genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   

This is table  20  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6853182--6853206	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
6853055--6853225	90	1.9	90	97	0	324	48	8	8	34	1.64
6859499--6859528	6	5.0	6	95	0	51	13	66	0	20	1.24
6861154--6861186	16	2.1	16	94	0	57	51	0	3	45	1.16
6863953--6863981	14	2.0	15	93	6	51	68	0	3	27	1.05
6864596--6864648	28	1.9	27	84	3	70	26	3	0	69	1.05
6867365--6867421	16	3.8	16	66	20	50	54	3	0	42	1.17
6867822--6867948	63	2.0	63	92	3	211	43	19	14	22	1.87
6869349--6869399	22	2.3	22	80	12	68	23	25	7	43	1.81
6873405--6873446	18	2.5	18	81	11	54	33	0	4	61	1.17
6874403--6874432	14	2.1	14	93	0	51	80	0	0	20	0.72
6875741--6875778	13	2.8	14	84	15	53	36	0	0	63	0.95
6877859--6877907	20	2.6	18	78	15	55	65	0	2	32	1.04
6878082--6878117	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
6879036--6879068	8	4.1	8	92	0	57	39	0	0	60	0.97
6879037--6879072	16	2.2	17	95	5	65	41	0	0	58	0.98
6884460--6884527	3	22.7	3	100	0	136	33	0	0	66	0.92
6885447--6885479	8	4.1	8	92	0	57	39	0	0	60	0.97
6885448--6885483	16	2.2	17	95	5	65	41	0	0	58	0.98
6886847--6886900	6	8.8	6	83	4	72	20	18	14	46	1.84
6888822--6888880	30	2.0	30	89	0	91	23	10	13	52	1.71
6889732--6889783	23	2.3	23	86	0	68	42	17	9	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6890550--6890646	48	2.0	47	92	2	158	42	10	15	31	1.81
6891566--6891592	11	2.5	11	100	0	54	40	7	0	51	1.30
6892580--6892606	8	3.4	8	100	0	54	44	0	0	55	0.99
6894944--6894983	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
6895139--6895177	6	6.3	6	88	5	60	51	17	0	30	1.46
6895140--6895175	19	1.9	19	94	5	65	52	19	0	27	1.46
6900464--6900499	16	2.2	16	90	0	54	27	27	11	33	1.91
6909638--6909816	87	2.0	89	96	2	335	30	7	16	45	1.75
6909655--6909858	87	2.3	87	86	5	252	31	6	14	47	1.70
6911840--6913739	949	2.0	948	94	0	3370	31	25	12	30	1.93
6916672--6916707	18	2.1	18	90	10	58	55	5	16	22	1.62
6917196--6917237	21	2.0	21	86	4	59	38	0	4	57	1.20
6921173--6921519	173	2.0	173	100	0	694	28	18	19	34	1.95
6924225--6924275	24	2.1	24	96	0	93	21	27	5	45	1.75
6924278--6924508	101	2.3	101	89	0	345	28	23	14	33	1.94
6924327--6924473	33	4.3	33	69	11	93	28	24	15	31	1.96
6925377--6925401	11	2.3	11	100	0	50	40	8	0	52	1.31
6926476--6926508	16	2.0	17	88	5	50	63	0	0	36	0.95
6928002--6928050	3	16.3	3	100	0	98	65	0	0	34	0.93
6928002--6928117	9	12.7	9	75	15	60	54	0	3	41	1.23
6929567--6929619	13	4.1	13	80	9	72	35	26	7	30	1.84
6936952--6936988	9	4.1	9	89	0	56	27	13	13	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6943286--6943332	21	2.3	21	85	3	60	65	4	0	29	1.11
6945166--6945192	13	2.1	13	100	0	54	44	7	7	40	1.60
6969850--6969910	25	2.5	24	76	21	65	57	3	0	39	1.15
6969897--6969937	17	2.4	17	83	0	55	60	7	0	31	1.24
6977050--6977119	36	1.9	36	85	5	97	44	25	18	11	1.83
6977109--6977192	36	2.3	37	82	10	102	40	23	21	14	1.90
6977250--6977487	108	2.2	108	84	1	289	44	19	18	17	1.87
6988194--6988236	16	2.7	16	82	7	52	53	4	0	41	1.21
6989948--6990003	25	2.2	25	78	6	60	53	8	7	30	1.59
7000512--7000578	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
7004243--7004284	3	14.0	3	90	9	68	0	30	0	69	0.89
7027714--7027775	30	2.0	31	81	6	72	38	4	1	54	1.31
7035452--7038127	887	3.0	889	97	0	5108	32	19	21	26	1.97
7037965--7038026	21	2.8	20	71	17	52	41	19	20	17	1.90
7037940--7038035	45	2.1	45	84	0	120	39	19	22	17	1.92
7037964--7038062	45	2.2	45	83	3	119	39	19	24	17	1.92
7038165--7038223	24	2.5	24	86	5	84	28	23	35	11	1.91
7040211--7040251	20	2.1	19	90	4	64	48	2	0	48	1.14
7041762--7041807	24	1.9	24	90	0	74	58	2	8	30	1.40
7042131--7042236	46	2.3	46	83	4	126	54	3	6	34	1.44
7042118--7042218	23	4.4	24	81	7	111	57	4	3	33	1.39
7042125--7042236	23	5.0	22	73	11	86	54	4	6	34	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7042157--7042289	23	5.8	22	68	18	51	53	3	7	36	1.45
7042330--7042514	91	2.0	91	96	0	343	61	10	12	16	1.57
7044261--7044294	16	2.0	18	88	11	54	76	8	0	14	1.01
7044595--7044643	19	2.5	20	80	9	66	34	0	4	61	1.15
7047068--7047120	23	2.3	22	78	9	61	33	0	3	62	1.13
7054602--7054640	21	1.9	20	94	5	69	28	30	7	33	1.85
7063473--7063519	18	2.8	17	77	6	51	12	17	4	65	1.40
7068504--7068557	27	2.0	27	82	7	65	25	3	5	64	1.32
7070260--7070304	22	2.0	22	82	4	54	44	4	11	40	1.60
7072347--7073267	341	2.7	339	91	1	1492	32	18	22	26	1.97
7077876--7077905	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7103207--7103247	20	2.0	20	100	0	82	29	26	19	24	1.98
7112494--7112687	101	1.9	101	98	0	379	38	11	19	31	1.87
7112695--7112762	30	2.3	30	89	5	102	44	0	5	50	1.26
7127591--7127626	19	1.9	19	88	5	56	69	8	0	22	1.15
7134158--7134189	15	2.1	15	100	0	64	62	6	25	6	1.42
7135751--7135808	3	19.3	3	96	0	107	63	0	1	34	1.04
7149254--7149280	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
7162637--7162817	81	2.2	81	81	7	217	50	16	9	23	1.75
7170634--7170677	16	2.5	17	85	10	54	68	4	4	22	1.27
7174321--7174362	21	2.0	20	82	13	50	28	19	2	50	1.60
7198915--7198977	8	8.0	8	82	3	74	31	22	0	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7200798--7201044	124	2.0	123	96	0	458	25	23	8	42	1.81
7201263--7201298	5	7.2	5	87	0	54	58	2	2	36	1.27
7211889--7211928	19	2.0	20	85	9	55	47	0	0	52	1.00
7216913--7217057	71	2.0	73	97	2	276	44	11	2	42	1.54
7221645--7221738	42	2.2	42	80	0	107	17	26	15	40	1.89
7237549--7237581	13	2.5	14	90	9	52	0	30	0	69	0.88
7238805--7238926	24	4.9	25	73	14	83	32	18	29	18	1.95
7240021--7240160	47	3.0	47	100	0	280	27	21	10	40	1.86
7240143--7240182	20	2.0	20	100	0	80	35	20	10	35	1.86
7264048--7264089	22	1.9	22	95	0	75	61	2	0	35	1.09
7274351--7274390	20	2.0	20	100	0	80	15	20	15	50	1.79
7283072--7283150	25	3.2	25	96	0	149	39	20	18	21	1.93
7288706--7288740	3	11.7	3	100	0	70	34	0	31	34	1.58
7292878--7292977	29	3.5	28	78	5	101	40	20	25	15	1.90
7292898--7292983	29	3.0	29	80	0	109	40	19	23	16	1.91
7298049--7298095	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
7298745--7298807	11	5.8	10	73	15	54	3	20	6	69	1.24
7298814--7298863	8	6.4	8	90	4	75	54	0	0	46	1.00
7298813--7298859	23	2.0	23	91	0	76	57	0	0	42	0.98
7298844--7298885	20	2.2	19	83	12	50	40	2	0	57	1.12
7314682--7314739	28	2.1	27	90	6	91	51	3	10	34	1.53
7315052--7315077	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7315084--7315177	40	2.4	38	82	10	102	39	21	19	20	1.93
7315084--7315177	39	2.4	40	84	7	113	39	21	19	20	1.93
7315213--7315469	41	6.3	41	88	0	345	20	22	28	28	1.99
7315817--7315875	23	2.7	23	82	10	70	32	0	33	33	1.58
7315838--7315894	23	2.5	23	83	13	66	26	1	38	33	1.67
7316121--7316158	14	2.7	15	88	12	62	28	0	28	42	1.56
7316411--7316440	15	2.0	15	93	0	51	26	0	36	36	1.57
7316866--7316899	15	2.3	15	94	0	59	61	8	0	29	1.26
7316881--7317601	151	4.8	150	89	7	1058	41	12	15	31	1.83
7321867--7322217	43	8.2	42	85	3	387	23	19	31	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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