genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70076365

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  73  of  210  ( 25174 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25646779--25646809	15	2.0	16	93	6	55	51	6	0	41	1.27
25647593--25647639	21	2.2	21	88	0	67	74	8	0	17	1.05
25647594--25647640	11	4.4	11	78	5	60	76	8	0	14	1.01
25649189--25649245	26	2.2	25	81	6	60	56	3	3	36	1.34
25651889--25651987	27	3.7	26	77	11	76	64	1	1	33	1.07
25651904--25651968	8	7.6	8	77	17	60	61	1	0	36	1.05
25651891--25651987	16	5.6	17	71	19	67	64	1	1	32	1.07
25651925--25651990	9	7.1	10	77	16	54	65	0	0	34	0.93
25651896--25651990	8	11.1	8	71	17	59	66	1	0	32	0.99
25651914--25651990	18	4.2	18	75	15	77	64	1	0	33	1.01
25652455--25652513	19	3.0	20	95	5	102	30	5	0	64	1.15
25652455--25652508	10	5.3	11	78	13	62	33	5	0	61	1.19
25652459--25652521	9	6.6	9	76	16	56	26	4	0	68	1.10
25652467--25652523	28	2.0	28	83	6	71	26	3	0	70	1.03
25652460--25652528	10	6.8	10	74	14	61	24	5	0	69	1.10
25652467--25652521	19	2.9	19	84	12	78	27	3	0	69	1.05
25658795--25658820	7	3.7	7	100	0	52	73	0	15	11	1.11
25665593--25665617	12	2.1	12	100	0	50	48	8	8	36	1.62
25667738--25667817	31	2.6	31	95	0	142	45	21	15	18	1.86
25670878--25670911	17	2.0	17	100	0	68	29	35	5	29	1.81
25670828--25670961	67	2.0	67	97	0	250	28	26	14	30	1.95
25670895--25671274	51	7.5	51	74	6	326	30	26	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25670898--25671274	102	3.7	102	91	0	567	30	26	15	27	1.96
25674733--25674779	9	5.2	9	92	0	76	38	27	10	23	1.88
25674733--25674779	18	2.6	18	96	0	85	38	27	10	23	1.88
25674819--25674853	6	5.8	6	100	0	70	17	0	17	65	1.27
25674819--25674866	18	2.5	20	90	6	73	20	0	12	66	1.24
25679296--25679456	51	3.2	50	82	5	207	29	26	17	27	1.97
25679451--25679490	20	2.0	20	100	0	80	35	25	15	25	1.94
25679488--25679553	32	2.1	32	100	0	132	30	25	9	34	1.87
25681087--25681318	83	2.8	81	82	7	254	32	27	18	20	1.97
25681074--25681357	123	2.3	123	87	3	401	32	27	19	20	1.97
25681063--25681426	41	8.9	41	79	3	329	32	27	18	21	1.96
25691070--25691301	83	2.8	81	82	7	254	32	27	18	20	1.97
25691057--25691340	123	2.3	123	87	3	401	32	27	19	20	1.97
25691046--25691409	41	8.9	41	79	3	329	32	27	18	21	1.96
25693647--25693675	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
25695095--25695133	16	2.3	17	91	8	62	66	0	0	33	0.92
25695262--25695301	21	2.0	21	85	5	55	37	20	7	35	1.81
25696590--25696628	16	2.3	17	91	8	62	66	0	0	33	0.92
25703478--25703506	15	1.9	15	100	0	58	51	6	20	20	1.70
25703624--25703659	14	2.6	14	100	0	72	16	5	55	22	1.62
25703736--25703777	20	2.2	20	91	4	68	61	0	0	38	0.96
25703787--25703826	9	4.4	9	93	0	71	32	12	10	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25703877--25703906	14	2.1	14	93	0	51	26	20	16	36	1.93
25704571--25704633	24	2.6	24	76	0	72	14	36	7	41	1.75
25706808--25706843	18	2.1	17	89	5	54	50	0	27	22	1.50
25707225--25707349	37	3.4	37	77	18	154	52	4	12	30	1.60
25707202--25707350	72	2.1	73	98	1	291	51	4	12	32	1.57
25707202--25707350	37	4.1	36	74	19	132	51	4	12	32	1.57
25712549--25712633	6	13.3	6	74	16	64	3	20	3	72	1.14
25714733--25714816	23	3.6	23	79	4	80	39	15	13	32	1.86
25719853--25719903	23	2.2	24	82	3	59	5	17	1	74	1.11
25725713--25725743	16	1.9	16	100	0	62	64	3	0	32	1.09
25731611--25731646	17	2.1	18	89	5	56	69	8	2	19	1.27
25731830--25731870	10	4.5	10	77	22	54	68	0	0	31	0.90
25731832--25731963	9	14.3	9	71	15	65	63	0	3	31	1.17
25731830--25731870	17	2.3	18	91	8	66	68	0	0	31	0.90
25731921--25731963	10	4.3	10	85	8	52	69	0	4	25	1.07
25731906--25731955	20	2.5	20	90	3	75	70	0	4	26	1.05
25733918--25734205	150	1.9	149	85	2	391	29	15	32	22	1.95
25735751--25735866	56	2.1	56	98	0	223	34	13	17	34	1.89
25737656--25737686	12	2.6	12	94	0	53	70	0	9	19	1.14
25737707--25737740	6	5.7	6	100	0	68	35	0	14	50	1.44
25737776--25737815	12	3.5	12	77	22	50	65	0	2	32	1.06
25742833--25742954	34	3.6	32	78	15	129	38	0	14	46	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25743031--25743406	125	3.0	124	82	5	452	38	17	16	28	1.91
25746668--25746742	21	3.6	20	90	3	105	12	16	41	30	1.84
25746997--25747033	18	2.1	18	94	0	65	40	8	27	24	1.83
25760492--25760554	27	2.4	27	84	12	78	39	1	0	58	1.07
25760522--25760564	15	3.1	14	83	9	61	44	0	0	55	0.99
25760516--25760564	13	3.7	13	86	5	71	42	0	0	57	0.99
25768689--25768729	13	2.8	16	86	13	54	56	4	39	0	1.21
25772600--25772637	19	2.0	19	100	0	76	36	10	26	26	1.89
25775817--25776061	122	2.0	123	95	2	440	40	2	20	36	1.66
25776078--25776115	20	1.9	20	84	10	51	55	0	15	28	1.41
25779900--25779934	16	2.2	16	89	0	52	45	8	2	42	1.49
25781694--25782154	245	1.9	245	86	0	661	42	12	13	31	1.81
25788989--25789040	24	2.2	24	85	0	68	55	7	1	34	1.39
25797791--25797830	20	2.0	21	85	14	57	47	17	0	35	1.48
25798555--25798588	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
25800138--25800194	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
25812046--25812276	23	9.9	23	78	4	158	25	16	16	41	1.89
25812046--25812209	47	3.5	46	82	4	168	24	17	15	42	1.88
25812056--25812209	70	2.2	70	92	0	254	24	17	15	42	1.88
25812107--25812253	47	3.1	47	85	4	181	25	17	17	40	1.90
25812110--25812312	70	2.9	68	83	6	219	25	14	17	41	1.88
25812191--25812350	23	6.7	25	73	16	94	28	12	18	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25815290--25815387	25	3.9	25	75	2	99	22	21	19	36	1.95
25815291--25815419	50	2.6	50	82	4	145	23	23	20	33	1.97
25821159--25821321	87	1.9	86	85	3	229	28	14	20	36	1.92
25823985--25824031	21	2.4	19	76	16	51	44	0	2	53	1.12
25825274--25825303	6	5.0	6	95	0	51	30	33	16	20	1.94
25826490--25826537	23	2.1	23	85	11	64	58	4	4	33	1.36
25832814--25832849	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
25855940--25856403	32	14.7	32	82	4	512	31	9	16	42	1.80
25855971--25856403	158	2.8	157	86	3	579	31	9	16	42	1.80
25856542--25856625	32	2.6	32	80	0	87	33	9	14	42	1.78
25856294--25856786	248	2.0	248	96	0	914	30	10	18	40	1.83
25856573--25856651	32	2.5	32	87	0	104	32	6	12	48	1.67
25863846--25864352	32	15.8	32	82	4	601	31	9	15	43	1.79
25871498--25871534	15	2.5	15	86	0	56	75	0	21	2	0.92
25871496--25871550	20	2.8	20	80	0	56	67	0	25	7	1.16
25880164--25880188	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
25881035--25881072	9	4.2	9	83	9	51	39	2	0	57	1.12
25881035--25881077	19	2.3	18	84	11	59	41	2	0	55	1.12
25881060--25881101	21	1.9	23	85	9	61	40	0	0	59	0.97
25885892--25885930	18	2.2	18	95	0	69	66	10	12	10	1.44
25886634--25886681	25	1.9	25	86	0	69	35	25	10	29	1.89
25887401--25887459	22	2.6	22	81	2	73	20	32	25	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25890543--25890592	23	2.1	24	85	3	66	10	12	30	48	1.73
25895535--25895596	17	3.6	17	74	8	54	29	27	19	24	1.98
25898170--25898207	18	2.2	18	95	4	69	52	0	5	42	1.24
25898337--25898375	17	2.3	18	91	8	64	51	0	5	43	1.24
25898170--25898506	168	2.0	169	99	0	667	46	5	10	37	1.60
25898790--25898831	19	2.2	19	86	0	57	38	7	14	40	1.73
25898882--25898935	28	1.9	28	88	7	83	37	0	11	51	1.37
25908838--25908909	35	2.1	35	84	5	92	30	16	8	44	1.77
25914940--25915090	42	3.6	42	79	1	160	44	17	21	16	1.87
25921367--25921526	42	3.9	40	75	8	142	43	16	22	17	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210