genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   

This is table  22  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7843196--7843221	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
7844164--7844195	17	1.9	17	93	6	57	65	0	28	6	1.16
7845174--7845271	46	2.2	46	94	1	171	43	19	3	33	1.66
7856467--7856524	22	2.6	22	89	5	73	41	10	8	39	1.70
7857832--7857929	46	2.2	46	94	1	171	43	19	3	33	1.66
7862630--7862663	9	3.9	9	96	3	61	70	0	8	20	1.13
7864892--7864916	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7869643--7869676	18	2.0	17	88	11	52	14	14	35	35	1.87
7875137--7875220	40	2.1	40	97	0	159	42	10	1	45	1.46
7875856--7875904	22	2.2	21	82	7	53	14	14	18	53	1.74
7880275--7880314	21	2.0	20	90	5	62	55	5	10	30	1.54
7885043--7885073	3	10.3	3	100	0	62	32	0	32	35	1.58
7892686--7892752	34	1.9	35	90	3	109	47	11	7	32	1.68
7893309--7893436	29	4.3	29	69	14	91	36	8	9	45	1.67
7893291--7893410	63	1.9	63	100	0	240	36	6	10	46	1.64
7907908--7908018	26	4.4	26	76	5	95	18	20	22	38	1.93
7907921--7908102	26	7.2	26	68	15	87	18	20	22	39	1.93
7912111--7912179	33	2.1	34	97	2	131	26	8	21	43	1.81
7918228--7918362	37	3.4	40	81	7	168	33	25	17	24	1.96
7934640--7934671	7	4.7	7	92	7	57	15	37	15	31	1.89
7935163--7935204	19	2.2	18	84	16	50	66	0	2	30	1.04
7939388--7939499	56	2.0	56	98	0	215	27	8	19	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7942750--7942783	7	5.0	7	89	7	52	52	14	2	29	1.56
7945048--7945134	40	2.2	40	87	0	120	34	20	19	25	1.96
7945203--7945348	40	3.8	40	77	3	138	26	24	24	23	2.00
7945055--7945402	174	2.0	172	82	5	414	29	20	23	25	1.99
7945766--7945866	7	14.4	7	82	4	69	17	0	29	52	1.45
7945791--7945824	13	2.4	15	85	14	54	17	0	47	35	1.48
7970056--7970224	78	2.2	78	91	0	266	30	21	14	33	1.93
7972223--7972319	12	7.8	12	75	19	83	11	9	20	58	1.59
7972255--7972283	9	3.3	9	90	9	51	10	10	24	55	1.65
7973729--7973762	15	2.3	15	90	5	52	2	5	23	67	1.26
7974724--7974795	29	2.5	29	82	6	85	27	15	20	36	1.93
7976259--7976296	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
7976312--7976345	17	2.1	17	88	5	52	20	8	17	52	1.71
7977543--7977610	25	2.7	25	71	8	66	23	23	19	33	1.97
7989785--7989810	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
7989809--7989864	1	56.0	1	92	0	94	0	3	0	96	0.22
7989803--7989864	23	2.7	23	97	2	115	0	6	0	93	0.35
7989771--7989863	12	7.7	12	81	10	100	0	13	0	86	0.58
7990008--7990110	53	1.9	53	84	7	138	56	13	21	8	1.64
7992900--7992926	4	6.8	4	100	0	54	51	0	48	0	1.00
7999094--7999231	46	3.0	46	100	0	276	39	15	15	30	1.88
8002487--8002528	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8002502--8002563	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
8003310--8003386	40	1.9	40	82	10	95	35	2	3	58	1.30
8004021--8004089	30	2.3	30	89	0	111	33	27	1	37	1.66
8004565--8004621	30	1.9	30	85	0	78	40	42	1	15	1.58
8004580--8004620	17	2.3	18	91	4	66	39	46	2	12	1.54
8004602--8004676	38	1.9	39	91	2	125	50	25	5	18	1.68
8004807--8004879	37	2.0	37	91	0	101	34	2	13	49	1.57
8006793--8006838	24	1.9	24	91	8	76	30	47	4	17	1.67
8010123--8010384	126	2.1	125	93	2	445	30	17	17	34	1.93
8010438--8010530	34	2.8	33	75	10	109	49	16	1	33	1.53
8010496--8010550	28	2.0	28	85	0	74	49	14	0	36	1.44
8016729--8016920	47	4.1	47	88	2	296	39	14	19	27	1.90
8016750--8016920	23	7.3	23	66	11	105	40	13	18	26	1.88
8017733--8017861	43	3.0	43	76	15	149	29	28	19	22	1.98
8020821--8020864	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
8020909--8020995	45	1.9	45	90	4	140	34	24	16	25	1.95
8021008--8021194	51	3.7	50	76	9	209	31	25	17	26	1.97
8021006--8021190	101	1.8	101	91	3	309	31	25	17	25	1.97
8028797--8028822	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
8030002--8030033	3	10.7	3	100	0	64	31	0	34	34	1.58
8034503--8034584	31	2.8	31	69	14	75	47	10	15	25	1.78
8036063--8036090	1	28.0	1	100	0	56	0	100	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8036796--8036826	16	1.9	16	93	0	53	9	16	6	67	1.39
8036801--8036834	16	2.1	16	88	0	50	8	20	8	61	1.52
8054034--8054060	6	4.5	6	100	0	54	18	81	0	0	0.69
8060493--8060518	8	3.2	8	100	0	52	50	11	0	38	1.39
8065510--8065543	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
8066251--8066313	21	3.0	19	72	20	54	41	0	1	57	1.08
8066879--8066955	39	2.0	39	97	0	145	37	0	10	51	1.36
8068771--8068809	18	2.1	19	85	4	53	28	10	2	58	1.44
8068842--8069033	94	2.1	92	81	4	217	33	18	12	35	1.88
8071772--8071798	11	2.5	11	100	0	54	0	11	0	88	0.50
8076304--8076414	57	1.9	60	83	9	149	37	9	15	37	1.79
8080490--8080524	14	2.5	14	95	0	61	17	0	51	31	1.45
8080389--8080625	114	2.1	114	83	6	299	23	3	34	39	1.71
8080643--8083323	175	15.3	175	99	0	5353	25	2	27	44	1.66
8083218--8083652	105	4.1	106	85	7	492	23	2	33	40	1.69
8083517--8083551	14	2.5	14	95	0	61	17	0	51	31	1.45
8083567--8083728	82	2.0	81	89	3	245	25	2	27	44	1.67
8083713--8083782	19	3.6	19	75	11	70	20	2	42	34	1.66
8084277--8084490	84	2.6	84	87	0	304	29	16	19	33	1.94
8086052--8086079	13	2.2	13	100	0	56	17	7	32	42	1.77
8086193--8086232	21	1.9	21	100	0	80	17	15	0	67	1.23
8091374--8091411	13	3.0	13	85	14	53	34	13	0	52	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8092457--8092499	16	2.6	16	81	3	50	34	0	11	53	1.37
8099188--8099216	9	3.2	9	100	0	58	34	20	10	34	1.87
8107368--8107429	4	16.0	4	90	6	83	45	24	4	25	1.73
8112885--8112919	17	2.1	17	88	0	52	51	0	5	42	1.25
8114573--8114598	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
8115872--8115962	41	2.1	43	86	6	123	37	2	0	60	1.09
8125424--8125466	2	21.5	2	95	0	77	51	2	0	46	1.13
8129988--8130017	14	2.1	14	100	0	60	0	26	23	50	1.50
8130087--8130143	25	2.4	24	88	5	80	1	26	19	52	1.55
8134513--8134547	13	2.7	13	90	0	52	42	22	8	25	1.82
8134646--8134701	21	2.7	21	82	0	76	26	7	35	30	1.83
8135682--8135743	32	1.9	34	87	9	94	40	4	9	45	1.58
8141766--8141942	86	2.1	86	97	2	338	26	14	9	49	1.73
8150655--8150707	24	2.2	24	86	0	70	49	7	3	39	1.49
8155454--8155495	19	2.2	19	86	0	57	9	4	9	76	1.15
8155571--8155612	14	2.9	15	79	13	52	9	4	4	80	0.99
8155571--8155623	22	2.3	22	78	15	54	13	3	3	79	1.01
8155571--8155624	27	2.0	27	85	10	74	12	3	3	79	1.00
8155765--8155821	23	2.5	23	83	8	64	24	8	0	66	1.20
8170614--8170680	34	2.0	34	96	0	125	28	14	13	43	1.84
8178350--8178386	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
8184745--8184826	29	2.9	27	80	10	76	43	6	4	45	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8184799--8184855	21	2.9	18	73	19	51	47	7	1	43	1.40
8194270--8194321	22	2.3	22	83	9	61	55	3	0	40	1.18
8233772--8233834	32	2.0	32	96	0	117	39	12	6	41	1.69
8253119--8253155	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
8253155--8253183	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8254302--8254348	13	3.5	13	76	21	51	40	40	2	17	1.61
8254301--8254364	28	2.3	28	91	0	101	39	40	4	15	1.68
8254315--8254363	15	3.4	15	77	11	57	40	42	4	12	1.61
8254666--8254693	12	2.3	12	100	0	56	14	0	0	85	0.59
8255638--8255688	20	2.6	19	84	9	66	37	3	5	52	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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