genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  77  of  210  ( 25174 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26884054--26884646	318	1.8	320	85	6	822	30	2	26	40	1.70
26885365--26885411	21	2.2	21	84	3	58	51	8	6	34	1.58
26886626--26886704	39	2.0	39	85	0	104	31	11	20	36	1.88
26887252--26887291	20	2.0	20	100	0	80	25	0	10	65	1.24
26887275--26887417	54	2.6	54	100	0	286	32	6	2	57	1.40
26888883--26888934	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
26893125--26893176	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
26897476--26897507	15	2.1	15	94	0	55	15	6	6	71	1.26
26899186--26899243	17	3.5	17	76	9	57	44	1	1	51	1.21
26902790--26903195	202	2.0	204	99	0	798	26	8	13	51	1.68
26903077--26903218	69	2.1	69	100	0	284	25	7	12	54	1.62
26911219--26911275	28	2.0	28	90	6	89	38	5	0	56	1.22
26911467--26911495	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
26911719--26911761	9	4.9	9	77	5	52	44	2	4	48	1.36
26911705--26911761	17	3.3	17	80	4	60	43	1	7	47	1.40
26917082--26917126	18	2.5	18	96	0	81	20	0	26	53	1.46
26918004--26918245	74	3.1	71	63	29	157	34	8	5	51	1.56
26917976--26918326	166	2.1	166	99	0	695	36	7	4	50	1.52
26920249--26920294	23	2.0	23	82	0	56	39	10	10	39	1.76
26921802--26921900	46	2.1	47	85	5	130	36	17	21	25	1.94
26921802--26921903	47	2.2	46	85	5	134	35	16	22	25	1.95
26931294--26931498	102	2.0	103	97	0	385	42	3	11	41	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26938397--26938664	125	2.1	125	88	1	403	31	23	14	29	1.95
26939688--26939728	18	2.3	18	84	12	50	39	2	21	36	1.67
26941026--26941124	39	2.6	38	82	3	119	49	8	6	36	1.57
26944182--26944224	3	14.3	3	100	0	86	0	32	0	67	0.91
26947342--26947460	49	2.4	48	78	1	130	20	18	40	21	1.92
26949115--26949165	19	2.7	19	81	0	66	52	5	1	39	1.37
26949137--26949189	18	2.9	19	81	13	58	50	5	0	43	1.25
26955179--26955352	25	7.2	25	77	13	177	43	13	0	42	1.44
26955179--26955352	50	3.6	50	75	11	209	43	13	0	42	1.44
26955151--26955398	95	2.6	95	91	1	412	46	13	0	39	1.46
26956677--26956715	21	1.9	20	84	5	51	51	7	2	38	1.44
26957464--26957495	15	2.1	15	94	0	55	65	6	0	28	1.16
26957661--26957704	12	3.8	12	85	14	65	40	0	29	29	1.57
26958721--26958787	25	2.7	25	77	9	73	31	22	17	28	1.97
26958936--26958997	31	2.1	30	82	17	76	45	8	17	29	1.77
26964602--26964642	16	2.6	15	85	11	55	58	0	2	39	1.11
26965929--26966003	27	2.8	27	81	0	96	25	26	25	22	2.00
26966078--26966108	13	2.3	14	94	5	55	67	0	32	0	0.91
26969779--26969836	12	4.8	12	86	0	80	0	36	36	27	1.57
26969779--26969823	6	7.5	6	92	0	63	0	35	40	24	1.56
26969783--26969829	6	7.8	6	92	0	58	0	34	38	27	1.57
26972666--26972735	31	2.3	31	90	7	108	11	34	35	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26975978--26976012	18	1.9	18	94	0	61	31	20	5	42	1.75
26981196--26981374	87	2.0	88	98	1	351	35	5	14	44	1.69
26986311--26986778	233	2.0	235	99	0	922	48	16	10	24	1.78
26990873--26990923	22	2.3	22	77	12	59	56	1	27	13	1.48
26992053--26992083	13	2.4	13	94	0	53	25	22	6	45	1.76
26998522--26998559	3	12.7	3	100	0	76	34	0	31	34	1.58
27003716--27003787	28	2.5	29	90	2	110	40	20	25	13	1.90
27003692--27003867	79	2.2	79	85	0	226	40	19	25	14	1.89
27003814--27003880	29	2.3	29	87	2	91	34	22	28	14	1.94
27005408--27005444	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
27005498--27005528	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
27008002--27008033	3	10.7	3	100	0	64	65	34	0	0	0.93
27016611--27016641	12	2.6	12	94	0	53	61	0	0	38	0.96
27016800--27016833	1	34.0	1	100	0	68	0	0	0	100	0.00
27024043--27024084	19	2.4	17	84	11	50	83	7	2	7	0.89
27024043--27024086	18	2.4	19	84	3	54	84	6	2	6	0.86
27032249--27032288	16	2.5	16	83	0	53	35	25	2	37	1.69
27032832--27032928	49	2.0	49	91	0	158	44	9	16	29	1.79
27043985--27044018	7	4.9	7	92	0	50	11	0	14	73	1.10
27047714--27047741	3	9.3	3	100	0	56	0	35	32	32	1.58
27051187--27051228	16	2.7	16	88	3	59	59	30	2	7	1.37
27058682--27058737	26	2.2	25	81	9	60	28	8	1	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27058870--27058929	21	3.0	21	78	7	61	25	3	31	40	1.72
27059657--27059690	14	2.4	14	90	5	50	79	0	2	17	0.86
27060067--27060129	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
27061973--27062029	22	2.6	22	97	0	105	17	21	17	43	1.88
27063686--27063725	16	2.4	16	87	4	53	37	0	0	62	0.95
27063670--27063724	5	10.2	6	80	11	50	38	0	0	61	0.96
27066412--27066453	21	2.0	21	100	0	84	14	0	52	33	1.42
27078263--27078338	26	2.9	26	81	11	84	28	15	9	46	1.77
27083547--27083581	17	2.1	17	89	10	54	0	22	2	74	0.95
27090146--27090183	16	2.4	16	90	0	58	44	2	26	26	1.67
27090464--27090503	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
27090588--27090649	21	3.0	21	71	17	67	54	6	1	37	1.36
27094424--27094475	11	4.6	11	80	4	59	69	0	30	0	0.89
27094424--27094487	3	22.3	3	79	9	62	65	0	34	0	0.93
27094424--27094493	17	4.1	17	80	8	72	67	0	32	0	0.91
27094444--27094499	19	3.0	20	77	17	57	60	0	37	1	1.07
27094447--27094499	17	2.9	19	86	10	60	60	0	37	1	1.08
27095992--27096032	21	2.0	21	90	9	66	29	26	17	26	1.97
27096989--27097030	20	2.2	19	86	4	57	0	26	0	73	0.83
27102119--27102216	33	2.9	34	76	8	110	41	14	11	32	1.81
27103370--27103412	12	3.4	12	87	9	59	86	2	11	0	0.67
27103370--27103419	19	2.5	20	78	15	59	84	2	12	2	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27103370--27103404	6	5.7	6	86	6	52	85	0	14	0	0.59
27106273--27106389	43	2.7	44	82	12	152	19	15	28	36	1.92
27106656--27106740	2	42.5	2	100	0	170	0	0	49	50	1.00
27108481--27108513	16	2.1	16	100	0	66	18	0	12	69	1.18
27111646--27111862	112	1.9	111	84	2	283	34	13	14	37	1.86
27111921--27112054	61	2.2	61	85	5	182	38	12	8	40	1.75
27111952--27112080	40	3.2	40	76	5	134	37	12	8	41	1.73
27111964--27112163	101	2.0	101	86	2	276	37	13	8	41	1.75
27112066--27112167	41	2.5	40	72	3	96	36	13	8	41	1.76
27111923--27112162	20	11.9	20	68	5	106	38	13	8	39	1.75
27112620--27112779	68	2.3	69	84	5	200	41	24	9	24	1.84
27118564--27118633	29	2.3	30	87	4	97	44	14	8	32	1.75
27118786--27118860	31	2.4	31	93	0	132	45	13	8	33	1.72
27119577--27119628	27	1.9	27	88	7	79	32	0	3	63	1.12
27119592--27119644	20	2.8	19	75	13	56	37	0	1	60	1.08
27120701--27120736	18	1.9	19	94	5	65	75	2	0	22	0.94
27122751--27122818	29	2.3	30	78	12	77	35	1	5	57	1.32
27137478--27137519	18	2.3	18	100	0	84	23	33	0	42	1.55
27142424--27142484	27	2.3	27	91	0	95	31	16	19	32	1.94
27145652--27145683	14	2.3	14	100	0	64	37	21	6	34	1.79
27150170--27150273	51	2.0	51	88	0	154	28	17	33	20	1.95
27150605--27150643	21	1.9	21	89	5	62	43	5	5	46	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27152010--27152080	23	2.9	26	67	23	64	47	2	8	40	1.48
27152188--27152266	26	3.3	26	66	23	82	55	0	5	39	1.22
27152186--27152276	45	2.0	45	100	0	182	58	0	6	35	1.24
27155049--27155095	15	2.9	16	73	20	53	61	0	2	36	1.08
27157424--27157461	16	2.2	18	86	9	53	36	7	5	50	1.54
27157968--27158011	23	1.9	24	86	9	65	34	9	18	38	1.82
27158127--27158194	24	2.8	24	88	0	109	29	25	20	25	1.99
27179947--27180072	21	6.0	21	72	5	85	20	18	18	42	1.89
27179947--27180072	63	2.0	62	83	4	155	20	18	18	42	1.89
27179984--27180153	42	4.1	42	79	7	168	19	22	16	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210