genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  177  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58822453--58822511	29	2.0	30	90	3	93	49	13	6	30	1.68
58825623--58825655	17	1.9	17	93	0	57	15	3	3	78	0.99
58830337--58830470	68	2.0	68	86	2	189	50	5	3	41	1.43
58832017--58832052	14	2.6	14	90	0	54	72	8	5	13	1.27
58833215--58833312	49	2.0	49	95	0	178	31	19	7	41	1.78
58837191--58837232	17	2.5	17	84	3	50	26	21	11	40	1.88
58840146--58840198	22	2.3	24	77	6	56	39	16	18	24	1.91
58846767--58846795	14	2.1	14	100	0	58	20	17	6	55	1.65
58861368--58861406	17	2.2	17	86	4	51	38	0	5	56	1.22
58867326--58867359	5	6.8	5	100	0	68	17	0	0	82	0.67
58868324--58868417	47	2.0	47	85	4	127	39	13	8	38	1.76
58870570--58870711	25	5.8	25	66	12	82	18	24	22	34	1.96
58870570--58870706	73	1.9	73	84	6	188	18	24	22	34	1.96
58876266--58876344	29	2.8	27	82	16	90	22	16	21	39	1.92
58876387--58876579	29	6.7	29	82	4	169	25	17	18	38	1.93
58876433--58876579	58	2.6	56	86	4	188	22	19	19	38	1.93
58880801--58880849	16	3.1	16	93	0	89	36	6	34	22	1.79
58880831--58880932	39	2.6	40	85	6	145	33	5	29	31	1.81
58881058--58881099	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
58881067--58881108	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
58892760--58892804	19	2.4	18	85	10	56	64	2	2	31	1.18
58892774--58892816	19	2.2	20	87	4	61	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58893104--58893165	29	2.1	31	84	6	83	41	0	1	56	1.09
58895421--58895464	23	1.9	23	86	9	63	25	4	6	63	1.38
58904860--58904918	29	2.0	29	83	6	75	49	3	13	33	1.59
58904969--58905074	33	3.3	33	64	10	94	52	4	9	33	1.54
58904955--58905080	62	2.0	63	98	1	245	51	4	11	32	1.58
58905107--58905150	23	1.9	23	86	9	63	50	2	0	47	1.13
58910609--58910653	22	2.0	22	87	8	65	57	0	0	42	0.98
58911966--58912000	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
58931376--58931417	21	2.0	21	100	0	84	19	4	23	52	1.65
58940038--58940087	18	2.8	18	87	6	66	36	30	20	14	1.91
58940042--58940102	17	3.5	17	82	4	68	37	31	16	14	1.89
58953185--58953283	41	2.4	41	87	1	135	30	15	26	28	1.96
58953225--58953379	85	1.8	85	87	4	233	23	15	25	34	1.94
58953226--58953407	85	2.1	84	81	7	199	23	14	27	34	1.94
58956231--58956283	17	3.1	17	78	5	61	35	32	16	15	1.90
58958184--58958237	20	2.7	21	77	16	60	46	7	1	44	1.42
58962408--58962441	16	2.1	17	88	5	52	26	0	58	14	1.36
58962712--58962817	54	2.0	54	92	0	176	33	13	20	33	1.91
58980288--58980362	23	3.3	23	92	0	123	17	21	26	34	1.95
58996167--58996435	132	2.0	132	83	2	335	28	18	17	34	1.94
58995960--58996435	44	10.5	44	72	12	265	28	19	19	32	1.96
58998932--58998968	13	2.8	13	95	0	65	13	27	43	16	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58999034--58999215	66	2.8	65	80	5	188	27	25	25	21	1.99
59000038--59000144	35	2.9	36	70	21	103	31	19	20	28	1.97
59000001--59000180	75	2.4	75	80	5	211	31	22	21	25	1.98
59006811--59006855	19	2.3	20	85	11	58	44	4	20	31	1.71
59014708--59014796	44	2.0	44	97	0	169	16	11	31	40	1.84
59015389--59015501	60	1.9	60	87	3	165	37	21	26	15	1.92
59020760--59020812	25	2.2	24	86	3	70	62	5	1	30	1.29
59023729--59023781	25	2.2	24	86	3	70	62	5	1	30	1.29
59023942--59023982	14	2.8	15	81	7	57	53	0	2	43	1.13
59024722--59024772	16	3.2	16	75	5	50	31	0	1	66	1.03
59030815--59030925	41	2.7	42	87	2	161	21	20	24	33	1.97
59030768--59031027	42	6.2	42	76	5	186	30	21	19	29	1.97
59030903--59031031	43	3.0	42	75	7	134	36	20	15	27	1.93
59032995--59033038	23	1.9	23	90	0	70	25	4	38	31	1.76
59033117--59033460	146	2.3	146	79	4	354	36	21	15	27	1.93
59034583--59034919	114	3.0	112	82	3	406	27	28	20	23	1.99
59035359--59035411	24	2.2	24	86	6	72	58	0	1	39	1.09
59039781--59039825	17	2.6	18	85	3	56	60	13	4	22	1.51
59042252--59042437	50	3.7	50	82	4	180	29	19	25	26	1.99
59048553--59048654	45	2.3	44	85	6	143	33	15	22	28	1.95
59049658--59049712	23	2.4	22	80	17	58	56	7	10	25	1.59
59050654--59050691	20	1.9	20	88	0	58	18	2	2	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59051069--59051102	18	1.9	18	88	5	52	35	0	5	58	1.22
59051395--59051419	13	1.9	13	100	0	50	64	20	8	8	1.46
59052921--59052960	20	2.0	21	90	5	64	30	2	20	47	1.63
59054253--59054279	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
59059928--59059968	3	13.7	3	94	0	64	39	0	60	0	0.96
59059937--59059977	18	2.3	18	95	0	73	41	0	56	2	1.13
59059923--59059977	9	6.1	9	82	0	56	43	0	54	1	1.10
59063637--59063689	26	2.0	26	100	0	106	45	7	22	24	1.78
59068067--59068175	58	1.9	57	88	1	164	42	5	13	38	1.68
59073072--59073171	42	2.4	42	88	3	148	21	29	12	38	1.89
59074915--59074981	27	2.5	27	82	0	89	50	16	19	13	1.77
59077208--59077264	28	2.0	28	100	0	114	26	10	24	38	1.88
59078408--59078533	41	3.1	41	86	4	139	28	23	19	28	1.98
59083589--59083626	20	2.0	20	89	5	60	42	0	2	55	1.14
59089666--59089704	14	2.8	14	96	0	69	28	23	12	35	1.91
59096679--59096786	50	2.1	52	84	3	148	42	5	20	31	1.75
59101206--59101325	64	1.9	64	84	3	161	21	15	22	40	1.91
59104472--59104609	37	3.7	37	78	8	129	32	15	15	35	1.90
59105942--59105981	19	2.1	19	100	0	80	42	0	15	42	1.46
59117464--59117646	88	2.1	90	93	4	318	53	8	2	34	1.46
59121978--59122025	21	2.2	21	79	13	53	33	18	0	47	1.49
59127458--59127599	41	3.5	41	94	1	241	26	22	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59128784--59128860	21	3.7	21	87	0	109	23	24	25	25	2.00
59129542--59129581	21	2.0	20	85	5	53	17	12	20	50	1.78
59130719--59130805	30	2.9	30	85	0	111	26	29	22	20	1.99
59159392--59159881	243	2.0	242	99	0	964	40	17	15	26	1.89
59167135--59167224	6	14.7	6	89	4	81	18	8	30	42	1.81
59182575--59182642	34	2.0	33	97	2	127	17	23	14	44	1.86
59183673--59183697	13	1.9	13	100	0	50	56	8	16	20	1.65
59183716--59183778	20	3.1	20	64	28	51	39	11	4	44	1.61
59183758--59183796	17	2.4	17	91	4	62	33	12	5	48	1.63
59184813--59184869	20	2.8	20	91	2	87	70	15	14	0	1.18
59184831--59184872	11	4.0	11	75	12	52	71	16	11	0	1.14
59201423--59201455	16	2.1	16	94	0	57	24	36	3	36	1.71
59203507--59203577	37	1.9	37	100	0	142	30	2	11	54	1.50
59206191--59206273	24	3.5	24	93	0	139	39	1	27	31	1.64
59206323--59206420	17	5.4	17	64	13	52	33	3	12	51	1.55
59206314--59206426	37	3.1	37	93	1	192	33	4	13	48	1.62
59206427--59206572	9	15.6	9	81	8	175	22	8	30	38	1.85
59206430--59206574	29	5.1	29	89	3	222	21	8	30	39	1.84
59206427--59206572	38	3.9	36	81	8	175	22	8	30	38	1.85
59214471--59214514	22	2.0	22	100	0	88	31	13	13	40	1.84
59214546--59214594	24	2.0	25	88	4	73	51	2	2	44	1.24
59215072--59215212	74	1.9	74	82	4	178	31	19	21	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59214977--59215326	188	1.9	188	87	1	515	31	18	23	26	1.98
59215185--59215436	114	2.2	112	83	4	292	31	17	23	28	1.96
59214957--59215745	301	2.6	299	88	3	1118	31	18	23	27	1.97
59215411--59215764	114	3.1	113	79	6	392	29	18	24	28	1.98
59215429--59215779	113	3.1	112	80	6	368	29	19	24	26	1.98
59215784--59215858	16	4.5	17	89	3	118	33	1	9	56	1.40
59215784--59215858	33	2.3	33	90	4	116	33	1	9	56	1.40
59217219--59217244	6	4.3	6	100	0	52	15	50	15	19	1.79
59221091--59221150	21	2.9	21	89	0	84	35	20	41	3	1.68
59221532--59221706	42	4.2	42	87	4	255	30	22	22	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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