genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  80  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27932005--27932101	42	2.3	42	82	3	106	17	20	17	44	1.87
27934798--27935014	105	2.1	106	97	0	409	44	8	15	32	1.76
27939825--27939987	41	4.0	41	92	0	272	23	28	19	29	1.98
27939825--27939987	82	2.0	82	98	0	317	23	28	19	29	1.98
27940210--27940242	17	1.9	17	93	0	57	45	15	0	39	1.46
27940210--27940255	17	2.6	18	80	13	51	43	15	2	39	1.59
27945737--27945822	31	2.8	30	82	5	102	47	11	5	34	1.64
27945737--27945817	29	2.7	29	83	12	92	49	12	6	32	1.65
27947937--27947967	13	2.5	13	94	5	55	0	12	0	87	0.55
27951786--27951817	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
27954901--27954964	27	2.4	27	86	0	83	29	32	31	6	1.82
27955113--27955166	25	2.3	23	77	20	58	70	0	25	3	1.04
27955342--27955565	76	2.9	77	78	9	249	34	4	9	50	1.57
27955540--27955589	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
27958336--27958377	8	5.4	8	85	5	59	23	0	26	50	1.50
27960950--27960985	17	2.2	16	90	5	54	13	8	8	69	1.36
27960959--27961650	157	4.4	157	93	2	1158	29	7	8	54	1.60
27961636--27961668	17	1.9	17	93	0	57	9	3	6	81	0.95
27961809--27961943	30	4.4	30	76	12	148	62	8	5	22	1.47
27962157--27962201	17	2.6	17	86	10	56	0	37	0	62	0.96
27962234--27962298	3	23.0	3	74	22	61	1	33	0	64	1.03
27962236--27962283	5	10.2	5	76	19	50	0	33	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27962236--27962297	8	8.1	8	75	24	55	1	33	0	64	1.03
27962234--27962288	13	4.2	13	90	2	83	0	34	0	65	0.93
27963060--27963100	3	13.0	3	90	10	64	63	0	34	2	1.08
27963399--27963461	30	2.1	30	88	5	92	22	7	11	58	1.58
27964008--27964041	16	2.1	17	88	5	52	61	0	11	26	1.30
27963665--27964202	158	3.4	158	91	0	851	55	9	7	28	1.58
27969386--27969484	41	2.4	40	73	8	92	46	12	3	38	1.57
27969674--27969714	13	3.3	13	76	13	50	2	34	0	63	1.08
27969739--27969773	3	11.7	3	87	0	52	0	34	0	65	0.93
27969748--27969807	9	6.4	9	80	12	52	0	35	0	65	0.93
27969877--27969943	27	2.5	27	80	0	71	13	31	26	28	1.94
27973393--27973458	32	2.1	32	100	0	132	15	12	15	57	1.65
27977392--27977436	18	2.5	18	92	0	72	37	0	4	57	1.19
27977392--27977436	6	7.5	6	87	0	54	37	0	4	57	1.19
27981091--27981138	20	2.4	20	89	0	69	31	14	20	33	1.93
27983960--27983985	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
27983997--27984028	16	1.9	17	93	6	57	75	3	18	3	1.08
27984929--27984984	25	2.2	25	83	0	67	17	26	19	35	1.94
28011476--28011526	25	2.0	25	100	0	102	35	15	11	37	1.84
28025805--28025835	15	2.1	15	93	0	53	64	0	0	35	0.94
28028478--28028514	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
28029982--28030017	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28041733--28041778	22	2.1	22	88	8	67	41	4	13	41	1.63
28044186--28044222	17	2.2	17	100	0	74	18	10	21	48	1.78
28045072--28045127	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
28050456--28050508	24	2.2	24	82	0	61	18	7	5	67	1.35
28056389--28056579	95	2.0	95	98	0	373	25	18	13	41	1.87
28072318--28072391	29	2.5	29	82	4	85	25	14	13	45	1.82
28072464--28072638	89	1.9	91	97	2	336	9	28	5	56	1.54
28072957--28073025	29	2.3	29	85	5	84	47	15	14	21	1.81
28074759--28074791	13	2.6	13	90	4	50	51	0	3	45	1.16
28075135--28075180	19	2.3	22	85	14	64	41	2	0	56	1.11
28085441--28085495	20	2.7	21	81	18	71	34	3	0	61	1.13
28086174--28086204	7	4.4	7	100	0	62	61	0	0	38	0.96
28089571--28089602	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
28094361--28094417	29	2.0	29	82	0	69	43	8	5	42	1.58
28097090--28097119	10	3.1	10	90	9	53	50	0	0	50	1.00
28097087--28097120	9	3.7	9	92	7	59	52	0	0	47	1.00
28104013--28104083	29	2.4	30	74	9	74	40	8	7	43	1.62
28106147--28106191	17	2.7	16	83	16	56	71	2	0	26	0.98
28106706--28106754	20	2.5	20	90	6	73	34	2	4	59	1.28
28106787--28106841	22	2.4	24	79	14	62	34	1	5	58	1.32
28110328--28110352	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
28113191--28113279	37	2.4	38	85	7	130	59	5	6	28	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28114265--28114341	37	2.1	37	83	13	97	42	1	2	53	1.23
28114395--28114457	24	2.7	22	75	22	65	44	3	1	50	1.27
28116475--28116541	27	2.5	27	80	4	73	14	28	16	40	1.88
28126516--28126557	22	1.9	22	85	9	59	35	4	11	47	1.61
28128257--28128290	13	2.6	13	90	0	50	82	2	0	14	0.79
28128258--28128310	9	5.9	9	78	12	56	77	1	5	15	1.04
28129109--28129274	44	3.7	44	81	3	190	26	22	20	30	1.98
28140456--28140542	44	2.0	43	82	4	104	52	8	8	31	1.60
28144558--28144595	17	2.4	17	86	8	53	65	0	18	15	1.27
28150509--28150612	30	3.4	31	85	9	135	34	2	0	62	1.10
28150548--28150604	11	5.4	11	72	21	50	36	3	0	59	1.14
28150518--28150597	41	2.0	41	85	9	110	38	2	0	58	1.11
28153520--28153558	19	2.1	19	100	0	78	41	20	10	28	1.85
28154316--28154455	42	3.3	42	81	5	138	32	25	15	25	1.95
28155445--28155471	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
28165783--28165820	16	2.3	17	86	4	51	18	5	2	73	1.14
28169216--28169253	16	2.4	17	87	12	55	42	0	5	52	1.24
28170983--28171042	4	15.0	4	100	0	120	50	25	0	25	1.50
28171331--28171388	30	1.9	30	96	0	107	6	50	6	36	1.56
28172951--28172988	19	2.0	19	89	0	58	36	18	10	34	1.85
28174496--28174544	16	3.1	16	81	0	53	69	8	4	18	1.30
28178477--28178509	13	2.6	13	85	4	50	75	0	3	21	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28179278--28179336	30	1.9	31	86	3	84	33	1	42	22	1.63
28179532--28179565	9	3.8	9	88	0	50	23	11	20	44	1.84
28179532--28179568	18	2.1	18	94	0	65	24	10	18	45	1.81
28183543--28183706	82	2.0	80	95	2	292	43	21	14	19	1.87
28184519--28184553	17	2.0	18	88	5	54	45	14	5	34	1.68
28189260--28189303	23	2.0	23	86	4	63	59	0	6	34	1.24
28192787--28192849	28	2.2	28	80	5	74	26	14	1	57	1.47
28192806--28192848	21	2.0	21	86	4	59	30	6	0	62	1.21
28192799--28192856	28	2.1	28	87	6	82	29	10	0	60	1.30
28195271--28195327	4	14.2	4	96	0	87	24	5	24	45	1.74
28198482--28198507	9	2.9	9	100	0	52	53	0	34	11	1.37
28198831--28198857	6	4.5	6	100	0	54	0	33	18	48	1.49
28198965--28198999	15	2.3	15	90	0	52	14	60	11	14	1.60
28203041--28203108	24	2.9	23	70	18	59	29	4	5	60	1.40
28203751--28203819	35	2.0	35	82	5	86	36	5	4	53	1.45
28204531--28204572	20	2.2	19	87	8	59	50	7	7	35	1.57
28208210--28208244	12	2.9	12	82	0	52	54	14	5	25	1.62
28208475--28208508	17	1.9	18	88	5	52	55	14	0	29	1.40
28225004--28225115	42	2.7	42	90	0	170	44	19	16	18	1.87
28225039--28225117	21	3.8	21	70	6	61	46	18	13	20	1.83
28226324--28226381	26	2.1	28	84	6	75	31	0	5	63	1.16
28250188--28250213	12	2.2	12	100	0	52	7	7	30	53	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28250218--28250354	40	3.5	40	77	5	134	40	20	19	19	1.92
28250393--28250732	41	8.3	41	89	3	526	17	21	28	32	1.96
28251509--28251550	22	2.0	22	85	4	59	30	42	0	26	1.55
28256219--28256313	43	2.2	43	83	1	111	23	16	27	32	1.96
28262115--28262148	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
28264453--28264484	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
28264729--28264754	9	2.9	9	100	0	52	34	0	65	0	0.93
28265892--28266035	75	1.9	75	85	2	200	26	25	22	25	2.00
28265892--28266074	75	2.4	75	80	3	199	26	24	23	25	2.00
28266993--28267227	117	2.0	118	97	2	447	30	17	24	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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