genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  23  of  210  ( 25174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8255761--8255799	15	2.4	16	83	12	53	28	7	2	61	1.37
8259234--8259263	15	2.0	15	93	0	51	70	16	6	6	1.31
8263814--8263866	21	2.5	21	87	6	72	30	35	7	26	1.84
8275629--8275696	36	1.9	35	87	3	100	30	14	14	39	1.87
8279393--8279469	39	2.0	38	92	5	129	48	16	1	33	1.55
8279401--8279468	21	3.4	21	67	19	63	51	16	1	30	1.53
8287516--8287572	17	3.0	20	66	23	59	24	19	19	36	1.94
8291527--8291592	26	2.5	26	82	0	78	37	1	16	43	1.57
8291527--8291592	13	5.1	13	77	14	55	37	1	16	43	1.57
8293750--8293824	24	3.1	24	88	3	98	65	5	25	4	1.31
8293759--8293824	12	5.5	12	80	5	80	65	6	24	4	1.35
8297441--8297465	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8300677--8300732	21	2.5	22	75	21	55	58	5	5	30	1.42
8306396--8306423	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8308983--8309020	18	2.1	19	85	14	53	21	23	7	47	1.77
8322947--8322991	22	2.0	22	83	8	56	51	13	0	35	1.41
8326066--8326253	92	2.0	93	98	1	369	29	5	13	51	1.63
8327127--8327196	35	2.1	34	81	10	81	38	1	2	57	1.23
8327189--8327223	12	2.8	12	86	4	52	68	2	0	28	1.04
8333728--8333790	30	2.1	30	96	0	117	23	3	14	58	1.50
8333871--8333912	18	2.3	19	84	12	61	21	0	11	66	1.23
8359418--8359460	12	3.4	12	78	12	50	27	0	4	67	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8364408--8364441	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
8371542--8371574	2	17.5	2	87	12	52	48	0	0	51	1.00
8371545--8371574	11	2.7	11	94	0	51	50	0	0	50	1.00
8371542--8371575	9	3.9	9	92	3	52	47	0	0	52	1.00
8375251--8375526	132	2.1	133	97	0	527	37	14	7	40	1.74
8375993--8376025	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
8380152--8380264	46	2.5	46	94	0	190	26	26	9	37	1.87
8381591--8381638	17	2.9	17	84	3	62	52	18	0	29	1.46
8385068--8385115	17	2.9	17	84	3	62	52	18	0	29	1.46
8388693--8388758	22	3.0	20	81	16	62	16	25	21	36	1.94
8388705--8388759	22	2.5	23	88	5	78	14	27	20	38	1.91
8388850--8388908	31	1.9	31	89	0	91	55	3	18	22	1.57
8390153--8390200	25	2.0	25	88	8	73	35	6	0	58	1.23
8390276--8390320	16	2.8	16	80	9	56	66	13	4	15	1.39
8391603--8391634	16	2.0	16	100	0	64	31	12	6	50	1.65
8394367--8394571	102	2.0	102	99	0	401	35	10	11	41	1.76
8401225--8401254	16	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
8409957--8410006	10	5.0	10	85	9	57	58	0	4	38	1.17
8410826--8410922	20	4.6	20	67	18	61	55	10	1	32	1.40
8410774--8410922	66	2.3	66	86	2	201	54	12	0	32	1.43
8410892--8410932	20	2.2	19	86	8	57	65	12	0	21	1.25
8412741--8412768	3	9.3	3	100	0	56	0	0	35	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8418062--8418312	129	1.9	129	85	4	346	20	16	24	38	1.93
8419055--8419117	22	3.2	20	81	18	80	73	3	0	23	0.98
8419701--8419761	29	2.1	29	87	0	86	42	16	16	24	1.88
8421951--8421987	15	2.5	15	87	12	58	51	8	16	24	1.71
8422739--8422767	6	4.8	6	100	0	58	34	13	0	51	1.42
8429442--8429477	16	2.1	18	90	10	58	55	2	0	41	1.14
8439671--8439715	23	1.9	23	82	13	56	20	4	24	51	1.66
8440548--8440591	18	2.5	18	85	10	56	52	0	0	47	1.00
8441997--8442023	6	4.5	6	100	0	54	55	29	0	14	1.40
8442928--8442960	17	1.9	17	93	0	57	0	0	9	90	0.44
8442928--8442962	10	3.6	10	88	7	54	0	0	11	88	0.51
8454782--8454815	14	2.5	14	95	4	61	50	35	0	14	1.44
8456690--8456814	63	2.0	63	96	0	232	31	21	1	45	1.61
8456880--8457014	40	3.4	39	74	10	123	32	25	17	25	1.96
8457910--8457948	4	9.8	4	83	10	53	0	25	0	74	0.82
8457910--8457962	16	3.3	15	80	15	52	3	24	0	71	1.02
8457973--8458013	5	8.2	5	100	0	82	58	0	0	41	0.98
8472147--8472174	4	7.0	4	100	0	56	25	0	50	25	1.50
8474743--8474778	18	1.9	19	88	5	56	44	25	5	25	1.75
8483130--8483296	79	2.1	80	97	1	318	51	10	4	33	1.57
8485419--8485471	24	2.2	24	83	6	63	45	0	5	49	1.26
8496076--8496105	7	4.3	7	95	0	51	43	13	10	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8496076--8496111	14	2.6	14	86	4	56	47	11	8	33	1.69
8504087--8504113	13	2.1	13	100	0	54	29	7	33	29	1.85
8510605--8510801	98	2.0	98	97	2	369	39	18	19	22	1.93
8511562--8511613	23	2.3	23	79	0	59	7	26	17	48	1.74
8513622--8513660	16	2.3	17	86	8	53	76	0	7	15	0.99
8518507--8518588	21	3.9	21	75	9	76	41	15	26	15	1.88
8518484--8518588	43	2.5	42	84	4	133	42	15	25	16	1.87
8519087--8519141	17	3.2	16	80	10	56	47	14	0	38	1.45
8519600--8519941	170	2.0	171	98	1	668	34	20	4	41	1.71
8521021--8521081	31	2.0	31	96	0	113	32	26	6	34	1.82
8526027--8526071	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
8526114--8526142	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8534007--8534072	25	3.0	22	72	20	57	39	3	0	57	1.14
8534019--8534062	11	3.6	11	80	19	52	40	4	0	54	1.21
8534019--8534090	25	2.8	25	79	10	65	37	2	0	59	1.12
8534044--8534100	26	2.1	27	83	3	71	28	1	5	64	1.25
8537558--8537619	32	1.9	32	83	9	81	61	3	0	35	1.12
8547464--8547503	18	2.2	18	86	0	53	65	2	25	7	1.32
8562111--8562187	19	3.9	20	76	8	68	51	2	7	37	1.45
8562110--8562187	38	2.0	39	87	5	113	51	2	7	38	1.44
8566909--8566938	14	2.1	14	93	0	51	56	0	10	33	1.32
8576221--8576297	33	2.4	32	79	12	95	54	5	7	32	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8580148--8580241	22	4.1	22	79	9	91	21	20	15	42	1.89
8594534--8594567	17	1.9	18	88	5	52	41	5	17	35	1.74
8596479--8596508	5	6.2	5	92	7	53	80	0	20	0	0.72
8604422--8604469	18	2.8	17	84	12	55	62	2	2	33	1.18
8604422--8604480	8	6.7	9	76	16	61	62	1	1	33	1.15
8604422--8604480	18	3.3	18	81	13	54	62	1	1	33	1.15
8606171--8606265	39	2.3	40	82	7	111	50	7	2	40	1.42
8607972--8608012	19	2.2	19	86	8	57	46	2	7	43	1.44
8608047--8608080	18	1.9	18	94	5	61	55	5	8	29	1.54
8609787--8610360	45	12.9	45	75	4	432	26	21	18	33	1.96
8609750--8610254	173	2.9	171	79	6	422	27	20	18	33	1.96
8609789--8610360	90	6.4	90	78	6	513	26	21	18	33	1.96
8617273--8617312	3	13.3	3	94	0	71	65	0	2	32	1.06
8624678--8624725	17	2.9	17	85	11	57	50	2	8	39	1.44
8624743--8624804	32	1.9	32	83	6	81	54	3	4	37	1.38
8624883--8624932	24	2.0	25	85	11	68	48	0	10	42	1.37
8627978--8628047	31	2.3	29	83	11	88	61	7	2	28	1.37
8632164--8632191	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
8633396--8633448	27	2.0	27	81	7	63	47	1	1	49	1.23
8634948--8635019	31	2.3	31	85	0	90	44	8	19	27	1.79
8634968--8635057	31	3.0	31	76	10	89	47	8	20	23	1.77
8638503--8638768	132	2.0	132	98	1	516	34	12	21	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8641468--8641500	16	2.1	16	100	0	66	39	18	12	30	1.87
8659822--8659898	29	2.6	29	86	12	88	46	14	12	25	1.80
8659822--8659919	31	3.2	29	80	11	99	46	13	15	24	1.81
8660078--8660113	18	2.0	18	88	0	54	52	5	0	41	1.24
8665878--8666172	146	2.0	147	98	0	574	33	11	7	47	1.67
8675232--8675309	39	2.0	40	82	2	95	29	6	10	53	1.59
8681617--8681793	88	2.0	89	98	1	347	35	4	5	54	1.44
8685650--8685727	39	2.0	40	82	2	95	29	6	10	53	1.59
8704129--8704180	24	2.2	24	82	0	59	38	5	7	48	1.56
8706069--8706094	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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