genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  74  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25926542--25926566	13	1.9	13	100	0	50	36	16	0	48	1.46
25927376--25927434	20	3.0	20	73	9	57	42	22	6	28	1.79
25927870--25928125	67	3.8	67	96	0	449	41	18	1	38	1.60
25927960--25928063	31	3.2	31	67	17	93	42	18	0	38	1.57
25934692--25934727	8	4.4	8	89	3	54	61	2	11	25	1.43
25936039--25936063	8	3.1	8	100	0	50	24	52	24	0	1.48
25940180--25940242	27	2.3	27	94	0	108	36	12	26	23	1.91
25952103--25952128	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25953406--25953434	6	5.0	6	91	8	51	13	0	0	86	0.58
25953397--25953433	20	1.9	18	89	10	56	13	2	0	83	0.74
25958221--25958708	88	5.5	88	91	2	784	27	27	25	19	1.99
25958719--25958960	44	5.6	42	79	10	233	29	18	23	28	1.97
25958802--25958924	38	3.1	38	76	15	113	31	16	23	28	1.96
25958759--25958924	82	2.0	82	87	2	235	30	16	24	28	1.97
25958737--25958963	126	1.8	126	95	0	409	30	15	24	29	1.96
25958840--25959007	88	1.9	88	81	4	205	28	16	24	30	1.97
25961053--25961121	26	2.5	27	81	11	77	27	5	5	60	1.42
25972910--25972948	19	2.1	19	85	0	51	30	15	25	28	1.96
25973873--25973911	21	1.9	21	89	5	62	61	0	2	35	1.10
25979471--25979503	17	1.9	17	93	0	57	27	33	21	18	1.96
25979796--25979835	16	2.5	17	88	8	57	65	2	0	32	1.06
25998714--25998765	18	2.9	18	82	0	59	38	13	42	5	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25998809--25998933	39	3.1	41	85	10	154	36	7	56	0	1.33
25998809--25998933	21	6.3	19	76	19	105	36	7	56	0	1.33
26000344--26000384	15	2.8	15	85	10	50	48	0	9	41	1.36
26003423--26003489	23	2.9	23	76	10	73	53	2	2	40	1.31
26003535--26003650	61	1.9	61	91	3	189	43	0	0	54	1.12
26003691--26003725	16	2.2	16	89	0	52	34	31	0	34	1.58
26008695--26008731	18	2.0	19	89	5	58	24	0	29	45	1.53
26008978--26009020	22	2.0	22	90	9	70	23	9	20	46	1.79
26009836--26009872	17	2.2	17	90	0	56	13	21	43	21	1.87
26030595--26030637	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
26032700--26032980	138	2.0	138	92	1	465	39	7	7	45	1.61
26036478--26036657	51	3.5	51	79	2	175	23	16	27	32	1.96
26036475--26036657	101	1.8	102	85	3	262	24	16	27	32	1.96
26036475--26036676	102	2.0	101	81	4	237	25	16	26	31	1.97
26036661--26036755	45	2.1	45	86	3	138	28	17	23	30	1.97
26036799--26036842	23	1.9	22	82	17	54	36	2	25	36	1.69
26040251--26040614	29	12.6	29	100	0	728	58	0	3	38	1.16
26045691--26045725	16	2.2	16	89	0	52	42	5	17	34	1.73
26047323--26047359	19	2.0	18	89	5	56	56	8	0	35	1.29
26047638--26047678	21	1.9	21	85	5	55	31	31	2	34	1.71
26055599--26055635	17	2.1	19	90	10	60	29	10	2	56	1.47
26059836--26059874	13	3.0	13	84	0	51	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26063949--26064001	14	3.7	14	78	12	54	52	0	5	41	1.25
26064420--26064530	44	2.5	44	76	12	111	25	16	27	31	1.96
26066464--26066499	18	2.0	18	94	0	63	47	16	13	22	1.82
26069721--26069747	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
26082689--26082756	29	2.3	29	89	2	100	22	33	23	20	1.97
26088264--26088330	33	2.0	33	100	0	134	25	29	26	17	1.98
26112460--26112492	13	2.5	13	100	0	66	12	21	42	24	1.86
26113500--26113571	26	2.8	25	77	4	90	29	23	29	18	1.97
26113494--26113587	25	3.8	24	75	10	82	28	24	27	19	1.98
26117646--26117699	27	2.0	27	100	0	108	48	22	11	18	1.79
26121323--26121390	26	2.6	25	82	11	84	35	22	25	17	1.95
26128924--26129004	30	2.7	29	88	7	110	16	2	39	41	1.61
26134818--26134859	18	2.2	20	87	8	61	30	11	9	47	1.72
26135511--26135543	14	2.4	14	100	0	66	36	15	12	36	1.84
26164786--26164815	6	5.0	6	100	0	60	33	0	50	16	1.46
26166208--26166244	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
26167015--26167070	22	2.5	22	80	8	60	46	17	3	32	1.66
26167026--26167069	22	2.0	22	90	4	70	40	18	4	36	1.71
26172500--26172545	15	2.8	17	70	12	51	47	2	0	50	1.13
26172493--26172543	20	2.7	20	75	22	56	50	1	0	47	1.12
26180644--26180677	17	2.0	17	88	0	50	70	5	0	23	1.09
26182457--26182485	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26188179--26188248	35	2.0	35	88	5	106	14	14	21	50	1.78
26194045--26194112	31	2.2	31	81	5	75	47	5	14	32	1.69
26195469--26195695	50	4.4	50	83	5	256	23	28	20	27	1.99
26197697--26197724	9	3.1	9	100	0	56	25	21	21	32	1.98
26199723--26199785	21	3.0	22	76	17	62	25	20	15	38	1.92
26199826--26199895	22	3.2	22	65	15	63	21	21	14	42	1.88
26199808--26199917	44	2.5	44	98	1	211	23	22	13	40	1.90
26199845--26199915	22	3.2	22	66	15	65	25	21	14	39	1.90
26201785--26201827	18	2.3	19	84	4	52	53	13	4	27	1.60
26202765--26202821	27	2.2	25	84	9	71	43	7	12	36	1.69
26202774--26202829	27	2.1	27	93	0	94	37	8	16	37	1.80
26204176--26204231	28	2.0	28	86	6	78	51	10	3	33	1.54
26204418--26204474	27	2.0	29	86	6	82	40	3	5	50	1.42
26208297--26208513	111	2.0	110	90	3	346	25	18	23	31	1.98
26209044--26209452	90	4.6	89	79	8	293	23	5	14	55	1.60
26209174--26209409	90	2.6	89	84	5	332	23	6	15	54	1.65
26212318--26212343	12	2.2	12	100	0	52	15	15	23	46	1.83
26213977--26214025	21	2.4	20	80	10	55	18	14	0	67	1.23
26214099--26214187	28	3.2	28	80	12	112	30	19	0	50	1.48
26214110--26214187	5	14.4	5	74	15	66	29	19	0	51	1.47
26214110--26214187	16	4.8	15	75	16	66	29	19	0	51	1.47
26214275--26214330	17	3.0	20	77	20	66	23	12	0	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26214357--26214403	22	2.2	21	81	11	51	23	6	2	68	1.24
26214401--26214453	25	2.1	25	85	0	70	39	11	0	49	1.39
26214640--26214718	20	3.5	20	70	28	52	25	12	0	62	1.31
26214631--26214713	26	3.4	25	75	21	102	22	14	0	62	1.31
26214631--26214720	46	1.9	46	88	8	137	24	13	0	62	1.31
26214895--26214977	36	2.3	37	82	2	105	21	27	28	21	1.99
26214913--26214987	37	2.1	36	82	2	87	22	30	26	20	1.98
26215132--26215368	44	5.4	44	92	2	377	35	2	11	49	1.54
26218220--26218423	111	1.8	111	85	2	284	32	23	21	23	1.98
26222699--26222757	31	1.9	30	83	10	75	13	6	11	67	1.40
26247976--26248027	24	2.2	24	89	0	77	32	1	7	57	1.38
26251863--26251930	20	3.3	20	72	24	61	44	2	1	51	1.25
26254510--26254630	54	2.2	56	76	8	133	24	19	14	42	1.88
26254665--26254784	54	2.2	54	81	0	141	29	22	12	35	1.91
26254770--26255040	42	6.5	42	80	0	290	21	25	14	38	1.91
26254770--26255053	84	3.4	84	88	1	358	20	25	14	39	1.91
26254773--26255040	126	2.1	126	83	0	329	21	25	14	38	1.91
26255306--26255484	54	3.3	54	87	0	259	24	23	18	33	1.97
26255142--26255427	147	1.9	148	83	0	367	23	20	16	38	1.93
26255471--26255733	42	6.4	42	76	9	182	20	22	15	41	1.90
26255811--26255940	54	2.4	54	88	0	179	22	20	17	40	1.92
26255716--26256083	147	2.5	147	77	5	332	25	20	14	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26256058--26256204	42	3.5	42	75	5	136	25	22	12	38	1.90
26256227--26256351	54	2.3	54	83	0	151	24	18	18	38	1.93
26256384--26256545	78	2.1	78	83	2	200	25	21	14	38	1.91
26256544--26256841	54	5.5	54	83	2	348	23	19	17	39	1.92
26256550--26256926	108	3.6	107	81	6	372	23	19	17	39	1.92
26256767--26257066	93	3.2	93	88	0	422	22	21	17	39	1.93
26257009--26257096	39	2.3	39	83	0	113	19	21	17	42	1.90
26261826--26261888	24	2.5	25	78	17	69	69	0	0	30	0.88
26261829--26261890	25	2.5	25	74	15	65	70	0	0	29	0.87
26262511--26262572	30	2.0	31	84	9	83	62	0	1	35	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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