genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   

This is table  63  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22284088--22284876	259	3.0	260	90	4	1179	36	23	17	22	1.95
22285409--22285448	4	10.0	4	94	0	71	47	25	2	25	1.64
22290175--22290208	16	2.3	14	90	10	50	5	14	5	73	1.21
22293301--22293377	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
22293317--22293356	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
22293305--22293371	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
22294404--22294441	17	2.2	17	86	9	51	39	5	2	52	1.38
22294403--22294446	16	2.7	16	80	13	54	45	4	4	45	1.44
22297882--22297915	15	2.3	15	89	0	50	55	0	8	35	1.31
22298348--22298418	36	2.0	36	85	0	97	30	9	16	42	1.81
22298643--22298738	48	2.0	48	93	0	165	18	17	22	40	1.91
22301660--22301879	116	1.9	116	85	3	309	22	9	23	45	1.80
22301776--22302205	164	2.6	163	85	4	557	18	10	24	46	1.80
22302235--22302655	147	2.9	148	82	5	521	23	12	22	41	1.87
22302528--22302836	172	1.8	171	87	3	469	24	12	20	43	1.86
22308665--22308695	6	5.2	6	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22320393--22320461	31	2.2	31	94	0	120	47	10	5	36	1.61
22331743--22331787	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
22339086--22339156	31	2.3	31	85	7	99	38	22	12	26	1.90
22339970--22340075	37	2.7	39	73	14	110	33	22	17	26	1.96
22340233--22340279	23	2.0	24	88	12	71	53	17	0	29	1.44
22341088--22341134	25	2.0	23	84	16	60	38	6	0	55	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22341081--22341143	32	2.0	32	90	6	101	39	6	0	53	1.26
22342777--22342840	18	3.6	17	79	6	74	50	1	3	45	1.27
22342857--22342946	36	2.5	35	74	10	85	35	2	1	56	1.19
22342992--22343030	17	2.3	17	90	0	60	48	2	2	46	1.29
22342991--22343071	42	2.0	41	82	7	101	45	3	1	49	1.27
22343032--22343070	19	2.0	20	85	5	53	38	5	0	56	1.22
22343888--22344189	150	2.0	151	99	0	597	45	7	6	40	1.59
22344423--22344463	20	2.0	21	85	4	57	63	2	0	34	1.08
22352763--22352893	63	2.1	63	81	7	160	29	9	19	41	1.83
22354390--22354447	29	2.0	29	83	12	75	53	3	0	43	1.17
22355540--22355578	18	2.1	19	90	4	62	61	5	10	23	1.48
22355538--22355583	24	1.9	24	82	8	58	63	6	8	21	1.46
22360442--22360485	6	7.5	6	92	2	72	31	52	0	15	1.44
22364959--22365014	28	2.0	28	89	0	85	39	7	8	44	1.63
22399161--22399446	144	2.0	143	99	0	563	28	13	20	36	1.92
22399599--22399635	19	1.9	19	100	0	74	62	5	0	32	1.18
22405737--22405778	6	7.0	6	94	0	66	19	2	33	45	1.63
22406589--22406636	25	1.9	25	95	0	87	37	0	20	41	1.53
22406671--22406717	19	2.5	19	86	6	60	40	0	0	59	0.97
22414689--22414738	21	2.4	21	86	0	73	50	6	2	42	1.38
22426616--22426666	18	2.8	18	74	11	59	54	5	0	39	1.24
22436436--22436470	17	2.1	17	88	0	52	48	28	5	17	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22443619--22443668	11	4.5	11	76	0	55	66	8	4	22	1.35
22443619--22443668	22	2.3	22	89	0	73	66	8	4	22	1.35
22447668--22447703	6	6.0	6	100	0	72	33	16	16	33	1.92
22449257--22449378	56	2.2	57	84	10	169	35	13	14	36	1.86
22449388--22449421	7	5.0	7	92	7	61	70	0	0	29	0.87
22451786--22451826	18	2.3	18	95	0	73	46	2	14	36	1.58
22452200--22452303	54	1.9	54	94	0	181	41	7	12	38	1.72
22461790--22462069	140	2.0	140	100	0	560	35	8	19	36	1.82
22462824--22462894	36	2.0	36	94	0	124	47	12	11	28	1.76
22469772--22469814	23	1.9	23	85	4	61	51	4	9	34	1.55
22470278--22470347	35	2.0	35	91	0	113	24	28	30	17	1.97
22473243--22473430	4	47.0	4	100	0	376	50	25	0	25	1.50
22485380--22485421	21	2.0	21	90	9	68	11	16	23	47	1.80
22486514--22486717	40	5.1	40	98	0	390	12	12	35	39	1.80
22501777--22501887	40	2.8	40	87	1	152	31	22	25	20	1.98
22502368--22502462	49	1.9	50	80	4	113	20	0	31	48	1.50
22502422--22502468	14	3.3	15	82	8	62	25	0	29	44	1.54
22503820--22504064	122	2.0	122	91	1	402	32	21	16	29	1.95
22505904--22505934	15	2.0	16	93	6	55	51	0	6	41	1.27
22505952--22506164	43	5.0	43	83	3	243	25	17	29	27	1.98
22505952--22506164	85	2.5	84	84	6	268	25	17	29	27	1.98
22506494--22506533	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22506516--22506555	20	2.0	20	85	0	53	32	12	12	42	1.80
22506503--22506568	35	1.9	34	90	3	105	31	10	15	42	1.81
22506913--22507493	120	4.8	120	100	0	1162	25	29	9	35	1.87
22507494--22507538	18	2.5	18	85	0	63	46	0	53	0	1.00
22507783--22507812	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
22514521--22514545	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
22515860--22515898	20	2.0	20	95	5	71	43	10	20	25	1.83
22523413--22523455	22	2.0	22	90	0	68	18	11	11	58	1.63
22534790--22534837	24	2.0	24	87	0	69	41	18	27	12	1.86
22534871--22534930	26	2.3	25	86	8	84	36	21	26	15	1.93
22539292--22539336	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
22541390--22541431	21	2.0	21	85	0	57	35	16	2	45	1.61
22543949--22544020	29	2.5	29	95	0	126	26	12	18	43	1.85
22568636--22568677	22	1.9	22	85	0	57	52	4	11	30	1.59
22570857--22570902	23	2.1	22	88	8	67	52	0	4	43	1.21
22571822--22571875	23	2.4	23	84	3	65	22	27	18	31	1.97
22579052--22579191	46	3.0	45	84	4	172	35	18	7	39	1.78
22587950--22587994	21	2.0	23	83	8	58	28	2	4	64	1.25
22592311--22592481	72	2.4	72	82	2	200	26	22	23	28	1.99
22593041--22593094	7	7.4	7	77	8	54	16	1	44	37	1.59
22593244--22593292	20	2.5	20	83	9	64	14	0	36	48	1.44
22593423--22593510	7	13.0	6	77	15	68	19	2	31	46	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22593420--22593468	14	3.6	14	89	8	75	18	4	32	44	1.68
22593420--22593510	21	4.5	19	77	10	83	19	2	31	46	1.62
22593548--22593611	15	4.3	15	80	11	78	15	1	39	43	1.56
22593551--22593611	7	8.3	7	82	10	77	16	1	37	44	1.58
22593649--22593681	16	2.1	16	88	5	50	57	6	0	36	1.23
22594011--22594250	115	2.1	114	90	1	372	28	18	20	32	1.96
22594112--22594642	261	2.0	261	92	0	875	27	17	21	33	1.96
22596757--22597700	9	103.6	9	68	16	390	43	18	1	37	1.57
22596832--22596895	16	3.9	16	83	4	74	50	14	0	35	1.43
22596884--22597507	110	5.7	110	99	0	1203	43	18	0	37	1.57
22597333--22597740	140	2.9	138	91	4	601	43	17	1	37	1.58
22597440--22597492	19	2.8	19	85	2	72	47	18	1	32	1.60
22597580--22597632	19	2.8	19	85	2	72	47	18	1	32	1.60
22597779--22597863	9	9.4	9	75	10	84	47	16	4	31	1.67
22597772--22597913	27	5.1	27	71	25	107	50	11	4	32	1.60
22597771--22597838	18	3.8	18	72	12	50	52	13	1	32	1.49
22597861--22597897	14	2.7	14	95	4	67	56	0	8	35	1.29
22598058--22598174	42	2.7	42	85	5	146	29	23	22	25	1.99
22598845--22598888	22	2.0	22	86	8	63	0	29	0	70	0.88
22612031--22612055	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22615954--22615993	20	2.0	20	95	0	71	32	25	12	30	1.92
22627284--22627694	100	4.1	100	91	1	639	29	19	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22627287--22627694	50	8.2	50	71	5	288	29	20	24	25	1.99
22627802--22627917	44	2.6	45	83	2	162	30	15	28	25	1.96
22629703--22629727	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22644442--22644537	50	1.9	50	91	0	156	28	26	17	28	1.98
22649949--22650121	34	5.1	34	97	0	301	46	4	19	29	1.68
22657889--22657967	39	2.0	39	100	0	158	54	15	12	17	1.71
22659313--22659350	2	19.0	2	94	0	67	0	2	50	47	1.15
22663790--22663892	43	2.4	41	85	9	134	46	12	5	34	1.66
22668114--22668219	53	2.0	53	88	3	160	42	15	8	33	1.77
22672871--22672987	62	1.9	61	84	5	157	47	4	4	43	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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