22	1.82
21163072--21163101	6	5.0	6	91	0	51	36	30	33	0	1.58
21166665--21166730	6	11.0	6	93	0	114	46	16	3	33	1.62
21166665--21166730	24	2.8	24	100	0	132	46	16	3	33	1.62
21166912--21166946	17	2.1	17	100	0	70	42	17	0	40	1.49
21167516--21167578	31	2.0	32	96	3	119	34	22	12	30	1.91
21168846--21168878	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
21172278--21172306	11	2.6	11	100	0	58	58	0	34	6	1.25
21177189--21177221	17	1.9	17	93	0	57	39	12	9	39	1.74
21192444--21192512	34	2.0	36	83	11	90	49	2	4	43	1.37
21192799--21192852	17	3.2	17	75	19	67	40	0	12	46	1.42
21192789--21192862	34	2.2	34	95	0	130	35	0	17	47	1.48
21215438--21215479	22	1.9	22	95	0	75	40	33	2	23	1.68
21235558--21235655	50	2.0	50	95	2	180	43	1	5	50	1.31
21236506--21236536	2	15.5	2	93	0	53	48	48	3	0	1.17
21246836--21246898	6	10.7	6	93	3	110	0	17	0	82	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21246836--21246898	23	2.7	22	90	9	99	0	17	0	82	0.67
21247728--21247778	18	2.8	18	81	0	66	33	15	27	23	1.95
21250547--21250607	31	1.9	32	93	3	106	42	16	18	22	1.89
21254413--21254472	31	1.9	31	86	6	86	46	11	8	33	1.70
21257398--21257447	15	3.4	15	76	17	52	38	2	0	60	1.09
21265155--21265197	20	2.1	21	82	4	52	30	4	0	65	1.13
21270582--21270608	7	3.9	7	100	0	54	44	40	0	14	1.46
21270643--21270671	7	4.1	7	100	0	58	72	0	0	27	0.85
21275877--21275902	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21275918--21275977	22	2.8	21	78	12	59	55	1	3	40	1.27
21277781--21277820	19	2.0	19	85	9	53	65	5	0	30	1.14
21278731--21279120	137	2.8	136	87	3	525	20	13	20	45	1.84
21279778--21279812	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
21293893--21293928	18	2.0	18	100	0	72	22	0	5	72	1.05
21299224--21299263	21	2.0	19	90	9	62	30	12	2	55	1.50
21301359--21301385	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
21307726--21307935	108	2.0	107	90	2	332	30	12	15	41	1.84
21315257--21315320	30	2.2	29	83	8	76	46	3	1	48	1.27
21316117--21316249	31	4.4	31	71	12	105	23	18	14	43	1.87
21318309--21318350	16	2.6	16	92	0	66	42	7	0	50	1.30
21323091--21323131	18	2.3	18	88	12	59	43	19	0	36	1.51
21323472--21323515	22	2.0	22	95	0	79	31	25	4	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21324334--21324381	20	2.4	21	80	13	57	41	8	4	45	1.53
21332597--21332621	6	4.2	6	100	0	50	16	36	16	32	1.90
21332837--21332897	31	2.0	31	90	0	95	40	11	4	42	1.62
21337651--21337679	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
21340218--21340481	121	2.2	121	80	7	293	33	10	18	36	1.86
21352921--21352956	13	2.8	12	91	8	54	30	0	2	66	1.06
21354490--21354527	15	2.6	15	84	16	53	28	0	5	65	1.14
21356493--21356544	26	2.0	26	85	7	70	23	9	11	55	1.64
21361515--21361579	6	10.8	6	100	0	130	33	0	16	49	1.47
21364258--21364300	23	1.9	23	90	4	70	58	4	0	37	1.19
21365122--21365402	142	2.0	141	91	2	456	30	12	21	34	1.91
21378615--21378650	17	2.0	19	89	10	58	61	5	8	25	1.46
21380208--21380232	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21384133--21384172	20	1.9	20	85	10	53	62	20	10	7	1.50
21391978--21392174	62	3.1	62	66	18	177	45	5	6	42	1.53
21391970--21392245	130	2.1	130	100	0	552	46	5	7	40	1.55
21396738--21396779	17	2.5	17	82	17	52	57	2	4	35	1.33
21398078--21398113	18	1.9	18	88	5	54	55	2	0	41	1.14
21398099--21398144	21	2.1	21	84	4	56	65	2	0	32	1.05
21411625--21411689	25	2.6	25	80	7	69	47	6	6	40	1.53
21412175--21412204	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
21413904--21413967	31	2.1	31	91	2	103	46	7	9	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21418531--21418583	26	2.0	28	85	7	74	43	0	3	52	1.19
21420184--21420238	19	2.9	19	78	10	67	72	0	0	27	0.85
21420201--21420251	14	3.4	14	77	15	57	64	0	1	33	1.05
21420205--21420257	16	3.3	16	76	7	63	66	0	1	32	1.03
21422372--21422416	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
21428830--21428875	21	2.2	21	88	0	65	23	2	2	71	1.08
21437842--21437887	23	2.0	23	91	0	74	32	15	13	39	1.85
21450112--21450146	14	2.6	14	90	4	54	62	17	5	14	1.49
21468526--21468556	14	2.1	15	94	5	55	22	12	3	61	1.46
21472795--21472824	10	3.0	10	95	0	51	86	0	13	0	0.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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