genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  53  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18679321--18679386	14	4.9	14	75	25	54	66	0	33	0	0.92
18679523--18679579	29	2.0	30	82	6	73	29	1	7	61	1.32
18679558--18679676	60	2.0	60	89	0	184	33	0	11	53	1.43
18680730--18680798	27	2.6	27	93	4	113	18	33	27	20	1.96
18682398--18682502	30	3.5	30	100	0	210	46	6	23	22	1.75
18688992--18689278	143	2.0	142	99	0	565	34	18	11	36	1.86
18702704--18702862	84	1.9	84	85	5	223	45	10	6	37	1.64
18705600--18705637	16	2.4	16	82	4	51	52	0	0	47	1.00
18709580--18709618	18	2.2	18	86	9	53	33	7	7	51	1.59
18712262--18712365	52	2.0	52	100	0	208	36	26	11	25	1.90
18717815--18718100	124	2.3	124	91	0	464	31	18	20	29	1.96
18721686--18721728	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
18722555--18722592	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
18723495--18723594	51	2.0	51	82	7	123	44	2	30	24	1.65
18723587--18723614	12	2.3	12	100	0	56	57	0	14	28	1.38
18725424--18725448	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
18728578--18728748	81	2.1	80	96	3	326	30	5	3	60	1.36
18728990--18729035	18	2.5	18	82	3	56	47	6	0	45	1.28
18731576--18731605	14	2.1	15	93	6	53	60	6	0	33	1.23
18734054--18734144	42	2.1	43	83	2	112	25	21	27	25	2.00
18734113--18734251	43	3.2	43	86	4	183	19	19	30	30	1.96
18734137--18734277	43	3.3	41	77	9	122	22	23	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18734245--18734405	43	3.7	43	84	3	191	30	31	18	19	1.96
18734220--18734384	86	1.9	86	83	4	217	27	30	20	21	1.98
18734245--18734405	86	1.9	86	84	5	218	30	31	18	19	1.96
18734332--18734466	43	3.2	43	82	3	139	27	29	20	22	1.98
18738153--18738178	13	2.0	13	100	0	52	53	15	7	23	1.67
18738251--18738554	114	2.7	113	80	9	284	24	25	25	24	2.00
18739780--18740026	125	2.0	125	83	1	316	35	15	19	30	1.92
18746107--18746157	3	16.7	3	90	8	68	27	1	0	70	0.98
18748563--18748604	22	1.9	22	95	0	75	61	0	0	38	0.96
18752920--18752962	22	2.0	22	86	9	61	48	6	0	44	1.29
18760384--18760463	40	2.0	40	95	0	142	40	17	18	23	1.91
18761464--18761505	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
18761479--18761539	22	2.7	23	87	7	90	45	1	3	49	1.28
18762136--18762224	31	2.9	31	95	3	155	28	2	5	64	1.28
18769307--18769561	125	2.0	125	99	0	501	49	7	12	31	1.67
18777415--18777598	46	4.0	46	100	0	368	23	17	13	45	1.83
18780674--18780715	16	2.7	16	82	10	52	42	0	0	57	0.99
18783278--18783327	21	2.5	20	84	12	59	44	4	2	50	1.32
18783278--18783327	19	2.5	20	84	12	59	44	4	2	50	1.32
18785680--18785761	27	3.1	27	85	1	103	24	23	14	37	1.92
18787765--18787795	15	2.1	14	94	5	53	32	3	0	64	1.09
18787792--18787921	60	2.2	59	78	6	136	37	5	16	40	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18792732--18792808	35	2.2	35	86	11	106	42	3	10	42	1.57
18800481--18800518	18	2.1	19	90	5	60	63	0	0	36	0.95
18802184--18802227	22	2.0	23	82	13	56	56	4	6	31	1.46
18803568--18803906	162	2.1	163	97	1	648	41	11	6	39	1.68
18810820--18810861	19	2.3	19	91	4	68	38	0	0	61	0.96
18810822--18810864	10	4.4	11	78	21	51	34	0	0	65	0.93
18812611--18812652	18	2.2	20	84	12	54	35	9	0	54	1.33
18821526--18821575	26	1.9	26	84	8	66	56	20	14	10	1.66
18823499--18823524	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
18834264--18834306	22	2.0	22	85	0	59	23	13	6	55	1.62
18837068--18837097	5	5.8	5	96	4	51	60	0	0	40	0.97
18841848--18841956	41	2.6	41	88	1	146	24	22	27	24	2.00
18843324--18843374	20	2.6	19	78	3	57	54	5	1	37	1.36
18843364--18843402	20	2.0	20	90	10	62	58	10	0	30	1.31
18846287--18846335	9	5.4	9	90	0	80	42	20	10	26	1.84
18846436--18846478	21	2.0	21	95	0	77	20	4	37	37	1.74
18849448--18849485	20	1.9	20	89	10	60	78	2	7	10	1.04
18849449--18849494	23	2.0	22	83	4	56	80	2	6	10	0.98
18855456--18855485	15	2.0	15	93	0	51	33	10	13	43	1.77
18856468--18856514	1	47.0	1	91	0	76	0	0	4	95	0.25
18857232--18857263	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
18860497--18860566	28	2.5	28	81	9	97	21	20	4	54	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18863880--18863904	11	2.3	11	100	0	50	92	0	0	8	0.40
18868723--18868758	15	2.5	15	90	4	56	0	16	16	66	1.25
18870239--18870281	21	2.0	21	82	8	52	37	0	6	55	1.27
18885113--18885144	3	10.7	3	93	0	55	28	68	0	3	1.04
18885626--18885651	3	8.7	3	100	0	52	30	69	0	0	0.89
18885812--18885895	39	2.2	39	84	4	107	17	53	9	19	1.70
18886116--18886266	33	4.7	32	91	2	144	13	50	20	14	1.77
18886133--18886281	33	4.5	33	93	0	217	12	49	23	14	1.77
18900218--18900268	25	2.0	26	81	11	61	39	1	5	52	1.37
18907229--18907282	18	3.0	18	84	7	65	20	38	9	31	1.84
18907242--18907288	24	2.0	24	82	0	58	19	40	12	27	1.88
18908540--18908578	18	2.2	18	95	0	69	25	58	10	5	1.51
18913420--18913460	18	2.4	18	92	8	68	48	0	0	51	1.00
18915650--18915679	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
18918554--18918594	18	2.4	18	92	8	68	48	0	0	51	1.00
18919893--18919932	17	2.3	18	86	4	55	45	12	5	37	1.64
18920091--18920121	15	2.1	15	93	0	53	25	32	3	38	1.72
18924182--18924221	17	2.3	18	86	4	55	45	12	5	37	1.64
18924377--18924414	17	2.2	17	95	0	67	26	31	5	36	1.79
18939518--18939630	34	3.4	33	84	8	147	39	0	12	46	1.47
18939691--18940211	126	4.1	127	87	2	739	37	18	16	27	1.92
18944715--18944771	25	2.3	23	77	13	60	50	5	1	42	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18959191--18959226	17	2.1	18	89	5	56	5	13	5	75	1.17
18959251--18959316	3	21.7	3	93	3	114	63	0	0	36	0.95
18979571--18979595	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
18981670--18981706	18	2.1	18	100	0	74	32	16	10	40	1.83
18982016--18982089	24	3.0	25	82	9	82	32	21	27	18	1.97
18983764--18983917	21	7.3	21	70	2	85	41	16	24	16	1.89
18983759--18983918	42	3.8	42	80	3	169	40	16	25	17	1.90
18983759--18983918	84	1.9	84	80	2	187	40	16	25	17	1.90
18984338--18984366	9	3.2	9	100	0	58	37	20	0	41	1.53
18984977--18985018	21	2.0	21	85	0	57	42	14	7	35	1.73
18990479--18990510	13	2.5	13	94	0	55	34	43	21	0	1.53
18991417--18991576	42	3.8	42	76	9	139	41	16	25	16	1.89
18998551--18998576	10	2.6	10	100	0	52	38	0	11	50	1.39
18998650--18998700	16	2.8	19	67	27	56	50	11	0	37	1.39
18998671--18998800	40	3.0	40	76	20	118	50	8	4	36	1.54
18998618--18998800	93	2.0	92	94	1	321	49	7	4	38	1.51
18998845--18998885	16	2.6	16	88	0	64	43	4	4	46	1.46
18998859--18998919	23	2.7	23	87	2	79	45	1	3	49	1.28
18999895--18999933	19	2.1	18	85	4	51	61	0	0	38	0.96
19003415--19003447	17	1.9	17	100	0	66	48	6	15	30	1.69
19004103--19004178	27	2.8	27	97	0	143	32	17	22	27	1.96
19005038--19005098	25	2.4	24	84	13	77	18	13	11	57	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19005052--19005110	25	2.3	25	91	2	91	16	11	8	62	1.52
19005242--19005289	24	2.0	24	100	0	96	20	29	20	29	1.98
19005794--19006122	28	11.7	28	76	8	240	21	17	6	54	1.66
19005793--19006122	57	5.9	56	77	6	260	21	16	6	54	1.66
19005970--19006104	27	5.0	27	80	8	132	22	10	8	59	1.56
19006596--19006845	86	2.9	85	85	1	338	32	14	20	32	1.93
19006596--19006851	85	3.0	85	86	1	350	33	14	20	32	1.92
19009905--19009968	30	2.1	31	88	2	94	28	23	7	40	1.82
19015219--19015276	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
19015248--19015300	19	3.0	17	73	10	52	33	20	9	35	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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