genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  178  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59221552--59221851	42	7.2	42	85	3	250	26	21	22	30	1.98
59221532--59221706	83	2.1	83	89	5	264	30	22	22	25	1.99
59221696--59221851	83	1.9	84	89	6	246	23	19	23	33	1.97
59223328--59223357	15	2.0	15	100	0	60	46	6	0	46	1.29
59226389--59226468	42	1.9	42	89	0	124	45	22	10	22	1.82
59226434--59226464	9	3.4	9	90	0	53	41	22	9	25	1.84
59232629--59232665	14	2.6	14	86	0	56	48	8	18	24	1.75
59242724--59242753	15	2.0	15	93	0	51	0	0	43	56	0.99
59248579--59248658	36	2.3	35	91	2	124	36	11	11	41	1.77
59255727--59255842	59	2.0	60	84	5	155	25	18	16	39	1.91
59255983--59256055	31	2.4	30	82	8	85	52	9	8	30	1.63
59270553--59270577	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
59275383--59275407	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
59277994--59278018	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
59309009--59309202	100	1.9	99	88	1	289	41	12	18	26	1.87
59323725--59323770	24	2.0	23	84	12	60	30	15	23	30	1.95
59326514--59326671	42	3.8	42	87	0	228	33	19	17	29	1.95
59326495--59326671	84	2.1	83	88	1	255	32	20	18	28	1.96
59333003--59333182	88	2.0	89	86	5	249	39	17	7	35	1.78
59333311--59333440	59	2.2	59	83	6	167	60	3	8	28	1.41
59339493--59339527	15	2.3	15	90	0	52	74	2	2	20	1.08
59345140--59345180	20	2.0	20	100	0	82	14	4	34	46	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59350167--59350191	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
59355370--59355434	32	2.0	33	96	3	123	61	18	16	3	1.47
59356410--59356488	39	2.0	39	100	0	158	46	12	10	30	1.75
59369437--59369490	19	2.8	19	85	0	72	14	25	18	40	1.89
59369669--59369717	21	2.4	20	90	6	80	42	8	28	20	1.80
59387340--59387762	94	4.4	94	88	5	602	39	18	2	40	1.63
59387340--59387762	190	2.2	188	88	5	625	39	18	2	40	1.63
59387844--59387937	40	2.3	41	82	7	104	25	26	25	22	2.00
59388323--59388349	10	2.7	10	100	0	54	92	7	0	0	0.38
59388391--59388457	27	2.5	27	95	0	116	16	25	40	17	1.90
59388506--59388577	10	6.6	10	73	17	54	68	0	31	0	0.90
59388506--59388607	24	4.3	23	71	11	73	66	0	33	0	0.92
59388509--59388634	14	9.1	14	73	8	73	67	0	30	1	1.00
59388509--59388640	28	4.8	28	67	19	89	66	0	31	1	1.01
59388524--59388620	38	2.7	38	90	6	148	67	0	31	1	0.98
59388526--59388640	10	11.5	10	71	18	71	66	0	32	1	1.02
59388509--59388619	18	6.1	18	75	13	95	66	0	32	0	0.98
59389314--59389354	19	2.2	19	90	0	64	24	0	4	70	1.06
59389390--59389460	28	2.5	29	88	4	110	42	11	0	46	1.39
59389460--59389503	17	2.4	19	88	7	65	86	4	4	4	0.79
59390711--59390747	17	2.2	17	95	0	65	29	13	8	48	1.71
59393434--59393462	14	2.1	14	100	0	58	37	6	0	55	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59393653--59393770	61	1.9	62	84	10	161	54	11	0	33	1.37
59393776--59393801	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
59394114--59394196	27	3.1	27	78	0	94	13	42	21	22	1.88
59394222--59394265	23	2.0	22	86	4	61	6	2	6	84	0.86
59394263--59394308	23	2.0	23	100	0	92	52	0	8	39	1.33
59398146--59398212	29	2.3	29	77	10	75	35	7	10	46	1.66
59416127--59416940	44	18.8	43	71	13	295	29	20	22	27	1.98
59416129--59416942	217	3.8	217	92	1	1272	29	20	22	27	1.98
59417197--59417238	17	2.5	17	88	0	57	42	38	16	2	1.61
59420192--59420723	3	177.3	3	100	0	1064	66	0	0	33	0.92
59421006--59421038	16	2.0	17	88	5	50	48	0	3	48	1.17
59421158--59421196	5	7.4	5	88	5	51	58	0	0	41	0.98
59433740--59434227	244	2.0	244	100	0	976	21	27	15	34	1.94
59437505--59437552	16	3.1	16	71	17	55	31	2	12	54	1.49
59437503--59437585	31	2.7	31	83	12	109	33	2	12	51	1.52
59438745--59438798	26	2.1	26	96	0	99	75	0	14	9	1.03
59466322--59466346	13	1.9	13	100	0	50	16	20	0	64	1.30
59466316--59466356	7	6.0	7	85	5	57	14	14	0	70	1.16
59468303--59468339	17	2.1	18	90	5	58	45	0	24	29	1.53
59472308--59472586	139	2.0	140	98	0	542	18	17	20	42	1.89
59477162--59477191	13	2.3	13	100	0	60	30	6	26	36	1.82
59481731--59481760	6	5.0	6	100	0	60	33	0	33	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59484815--59485128	167	1.8	172	83	6	399	38	21	15	24	1.92
59492159--59492196	14	2.7	14	80	12	51	63	23	2	10	1.39
59492152--59492196	20	2.2	21	84	4	56	60	24	2	13	1.45
59492228--59492268	19	2.2	19	91	8	66	53	24	0	21	1.46
59492703--59492766	28	2.3	28	78	5	67	46	25	3	25	1.67
59492833--59492885	21	2.5	20	80	17	54	54	18	3	22	1.59
59494866--59494900	9	3.9	9	88	0	52	22	5	0	71	1.07
59502015--59502867	44	18.6	45	74	12	535	33	15	20	30	1.94
59502013--59502865	89	9.3	89	78	8	583	33	15	20	30	1.94
59502415--59502764	51	7.3	49	69	14	237	35	16	16	30	1.92
59502103--59502824	95	7.8	95	82	4	572	33	15	19	30	1.93
59503024--59503049	13	2.0	13	100	0	52	76	23	0	0	0.78
59512145--59512266	59	2.0	60	85	1	165	31	5	27	35	1.80
59516056--59516162	25	4.3	25	76	7	83	25	20	21	32	1.97
59516056--59516162	50	2.1	50	84	3	135	25	20	21	32	1.97
59516067--59516167	25	4.0	25	73	10	89	26	22	19	30	1.98
59527962--59527990	15	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
59528086--59528140	10	5.5	10	77	10	51	60	1	1	36	1.18
59528274--59528320	18	2.6	19	87	9	64	65	0	2	31	1.04
59541752--59541786	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
59542016--59542051	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
59553432--59553461	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59554537--59554573	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
59556246--59556272	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
59556278--59556314	19	2.0	19	89	5	58	40	0	8	51	1.32
59556284--59556328	19	2.3	20	81	14	58	37	0	8	53	1.32
59556278--59556334	18	3.1	19	82	12	66	40	0	7	52	1.28
59559213--59560123	457	2.0	458	89	1	1414	31	15	12	40	1.86
59564212--59564426	107	2.0	108	99	0	423	28	5	20	45	1.74
59564365--59564455	39	2.3	39	92	0	146	29	4	20	45	1.71
59567473--59567545	24	3.0	25	70	11	62	32	23	27	16	1.96
59568195--59568222	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
59580153--59580218	31	2.1	31	86	8	89	50	1	3	45	1.26
59592355--59592388	6	5.7	6	92	0	59	0	50	35	14	1.44
59595943--59595981	20	1.9	21	89	5	62	23	7	0	69	1.14
59598163--59598194	3	10.7	3	93	0	55	31	0	3	65	1.08
59599780--59599814	17	2.1	16	89	10	52	37	5	22	34	1.78
59607561--59607702	42	3.4	43	80	5	157	41	16	21	19	1.90
59611585--59611627	15	2.9	14	86	10	50	23	0	4	72	1.04
59611586--59611627	20	2.2	19	86	4	57	23	0	4	71	1.05
59615191--59615239	24	2.0	24	84	4	62	14	34	4	46	1.63
59620854--59620909	25	2.1	27	87	6	80	37	0	1	60	1.07
59621135--59621161	7	3.9	7	100	0	54	44	0	0	55	0.99
59631040--59631233	54	3.6	54	75	11	157	22	33	0	43	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59638587--59638630	22	2.0	22	95	0	79	52	18	2	27	1.57
59641801--59641866	20	3.3	20	70	16	55	34	16	24	24	1.95
59645004--59645070	29	2.3	30	79	7	75	58	2	4	34	1.34
59645004--59645070	28	2.3	29	75	14	66	58	2	4	34	1.34
59648939--59648990	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
59651449--59651473	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
59651499--59651879	109	3.5	109	93	0	611	30	15	19	35	1.92
59653246--59653310	29	2.2	31	89	8	100	30	7	7	53	1.57
59654600--59654676	38	2.0	38	94	0	136	11	16	22	49	1.78
59662925--59662975	23	2.2	23	86	6	68	31	9	19	39	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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