genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  62  of  210  ( 25174 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21923818--21923864	21	2.2	22	77	11	53	27	2	4	65	1.22
21923832--21923879	19	2.3	20	80	20	55	37	0	2	60	1.09
21925545--21925582	19	1.9	20	89	10	60	26	2	2	68	1.16
21925531--21925580	25	2.0	25	84	3	66	26	2	2	70	1.09
21933981--21934024	19	2.3	18	81	11	52	63	2	6	27	1.31
21933981--21934025	20	2.3	19	80	3	54	64	2	6	26	1.30
21936180--21936212	1	33.0	1	100	0	66	100	0	0	0	0.00
21938452--21938531	21	3.8	21	86	0	106	25	7	52	15	1.68
21939539--21939675	69	2.0	69	88	0	202	32	18	11	37	1.87
21940426--21940455	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21948834--21949167	100	3.3	102	72	11	329	37	17	11	34	1.85
21948834--21949208	102	3.7	102	72	8	328	37	17	11	33	1.86
21952321--21952363	21	2.0	22	90	4	70	16	4	34	44	1.68
21957241--21957287	19	2.4	19	80	19	53	31	6	6	55	1.51
21962632--21962839	96	2.2	96	83	3	258	28	21	20	29	1.98
21965824--21965853	12	2.5	12	94	0	51	46	6	0	46	1.29
21968081--21968112	15	2.0	17	88	11	50	53	0	0	46	1.00
21976531--21976605	30	2.4	32	80	8	91	36	10	9	44	1.72
21977403--21977956	239	2.3	239	87	2	776	28	18	17	34	1.94
22002139--22002164	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
22002440--22002476	18	2.0	19	89	5	58	40	0	2	56	1.13
22005170--22005200	5	6.4	5	92	7	55	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22012432--22012461	11	2.6	11	94	5	51	60	0	0	40	0.97
22012432--22012498	29	2.3	29	79	5	91	62	0	0	37	0.95
22014387--22014468	29	2.7	31	75	9	98	60	3	9	25	1.44
22014386--22014553	61	2.8	60	80	8	178	54	5	11	27	1.60
22014457--22014565	31	3.6	29	68	22	80	50	7	10	32	1.63
22020354--22020416	31	2.0	31	100	0	126	14	22	15	47	1.81
22024209--22024267	29	2.0	29	87	6	84	20	37	16	25	1.93
22024424--22024448	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22024545--22024569	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
22024838--22024877	15	2.6	15	88	4	53	35	0	20	45	1.51
22030889--22032315	137	10.2	139	77	10	1122	46	17	7	28	1.75
22030888--22032271	145	10.0	138	75	11	988	46	17	7	28	1.76
22031924--22032163	120	2.0	120	92	0	399	47	19	5	27	1.71
22031793--22032271	257	1.9	257	91	0	798	46	18	6	29	1.73
22042253--22042290	19	2.0	19	90	10	60	31	0	0	68	0.90
22042869--22042950	37	2.2	37	93	4	139	36	24	7	31	1.83
22048663--22048687	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22050986--22051436	225	2.0	226	99	0	895	31	8	20	38	1.83
22056916--22056971	12	5.1	11	73	16	53	60	0	1	37	1.07
22056916--22057013	9	9.6	11	76	17	63	63	0	2	34	1.06
22056910--22057013	10	10.3	10	71	17	54	60	0	1	37	1.08
22059911--22059969	31	1.9	31	89	0	91	25	13	10	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22060847--22060872	1	26.0	1	100	0	52	0	0	100	0	0.00
22067927--22067987	30	2.0	31	87	6	90	39	4	18	37	1.72
22070013--22070079	29	2.3	28	85	14	84	64	5	2	26	1.31
22071240--22071384	34	4.3	34	100	0	290	42	2	26	28	1.69
22075607--22075668	31	2.0	31	90	0	97	35	8	9	46	1.66
22076496--22076655	83	1.9	82	80	6	180	20	12	14	53	1.73
22077302--22077368	31	2.2	31	83	0	80	46	11	5	35	1.65
22078630--22078678	21	2.2	22	82	7	55	40	4	4	51	1.40
22081822--22081890	32	2.2	32	97	0	129	46	21	10	21	1.81
22086303--22086365	26	2.3	27	83	13	83	66	0	1	31	1.01
22092457--22092481	11	2.3	11	100	0	50	40	8	0	52	1.31
22092478--22092550	11	7.3	10	75	13	53	28	1	0	69	0.96
22092448--22092591	40	3.3	40	71	19	128	33	3	0	63	1.12
22092467--22092561	29	3.5	28	73	19	103	32	2	0	65	1.05
22092457--22092566	51	2.2	51	86	3	159	36	2	0	60	1.11
22092496--22092546	11	4.5	11	82	4	66	33	1	0	64	1.05
22092530--22092563	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
22092496--22092573	11	7.4	11	75	15	58	34	2	0	62	1.09
22095734--22095775	3	14.7	3	85	9	61	66	0	2	30	1.04
22095734--22095775	14	2.9	14	85	3	57	66	0	2	30	1.04
22095732--22095793	22	2.9	22	79	13	67	64	3	3	29	1.25
22103848--22103891	22	2.0	22	81	4	52	61	6	4	27	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22106214--22106265	24	2.2	24	83	13	63	63	1	1	32	1.16
22117827--22117860	18	1.9	18	88	5	52	32	0	0	67	0.91
22122759--22122803	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
22123372--22123412	20	2.0	21	85	4	57	31	31	12	24	1.92
22132111--22132149	15	2.6	15	83	0	51	30	43	2	23	1.67
22135265--22135379	59	1.9	59	84	3	151	23	20	14	40	1.90
22136062--22136101	20	1.9	22	90	10	66	12	30	0	57	1.36
22145107--22145131	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
22152572--22152716	31	4.7	32	76	8	120	39	8	0	51	1.39
22152555--22152716	62	2.6	62	79	4	166	39	10	0	49	1.42
22158789--22159189	197	2.0	198	98	0	777	46	3	6	42	1.47
22160569--22160611	19	2.3	19	87	0	59	46	2	2	48	1.27
22167412--22167449	14	2.8	14	88	4	51	50	0	5	44	1.24
22167665--22167739	26	3.0	26	75	11	75	40	0	4	56	1.18
22169396--22169485	23	4.0	23	74	11	89	21	21	20	37	1.94
22170061--22170099	19	2.1	19	85	9	53	17	0	5	76	0.96
22173158--22173422	140	1.9	141	86	6	387	44	4	7	43	1.51
22175733--22175763	11	2.7	12	90	10	55	61	0	0	38	0.96
22177510--22177841	138	2.4	141	81	5	359	38	26	9	25	1.86
22179047--22179093	24	2.0	24	82	0	58	46	0	10	42	1.38
22179363--22179397	17	2.1	16	89	5	52	25	2	0	71	1.00
22179571--22179618	25	1.9	25	100	0	96	54	4	6	35	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22186967--22187019	27	2.0	27	88	7	81	43	5	9	41	1.61
22187132--22187180	17	2.9	16	80	20	55	30	4	4	61	1.33
22188599--22188627	14	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
22205789--22205839	22	2.4	21	90	3	75	64	1	0	33	1.05
22205978--22206014	16	2.3	16	100	0	74	37	5	35	21	1.77
22205994--22206084	46	2.0	46	93	4	159	26	4	30	38	1.76
22205994--22206101	46	2.5	44	85	11	145	28	3	31	36	1.75
22213371--22213395	13	1.9	13	100	0	50	32	8	40	20	1.81
22214067--22214202	42	3.4	42	67	17	126	17	30	31	20	1.96
22214071--22214224	77	2.0	77	96	0	281	20	27	31	20	1.97
22221290--22221323	3	11.3	3	93	0	59	70	0	29	0	0.87
22221287--22221323	12	3.1	12	96	0	65	72	0	27	0	0.84
22225415--22225450	18	1.9	19	88	5	56	61	0	5	33	1.19
22225829--22225958	38	3.5	38	77	9	133	66	0	30	2	1.04
22225846--22225958	34	3.1	35	79	12	106	68	0	30	1	1.00
22225890--22225961	23	3.4	22	69	25	64	68	0	29	2	1.04
22225845--22225940	10	9.1	10	70	18	61	69	0	28	2	0.99
22226316--22227518	315	3.9	315	88	5	1615	51	7	10	31	1.64
22226331--22227518	158	7.7	155	72	16	681	51	7	10	31	1.64
22238547--22238577	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
22257391--22257433	13	3.3	13	76	0	50	37	0	16	46	1.47
22257388--22257451	26	2.5	26	75	10	76	40	4	14	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22259150--22259225	31	2.5	31	88	0	116	44	9	7	38	1.66
22261030--22261075	23	2.0	23	100	0	92	39	8	21	30	1.84
22262208--22262674	196	2.4	195	83	5	592	35	8	14	40	1.77
22262208--22262681	194	2.4	193	82	6	577	35	8	14	41	1.76
22262962--22263145	67	2.6	71	84	7	234	32	23	14	29	1.94
22263849--22264056	104	2.0	104	100	0	416	24	20	15	40	1.90
22264341--22264598	125	2.0	126	97	1	491	46	7	9	36	1.64
22264401--22264657	125	2.1	123	79	10	272	50	7	6	35	1.56
22265506--22265536	7	4.4	7	100	0	62	29	0	58	12	1.35
22269844--22270040	67	2.9	67	100	0	394	38	12	15	34	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210