genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  56  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19709914--19709994	30	2.8	31	85	10	109	29	30	1	38	1.65
19709913--19710005	29	3.2	29	79	8	98	26	31	4	37	1.76
19709991--19710052	30	2.1	31	81	6	74	29	22	6	41	1.78
19710439--19710476	20	2.0	20	89	5	60	76	0	21	2	0.91
19710595--19710646	18	2.7	20	82	14	72	71	0	25	3	1.03
19710580--19710647	28	2.3	29	85	10	84	72	0	23	4	1.03
19733214--19733764	82	6.8	80	80	10	563	30	16	20	33	1.94
19733301--19733613	167	1.9	166	95	1	572	29	16	20	33	1.95
19733469--19733769	80	3.8	76	82	10	290	29	16	20	32	1.95
19734175--19734281	30	3.6	29	82	2	124	35	26	0	37	1.63
19734175--19734312	30	4.7	29	77	8	95	34	26	1	38	1.65
19734679--19734722	20	2.1	21	87	4	63	75	4	20	0	0.98
19734826--19734893	28	2.3	28	85	10	82	72	0	23	4	1.03
19734841--19734892	18	2.7	20	82	14	72	71	0	25	3	1.03
19734970--19735024	24	2.3	24	84	6	67	32	38	27	1	1.67
19734989--19735031	12	3.6	12	75	12	52	23	39	34	2	1.67
19735080--19735116	14	2.6	14	86	0	56	21	43	24	10	1.84
19735698--19735885	18	10.6	17	67	17	82	31	16	9	43	1.79
19735698--19735923	17	12.7	18	70	15	132	31	15	9	42	1.80
19735698--19735923	36	6.4	34	75	12	179	31	15	9	42	1.80
19735782--19735939	36	4.3	38	76	8	148	31	17	10	41	1.82
19735864--19736022	85	1.9	85	82	12	202	34	10	11	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19735963--19736046	37	2.2	38	82	4	98	38	10	10	40	1.75
19735994--19736046	18	2.7	19	78	21	65	37	13	13	35	1.83
19743742--19743779	19	2.0	19	94	0	67	34	21	10	34	1.87
19744052--19744110	17	3.4	17	73	17	66	57	5	3	33	1.37
19744485--19744551	34	1.9	35	87	3	100	44	13	8	32	1.75
19746402--19746449	21	2.3	21	86	10	64	52	4	4	39	1.40
19750492--19750572	26	3.1	26	87	0	117	34	25	20	18	1.96
19750516--19750555	14	3.0	14	76	23	50	35	27	22	15	1.94
19756050--19756114	16	4.1	15	72	20	51	41	1	3	53	1.25
19756069--19756114	16	2.9	16	79	20	53	43	2	2	52	1.25
19763603--19763654	27	1.9	27	92	0	86	40	3	7	48	1.50
19767659--19767828	87	1.9	88	84	8	231	35	20	9	34	1.85
19769851--19770046	97	2.0	98	97	2	376	39	12	8	39	1.72
19771256--19771468	106	2.0	106	93	0	363	38	13	17	30	1.89
19774069--19774204	42	3.3	43	83	7	156	17	20	17	44	1.87
19774064--19774202	21	6.7	21	75	4	93	17	20	17	43	1.88
19782238--19782317	6	14.6	5	96	3	97	73	1	0	25	0.90
19782246--19782316	9	8.6	9	83	16	100	73	0	0	26	0.84
19785205--19785262	18	3.1	19	80	7	64	31	1	0	67	1.01
19787364--19787395	7	4.6	7	100	0	64	62	12	0	25	1.30
19807361--19807420	26	2.4	25	81	13	70	21	25	18	35	1.96
19807423--19807478	23	2.4	23	75	0	58	14	25	17	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19807493--19807551	24	2.5	24	94	0	100	18	28	18	33	1.95
19807493--19807560	24	2.8	24	88	4	84	17	27	19	35	1.94
19809517--19809761	115	2.1	117	89	1	368	28	25	24	21	1.99
19810814--19810874	26	2.3	26	85	0	77	34	21	26	18	1.96
19810693--19810879	24	7.6	25	67	15	84	32	20	26	19	1.97
19810803--19811048	129	1.9	131	78	5	275	34	21	22	20	1.96
19823066--19823151	43	2.0	43	90	0	136	31	29	16	23	1.96
19834031--19834085	23	2.4	24	84	6	78	45	16	5	32	1.70
19837149--19837414	107	2.5	108	88	0	399	42	19	16	21	1.89
19837149--19837417	27	10.0	27	82	5	330	41	19	16	21	1.90
19839828--19839879	23	2.3	23	96	0	95	32	26	21	19	1.97
19839967--19839995	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
19846986--19847023	20	1.9	20	88	0	58	52	0	10	36	1.36
19848642--19848699	18	3.2	17	79	20	64	63	0	0	36	0.94
19848641--19848699	19	3.2	18	81	13	66	64	0	0	35	0.94
19848644--19848705	26	2.4	27	81	10	76	61	0	0	38	0.96
19854820--19855113	51	5.8	51	93	0	473	31	14	23	30	1.94
19857283--19857350	25	2.8	25	84	6	77	30	19	27	22	1.97
19859229--19859396	55	3.1	55	98	0	318	32	8	32	26	1.87
19861680--19861720	21	1.9	22	85	14	59	24	4	2	68	1.22
19863859--19863900	12	3.5	12	75	12	50	33	0	42	23	1.55
19863859--19863905	24	1.9	24	91	4	76	34	0	38	27	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19864580--19864640	27	2.2	28	82	5	72	49	19	11	19	1.78
19864819--19864888	26	2.7	26	86	0	95	17	20	22	40	1.92
19865005--19865060	28	2.0	28	92	0	94	28	19	21	30	1.98
19866307--19866388	25	3.3	26	86	10	93	35	20	23	20	1.96
19866438--19866488	27	2.0	25	88	7	75	33	19	25	21	1.97
19868014--19868148	42	3.1	42	79	5	128	25	17	26	30	1.97
19868060--19868162	42	2.4	42	80	4	100	26	17	25	31	1.97
19873672--19873710	21	1.9	21	89	5	62	35	2	0	61	1.10
19873661--19873865	102	2.0	103	99	0	403	36	7	9	46	1.66
19873774--19873812	21	1.9	21	89	5	62	35	2	0	61	1.10
19886463--19886494	16	1.9	17	93	6	57	43	0	12	43	1.42
19887633--19887806	51	3.4	50	84	6	208	27	15	25	31	1.96
19887661--19887816	51	3.1	51	83	0	213	26	17	24	31	1.97
19890755--19890803	25	2.0	25	83	0	62	16	28	20	34	1.94
19890773--19890829	25	2.3	25	81	0	60	19	28	17	35	1.94
19892651--19892746	50	1.9	51	85	6	133	30	20	26	22	1.99
19892670--19892916	25	10.0	25	70	9	112	34	20	25	19	1.96
19893641--19893864	82	2.7	82	91	0	349	25	20	27	27	1.99
19893641--19893864	123	1.8	123	88	0	340	25	20	27	27	1.99
19893641--19893835	41	4.8	41	95	0	345	24	20	28	27	1.99
19915628--19915665	17	2.3	16	86	8	58	13	34	31	21	1.91
19920159--19920201	20	2.2	20	87	4	61	67	11	2	18	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19921717--19921748	7	4.6	7	100	0	64	31	0	0	68	0.90
19921778--19921807	15	2.1	14	93	6	51	43	0	0	56	0.99
19927960--19927992	16	1.9	18	88	11	52	48	3	6	42	1.43
19934935--19934985	24	2.1	24	85	0	66	47	21	9	21	1.79
19942431--19942480	16	2.9	17	81	18	59	58	2	6	34	1.34
19942456--19942489	16	2.1	16	88	0	50	52	2	5	38	1.41
19942702--19942798	10	10.0	10	69	16	55	40	2	3	54	1.28
19944721--19944776	26	2.2	25	84	9	69	28	10	1	58	1.41
19948264--19948517	124	2.1	123	89	3	386	30	15	22	31	1.95
19954651--19954711	24	2.5	24	81	0	77	40	8	21	29	1.82
19955089--19955516	123	3.4	122	74	12	401	31	17	23	27	1.97
19955311--19955420	51	2.2	51	81	0	121	32	17	19	30	1.94
19955542--19956270	44	16.1	44	69	13	322	32	18	20	28	1.97
19955538--19956389	227	3.8	225	83	4	697	32	18	20	29	1.96
19955920--19956082	89	1.8	88	81	1	200	30	20	20	28	1.98
19955547--19956023	183	2.6	182	86	1	668	32	18	19	28	1.96
19957369--19957420	26	2.0	25	85	3	68	9	25	48	17	1.77
19959414--19959438	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
19959623--19959673	19	2.7	19	78	0	66	54	0	7	37	1.29
19960630--19960669	16	2.5	15	84	11	53	2	10	2	85	0.80
19965686--19965734	24	2.0	24	84	0	62	46	24	12	16	1.81
19973535--19973586	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19985446--19985497	23	2.2	24	86	6	72	32	1	1	63	1.16
19987402--19987434	17	1.9	18	88	11	52	24	0	3	72	0.98
19992416--19992463	19	2.5	19	86	6	62	68	0	31	0	0.90
19992436--19992464	15	1.9	15	100	0	58	75	0	24	0	0.80
19999255--19999294	4	10.0	4	100	0	80	0	25	0	75	0.81
19999333--19999371	19	2.1	19	85	9	53	2	28	0	69	1.02
19999860--19999889	14	2.1	14	93	0	51	46	3	0	50	1.18
20000826--20000891	7	9.3	7	74	20	50	1	25	0	72	0.93
20001438--20001510	29	2.5	29	84	0	101	54	5	16	23	1.62
20002100--20002651	76	7.3	75	78	6	530	34	19	19	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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