genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  40  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14170691--14170756	27	2.4	28	80	12	73	28	1	19	50	1.57
14179186--14179253	21	3.3	21	91	2	102	25	2	29	42	1.69
14179186--14179238	7	7.6	7	95	0	97	28	1	28	41	1.67
14180742--14181021	140	2.0	140	97	0	533	27	15	22	35	1.94
14195808--14195842	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14196489--14196514	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
14197353--14197454	25	4.1	25	87	6	145	23	29	19	27	1.98
14200880--14200921	23	2.0	22	86	13	61	42	0	2	54	1.13
14206404--14206457	27	2.0	27	85	7	74	29	1	0	68	1.00
14215370--14215394	13	1.9	13	100	0	50	40	8	28	24	1.83
14215596--14215629	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
14215727--14215784	29	2.0	29	90	9	93	58	1	0	39	1.08
14215818--14215868	22	2.3	21	83	9	66	33	0	33	33	1.58
14216133--14216191	29	2.0	29	83	3	73	45	15	15	23	1.84
14226462--14226519	28	2.1	28	93	0	98	31	29	17	22	1.96
14228137--14228186	20	2.7	18	72	22	50	48	4	4	44	1.40
14229710--14230219	255	2.0	255	99	0	1002	39	13	10	36	1.80
14232448--14232495	19	2.5	19	93	0	78	54	8	4	33	1.50
14235073--14235230	42	3.8	42	77	5	151	18	20	17	43	1.89
14239644--14239755	25	4.6	25	71	3	93	32	20	27	19	1.97
14239707--14239786	24	3.3	24	70	15	65	37	20	23	18	1.94
14241938--14241970	18	1.9	17	88	11	50	30	9	0	60	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14248630--14248771	71	2.0	71	97	0	266	22	12	16	48	1.79
14260689--14260792	55	1.9	55	85	0	145	51	14	8	25	1.70
14266680--14266720	20	2.0	20	90	0	64	19	2	26	51	1.59
14268518--14268572	22	2.3	24	75	9	60	10	14	7	67	1.41
14279913--14280116	82	2.5	80	88	3	286	38	9	14	37	1.78
14279999--14280260	141	1.8	146	82	7	349	43	10	12	33	1.77
14283974--14284010	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
14284226--14284872	160	4.1	160	88	5	848	38	14	9	37	1.79
14284239--14284874	81	8.0	80	87	3	801	37	14	9	38	1.79
14285010--14285053	18	2.4	18	81	11	54	34	2	4	59	1.30
14287933--14287979	22	2.2	22	85	11	62	55	0	4	40	1.19
14289373--14289425	27	2.0	27	92	0	88	24	15	13	47	1.81
14291381--14291407	7	3.9	7	100	0	54	44	14	0	40	1.46
14294080--14294132	21	2.5	21	81	0	52	35	35	3	24	1.74
14294920--14294961	20	2.0	21	86	13	61	54	19	2	23	1.55
14295049--14295114	32	2.1	32	94	0	114	36	7	7	48	1.60
14304144--14304217	9	8.0	9	77	5	58	29	1	9	59	1.37
14304138--14304216	19	4.3	18	75	4	77	30	1	8	59	1.36
14313354--14313380	6	4.5	6	100	0	54	55	0	0	44	0.99
14314738--14314774	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
14316069--14316198	40	3.3	40	78	7	140	36	25	14	23	1.93
14321582--14321664	29	2.9	29	92	0	130	25	12	27	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14322090--14322147	19	3.1	19	80	7	64	46	6	3	43	1.47
14327922--14328110	105	1.8	105	95	0	342	26	8	27	36	1.87
14331065--14331090	12	2.2	12	100	0	52	42	7	7	42	1.62
14335774--14335835	27	2.3	27	97	0	115	29	22	33	14	1.94
14336182--14336219	19	2.0	19	89	0	58	50	7	5	36	1.54
14336315--14336401	22	3.7	22	92	7	129	54	13	0	32	1.40
14336449--14336524	27	2.8	27	89	0	116	34	0	11	53	1.37
14336620--14336657	19	2.0	19	89	0	58	36	5	7	50	1.54
14339011--14339079	34	2.0	34	100	0	138	31	20	11	36	1.88
14340959--14341256	108	2.8	108	91	0	488	35	18	16	29	1.93
14344441--14344578	44	3.1	44	64	19	115	28	25	21	24	1.99
14344441--14344628	88	2.1	88	96	0	340	26	23	22	27	2.00
14344488--14344622	44	3.1	43	66	16	114	24	23	24	27	2.00
14346685--14346751	11	6.0	11	80	16	68	0	19	0	80	0.71
14346699--14346756	8	7.2	8	78	16	50	0	18	0	81	0.70
14346687--14346753	19	3.6	18	88	9	91	0	17	0	82	0.68
14346686--14346761	7	10.7	7	80	10	68	1	17	0	81	0.76
14360602--14360636	17	2.1	17	89	10	54	37	0	0	62	0.95
14360991--14361037	22	2.1	22	81	14	53	70	8	21	0	1.14
14361660--14361706	24	2.0	23	84	12	60	51	4	14	29	1.62
14363768--14363856	22	4.0	22	83	0	115	40	16	23	19	1.91
14363772--14363870	44	2.2	44	81	5	117	38	17	25	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14364994--14365134	70	2.0	72	90	2	223	35	19	15	29	1.93
14365750--14365801	26	2.0	27	88	3	79	63	3	1	30	1.23
14366697--14366732	17	2.2	17	90	5	56	75	0	11	13	1.06
14368576--14368679	39	2.7	39	92	1	174	53	26	1	17	1.54
14371328--14371390	17	3.5	17	71	12	54	38	3	7	50	1.47
14371398--14371428	9	3.4	9	95	0	53	25	9	22	41	1.84
14376326--14376369	10	4.2	10	86	11	61	25	29	0	45	1.54
14378141--14378183	18	2.4	18	92	0	68	20	27	6	44	1.77
14380636--14380920	124	2.3	124	91	1	455	29	20	18	31	1.96
14386132--14386163	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
14407637--14407673	17	2.1	18	90	5	58	43	5	5	45	1.49
14414270--14415696	100	14.3	100	86	1	1849	33	22	20	23	1.97
14419826--14420061	26	9.0	25	72	18	153	61	4	4	29	1.35
14419802--14420061	58	5.0	51	76	13	178	60	4	5	29	1.39
14419801--14419976	75	2.3	74	80	8	178	59	5	6	28	1.45
14419877--14419925	22	2.3	23	86	10	68	63	4	2	30	1.24
14419828--14420061	75	3.0	75	75	15	181	61	4	4	29	1.35
14419916--14420052	27	4.9	28	73	16	95	62	3	5	29	1.34
14420112--14420179	29	2.3	29	78	14	77	66	1	4	27	1.20
14419801--14420175	52	7.1	51	72	12	244	59	4	7	29	1.43
14420974--14421009	19	1.9	18	88	5	54	80	8	11	0	0.90
14426369--14426655	124	2.3	124	90	0	448	32	17	20	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14429753--14430020	49	5.5	49	98	0	509	46	9	2	41	1.50
14430159--14430198	21	1.9	21	85	10	55	12	17	37	32	1.87
14431908--14432037	50	2.6	50	92	0	215	30	24	10	34	1.89
14432008--14432054	7	6.7	7	100	0	94	27	29	0	42	1.56
14432069--14432141	37	2.0	37	97	0	137	36	23	15	24	1.93
14442000--14442041	20	2.1	21	86	8	61	52	0	2	45	1.13
14444292--14444333	20	2.1	21	86	8	61	52	0	2	45	1.13
14450271--14450305	7	5.0	7	100	0	70	85	0	14	0	0.59
14462779--14462823	21	2.1	21	84	8	56	60	2	8	28	1.39
14463000--14463039	19	2.1	19	85	0	53	42	2	0	55	1.13
14463132--14463336	90	2.2	91	80	7	216	34	7	20	37	1.81
14473538--14473575	19	2.0	20	84	5	51	47	2	0	50	1.15
14481997--14482038	21	2.0	21	95	0	75	45	16	23	14	1.84
14483867--14483943	19	3.8	18	73	25	57	57	3	0	38	1.17
14484020--14484053	17	2.0	17	88	0	50	26	0	5	67	1.13
14484383--14484441	7	8.6	7	86	1	75	38	5	1	54	1.33
14486545--14486601	28	2.0	28	100	0	114	50	7	7	35	1.56
14489973--14490094	52	2.4	51	85	1	163	36	18	15	29	1.92
14490361--14490393	17	1.9	17	93	0	57	51	12	18	18	1.76
14499207--14499248	22	1.9	22	90	0	66	40	19	23	16	1.91
14499897--14499996	8	13.1	8	75	20	72	51	1	1	47	1.14
14499922--14499987	20	3.3	20	89	4	89	50	0	1	48	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14499897--14499990	28	3.4	27	88	5	120	52	0	1	46	1.07
14502658--14502753	23	4.2	23	78	5	113	32	26	18	22	1.97
14502665--14502755	46	2.0	46	88	0	137	31	25	20	21	1.98
14505691--14505765	38	2.0	38	91	0	123	30	20	24	25	1.98
14505692--14505756	19	3.4	19	75	8	78	29	20	26	24	1.99
14506505--14506529	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
14507384--14507441	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
14512158--14512189	11	2.9	11	95	0	55	81	0	0	18	0.70
14512359--14512472	46	2.5	45	78	8	124	56	1	6	35	1.35
14512359--14512481	23	5.3	23	71	13	101	56	1	5	36	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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