genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  35  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12402161--12402209	19	2.5	19	87	9	64	36	0	8	55	1.30
12402293--12402324	9	3.6	9	91	0	55	31	9	12	46	1.73
12408281--12408311	15	2.1	15	100	0	62	93	0	6	0	0.35
12417848--12417911	21	3.0	21	72	0	56	20	29	14	35	1.92
12417855--12417918	21	3.0	21	74	0	65	21	29	12	35	1.91
12417840--12417953	42	2.7	41	77	4	120	17	27	14	40	1.89
12419785--12419811	11	2.5	11	100	0	54	44	0	0	55	0.99
12436338--12436393	28	2.1	28	87	9	82	39	0	0	60	0.97
12442697--12442750	18	2.9	18	81	10	65	24	0	3	72	1.01
12443642--12443675	14	2.4	14	90	9	52	38	0	0	61	0.96
12443642--12443683	13	3.1	14	80	16	52	40	0	0	59	0.97
12444960--12444992	14	2.3	15	89	5	50	6	6	21	66	1.35
12445001--12445052	22	2.4	22	74	6	52	28	5	3	61	1.37
12445179--12445691	256	2.0	257	99	0	1019	41	11	8	38	1.72
12447898--12447937	20	2.0	20	85	0	53	50	10	10	30	1.69
12447886--12447952	34	1.9	35	81	3	82	46	8	8	35	1.67
12449026--12449120	30	3.2	30	67	16	81	41	11	10	36	1.76
12449014--12449127	58	2.0	58	94	0	201	40	9	10	39	1.73
12449363--12449398	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
12451890--12452232	133	2.6	135	84	6	421	35	14	21	28	1.93
12453635--12453701	30	2.2	30	97	0	125	10	14	17	56	1.66
12455517--12455542	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12455676--12455747	28	2.6	28	93	4	119	48	8	13	29	1.72
12459522--12459626	44	2.5	40	75	18	106	32	27	3	36	1.75
12459539--12459629	45	2.0	45	89	6	141	35	27	4	32	1.77
12459608--12459653	16	2.9	16	93	0	83	21	34	4	39	1.73
12463113--12463242	64	2.0	64	100	0	260	36	16	19	27	1.93
12467114--12467203	46	2.0	46	88	0	135	26	20	5	47	1.71
12468564--12468626	30	2.1	30	87	0	90	23	3	14	58	1.50
12469070--12469110	18	2.3	18	87	4	57	58	4	2	34	1.32
12470416--12470465	18	2.6	19	81	9	57	34	2	4	60	1.27
12472430--12474126	592	2.9	592	84	4	2091	42	11	10	36	1.74
12473406--12473995	201	2.9	199	84	4	729	40	11	10	37	1.76
12473961--12474533	174	3.3	173	88	3	813	43	11	9	35	1.74
12473959--12474593	341	1.8	344	84	6	865	42	11	9	35	1.75
12475488--12475519	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
12492744--12492808	30	2.2	30	88	5	96	23	3	13	60	1.48
12492889--12492929	18	2.2	20	86	8	59	24	0	9	65	1.22
12492898--12493148	123	2.0	123	98	0	448	29	11	19	39	1.87
12495291--12495321	15	2.1	14	94	5	53	70	0	0	29	0.87
12514518--12514550	17	2.0	17	94	5	50	48	12	15	24	1.78
12517860--12517897	18	2.1	18	85	9	51	52	15	10	21	1.72
12518875--12518928	21	2.7	19	77	8	54	64	3	1	29	1.21
12519008--12519053	19	2.5	18	80	16	58	52	2	2	43	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12520473--12520539	33	2.0	33	91	5	109	20	14	14	49	1.79
12524391--12524424	3	11.3	3	93	0	59	35	35	29	0	1.58
12531908--12531935	8	3.5	8	100	0	56	39	10	10	39	1.75
12541068--12541173	55	1.9	56	82	5	135	39	3	18	37	1.69
12547046--12547084	19	2.1	19	90	0	60	58	17	0	23	1.38
12547654--12547738	17	5.1	17	70	24	58	61	4	1	32	1.24
12573788--12573839	24	2.2	24	85	0	68	28	9	5	55	1.55
12576785--12576836	16	3.0	16	75	13	50	46	0	26	26	1.53
12592345--12592560	102	2.1	103	99	0	425	49	6	5	39	1.51
12605571--12605595	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
12604861--12606339	739	2.0	739	99	0	2940	40	13	11	35	1.80
12614114--12614155	13	2.9	15	82	10	52	35	0	0	64	0.94
12614113--12614155	14	3.1	14	80	12	52	37	0	0	62	0.95
12618924--12619104	90	2.0	91	98	1	355	44	2	9	43	1.50
12619708--12619746	20	1.9	21	89	5	62	15	12	0	71	1.14
12629817--12629931	43	2.7	43	84	2	160	22	19	29	28	1.98
12632423--12632450	7	4.0	7	100	0	56	71	14	14	0	1.15
12635150--12635188	20	2.0	20	100	0	78	15	15	20	48	1.81
12635829--12635861	15	2.3	15	90	10	52	78	0	21	0	0.75
12640634--12642596	982	2.0	981	97	0	3748	30	27	14	27	1.95
12646866--12646894	15	2.0	15	93	6	51	41	27	3	27	1.72
12656789--12657326	114	4.8	114	87	6	789	35	19	21	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12656926--12657459	101	5.0	101	78	12	500	35	19	20	23	1.95
12657027--12657497	114	4.2	114	87	8	682	35	18	20	25	1.96
12657238--12657426	100	1.9	100	95	0	342	35	18	18	27	1.94
12656789--12657497	329	2.2	327	89	2	1046	35	19	20	24	1.96
12657569--12657783	114	1.9	115	81	2	263	27	22	20	29	1.99
12658365--12658427	28	2.2	29	83	8	85	14	0	38	47	1.44
12658382--12658439	28	2.1	28	86	0	80	15	1	34	48	1.55
12658395--12658434	21	1.9	21	84	0	53	20	0	32	47	1.50
12658563--12658598	15	2.3	16	90	4	56	61	2	0	36	1.11
12658799--12658836	20	1.9	20	94	0	67	34	0	7	57	1.28
12659129--12659187	24	2.5	24	91	2	102	27	40	0	32	1.56
12660354--12660378	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
12660892--12660950	26	2.3	26	96	0	109	38	15	3	42	1.63
12662844--12662886	20	2.1	21	86	4	61	11	0	13	74	1.07
12664563--12664601	18	2.1	19	85	4	53	25	15	15	43	1.86
12671179--12671274	43	2.2	43	75	0	102	32	20	19	27	1.97
12671663--12671711	21	2.3	21	89	0	71	8	40	16	34	1.78
12671673--12671731	21	2.8	21	86	0	73	5	40	18	35	1.73
12692019--12692344	146	2.2	145	79	3	334	36	23	15	24	1.94
12692019--12692365	147	2.4	145	79	3	340	36	24	14	25	1.93
12693361--12693411	20	2.5	21	90	3	77	49	41	0	9	1.36
12693361--12693411	14	3.7	14	76	5	50	49	41	0	9	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12693797--12693836	14	2.8	14	84	3	53	37	45	0	17	1.49
12694045--12694077	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
12694459--12694805	114	3.0	113	84	8	411	28	24	22	24	1.99
12694728--12694894	89	1.9	89	92	0	280	31	26	20	20	1.98
12695410--12695434	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
12704655--12704687	15	2.1	16	88	5	50	30	6	0	63	1.18
12714164--12714199	16	2.4	16	90	9	58	63	0	5	30	1.17
12724586--12724716	47	2.8	47	80	4	131	29	13	16	41	1.86
12738286--12738368	29	3.0	27	77	10	78	39	3	4	51	1.40
12739255--12739295	10	4.1	10	87	9	57	26	0	0	73	0.84
12739255--12739319	11	6.4	11	75	20	52	32	1	0	66	1.01
12748592--12748634	12	3.5	13	81	9	54	39	4	0	55	1.20
12748822--12748896	33	2.3	32	77	13	80	40	4	0	56	1.18
12753434--12753480	23	2.0	24	83	8	60	27	21	10	40	1.86
12753986--12754141	46	3.4	46	94	1	278	28	30	8	33	1.86
12760496--12760540	23	2.0	23	86	8	65	40	11	11	37	1.76
12761900--12761973	37	2.0	37	97	0	139	21	17	18	41	1.90
12762209--12762331	32	3.8	32	97	0	210	23	11	23	41	1.87
12763402--12763430	14	2.1	14	100	0	58	13	13	13	58	1.63
12768291--12768359	28	2.4	29	83	11	97	34	2	1	60	1.20
12768336--12768380	22	2.0	23	87	12	67	40	0	2	57	1.11
12768336--12768380	23	2.0	22	83	12	56	40	0	2	57	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12776847--12776882	18	2.1	18	89	5	56	11	13	8	66	1.44
12777696--12778514	100	8.2	100	86	2	1054	24	20	22	31	1.98
12777746--12778514	150	5.1	151	72	6	612	24	20	22	31	1.98
12777746--12778512	50	15.3	50	70	4	495	24	20	22	31	1.98
12778502--12778870	133	2.8	133	87	1	526	25	23	20	31	1.98
12780114--12780146	4	8.8	4	87	12	52	0	21	0	78	0.75
12780114--12780146	7	4.4	8	88	11	52	0	21	0	78	0.75
12782791--12782824	12	2.8	12	81	0	50	8	23	23	44	1.81
12806839--12806865	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
12807214--12807242	6	4.8	6	100	0	58	51	13	0	34	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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