Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  45  of  210  ( 25174 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15892193--15892222
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3.0
10
100
0
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10
10
30
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15896538--15896577
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0
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99
0
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18
25
8
47
1.75
15911891--15912081
50
3.7
50
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5
168
24
29
19
26
1.99
15914995--15915042
17
2.7
18
75
18
55
25
8
4
62
1.41
15920563--15920815
65
3.9
65
98
0
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22
10
19
48
1.78
15924497--15924602
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2.5
41
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6
113
38
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13
22
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15924579--15924628
26
1.9
26
91
0
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20
18
1.95
15924538--15924669
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2.0
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4
178
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28
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1.98
15930185--15930278
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2.2
42
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3
136
20
28
13
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2.0
21
100
0
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19
0
19
1.34
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1.9
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5
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19
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22
34
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15938963--15939571
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8.6
71
80
1
585
35
23
16
24
1.95
15938982--15939571
213
2.8
212
81
1
664
35
23
16
24
1.95
15939021--15939574
283
2.0
284
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2
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35
24
16
24
1.95
15939587--15939757
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2.4
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2.0
24
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4
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23
2.1
23
84
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60
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20
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18
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2
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2.0
21
90
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34
4
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2.0
53
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14
8
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7
6.9
7
86
13
55
68
0
17
14
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15950327--15950371
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2.1
21
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4
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68
0
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13
1.20
15950321--15950367
15
3.4
15
86
11
57
68
0
17
14
1.22
15951810--15952312
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210
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18
22
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1.97
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142
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27
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4.8
50
70
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30
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20
24
1.99
15952419--15952675
100
2.6
100
90
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399
30
23
21
24
1.99
15953421--15953454
5
6.6
5
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6
50
17
0
2
79
0.86
15953424--15953454
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18
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11
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1.51
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12
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1.67
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2.1
23
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0
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4
0
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1.20
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11
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1.70
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10
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0
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50
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145
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39
1.62
15964929--15964963
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1.9
18
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0
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25
1.69
15967306--15967346
21
2.0
21
95
0
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29
4
21
43
1.73
15967564--15967614
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2.5
20
81
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59
11
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29
1.90
15972808--15972844
8
4.5
8
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56
27
59
0
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1.35
15975099--15975146
24
2.0
25
83
4
62
58
6
0
35
1.23
15975101--15975177
34
2.4
33
82
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86
58
3
2
35
1.30
15978016--15978040
13
1.9
13
100
0
50
28
24
16
32
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15980741--15980875
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2.0
69
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0
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16
33
1.93
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24
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2
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31
16
16
1.92
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75
11
96
27
42
0
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1.62
15998620--15998944
117
2.8
116
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2
508
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24
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1.80
15999213--15999245
17
2.0
17
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50
24
6
33
36
1.80
16003439--16003476
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2.0
20
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42
0
23
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1.55
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200
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16
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1.97
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15
24
30
1.95
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16
25
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1.96
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122
78
8
292
27
15
24
32
1.95
16003517--16003794
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6.7
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10
170
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15
24
32
1.95
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11
100
0
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14
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100
0
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16
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1.24
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0
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0
0
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18
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19
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1
22
49
1.59
16027724--16027821
41
2.4
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112
29
2
19
48
1.60
16027902--16027975
29
2.6
29
85
8
105
43
6
20
29
1.77
16030473--16030525
4
12.8
4
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15
54
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1
20
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1.16
16030535--16030771
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120
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0
377
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9
23
36
1.87
16031519--16031654
37
3.5
38
79
9
132
24
16
25
33
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16031520--16031658
40
3.6
37
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125
25
17
25
32
1.97
16039720--16039800
40
2.0
40
92
0
135
9
14
28
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1.77
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22
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21
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75
71
1
24
2
1.09
16041881--16042016
37
3.5
38
79
9
132
24
16
25
33
1.95
16041882--16042020
40
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37
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125
25
17
25
32
1.97
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4
18.0
4
70
18
51
71
1
23
2
1.07
16048626--16048697
11
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10
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17
53
73
1
22
2
1.04
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21
3.7
21
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14
65
70
1
25
2
1.07
16048626--16048697
27
2.6
28
76
12
60
73
1
22
2
1.04
16056715--16056770
25
2.2
26
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17
73
60
1
1
35
1.17
16056814--16057665
425
2.0
425
100
0
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12
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1.91
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56
0
0
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17
2.3
18
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57
70
0
0
29
0.87
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0
0
68
0.90
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31
1
0
67
0.99
16066425--16066467
18
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20
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63
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0
0
65
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0
74
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0
0
32
0.91
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29
2.6
28
80
8
76
40
0
0
59
0.97
16076105--16076160
26
2.1
27
84
12
73
37
0
0
62
0.95
16076885--16076933
24
2.0
24
88
4
71
57
4
0
38
1.18
16079252--16079294
23
2.0
21
82
13
52
37
0
0
62
0.95
16079309--16079382
29
2.5
30
82
12
82
62
4
1
32
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16082719--16082794
27
2.8
27
80
4
91
25
26
22
26
2.00
16083130--16084022
72
12.5
71
76
6
615
25
16
23
34
1.96
16091424--16091449
5
5.2
5
100
0
52
42
0
0
57
0.98
16091992--16092038
22
2.1
22
96
0
85
27
2
10
59
1.42
16092857--16092894
10
4.1
9
83
16
51
52
0
5
42
1.24
16092859--16092894
14
2.6
14
83
16
56
50
0
5
44
1.25
16096846--16096900
20
2.8
20
94
2
94
16
29
36
18
1.92
16100718--16100755
5
7.4
5
96
3
67
78
0
0
21
0.74
16103585--16103725
42
3.4
42
90
1
212
24
25
10
39
1.87
16104834--16104866
15
2.2
15
100
0
66
51
24
6
18
1.68
16122436--16122477
18
2.3
19
84
12
52
80
7
11
0
0.88
16131297--16131337
16
2.6
16
85
11
50
46
0
2
51
1.14
16142313--16142392
34
2.4
34
80
4
90
41
12
10
36
1.76
16147553--16147581
6
4.8
6
100
0
58
65
0
0
34
0.93
16147596--16147635
16
2.5
16
91
0
62
47
2
7
42
1.45
16147568--16147620
22
2.4
22
87
0
70
52
1
1
43
1.23
16147775--16147802
9
3.1
9
100
0
56
32
0
10
57
1.33
16147716--16147900
68
2.7
68
99
0
361
40
4
9
45
1.57
16147843--16147870
9
3.1
9
100
0
56
32
0
10
57
1.33
16147963--16148012
24
2.3
20
81
18
64
60
2
0
38
1.09
16147967--16148010
24
1.9
22
90
9
70
61
2
0
36
1.09
16155110--16155149
21
1.9
21
89
0
62
50
2
0
47
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16158654--16158699
21
2.2
21
84
0
56
43
0
0
56
0.99
16159524--16159691
80
2.1
82
85
4
225
50
8
4
36
1.53
16159528--16159682
40
3.9
40
72
13
113
50
9
4
35
1.56
16159903--16160132
113
2.0
114
97
1
435
22
16
16
43
1.87
16162278--16162445
80
2.1
82
85
4
225
50
8
4
36
1.53
16162282--16162436
40
3.9
40
72
13
113
50
9
4
35
1.56
16166787--16166872
39
2.2
39
91
0
136
44
6
15
33
1.73
16166826--16166970
58
2.5
58
87
4
195
40
8
14
35
1.77
16166826--16167005
57
3.1
55
82
7
189
39
11
13
35
1.81
16167042--16167309
69
3.9
69
76
3
252
17
19
24
38
1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210