genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  68  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24093885--24093929	8	5.6	8	97	0	81	73	0	11	15	1.10
24097895--24097971	37	2.1	37	90	0	118	29	6	3	59	1.40
24098871--24098934	29	2.3	28	89	7	96	35	1	12	50	1.50
24103047--24103152	37	2.9	37	75	2	97	45	16	5	32	1.71
24104153--24104232	29	2.8	29	81	9	101	47	8	17	26	1.76
24105675--24105806	70	1.9	69	85	1	183	22	21	25	30	1.99
24112934--24113074	70	2.0	70	83	0	174	24	19	23	32	1.98
24114934--24114968	18	2.0	18	88	5	54	25	5	8	60	1.49
24116524--24116576	27	2.0	27	100	0	106	22	15	26	35	1.93
24121796--24121836	9	4.4	9	84	6	55	78	4	0	17	0.93
24126535--24126586	22	2.3	23	86	3	70	78	1	11	7	1.02
24127363--24127455	43	2.2	43	84	0	123	48	2	23	25	1.62
24127373--24127467	43	2.2	43	83	3	111	44	3	26	26	1.69
24130350--24130489	70	2.0	70	100	0	280	67	12	2	17	1.35
24133467--24133536	34	2.1	34	97	0	131	42	11	12	32	1.79
24134521--24134593	27	2.7	27	86	0	92	34	21	15	28	1.94
24134531--24134603	27	2.7	28	84	2	78	27	24	13	34	1.93
24138731--24138771	14	2.9	15	78	7	50	36	7	14	41	1.74
24146391--24146421	15	2.1	15	100	0	62	25	12	6	54	1.62
24162585--24162638	25	2.1	26	86	10	76	31	3	1	62	1.23
24162834--24162888	27	2.0	27	100	0	110	27	21	21	29	1.99
24165463--24165499	10	3.2	12	88	11	51	32	0	2	64	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24167022--24167287	133	2.0	133	97	1	498	30	14	6	48	1.67
24169868--24170144	139	2.0	139	92	0	455	33	20	12	32	1.91
24176302--24176336	17	2.1	17	89	10	54	37	2	0	60	1.12
24177916--24177958	3	14.3	3	100	0	86	34	0	0	65	0.93
24179260--24179299	13	3.1	14	92	7	59	70	0	12	17	1.18
24179263--24179300	6	5.9	7	85	14	55	73	0	10	15	1.09
24182079--24182344	43	6.2	43	82	6	278	32	20	21	25	1.98
24182096--24182342	128	1.9	128	83	8	315	34	20	21	24	1.97
24182084--24182306	85	2.6	86	88	7	337	33	21	21	23	1.97
24182798--24182855	21	2.8	21	81	0	71	3	41	18	36	1.68
24189080--24189134	22	2.7	21	91	8	87	34	3	10	50	1.55
24189128--24189262	9	15.2	9	72	11	91	31	2	18	47	1.61
24189124--24189210	36	2.5	34	80	7	111	31	0	18	50	1.47
24189178--24189232	25	2.2	25	86	0	74	30	1	20	47	1.60
24189510--24189580	29	2.4	29	95	0	133	38	7	12	42	1.70
24191757--24191808	27	1.9	27	84	0	68	48	9	0	42	1.36
24193954--24194175	41	5.4	40	74	3	129	36	26	21	15	1.93
24194644--24194676	17	1.9	17	88	11	50	39	0	0	60	0.97
24195776--24195805	6	5.0	6	100	0	60	16	33	16	33	1.92
24197240--24197293	24	2.2	24	90	0	90	44	7	9	38	1.65
24199065--24199126	33	1.9	32	87	9	90	54	1	4	38	1.31
24203658--24203721	27	2.4	27	86	2	85	31	14	12	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24203862--24203897	18	2.0	18	88	0	54	16	22	0	61	1.35
24205383--24205430	25	1.9	25	87	8	71	39	4	10	45	1.58
24205607--24205664	31	1.9	29	86	13	82	51	5	3	39	1.41
24209100--24209147	24	2.0	24	91	0	78	20	14	29	35	1.93
24215556--24215609	24	2.3	24	83	3	65	20	5	29	44	1.74
24215729--24215782	10	5.6	10	77	16	51	64	24	1	9	1.32
24217376--24217450	18	4.3	18	74	6	82	50	4	12	33	1.58
24217371--24217507	52	2.7	49	80	14	159	54	3	9	32	1.50
24217370--24217526	52	3.1	51	77	16	148	54	3	8	33	1.46
24217493--24217534	20	2.1	20	91	8	68	66	0	0	33	0.92
24220514--24220560	17	2.9	16	81	12	51	21	0	4	74	0.99
24221604--24221649	12	3.8	13	94	5	71	69	0	6	23	1.11
24221596--24221676	20	3.9	21	77	17	80	72	0	6	20	1.05
24221604--24221680	17	4.5	17	75	13	70	74	0	5	20	1.01
24227848--24227883	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
24235841--24235872	15	2.0	17	88	11	50	59	3	25	12	1.48
24240850--24240946	49	2.0	49	88	8	144	48	11	11	28	1.74
24243874--24243917	17	2.6	17	96	0	79	36	38	11	13	1.81
24244272--24244550	30	9.4	30	75	5	201	21	24	13	41	1.89
24244466--24244521	29	1.9	29	92	0	94	14	25	16	44	1.84
24244276--24244550	149	1.8	149	85	1	390	21	23	13	41	1.89
24244266--24244552	119	2.4	120	78	7	316	20	24	13	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24248598--24248646	3	16.3	3	95	0	80	36	0	63	0	0.95
24250584--24250633	24	2.1	24	100	0	100	40	12	12	36	1.79
24260163--24260221	21	2.8	21	84	5	75	27	27	20	25	1.99
24260318--24260545	122	1.9	122	84	1	305	29	28	16	25	1.97
24264371--24264435	33	2.0	33	93	0	112	27	6	21	44	1.76
24267560--24267654	47	2.0	47	95	0	172	36	9	22	31	1.86
24273536--24273590	21	2.6	21	79	0	56	18	23	38	20	1.93
24273676--24273747	36	2.0	36	100	0	144	19	16	19	44	1.87
24278912--24279027	61	1.9	61	98	0	223	43	19	10	26	1.83
24282056--24282195	20	7.1	19	71	10	111	38	22	29	10	1.86
24286053--24286404	176	2.0	176	100	0	704	47	11	12	28	1.76
24288337--24288728	50	7.9	50	77	1	347	26	20	21	32	1.97
24288338--24288728	100	3.9	100	89	0	577	26	20	21	32	1.97
24289359--24289431	38	1.9	37	91	2	119	47	13	15	23	1.80
24293662--24293697	18	2.0	18	100	0	72	11	33	0	55	1.35
24301530--24301580	14	3.4	14	76	12	57	0	11	9	78	0.97
24301529--24301578	19	2.6	20	78	9	59	0	12	10	78	0.98
24301884--24301940	28	2.0	28	96	0	105	50	5	10	33	1.59
24302749--24302832	41	2.0	41	88	4	125	35	30	19	14	1.91
24314830--24315014	27	6.8	27	83	4	230	31	15	25	27	1.95
24319686--24319725	19	2.1	19	86	9	55	47	15	12	25	1.80
24326885--24326937	23	2.3	23	93	0	88	26	9	22	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24329004--24329047	20	2.2	20	84	8	54	29	2	4	63	1.26
24332228--24332500	119	2.3	119	79	5	282	36	18	15	29	1.91
24332228--24332515	120	2.4	118	79	5	301	36	18	14	30	1.91
24334244--24334281	19	2.0	19	94	0	67	0	26	23	50	1.50
24334642--24334674	14	2.4	14	94	0	57	18	15	15	51	1.77
24336633--24336697	13	4.9	13	81	7	78	35	24	9	30	1.87
24349040--24349102	30	2.1	30	94	5	110	22	30	28	19	1.98
24349047--24349112	30	2.2	30	88	0	105	18	28	30	22	1.97
24356562--24356628	23	3.0	22	74	23	68	26	0	29	43	1.55
24365118--24365170	26	2.0	26	82	7	63	50	1	1	45	1.23
24369721--24369745	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
24370502--24370705	90	2.3	90	88	5	299	31	10	22	36	1.87
24371132--24371194	33	1.9	33	90	0	99	26	12	19	41	1.87
24371701--24371878	94	1.9	95	87	4	261	39	11	8	39	1.72
24372948--24372972	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
24372911--24373134	51	4.4	51	76	8	190	30	27	16	25	1.96
24380342--24380566	51	4.4	52	80	3	208	28	28	19	24	1.98
24395026--24395179	27	5.7	26	80	4	146	35	12	20	30	1.91
24395026--24395179	81	1.9	81	84	5	204	35	12	20	30	1.91
24395053--24395179	54	2.4	54	87	2	184	35	12	21	30	1.90
24398463--24398503	5	7.6	5	94	5	55	0	17	0	82	0.66
24398463--24398509	6	8.3	6	95	2	64	2	14	0	82	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24399238--24399294	25	2.3	25	78	0	60	29	1	22	45	1.63
24399919--24399977	31	2.0	29	83	12	75	22	8	16	52	1.70
24401221--24401270	22	2.3	21	89	6	73	10	0	46	44	1.37
24404649--24404716	31	2.1	33	89	10	106	52	1	4	41	1.30
24404679--24404731	27	2.0	27	92	0	88	52	0	3	43	1.19
24406552--24406629	41	1.9	41	94	0	138	37	8	7	46	1.64
24409614--24409687	25	3.0	25	83	0	103	29	20	18	31	1.97
24420715--24420752	15	2.6	15	87	4	51	18	31	13	36	1.89
24429232--24429408	51	3.5	51	82	3	180	24	16	27	31	1.97
24429411--24429497	45	1.9	45	92	0	147	27	14	26	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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