genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  24  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8707656--8707701	24	1.9	24	86	0	65	21	4	19	54	1.61
8708418--8708496	30	2.7	30	88	5	117	49	16	5	29	1.67
8708776--8708827	25	2.1	25	100	0	104	44	21	15	19	1.87
8722759--8722835	27	2.9	27	90	3	120	16	24	38	19	1.92
8723055--8723092	19	2.0	19	89	0	58	50	7	5	36	1.54
8723270--8723307	19	2.0	19	89	0	58	36	5	7	50	1.54
8723455--8723507	23	2.2	24	90	6	81	32	1	0	66	1.03
8723617--8723678	27	2.3	27	97	0	115	14	33	22	29	1.94
8723763--8723796	18	1.9	17	88	5	50	58	2	0	38	1.13
8736209--8736265	29	2.0	29	89	0	87	22	14	8	54	1.67
8736220--8736277	29	2.0	29	86	3	80	22	15	10	51	1.73
8740242--8740527	76	3.8	76	99	0	563	24	16	21	37	1.93
8740727--8740769	11	3.7	11	79	11	50	58	0	2	39	1.11
8749165--8749200	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
8751029--8751058	16	1.9	15	93	6	51	83	0	13	3	0.77
8753353--8753447	25	3.7	26	84	5	113	32	22	21	24	1.98
8754904--8754956	24	2.2	25	89	3	81	33	20	24	20	1.97
8763435--8763504	16	4.4	16	96	0	113	34	35	0	30	1.58
8763568--8763625	23	2.5	23	91	0	89	43	17	1	37	1.59
8763673--8763743	13	6.0	12	70	25	53	45	16	1	36	1.57
8763522--8763729	104	2.0	104	100	0	416	41	15	4	38	1.68
8763673--8763742	23	3.0	23	93	0	113	44	17	1	37	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8763547--8763775	104	2.2	104	86	3	300	44	14	4	36	1.66
8768055--8768201	61	2.4	61	75	6	138	39	17	6	36	1.75
8769286--8769465	61	2.9	61	81	6	184	38	4	16	41	1.68
8772460--8772551	23	3.9	23	80	15	98	30	22	26	20	1.98
8778089--8778771	229	3.0	227	88	1	983	30	19	22	27	1.98
8778088--8778750	343	1.9	341	91	2	1080	30	20	22	27	1.98
8778088--8778771	114	6.0	114	88	0	983	30	19	22	27	1.98
8779554--8779584	14	2.1	15	94	5	55	29	0	32	38	1.57
8779647--8779685	17	2.4	16	84	12	53	30	0	33	35	1.58
8779654--8779686	17	1.9	17	93	0	57	27	0	36	36	1.57
8780027--8780079	20	2.6	20	79	8	54	66	7	1	24	1.28
8781428--8781500	9	8.6	9	77	19	68	46	16	0	36	1.47
8781467--8781499	16	2.1	16	100	0	66	45	24	0	30	1.53
8781436--8781533	50	2.0	50	86	8	137	43	15	0	40	1.46
8788848--8788902	21	2.6	21	82	0	74	36	16	43	3	1.65
8788851--8788947	42	2.3	42	75	8	108	38	17	40	4	1.69
8788886--8788943	21	2.8	21	83	0	80	41	13	41	3	1.62
8790786--8790867	23	3.4	23	86	8	94	28	21	26	23	1.99
8791901--8791947	24	2.0	24	91	0	76	25	29	17	27	1.97
8792187--8792259	37	2.0	37	100	0	146	38	21	20	19	1.94
8793211--8793275	27	2.4	27	82	5	78	20	15	24	40	1.91
8793391--8793546	45	3.5	45	80	8	149	25	22	13	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8795144--8795209	31	2.1	32	97	2	125	37	18	16	27	1.92
8795892--8795998	43	2.5	43	86	7	153	31	25	17	25	1.97
8796122--8796322	31	6.5	31	85	1	251	43	17	8	30	1.78
8807234--8807287	28	1.9	28	84	0	72	42	3	1	51	1.30
8807584--8807622	12	3.2	12	86	13	62	10	7	0	82	0.86
8808521--8808549	11	2.6	11	100	0	58	20	17	0	62	1.33
8817794--8817840	16	2.9	16	75	15	51	51	6	6	36	1.53
8817884--8817925	17	2.5	17	85	11	59	42	9	0	47	1.36
8818732--8818826	47	2.0	47	100	0	190	44	8	27	20	1.80
8824633--8824661	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
8824646--8824701	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
8824677--8824716	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
8824719--8824838	59	2.1	59	90	1	197	41	5	9	44	1.58
8824904--8824947	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
8829926--8829954	6	5.0	6	91	8	51	86	0	13	0	0.58
8829926--8829961	11	3.2	11	88	7	54	83	0	16	0	0.65
8831011--8831045	18	1.9	18	94	0	61	40	25	5	28	1.78
8832111--8832150	20	2.1	19	90	4	62	65	10	5	20	1.42
8832730--8832766	18	2.1	18	100	0	74	48	0	0	51	1.00
8839275--8839415	5	28.2	5	100	0	282	60	19	0	19	1.37
8844899--8845907	531	1.9	534	86	1	1443	37	13	18	31	1.89
8852229--8852286	22	2.7	21	79	10	71	43	18	3	34	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8869221--8869325	26	4.0	26	87	0	120	38	22	19	20	1.94
8879786--8880019	125	1.9	124	85	0	324	38	6	9	44	1.64
8882365--8882426	20	3.1	20	75	9	72	12	32	19	35	1.90
8882365--8882452	40	2.2	40	91	4	142	13	30	19	36	1.90
8889291--8889376	42	2.0	42	93	0	145	19	13	24	41	1.88
8889291--8889428	42	3.3	42	80	7	127	21	13	22	42	1.87
8889637--8889664	10	2.8	10	100	0	56	10	0	50	39	1.37
8897251--8897286	15	2.4	15	90	0	54	58	2	2	36	1.27
8898451--8898536	43	2.0	43	88	4	129	54	0	20	24	1.45
8900840--8900933	49	1.9	49	86	4	136	42	6	25	25	1.78
8902051--8902206	68	2.3	66	84	5	188	42	12	16	28	1.84
8903872--8903962	41	2.2	41	78	7	96	59	15	5	19	1.55
8906106--8906152	23	2.0	23	100	0	94	27	12	25	34	1.92
8908277--8908349	33	2.2	33	85	7	94	58	6	24	9	1.54
8908318--8909077	380	2.0	380	96	0	1412	32	16	17	34	1.92
8923464--8923668	68	3.0	68	82	4	252	37	13	22	26	1.91
8931948--8932001	18	3.2	17	75	15	58	61	5	25	7	1.45
8931954--8932028	33	2.2	33	86	6	98	57	6	25	10	1.57
8932846--8933003	37	4.2	37	99	0	307	41	13	15	29	1.85
8954563--8954618	24	2.3	24	84	6	69	8	19	7	64	1.45
8957203--8957312	53	2.1	54	87	5	161	39	9	21	30	1.84
8957433--8957531	29	3.5	28	70	10	76	33	18	23	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8957425--8957550	57	2.2	57	82	4	155	36	19	20	23	1.95
8957530--8957559	15	1.9	16	93	6	53	46	26	10	16	1.78
8964997--8965052	20	2.8	20	79	15	62	26	21	35	16	1.94
8964999--8965060	20	3.1	20	77	9	54	25	20	37	16	1.93
8964999--8965084	40	2.2	40	81	8	95	27	22	33	16	1.95
8965602--8965738	69	2.0	69	98	0	265	41	19	7	31	1.79
8973251--8973395	41	3.5	41	85	0	191	20	31	15	31	1.94
8973329--8973396	21	3.3	21	68	12	59	19	35	16	29	1.93
8974387--8974796	203	2.0	204	96	0	759	24	17	22	35	1.96
8976961--8977341	27	14.1	27	85	5	434	44	18	15	20	1.86
8976961--8977346	81	4.8	80	84	7	503	44	18	16	20	1.87
8977745--8977798	28	2.0	27	85	10	74	16	22	27	33	1.95
8978125--8978164	20	2.0	20	100	0	80	45	25	0	30	1.54
8983901--8983977	40	1.9	40	84	5	102	31	22	32	14	1.93
8983901--8983982	20	4.1	20	72	12	69	30	20	34	14	1.93
8992110--8992396	143	2.0	144	99	0	567	29	17	10	41	1.83
8993234--8993274	17	2.4	17	95	0	73	17	39	24	19	1.92
8993510--8993548	17	2.3	17	100	0	78	56	28	0	15	1.40
9001567--9001620	23	2.4	23	78	12	58	64	5	0	29	1.16
9002338--9002403	32	2.1	32	100	0	132	36	22	9	31	1.86
9005794--9005836	21	2.0	21	91	8	70	37	0	9	53	1.33
9006678--9006861	26	7.1	26	78	2	190	22	16	27	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9014830--9014945	57	2.0	57	91	3	189	29	12	14	43	1.83
9016053--9016088	6	6.0	6	86	0	54	13	5	0	80	0.88
9016853--9016965	25	5.2	25	58	33	64	34	23	10	31	1.89
9016825--9016989	41	4.0	41	100	0	330	34	24	9	31	1.88
9020129--9020192	19	3.4	19	78	8	60	48	0	1	50	1.10
9020687--9020732	1	46.0	1	86	0	65	93	2	4	0	0.41
9026533--9026579	25	2.0	23	83	8	58	51	4	6	38	1.47
9045111--9045140	1	30.0	1	93	0	51	0	0	3	96	0.21
9049745--9049776	17	1.9	17	93	6	57	40	3	0	56	1.15
9049757--9049818	24	2.7	23	81	18	83	41	1	1	54	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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