genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  70  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24784822--24784856	17	2.0	18	88	5	54	25	11	8	54	1.64
24786089--24786149	20	3.0	20	81	9	70	32	11	26	29	1.91
24813782--24813826	12	3.6	12	80	11	54	17	4	4	73	1.17
24813782--24813826	13	3.5	13	84	3	65	17	4	4	73	1.17
24813777--24813826	26	1.9	26	91	0	82	22	8	4	66	1.35
24818868--24818907	20	2.0	20	90	4	64	62	2	12	22	1.42
24819795--24819836	15	2.8	15	92	0	66	76	0	14	9	1.02
24821509--24821550	14	3.2	13	83	12	50	69	2	11	16	1.29
24821529--24821570	16	2.6	16	92	0	75	71	2	9	16	1.23
24822512--24822546	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
24833775--24833837	22	3.0	21	81	13	67	38	3	0	58	1.14
24836166--24836226	3	20.0	3	96	3	113	65	0	0	34	0.93
24837890--24837953	31	2.0	32	93	3	112	32	9	17	40	1.81
24841763--24841877	60	1.9	60	83	0	149	26	14	30	28	1.95
24847292--24847316	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
24848477--24848585	42	2.6	42	83	4	130	25	18	24	31	1.98
24848436--24848594	43	3.7	43	73	12	130	25	16	25	32	1.97
24849411--24849436	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
24851011--24851077	29	2.3	29	73	0	71	25	17	17	38	1.92
24851383--24851497	25	4.8	25	75	14	125	46	13	0	40	1.42
24851342--24851515	70	2.5	70	97	0	321	51	13	0	35	1.41
24853713--24853758	11	4.0	12	78	16	53	41	2	30	26	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24854420--24854448	15	1.9	15	100	0	58	41	3	6	48	1.47
24860757--24860817	29	2.1	29	100	0	122	34	6	13	45	1.69
24862914--24862956	10	4.4	10	85	5	61	62	2	0	34	1.08
24863308--24863360	9	5.7	9	73	8	52	32	0	1	66	1.03
24863299--24863360	19	3.3	18	82	8	70	32	1	1	64	1.13
24866984--24867024	21	2.0	21	90	0	64	34	17	14	34	1.90
24885941--24885982	13	3.3	13	76	6	50	7	30	0	61	1.22
24886881--24886914	17	1.9	18	88	5	52	29	20	8	41	1.82
24887111--24887311	91	2.2	89	78	11	198	30	22	12	33	1.92
24889895--24889923	13	2.1	14	93	6	51	51	20	0	27	1.47
24896703--24896783	26	3.1	26	82	8	76	39	8	2	49	1.47
24896681--24896792	30	3.8	29	73	8	93	37	8	4	50	1.52
24897086--24897113	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
24898042--24898086	20	2.4	19	81	7	56	24	8	6	60	1.51
24905624--24905745	44	2.8	42	79	7	118	31	24	16	27	1.96
24906035--24906457	87	4.9	87	89	0	621	25	22	21	30	1.99
24907676--24907701	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
24908086--24908161	30	2.5	30	85	8	93	10	7	11	69	1.36
24908098--24908155	24	2.3	25	82	5	64	8	8	10	72	1.29
24908123--24908176	24	2.2	25	83	9	67	12	1	11	74	1.16
24908109--24908176	12	5.6	12	71	15	50	11	4	11	72	1.27
24908086--24908173	30	2.9	29	77	12	81	11	6	11	70	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24915320--24915405	39	2.2	39	81	12	95	47	1	2	48	1.22
24915308--24915511	104	2.0	106	92	4	344	47	2	5	44	1.42
24915991--24916031	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
24921829--24921924	21	4.6	21	72	5	68	22	14	9	53	1.70
24922020--24922178	73	2.1	73	96	3	291	37	8	17	37	1.80
24924779--24924825	23	2.0	24	83	8	60	27	21	10	40	1.86
24927033--24927074	17	2.6	16	88	7	66	52	21	0	26	1.47
24940261--24940311	25	1.9	25	84	11	66	41	17	5	35	1.74
24948782--24948825	21	2.1	21	83	8	54	50	13	2	34	1.55
24951805--24951881	19	4.1	18	76	20	70	58	3	0	37	1.17
24951819--24951872	27	2.0	27	85	7	74	59	3	0	37	1.15
24951849--24951890	19	2.2	20	87	12	61	66	0	0	33	0.92
24951791--24951893	38	2.6	39	78	15	106	61	3	0	34	1.15
24951856--24951896	9	4.8	9	85	8	50	65	0	0	34	0.93
24951859--24951911	26	2.0	26	89	7	81	64	0	3	32	1.12
24955046--24955123	22	3.5	22	94	0	138	32	29	0	38	1.58
24955095--24955153	30	2.0	30	93	0	100	30	35	0	33	1.58
24955073--24955175	52	2.0	51	86	5	145	33	33	0	33	1.58
24955125--24955166	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
24955208--24955265	30	2.0	30	89	3	91	37	1	1	58	1.18
24955208--24955266	29	2.0	29	87	6	84	38	1	1	57	1.19
24955212--24955273	29	2.1	29	82	5	72	38	1	1	58	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24955364--24955397	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
24958204--24958262	28	2.1	28	93	0	100	44	18	1	35	1.60
24958223--24958270	23	2.1	23	96	0	87	45	22	0	31	1.53
24962237--24962466	126	1.8	127	83	3	304	30	23	15	31	1.95
24963053--24963091	17	2.3	17	90	0	60	64	10	10	15	1.50
24969721--24969854	42	3.2	42	80	6	119	16	23	17	42	1.89
24969779--24969843	21	3.1	21	65	0	58	13	24	18	43	1.87
24971067--24971133	9	7.4	9	86	6	100	25	11	22	40	1.88
24971776--24971812	11	3.4	11	92	7	58	45	0	0	54	1.00
24979721--24979763	15	2.8	15	82	3	50	62	0	34	2	1.08
24982926--24982950	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
24986444--24986574	59	2.2	58	81	9	142	45	16	12	25	1.83
24993603--24993788	19	9.2	19	72	21	121	54	13	1	30	1.46
24993603--24993786	22	9.0	21	74	15	145	55	13	1	29	1.45
24993603--24993685	40	2.0	41	93	2	141	54	15	1	28	1.49
24993619--24993805	101	1.9	101	90	4	306	55	13	1	29	1.45
24994364--24994434	37	1.9	37	97	0	133	35	15	22	26	1.94
24996853--24996896	22	2.0	22	95	0	79	47	27	2	22	1.63
24996855--24996903	22	2.2	22	88	0	71	44	30	2	22	1.64
25001546--25001581	17	2.0	19	89	10	58	44	0	5	50	1.25
25001867--25001912	18	2.4	19	82	14	58	50	2	6	41	1.40
25003701--25003746	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25017639--25017686	25	1.9	25	86	0	69	56	0	0	43	0.99
25020511--25020543	11	3.0	11	95	0	57	48	0	6	45	1.27
25020691--25020726	17	2.1	17	100	0	72	27	0	5	66	1.13
25020696--25020733	17	2.2	17	90	0	58	31	0	5	63	1.17
25020827--25020863	6	6.2	6	100	0	74	32	16	0	51	1.45
25026810--25027302	94	5.4	89	79	7	359	32	19	20	27	1.96
25027054--25027299	44	5.4	43	70	18	165	35	18	20	25	1.95
25027042--25027332	92	3.1	94	87	6	405	35	18	18	27	1.95
25039424--25039518	21	4.5	21	74	0	82	47	17	20	14	1.83
25039423--25039550	42	3.0	42	86	0	166	43	17	21	17	1.88
25039746--25039838	45	2.1	45	91	0	150	47	16	1	35	1.54
25042103--25042144	20	2.0	22	86	9	61	11	26	14	47	1.78
25043372--25043427	16	3.5	16	85	0	85	39	5	26	28	1.78
25043409--25043503	44	2.1	46	84	7	124	35	5	23	35	1.77
25045986--25046017	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
25055733--25055785	27	2.0	27	85	7	72	41	0	20	37	1.53
25056097--25056208	25	4.6	25	87	1	147	41	8	25	25	1.82
25059742--25059781	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
25061254--25061281	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
25062500--25062533	17	1.9	18	88	5	52	55	20	2	20	1.56
25062977--25063037	3	19.3	3	80	12	61	65	1	3	29	1.18
25062977--25063037	15	4.3	14	80	15	72	65	1	3	29	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25066995--25067054	20	2.9	19	76	16	50	45	1	1	51	1.21
25074142--25074213	26	2.7	26	95	4	126	40	5	0	54	1.24
25075307--25075383	27	2.9	27	96	0	136	20	32	22	24	1.98
25075439--25075505	28	2.3	29	94	2	118	49	0	10	40	1.37
25077099--25077124	9	2.9	9	100	0	52	80	0	0	19	0.71
25095065--25095170	52	2.0	52	100	0	212	35	9	26	28	1.87
25100525--25100571	13	3.6	13	100	0	94	38	29	6	25	1.81
25104698--25104746	17	2.8	17	80	14	55	30	0	4	65	1.11
25104707--25104743	17	2.1	18	90	10	58	35	0	2	62	1.10
25109580--25109625	23	2.0	22	91	4	74	34	13	8	43	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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