genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  97  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33363538--33363581	21	2.2	20	87	4	61	36	9	22	31	1.86
33382813--33382843	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
33382897--33382933	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
33383600--33383625	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
33385680--33385735	29	2.0	29	85	3	78	41	7	1	50	1.40
33395031--33395079	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
33395987--33396034	24	2.0	24	100	0	96	41	16	25	16	1.89
33397326--33397376	21	2.4	22	71	18	54	21	31	27	19	1.97
33404006--33404081	37	2.1	36	83	11	93	40	2	2	53	1.28
33404189--33404236	25	2.0	24	83	4	60	37	10	10	41	1.74
33406818--33406994	41	4.3	41	84	0	228	20	19	29	29	1.97
33407285--33407325	19	2.3	19	91	8	68	26	0	24	48	1.51
33413659--33413876	7	30.7	7	75	9	138	21	0	29	48	1.57
33418648--33418956	102	3.0	102	87	3	413	38	13	16	31	1.88
33418648--33419046	103	3.9	103	82	9	412	36	13	17	32	1.88
33418652--33419046	102	3.9	99	79	11	345	36	13	16	32	1.88
33419533--33419958	107	4.0	104	83	9	524	35	17	13	33	1.89
33419772--33419796	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
33421974--33422072	43	2.3	43	91	3	155	20	19	30	30	1.97
33424537--33424588	21	2.5	21	93	0	86	3	30	53	11	1.54
33432248--33432314	29	2.3	29	76	0	71	34	31	1	32	1.67
33432347--33432406	30	1.9	31	86	10	86	56	21	0	21	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33435511--33435577	35	2.0	32	88	11	100	32	20	5	40	1.77
33449848--33449914	3	22.0	3	73	8	55	29	7	2	59	1.40
33460126--33460192	3	22.0	3	73	8	55	29	7	2	59	1.40
33462706--33462753	13	3.6	13	82	2	51	47	0	18	33	1.49
33467701--33467738	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
33469547--33469584	16	2.4	16	83	12	51	42	2	0	55	1.14
33469536--33469585	17	2.9	16	85	8	55	44	2	2	52	1.24
33471402--33471464	33	1.9	33	90	6	101	20	9	44	25	1.82
33472440--33472502	31	2.1	31	85	8	85	53	1	1	42	1.19
33474785--33474845	15	3.9	15	76	6	59	50	1	3	44	1.28
33474783--33474845	16	4.1	15	71	6	54	49	1	3	46	1.27
33474776--33474907	66	2.0	67	85	4	178	50	6	2	41	1.40
33476180--33476401	112	2.0	112	83	1	284	31	21	13	33	1.92
33484566--33484603	20	1.9	20	89	10	60	13	13	7	65	1.46
33486814--33487095	44	6.4	44	74	7	212	30	16	24	28	1.96
33486815--33487057	89	2.7	89	80	2	317	30	16	24	27	1.97
33486847--33487057	45	4.7	45	72	1	138	29	16	25	27	1.97
33487074--33487568	132	3.8	132	94	0	837	29	19	23	27	1.98
33487072--33487878	44	18.3	44	65	12	298	29	18	23	27	1.98
33487345--33487789	221	2.0	221	93	0	766	28	17	25	28	1.98
33487551--33487965	132	3.1	132	88	1	600	28	17	25	28	1.98
33487155--33487953	264	3.0	261	80	6	733	28	18	24	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33487213--33487919	353	2.0	353	92	1	1184	29	18	24	28	1.98
33487345--33487877	221	2.4	220	85	6	546	29	18	24	27	1.98
33486980--33488055	485	2.2	481	81	6	1401	29	17	24	28	1.98
33490737--33490774	11	3.5	11	89	3	51	89	5	2	2	0.64
33490805--33490881	27	2.9	27	88	0	100	28	20	41	9	1.83
33490948--33491097	38	4.1	38	80	12	154	66	0	32	0	1.02
33491794--33491845	19	2.7	19	87	0	68	25	0	7	67	1.17
33491852--33491877	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
33491884--33491949	28	2.4	28	87	9	100	42	10	1	45	1.48
33491951--33491984	17	2.0	17	88	11	52	82	5	5	5	0.95
33494083--33494119	17	2.2	17	100	0	74	29	16	8	45	1.76
33494938--33494962	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
33495115--33495177	10	6.5	10	74	17	53	1	31	0	66	1.01
33495102--33495163	20	3.2	19	76	17	65	1	35	0	62	1.05
33495126--33495197	10	6.6	10	73	17	54	1	30	0	68	0.99
33495091--33495185	38	2.5	38	86	3	120	2	33	0	64	1.06
33495122--33495199	18	4.5	17	78	15	72	1	32	0	66	1.00
33495115--33495197	28	2.8	29	74	22	82	1	31	0	67	0.98
33495356--33495385	15	1.9	16	93	6	53	3	3	6	86	0.77
33495355--33495394	16	2.4	17	87	4	55	2	2	7	87	0.71
33495394--33495450	27	2.1	28	90	3	89	49	0	10	40	1.37
33495394--33495462	27	2.6	27	83	4	86	46	2	10	40	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33496263--33496291	14	2.1	14	100	0	58	34	13	20	31	1.92
33499663--33499704	14	3.2	13	80	13	50	35	9	4	50	1.56
33500457--33500499	23	2.0	22	81	9	52	46	2	2	48	1.27
33504102--33504343	126	1.9	125	86	6	346	32	16	26	24	1.96
33511386--33511439	26	2.1	26	100	0	108	33	7	11	48	1.67
33516089--33516122	6	5.7	6	96	0	59	47	14	20	17	1.83
33516100--33516206	45	2.4	45	88	3	162	43	18	15	21	1.87
33516102--33516218	45	2.8	43	84	10	136	42	18	17	21	1.89
33517198--33517229	16	1.9	17	93	6	57	0	25	0	75	0.81
33522298--33522351	24	2.3	24	77	3	65	40	1	0	57	1.09
33528236--33528293	29	2.0	29	96	0	107	27	5	17	50	1.67
33529007--33529033	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
33530843--33531008	83	2.0	83	93	0	287	31	19	15	33	1.93
33533058--33533176	39	3.0	38	76	8	103	36	21	21	21	1.96
33533250--33533410	73	2.2	73	86	4	236	23	21	25	29	1.99
33533138--33533533	188	2.1	186	86	4	566	24	22	24	28	1.99
33533323--33533750	227	1.9	228	88	2	646	23	21	25	29	1.99
33533323--33533766	114	3.9	115	86	2	601	23	21	25	28	1.99
33533880--33533920	21	2.0	21	85	4	57	24	0	36	39	1.56
33536080--33536230	28	5.0	28	71	19	108	44	24	2	28	1.67
33536072--33536230	62	2.6	62	100	0	318	43	24	2	29	1.67
33536108--33536251	34	4.4	34	75	15	142	43	23	2	29	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33536190--33536286	25	3.9	24	73	16	90	45	20	0	34	1.52
33536072--33536284	9	24.6	9	65	19	96	44	23	1	30	1.64
33538737--33538945	43	4.9	43	78	6	201	27	21	26	25	1.99
33538738--33538948	86	2.4	87	81	6	234	27	20	26	25	1.99
33546368--33546407	2	20.0	2	84	0	53	45	2	5	47	1.38
33562959--33563057	18	5.4	18	73	8	58	36	0	2	61	1.07
33562959--33563014	18	3.0	19	82	10	71	32	0	0	67	0.91
33565470--33565511	21	1.9	22	85	9	59	54	0	0	45	0.99
33565459--33565513	23	2.4	22	79	8	65	56	0	0	43	0.99
33565615--33565790	89	2.0	91	87	2	257	35	21	9	33	1.86
33565904--33566001	9	10.4	10	71	19	68	65	2	4	28	1.22
33565883--33566048	19	8.7	20	71	14	95	61	3	6	28	1.36
33565926--33566048	56	2.2	58	88	5	180	61	2	6	29	1.34
33566409--33566453	22	2.0	22	86	0	63	28	2	15	53	1.54
33567004--33567053	11	4.5	11	85	7	66	22	28	4	46	1.70
33567015--33567112	49	2.0	51	86	8	139	25	24	3	46	1.67
33571126--33571721	215	2.8	218	94	2	1030	42	19	3	34	1.68
33572145--33572204	14	4.1	14	79	8	66	51	30	1	16	1.54
33572151--33572214	8	8.5	8	75	11	55	51	32	1	14	1.51
33572145--33572207	15	4.3	15	82	9	76	50	31	1	15	1.54
33574653--33574706	24	2.2	26	86	6	76	62	3	1	31	1.23
33575580--33576406	413	2.0	413	97	0	1573	27	19	15	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33577799--33577859	26	2.3	26	83	5	70	57	4	14	22	1.57
33578064--33578156	3	31.3	3	73	20	63	61	3	3	32	1.28
33579357--33579504	73	2.0	73	98	0	287	15	29	16	38	1.89
33579430--33580667	413	3.0	413	99	0	2469	27	19	15	37	1.92
33580876--33580936	26	2.3	26	83	5	70	57	4	14	22	1.57
33581141--33581234	3	31.3	3	76	12	77	63	2	2	31	1.18
33582311--33582347	15	2.5	15	87	12	51	13	0	8	78	0.96
33584288--33584317	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
33586004--33586036	17	2.0	17	94	5	59	63	0	0	36	0.95
33587491--33587555	22	2.9	22	82	13	62	23	1	10	64	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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