genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  51  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18035324--18036116	322	2.5	321	90	1	1216	48	7	12	30	1.70
18041148--18041176	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
18041560--18041628	26	2.6	26	93	2	111	47	0	11	40	1.40
18044172--18044213	21	2.0	21	85	0	57	35	2	4	57	1.33
18045462--18045509	22	2.1	23	81	11	55	27	8	4	60	1.44
18045702--18045726	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
18047018--18047442	112	3.8	112	91	4	632	56	18	1	24	1.50
18048686--18048712	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
18052345--18052410	21	3.0	21	79	12	69	51	4	4	39	1.43
18060697--18060775	10	7.2	11	70	24	60	22	34	0	43	1.54
18060714--18060791	22	3.5	22	98	1	147	28	32	0	39	1.57
18061787--18061818	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
18062471--18062505	18	1.9	18	100	0	70	28	31	5	34	1.81
18063019--18063269	23	10.7	23	70	21	164	45	26	1	27	1.61
18063091--18063259	50	3.5	50	81	15	228	45	26	1	26	1.61
18063019--18063144	68	1.9	68	91	1	209	46	24	1	27	1.62
18063157--18063242	21	4.0	21	77	15	86	46	26	1	25	1.60
18063084--18063266	95	1.9	95	95	2	332	46	26	1	26	1.60
18063082--18063240	45	3.4	43	83	15	210	45	25	1	27	1.61
18063016--18063269	118	2.2	113	79	14	289	45	25	1	27	1.61
18063275--18063492	116	1.9	116	92	1	366	37	9	10	43	1.70
18063468--18063509	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18077807--18077836	15	2.0	15	93	0	51	70	0	26	3	1.03
18082634--18082667	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
18084239--18084674	205	2.1	207	86	2	606	41	8	14	36	1.76
18084654--18084707	28	2.0	27	89	10	85	46	3	11	38	1.57
18084941--18084985	23	2.0	23	86	0	63	77	2	4	15	1.02
18086749--18086785	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
18086838--18086868	9	3.4	9	90	0	53	38	22	16	22	1.92
18087164--18087294	41	3.3	40	73	9	126	32	22	17	26	1.96
18088297--18088335	19	2.0	20	90	5	62	41	7	2	48	1.45
18091247--18091292	21	2.1	22	88	4	67	69	2	6	21	1.22
18093161--18093189	14	2.1	14	100	0	58	20	20	27	31	1.98
18094356--18094397	21	2.0	22	90	4	68	50	7	4	38	1.51
18095511--18095633	26	4.7	26	83	6	117	34	21	23	20	1.96
18095536--18095639	26	4.0	26	83	2	129	34	22	23	20	1.97
18095562--18095664	26	4.0	26	82	2	82	33	22	24	19	1.97
18095806--18096151	27	12.9	27	80	4	306	26	13	17	42	1.86
18095806--18096151	54	6.4	54	83	8	375	26	13	17	42	1.86
18095818--18096151	81	4.1	81	82	7	394	26	13	18	42	1.86
18100245--18100281	19	2.0	19	89	5	58	56	10	0	32	1.34
18100511--18100550	21	1.9	21	100	0	80	32	15	5	47	1.66
18103259--18103455	102	1.9	101	85	5	270	31	12	10	45	1.76
18104091--18104128	20	1.9	20	89	10	60	60	13	0	26	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18105649--18105693	22	2.1	21	91	4	72	11	17	28	42	1.84
18105785--18106010	42	5.3	43	82	6	255	30	30	17	20	1.96
18105785--18106015	86	2.7	84	81	9	220	31	29	17	21	1.96
18106285--18106375	43	2.1	43	87	2	130	43	9	10	35	1.73
18111720--18111771	7	7.4	7	82	0	50	34	42	0	23	1.54
18111990--18112022	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
18112071--18112107	14	2.6	14	86	0	56	43	29	2	24	1.68
18112472--18112715	41	6.0	41	92	0	398	27	30	22	18	1.98
18112765--18112886	40	3.1	39	81	5	149	21	19	22	36	1.95
18113377--18113432	27	2.1	27	96	0	103	50	14	8	26	1.72
18113537--18113575	20	2.0	20	85	10	53	38	2	12	46	1.56
18114733--18114818	44	2.0	44	93	4	147	36	18	5	39	1.75
18116262--18116380	39	3.1	39	90	0	184	17	17	31	32	1.94
18118623--18118665	22	2.0	21	90	4	68	46	34	0	18	1.50
18118634--18118666	15	2.2	15	94	0	57	54	30	0	15	1.41
18121533--18121636	54	1.9	55	90	2	165	32	10	22	34	1.88
18123761--18124032	32	8.5	32	81	2	323	32	11	17	38	1.86
18123764--18124032	64	4.2	64	92	1	434	32	11	17	38	1.86
18123768--18124032	127	2.1	128	91	2	426	32	11	18	37	1.87
18124956--18125164	41	4.9	41	81	12	240	18	22	31	28	1.97
18124967--18125069	51	2.0	52	94	1	181	14	21	33	30	1.93
18129355--18129435	40	2.0	40	97	0	153	37	9	19	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18132219--18132369	43	3.5	42	79	5	160	27	14	28	29	1.95
18139883--18139935	27	2.0	26	92	3	88	15	18	33	32	1.92
18139912--18140137	33	6.5	33	70	22	158	19	19	28	32	1.96
18139910--18140083	75	2.3	75	94	0	303	18	18	28	33	1.96
18139945--18140081	42	3.5	41	74	17	155	19	18	28	33	1.95
18139985--18140179	102	1.9	102	90	0	309	21	19	28	30	1.98
18147176--18147253	27	2.9	27	92	0	120	17	24	29	28	1.98
18147074--18147325	129	2.0	129	89	1	389	21	19	27	31	1.97
18147118--18147364	129	1.9	124	85	5	278	22	21	25	30	1.98
18148424--18148458	18	1.9	18	88	11	54	28	2	22	45	1.67
18153021--18153865	88	9.6	88	80	2	865	27	24	24	23	2.00
18153021--18153873	176	4.8	176	89	1	1190	27	24	24	24	2.00
18154527--18154618	19	4.8	19	91	0	157	35	8	17	38	1.81
18154527--18154641	38	2.9	38	92	5	176	35	7	17	39	1.79
18156199--18156313	43	2.7	43	80	0	149	34	12	26	26	1.92
18161294--18161520	113	2.0	113	100	0	454	30	16	10	42	1.82
18165904--18165954	3	17.0	3	78	8	50	29	1	35	33	1.69
18175767--18175805	20	2.0	19	90	5	60	74	0	25	0	0.82
18196045--18196877	3	277.7	3	100	0	1666	66	0	0	33	0.92
18198596--18198910	156	2.0	157	99	0	623	48	7	5	38	1.56
18199465--18199494	15	2.0	15	93	0	51	36	6	0	56	1.26
18208920--18208999	38	2.1	38	83	6	99	33	1	8	56	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18226512--18227099	161	3.7	160	91	2	896	55	8	8	27	1.59
18227599--18227658	27	2.2	27	87	0	84	8	35	33	23	1.85
18231518--18231576	25	2.4	25	85	0	73	22	30	16	30	1.96
18231534--18231591	25	2.3	25	84	0	80	17	31	18	32	1.94
18231520--18231600	25	3.2	25	74	6	65	22	29	18	29	1.97
18236672--18236808	42	3.3	42	81	2	150	45	17	19	17	1.86
18245515--18245581	30	2.3	30	89	2	109	37	13	0	49	1.42
18245527--18245593	30	2.2	30	84	5	82	44	8	0	46	1.35
18245899--18245954	10	5.6	10	79	12	53	37	0	7	55	1.27
18246724--18246769	21	2.2	21	84	7	58	32	0	2	65	1.05
18247805--18247830	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
18252730--18252766	18	2.0	19	89	5	58	54	13	10	21	1.69
18273761--18274785	512	2.0	513	99	0	2043	31	17	13	38	1.88
18288151--18288201	6	8.5	6	85	8	59	19	1	0	78	0.85
18294900--18295382	41	11.8	41	75	2	330	19	20	22	36	1.95
18294947--18295383	164	2.7	165	82	5	521	19	21	22	36	1.95
18294947--18295335	82	4.7	82	86	4	480	20	19	23	37	1.95
18294961--18295383	82	5.2	82	83	4	444	20	21	22	35	1.96
18295827--18295864	15	2.5	15	86	0	58	21	0	42	36	1.53
18296697--18296751	19	2.9	19	88	0	83	49	5	29	16	1.68
18297555--18297736	24	7.8	24	72	13	121	32	7	5	53	1.52
18297579--18297701	46	2.7	46	75	13	119	34	7	2	55	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18297554--18297682	70	1.9	68	83	6	170	33	7	3	55	1.47
18307251--18307327	28	2.8	27	82	7	84	20	27	19	32	1.97
18307841--18307878	20	1.9	20	84	10	51	18	2	7	71	1.23
18307867--18307916	23	2.2	23	82	7	57	28	4	2	66	1.21
18309437--18309491	20	2.7	21	77	2	58	56	0	5	38	1.23
18319136--18319207	9	8.3	9	71	18	55	76	0	4	19	0.95
18319143--18319207	5	12.0	5	74	20	51	76	0	3	20	0.91
18319136--18319207	22	3.1	23	80	9	69	76	0	4	19	0.95
18319143--18319207	17	4.0	16	77	15	71	76	0	3	20	0.91
18319145--18319207	24	3.0	21	71	24	60	77	0	3	19	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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